# TARGET T0319 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.8416 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.091 0.028 0.057 0.082 0.055 0.458 0.203 2 K 0.010 0.053 0.042 0.076 0.093 0.047 0.586 0.092 3 F 0.012 0.084 0.086 0.054 0.126 0.074 0.346 0.218 4 L 0.035 0.217 0.135 0.136 0.161 0.072 0.065 0.179 5 T 0.066 0.334 0.073 0.042 0.078 0.063 0.081 0.265 6 T 0.042 0.344 0.067 0.033 0.055 0.066 0.083 0.311 7 N 0.081 0.261 0.107 0.050 0.081 0.096 0.120 0.204 8 F 0.052 0.100 0.105 0.031 0.038 0.090 0.327 0.257 9 L 0.051 0.188 0.117 0.058 0.065 0.072 0.177 0.272 10 K 0.072 0.132 0.067 0.029 0.059 0.074 0.086 0.482 11 C 0.039 0.082 0.078 0.053 0.048 0.100 0.073 0.528 12 S 0.131 0.155 0.050 0.045 0.060 0.082 0.075 0.403 13 V 0.185 0.055 0.029 0.016 0.028 0.088 0.061 0.539 14 K 0.045 0.019 0.032 0.060 0.066 0.121 0.092 0.565 15 A 0.017 0.010 0.023 0.019 0.041 0.112 0.181 0.598 16 C 0.031 0.016 0.038 0.064 0.069 0.133 0.119 0.529 17 D 0.087 0.014 0.044 0.062 0.099 0.115 0.076 0.503 18 T 0.036 0.006 0.034 0.028 0.037 0.090 0.067 0.702 19 S 0.233 0.008 0.032 0.029 0.047 0.114 0.045 0.493 20 N 0.223 0.004 0.014 0.016 0.018 0.077 0.056 0.593 21 D 0.011 0.002 0.028 0.021 0.055 0.187 0.018 0.678 22 N 0.006 0.001 0.035 0.011 0.050 0.070 0.025 0.803 23 F 0.056 0.006 0.054 0.291 0.128 0.106 0.047 0.313 24 P 0.014 0.005 0.111 0.050 0.104 0.064 0.047 0.606 25 L 0.013 0.008 0.119 0.152 0.281 0.066 0.040 0.321 26 Q 0.012 0.005 0.222 0.144 0.239 0.051 0.076 0.252 27 Y 0.015 0.010 0.135 0.167 0.131 0.068 0.075 0.399 28 D 0.072 0.068 0.124 0.123 0.174 0.061 0.058 0.321 29 G 0.083 0.054 0.049 0.040 0.069 0.077 0.044 0.584 30 S 0.045 0.082 0.061 0.087 0.100 0.079 0.041 0.506 31 K 0.070 0.108 0.033 0.062 0.119 0.074 0.061 0.473 32 C 0.085 0.077 0.030 0.073 0.083 0.082 0.071 0.498 33 Q 0.025 0.052 0.044 0.228 0.212 0.058 0.047 0.333 34 L 0.027 0.025 0.021 0.049 0.108 0.078 0.041 0.650 35 V 0.059 0.022 0.086 0.174 0.126 0.087 0.142 0.305 36 Q 0.157 0.024 0.019 0.037 0.049 0.071 0.055 0.587 37 D 0.198 0.020 0.010 0.014 0.023 0.058 0.082 0.596 38 E 0.037 0.010 0.015 0.027 0.042 0.129 0.017 0.724 39 S 0.018 0.006 0.017 0.019 0.058 0.077 0.056 0.749 40 I 0.030 0.044 0.021 0.036 0.031 0.106 0.066 0.666 41 E 0.007 0.061 0.051 0.053 0.060 0.146 0.034 0.590 42 F 0.006 0.094 0.016 0.013 0.008 0.063 0.029 0.773 43 N 0.033 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 44 P 0.029 0.942 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 