# TARGET T0319 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.8416 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.030 0.003 0.002 0.045 0.006 0.005 0.909 2 K 0.198 0.029 0.011 0.277 0.024 0.028 0.433 3 F 0.283 0.018 0.014 0.535 0.042 0.030 0.078 4 L 0.170 0.010 0.014 0.675 0.019 0.019 0.093 5 T 0.142 0.004 0.017 0.729 0.018 0.016 0.073 6 T 0.173 0.001 0.041 0.673 0.026 0.032 0.054 7 N 0.262 0.006 0.051 0.528 0.030 0.058 0.065 8 F 0.206 0.009 0.084 0.487 0.031 0.087 0.096 9 L 0.263 0.015 0.041 0.353 0.133 0.100 0.096 10 K 0.249 0.020 0.028 0.261 0.074 0.162 0.207 11 C 0.134 0.021 0.028 0.144 0.154 0.099 0.420 12 S 0.101 0.016 0.033 0.082 0.154 0.092 0.522 13 V 0.093 0.012 0.157 0.157 0.194 0.125 0.262 14 K 0.140 0.015 0.195 0.148 0.118 0.201 0.181 15 A 0.181 0.019 0.160 0.093 0.108 0.240 0.199 16 C 0.280 0.034 0.064 0.043 0.107 0.090 0.383 17 D 0.367 0.049 0.037 0.024 0.118 0.111 0.295 18 T 0.263 0.043 0.036 0.014 0.137 0.124 0.382 19 S 0.185 0.036 0.020 0.008 0.241 0.163 0.347 20 N 0.086 0.014 0.023 0.004 0.283 0.239 0.351 21 D 0.039 0.008 0.021 0.003 0.297 0.517 0.115 22 N 0.074 0.011 0.017 0.001 0.302 0.317 0.278 23 F 0.272 0.023 0.004 0.001 0.211 0.016 0.472 24 P 0.578 0.016 0.003 0.001 0.036 0.008 0.358 25 L 0.883 0.004 0.003 0.002 0.019 0.006 0.082 26 Q 0.966 0.004 0.001 0.003 0.004 0.003 0.019 27 Y 0.967 0.004 0.001 0.003 0.002 0.002 0.022 28 D 0.893 0.003 0.001 0.004 0.013 0.012 0.074 29 G 0.643 0.002 0.017 0.019 0.089 0.092 0.138 30 S 0.570 0.004 0.021 0.021 0.132 0.129 0.122 31 K 0.739 0.007 0.019 0.028 0.058 0.058 0.092 32 C 0.833 0.005 0.006 0.030 0.017 0.014 0.095 33 Q 0.870 0.003 0.004 0.041 0.014 0.010 0.058 34 L 0.874 0.007 0.004 0.057 0.014 0.007 0.037 35 V 0.810 0.007 0.006 0.062 0.021 0.012 0.082 36 Q 0.667 0.010 0.012 0.073 0.059 0.041 0.140 37 D 0.345 0.008 0.029 0.112 0.170 0.071 0.265 38 E 0.139 0.008 0.042 0.123 0.297 0.141 0.251 39 S 0.132 0.013 0.055 0.092 0.162 0.193 0.353 40 I 0.218 0.026 0.056 0.064 0.154 0.100 0.382 41 E 0.201 0.044 0.036 0.039 0.078 0.093 0.510 42 F 0.100 0.050 0.016 0.026 0.163 0.078 0.568 43 N 0.010 0.006 0.001 0.008 0.042 0.007 0.925 44 P 0.001 0.001 0.040 0.902 0.005 0.044 0.009 45 E 0.001 0.001 0.028 0.944 0.002 0.024 0.002 46 F 0.001 0.001 0.030 0.957 0.001 0.009 0.002 47 L 0.001 0.001 0.008 0.978 0.001 0.007 0.002 48 L 0.004 0.001 0.023 0.928 0.004 0.039 0.003 49 N 0.003 0.001 0.027 0.768 0.004 0.192 0.005 50 I 0.005 0.004 0.048 0.649 0.027 0.220 0.048 51 V 0.016 0.011 0.063 0.423 0.290 0.063 0.133 52 D 0.035 0.011 0.114 0.277 0.117 0.246 0.199 53 R 0.010 0.006 0.167 0.421 0.055 0.188 0.152 54 V 0.016 0.027 0.049 0.330 0.118 0.090 0.369 55 D 0.004 0.007 0.009 0.098 0.046 0.027 0.809 56 W 0.001 0.001 0.010 0.971 0.002 0.012 0.004 57 P 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.003 0.001 58 A 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 61 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 64 A 0.001 0.001 0.003 0.978 0.001 0.016 0.002 65 E 0.001 0.001 0.007 0.895 0.005 0.085 0.007 66 L 0.001 0.002 0.011 0.540 0.014 0.415 0.018 67 G 0.001 0.002 0.009 0.092 0.043 0.731 0.123 68 N 0.002 0.004 0.129 0.031 0.123 