# TARGET T0319 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.8416 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.196 0.003 0.012 0.008 0.009 0.028 0.003 0.001 0.633 0.089 2 K 0.009 0.260 0.002 0.009 0.007 0.011 0.026 0.002 0.001 0.586 0.088 3 F 0.019 0.310 0.006 0.010 0.006 0.008 0.021 0.004 0.001 0.494 0.121 4 L 0.011 0.742 0.014 0.013 0.005 0.007 0.016 0.007 0.002 0.084 0.100 5 T 0.029 0.878 0.002 0.002 0.001 0.002 0.009 0.004 0.001 0.011 0.062 6 T 0.043 0.589 0.015 0.009 0.004 0.008 0.028 0.020 0.008 0.098 0.177 7 N 0.070 0.713 0.006 0.004 0.002 0.003 0.032 0.011 0.003 0.034 0.122 8 F 0.072 0.123 0.014 0.012 0.006 0.009 0.079 0.006 0.005 0.437 0.237 9 L 0.027 0.437 0.012 0.016 0.009 0.011 0.097 0.009 0.003 0.103 0.274 10 K 0.119 0.276 0.013 0.019 0.008 0.016 0.084 0.015 0.004 0.089 0.357 11 C 0.067 0.082 0.046 0.048 0.030 0.044 0.106 0.019 0.019 0.141 0.397 12 S 0.153 0.090 0.004 0.018 0.020 0.058 0.098 0.013 0.003 0.066 0.478 13 V 0.146 0.044 0.011 0.030 0.021 0.047 0.089 0.010 0.005 0.059 0.539 14 K 0.040 0.023 0.003 0.057 0.049 0.088 0.128 0.005 0.001 0.045 0.561 15 A 0.022 0.015 0.002 0.055 0.046 0.108 0.101 0.003 0.001 0.067 0.580 16 C 0.016 0.004 0.002 0.068 0.134 0.108 0.098 0.003 0.001 0.053 0.514 17 D 0.031 0.019 0.004 0.148 0.111 0.213 0.082 0.003 0.002 0.072 0.315 18 T 0.073 0.009 0.010 0.061 0.063 0.093 0.091 0.005 0.005 0.068 0.521 19 S 0.128 0.002 0.003 0.038 0.054 0.117 0.087 0.028 0.002 0.078 0.464 20 N 0.304 0.002 0.001 0.014 0.010 0.020 0.077 0.002 0.001 0.032 0.538 21 D 0.008 0.001 0.001 0.042 0.026 0.071 0.117 0.001 0.001 0.015 0.719 22 N 0.004 0.001 0.001 0.019 0.030 0.056 0.110 0.001 0.001 0.020 0.759 23 F 0.002 0.001 0.001 0.027 0.391 0.250 0.079 0.005 0.001 0.044 0.202 24 P 0.003 0.003 0.001 0.090 0.094 0.187 0.086 0.001 0.001 0.039 0.497 25 L 0.001 0.001 0.001 0.064 0.295 0.544 0.010 0.001 0.001 0.025 0.060 26 Q 0.002 0.001 0.001 0.100 0.247 0.344 0.026 0.001 0.001 0.065 0.212 27 Y 0.001 0.001 0.001 0.114 0.427 0.326 0.016 0.001 0.001 0.024 0.090 28 D 0.080 0.013 0.002 0.069 0.244 0.335 0.034 0.004 0.002 0.081 0.136 29 G 0.138 0.019 0.003 0.064 0.134 0.151 0.066 0.006 0.003 0.044 0.371 30 S 0.032 0.033 0.001 0.033 0.134 0.218 0.074 0.006 0.001 0.021 0.447 31 K 0.045 0.095 0.003 0.047 0.111 0.148 0.091 0.007 0.001 0.026 0.426 32 C 0.032 0.063 0.004 0.027 0.240 0.167 0.060 0.008 0.001 0.022 0.376 33 Q 0.041 0.162 0.004 0.039 0.188 0.238 0.041 0.008 0.001 0.037 0.240 34 L 0.048 0.112 0.013 0.038 0.100 0.151 0.051 0.006 0.005 0.048 0.428 35 V 0.109 0.060 0.029 0.064 0.138 0.151 0.063 0.008 0.011 0.070 0.296 36 Q 0.113 0.032 0.006 0.035 0.061 0.111 0.071 0.009 0.003 0.046 0.515 37 D 0.120 0.018 0.003 0.021 0.020 0.030 0.061 0.004 0.002 0.034 0.688 38 E 0.041 0.015 0.001 0.030 0.045 0.058 0.106 0.011 0.001 0.034 0.659 39 S 0.022 0.013 0.001 0.026 0.024 0.056 0.111 0.005 0.001 0.026 0.717 40 I 0.029 0.004 0.001 0.053 0.086 0.064 0.121 0.002 0.001 0.045 0.597 41 E 0.008 0.008 0.001 0.103 0.050 0.059 0.139 0.001 0.001 0.044 0.587 42 F 0.013 0.067 0.001 0.058 0.013 0.019 0.118 0.005 0.001 0.046 0.659 43 N 0.111 0.778 0.002 0.004 0.001 0.001 0.014 0.014 0.001 0.025 0.048 44 P 0.055 0.802 0.003 0.003 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.022 0.100 45 E 0.036 0.419 0.003 0.007 0.004 0.006 