0.011 45 E 0.015 0.549 0.015 0.005 0.005 0.013 0.326 0.071 46 F 0.027 0.712 0.012 0.003 0.004 0.014 0.190 0.036 47 L 0.090 0.671 0.012 0.003 0.007 0.028 0.108 0.080 48 L 0.092 0.367 0.035 0.015 0.019 0.041 0.142 0.290 49 N 0.027 0.127 0.034 0.013 0.020 0.078 0.149 0.552 50 I 0.201 0.066 0.049 0.016 0.019 0.100 0.101 0.448 51 V 0.359 0.016 0.032 0.021 0.017 0.080 0.105 0.371 52 D 0.026 0.008 0.007 0.002 0.005 0.078 0.025 0.847 53 R 0.006 0.016 0.017 0.003 0.007 0.123 0.017 0.811 54 V 0.007 0.047 0.016 0.010 0.005 0.121 0.022 0.772 55 D 0.048 0.863 0.004 0.001 0.001 0.010 0.019 0.054 56 W 0.028 0.937 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.017 57 P 0.005 0.221 0.008 0.002 0.002 0.009 0.727 0.027 58 A 0.002 0.828 0.003 0.002 0.002 0.003 0.151 0.009 59 V 0.002 0.981 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.005 60 L 0.003 0.959 0.009 0.004 0.003 0.002 0.013 0.007 61 T 0.008 0.911 0.022 0.004 0.006 0.005 0.030 0.014 62 V 0.061 0.833 0.025 0.003 0.002 0.008 0.042 0.025 63 A 0.241 0.328 0.111 0.008 0.006 0.025 0.207 0.073 64 A 0.188 0.083 0.034 0.005 0.004 0.048 0.190 0.448 65 E 0.063 0.028 0.023 0.002 0.002 0.064 0.112 0.705 66 L 0.039 0.018 0.048 0.006 0.005 0.112 0.056 0.716 67 G 0.177 0.015 0.009 0.004 0.006 0.082 0.019 0.688 68 N 0.094 0.007 0.008 0.003 0.005 0.065 0.026 0.791 69 N 0.033 0.010 0.024 0.008 0.014 0.169 0.029 0.713 70 A 0.011 0.003 0.046 0.012 0.019 0.136 0.065 0.709 71 L 0.065 0.007 0.043 0.017 0.014 0.146 0.038 0.670 72 P 0.577 0.013 0.030 0.006 0.008 0.058 0.057 0.251 73 P 0.022 0.004 0.028 0.011 0.018 0.119 0.036 0.761 74 T 0.027 0.003 0.022 0.006 0.017 0.085 0.017 0.823 75 K 0.181 0.007 0.020 0.024 0.023 0.137 0.075 0.532 76 P 0.019 0.004 0.015 0.010 0.014 0.154 0.024 0.761 77 S 0.020 0.006 0.014 0.005 0.011 0.118 0.034 0.792 78 F 0.099 0.052 0.013 0.010 0.008 0.117 0.054 0.646 79 P 0.279 0.195 0.013 0.006 0.007 0.075 0.042 0.382 80 S 0.082 0.149 0.027 0.011 0.017 0.102 0.046 0.566 81 S 0.183 0.180 0.020 0.010 0.021 0.087 0.066 0.434 82 I 0.177 0.071 0.030 0.017 0.022 0.099 0.208 0.376 83 Q 0.041 0.058 0.032 0.025 0.043 0.136 0.105 0.561 84 E 0.057 0.045 0.028 0.013 0.028 0.118 0.055 0.656 85 L 0.048 0.047 0.025 0.018 0.019 0.166 0.033 0.644 86 T 0.101 0.214 0.015 0.007 0.013 0.093 0.036 0.521 87 D 0.079 0.482 0.004 0.004 0.005 0.056 0.019 0.352 88 D 0.021 0.774 0.005 0.003 0.003 0.024 0.034 0.136 89 D 0.016 0.911 0.001 0.001 0.001 0.004 0.049 0.019 90 M 0.011 0.543 0.005 0.002 0.001 