0.147 0.564 69 N 0.009 0.005 0.241 0.026 0.198 0.175 0.346 70 A 0.010 0.010 0.234 0.019 0.277 0.219 0.231 71 L 0.016 0.023 0.012 0.005 0.419 0.006 0.521 72 P 0.010 0.033 0.011 0.001 0.018 0.009 0.917 73 P 0.006 0.013 0.179 0.012 0.068 0.578 0.143 74 T 0.009 0.016 0.169 0.018 0.146 0.502 0.140 75 K 0.011 0.021 0.034 0.003 0.289 0.021 0.619 76 P 0.007 0.020 0.028 0.006 0.072 0.297 0.571 77 S 0.011 0.037 0.034 0.006 0.185 0.463 0.266 78 F 0.013 0.018 0.014 0.007 0.340 0.036 0.572 79 P 0.014 0.017 0.027 0.020 0.082 0.048 0.791 80 S 0.023 0.025 0.075 0.051 0.238 0.102 0.486 81 S 0.038 0.051 0.123 0.090 0.153 0.128 0.419 82 I 0.017 0.018 0.299 0.383 0.046 0.084 0.154 83 Q 0.014 0.005 0.280 0.385 0.052 0.120 0.143 84 E 0.018 0.013 0.275 0.339 0.057 0.130 0.167 85 L 0.012 0.016 0.150 0.298 0.102 0.099 0.322 86 T 0.008 0.013 0.048 0.268 0.131 0.128 0.404 87 D 0.001 0.002 0.040 0.557 0.121 0.174 0.105 88 D 0.002 0.005 0.038 0.540 0.133 0.131 0.152 89 D 0.001 0.001 0.024 0.842 0.026 0.045 0.062 90 M 0.001 0.001 0.004 0.983 0.002 0.006 0.004 91 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.005 0.002 92 I 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 94 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 95 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 97 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 98 T 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.977 0.001 0.019 0.002 100 L 0.001 0.001 0.004 0.934 0.004 0.052 0.006 101 L 0.012 0.002 0.010 0.746 0.029 0.158 0.043 102 Q 0.036 0.002 0.017 0.613 0.082 0.148 0.102 103 T 0.104 0.003 0.016 0.597 0.082 0.091 0.107 104 S 0.292 0.009 0.011 0.439 0.078 0.066 0.106 105 I 0.527 0.007 0.020 0.294 0.021 0.051 0.079 106 A 0.663 0.008 0.010 0.152 0.017 0.088 0.062 107 E 0.426 0.007 0.018 0.063 0.046 0.336 0.104 108 G 0.243 0.001 0.009 0.008 0.125 0.534 0.080 109 E 0.645 0.006 0.007 0.004 0.097 0.057 0.183 110 M 0.860 0.020 0.001 0.001 0.013 0.002 0.102 111 K 0.801 0.057 0.001 0.001 0.007 0.001 0.133 112 C 0.419 0.026 0.004 0.001 0.023 0.004 0.523 113 R 0.016 0.001 0.053 0.006 0.074 0.801 0.049 114 N 0.010 0.002 0.046 0.005 0.065 0.849 0.024 115 C 0.077 0.020 0.122 0.028 0.178 0.422 0.153 116 G 0.112 0.012 0.029 0.016 0.231 0.350 0.249 117 H 0.456 0.022 0.015 0.012 0.116 0.029 0.349 118 I 0.805 0.046 0.006 0.010 0.019 0.007 0.107 119 Y 0.841 0.012 0.005 0.013 0.031 0.008 0.089 120 Y 0.749 0.014 0.009 0.014 0.031 0.018 0.166 121 I 0.457 0.019 0.033 0.038 0.062 0.072 0.318 122 K 0.278 0.030 0.055 0.054 0.107 0.207 0.269 123 N 0.063 0.007 0.044 0.036 0.160 0.606 0.083 124 G 0.058 0.009 0.034 0.018 0.219 0.361 0.300 125 I 0.097 0.042 0.035 0.022 0.115 0.034 0.655 126 P 0.116 0.046 0.145 0.053 0.088 0.146 0.405 127 N 0.127 0.022 0.220 0.048 0.122 0.260 0.202 128 L 0.166 0.030 0.193 0.051 0.142 0.161 0.257 129 L 0.168 0.085 0.074 0.026 0.159 0.110 0.377 130 L 0.065 0.022 0.028 0.013 0.128 0.064 0.680 131 P 0.014 0.005 0.011 0.003 0.037 0.016 0.915 132 P 0.009 0.007 0.384 0.061 0.062 0.230 0.247 133 H 0.008 0.005 0.297 0.046 0.117 0.318 0.209 134 L 0.017 0.025 0.138 0.038 0.037 0.117 0.627 135 V 0.005 0.003 0.003 0.004 0.006 0.002 0.977