0.035 0.004 0.001 0.289 0.196 46 F 0.038 0.568 0.004 0.004 0.008 0.008 0.026 0.010 0.001 0.214 0.119 47 L 0.062 0.789 0.009 0.003 0.003 0.004 0.012 0.032 0.002 0.016 0.068 48 L 0.129 0.538 0.009 0.008 0.009 0.015 0.027 0.009 0.004 0.041 0.211 49 N 0.088 0.257 0.015 0.007 0.010 0.020 0.087 0.006 0.010 0.063 0.436 50 I 0.162 0.228 0.020 0.013 0.005 0.010 0.095 0.032 0.008 0.075 0.352 51 V 0.232 0.174 0.021 0.018 0.005 0.009 0.105 0.031 0.012 0.076 0.317 52 D 0.084 0.091 0.002 0.017 0.005 0.010 0.133 0.004 0.001 0.034 0.618 53 R 0.041 0.054 0.003 0.025 0.007 0.013 0.114 0.002 0.001 0.057 0.683 54 V 0.007 0.108 0.002 0.048 0.023 0.019 0.132 0.003 0.001 0.072 0.585 55 D 0.016 0.881 0.001 0.004 0.001 0.003 0.012 0.004 0.001 0.018 0.060 56 W 0.035 0.886 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.029 0.034 57 P 0.010 0.264 0.001 0.009 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.655 0.043 58 A 0.002 0.811 0.001 0.003 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.137 0.032 59 V 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.007 60 L 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.012 61 T 0.007 0.918 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.027 0.036 62 V 0.036 0.798 0.019 0.001 0.001 0.001 0.009 0.028 0.008 0.069 0.033 63 A 0.073 0.150 0.282 0.002 0.001 0.001 0.016 0.031 0.260 0.116 0.070 64 A 0.324 0.057 0.004 0.002 0.001 0.001 0.085 0.005 0.004 0.052 0.466 65 E 0.044 0.032 0.004 0.005 0.001 0.003 0.091 0.002 0.002 0.044 0.771 66 L 0.043 0.014 0.023 0.020 0.001 0.005 0.189 0.004 0.005 0.065 0.631 67 G 0.134 0.020 0.003 0.024 0.006 0.020 0.104 0.020 0.002 0.088 0.578 68 N 0.151 0.004 0.001 0.007 0.003 0.007 0.093 0.003 0.001 0.051 0.679 69 N 0.020 0.001 0.001 0.036 0.012 0.035 0.113 0.002 0.001 0.042 0.740 70 A 0.008 0.001 0.001 0.041 0.007 0.020 0.108 0.001 0.001 0.027 0.788 71 L 0.013 0.001 0.001 0.041 0.049 0.051 0.138 0.007 0.001 0.042 0.659 72 P 0.145 0.002 0.001 0.031 0.016 0.013 0.101 0.002 0.001 0.061 0.629 73 P 0.005 0.001 0.001 0.019 0.014 0.026 0.163 0.005 0.001 0.026 0.741 74 T 0.048 0.002 0.001 0.024 0.005 0.012 0.135 0.003 0.001 0.025 0.745 75 K 0.202 0.004 0.001 0.024 0.015 0.016 0.126 0.004 0.001 0.071 0.536 76 P 0.005 0.001 0.001 0.008 0.006 0.013 0.148 0.001 0.001 0.019 0.799 77 S 0.049 0.007 0.001 0.013 0.009 0.014 0.119 0.002 0.001 0.021 0.765 78 F 0.189 0.045 0.002 0.011 0.016 0.016 0.139 0.017 0.001 0.074 0.491 79 P 0.162 0.068 0.002 0.005 0.004 0.009 0.111 0.007 0.001 0.042 0.588 80 S 0.087 0.060 0.006 0.016 0.016 0.039 0.121 0.009 0.002 0.054 0.591 81 S 0.130 0.059 0.003 0.014 0.025 0.052 0.112 0.009 0.001 0.074 0.521 82 I 0.180 0.044 0.002 0.021 0.023 0.047 0.101 0.007 0.001 0.058 0.515 83 Q 0.044 0.013 0.001 0.022 0.036 0.061 0.122 0.003 0.001 0.032 0.667 84 E 0.014 0.012 0.001 0.014 0.020 0.031 0.145 0.001 0.001 0.019 0.744 85 L 0.003 0.006 0.001 0.010 0.024 0.022 0.162 0.003 0.001 0.023 0.746 86 T 0.072 0.318 0.001 0.008 0.006 0.007 0.084 0.006 0.001 0.030 0.468 87 D 0.044 0.662 0.002 0.005 0.001 0.001 0.028 0.004 0.001 0.046 0.207 88 D 0.008 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.025 0.034 89 D 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.011 90 M 0.029 0.666 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.269 0.027 91 A 0.010 