0.007 0.406 0.025 91 A 0.002 0.948 0.002 0.002 0.001 0.004 0.026 0.016 92 I 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 93 L 0.008 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.006 94 N 0.001 0.098 0.001 0.001 0.001 0.001 0.896 0.003 95 D 0.001 0.855 0.001 0.001 0.001 0.002 0.137 0.005 96 L 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 97 H 0.005 0.964 0.003 0.001 0.001 0.002 0.016 0.007 98 T 0.028 0.867 0.011 0.001 0.002 0.010 0.043 0.038 99 L 0.047 0.359 0.045 0.005 0.005 0.036 0.421 0.082 100 L 0.019 0.107 0.056 0.007 0.009 0.059 0.660 0.084 101 L 0.030 0.264 0.033 0.011 0.014 0.084 0.132 0.432 102 Q 0.026 0.219 0.065 0.016 0.043 0.108 0.080 0.443 103 T 0.037 0.147 0.127 0.058 0.086 0.108 0.150 0.288 104 S 0.063 0.070 0.109 0.093 0.149 0.119 0.125 0.272 105 I 0.078 0.034 0.092 0.060 0.073 0.104 0.085 0.476 106 A 0.049 0.037 0.081 0.097 0.115 0.115 0.076 0.431 107 E 0.037 0.017 0.036 0.039 0.114 0.072 0.028 0.657 108 G 0.035 0.020 0.044 0.192 0.284 0.063 0.049 0.313 109 E 0.016 0.010 0.041 0.192 0.274 0.078 0.026 0.362 110 M 0.003 0.002 0.044 0.311 0.338 0.039 0.023 0.239 111 K 0.011 0.003 0.038 0.265 0.280 0.055 0.053 0.295 112 C 0.238 0.010 0.046 0.122 0.122 0.068 0.147 0.247 113 R 0.209 0.005 0.017 0.043 0.051 0.096 0.028 0.552 114 N 0.089 0.006 0.010 0.011 0.024 0.057 0.020 0.783 115 C 0.030 0.010 0.026 0.029 0.107 0.151 0.033 0.614 116 G 0.011 0.004 0.037 0.085 0.254 0.083 0.034 0.492 117 H 0.006 0.005 0.059 0.361 0.336 0.037 0.024 0.172 118 I 0.003 0.004 0.112 0.157 0.247 0.048 0.031 0.398 119 Y 0.003 0.002 0.176 0.385 0.312 0.019 0.035 0.068 120 Y 0.015 0.003 0.256 0.202 0.208 0.034 0.065 0.216 121 I 0.355 0.008 0.103 0.130 0.108 0.041 0.081 0.172 122 K 0.168 0.005 0.031 0.038 0.042 0.078 0.049 0.589 123 N 0.004 0.001 0.018 0.007 0.019 0.122 0.012 0.817 124 G 0.011 0.005 0.018 0.007 0.012 0.095 0.016 0.837 125 I 0.300 0.034 0.029 0.039 0.018 0.127 0.145 0.307 126 P 0.236 0.029 0.027 0.013 0.020 0.093 0.048 0.534 127 N 0.124 0.012 0.059 0.024 0.064 0.089 0.074 0.555 128 L 0.022 0.007 0.064 0.027 0.045 0.153 0.045 0.637 129 L 0.006 0.006 0.075 0.039 0.068 0.145 0.042 0.619 130 L 0.042 0.013 0.046 0.023 0.025 0.127 0.040 0.684 131 P 0.574 0.065 0.013 0.011 0.012 0.051 0.102 0.172 132 P 0.118 0.029 0.014 0.007 0.016 0.099 0.047 0.670 133 H 0.047 0.020 0.031 0.023 0.060 0.135 0.068 0.616 134 L 0.033 0.015 0.022 0.038 0.058 0.119 0.061 0.653 135 V 0.032 0.014 0.025 0.047 0.068 0.121 0.047 0.646