0.428 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.508 0.038 92 I 0.014 0.879 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.050 0.036 93 L 0.022 0.825 0.005 0.002 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.071 0.060 94 N 0.011 0.431 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.448 0.086 95 D 0.005 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.020 0.035 96 L 0.014 0.936 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.010 0.022 97 H 0.014 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.016 0.023 98 T 0.010 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.009 0.039 99 L 0.013 0.094 0.003 0.004 0.002 0.002 0.019 0.002 0.001 0.833 0.028 100 L 0.010 0.589 0.008 0.015 0.002 0.004 0.031 0.004 0.002 0.256 0.078 101 L 0.058 0.694 0.011 0.008 0.003 0.005 0.028 0.012 0.002 0.044 0.135 102 Q 0.061 0.440 0.012 0.033 0.012 0.017 0.042 0.018 0.004 0.161 0.202 103 T 0.077 0.283 0.009 0.017 0.009 0.022 0.081 0.008 0.007 0.117 0.369 104 S 0.151 0.078 0.036 0.029 0.019 0.037 0.084 0.017 0.021 0.135 0.393 105 I 0.115 0.020 0.026 0.031 0.015 0.034 0.128 0.008 0.020 0.091 0.512 106 A 0.168 0.036 0.003 0.028 0.019 0.035 0.132 0.005 0.002 0.050 0.521 107 E 0.042 0.020 0.004 0.047 0.013 0.035 0.170 0.004 0.001 0.054 0.609 108 G 0.011 0.011 0.001 0.059 0.068 0.207 0.151 0.010 0.001 0.082 0.398 109 E 0.017 0.007 0.001 0.082 0.103 0.265 0.074 0.002 0.001 0.078 0.370 110 M 0.004 0.003 0.002 0.118 0.172 0.262 0.059 0.001 0.001 0.039 0.341 111 K 0.018 0.006 0.004 0.094 0.189 0.352 0.044 0.001 0.002 0.077 0.212 112 C 0.096 0.003 0.007 0.060 0.105 0.127 0.070 0.004 0.005 0.081 0.443 113 R 0.104 0.004 0.002 0.028 0.069 0.113 0.081 0.008 0.002 0.045 0.545 114 N 0.081 0.001 0.002 0.015 0.025 0.062 0.110 0.002 0.001 0.034 0.667 115 C 0.005 0.001 0.001 0.032 0.111 0.246 0.104 0.004 0.001 0.023 0.473 116 G 0.009 0.003 0.001 0.042 0.130 0.247 0.090 0.001 0.001 0.054 0.423 117 H 0.001 0.002 0.001 0.055 0.372 0.410 0.026 0.001 0.001 0.024 0.110 118 I 0.001 0.001 0.001 0.052 0.218 0.499 0.025 0.001 0.001 0.028 0.175 119 Y 0.001 0.001 0.001 0.048 0.497 0.327 0.014 0.001 0.001 0.017 0.094 120 Y 0.003 0.004 0.002 0.095 0.256 0.449 0.031 0.001 0.001 0.041 0.118 121 I 0.182 0.022 0.002 0.050 0.155 0.156 0.050 0.018 0.003 0.096 0.265 122 K 0.547 0.008 0.002 0.029 0.025 0.026 0.050 0.003 0.002 0.083 0.226 123 N 0.007 0.003 0.003 0.032 0.012 0.035 0.103 0.001 0.001 0.023 0.779 124 G 0.045 0.020 0.004 0.041 0.037 0.044 0.113 0.003 0.002 0.033 0.659 125 I 0.264 0.019 0.004 0.030 0.054 0.025 0.107 0.029 0.002 0.193 0.275 126 P 0.141 0.040 0.001 0.023 0.011 0.024 0.152 0.010 0.001 0.070 0.528 127 N 0.061 0.012 0.001 0.051 0.032 0.103 0.140 0.004 0.001 0.049 0.548 128 L 0.012 0.004 0.001 0.040 0.035 0.068 0.147 0.001 0.001 0.035 0.658 129 L 0.002 0.005 0.001 0.062 0.053 0.110 0.160 0.001 0.001 0.028 0.577 130 L 0.156 0.055 0.007 0.048 0.031 0.031 0.109 0.010 0.007 0.068 0.479 131 P 0.585 0.066 0.005 0.010 0.004 0.004 0.045 0.021 0.003 0.096 0.161 132 P 0.167 0.018 0.002 0.008 0.002 0.007 0.097 0.005 0.001 0.053 0.639 133 H 0.058 0.011 0.002 0.018 0.015 0.044 0.095 0.002 0.001 0.031 0.723 134 L 0.044 0.015 0.002 0.013 0.037 0.048 0.123 0.003 0.001 0.044 0.672 135 V 0.041 0.007 0.001 0.009 0.057 0.046 0.127 0.010 0.001 0.031 0.670