# TARGET T0319 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.8416 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.087 0.248 0.073 0.016 0.226 0.010 0.016 0.135 0.065 0.086 0.039 2 K 0.062 0.185 0.044 0.010 0.188 0.013 0.040 0.329 0.081 0.026 0.021 3 F 0.113 0.092 0.026 0.005 0.160 0.007 0.027 0.419 0.093 0.021 0.035 4 L 0.075 0.093 0.022 0.011 0.153 0.011 0.033 0.462 0.084 0.030 0.026 5 T 0.075 0.061 0.010 0.007 0.098 0.010 0.027 0.505 0.129 0.049 0.029 6 T 0.013 0.024 0.009 0.010 0.025 0.020 0.046 0.624 0.198 0.025 0.008 7 N 0.016 0.024 0.013 0.009 0.024 0.011 0.050 0.661 0.135 0.048 0.009 8 F 0.022 0.021 0.005 0.003 0.030 0.007 0.031 0.604 0.180 0.088 0.011 9 L 0.070 0.063 0.011 0.005 0.098 0.016 0.040 0.464 0.138 0.054 0.040 10 K 0.110 0.044 0.013 0.012 0.116 0.022 0.091 0.248 0.112 0.149 0.084 11 C 0.080 0.244 0.109 0.016 0.220 0.009 0.024 0.156 0.070 0.050 0.021 12 S 0.073 0.112 0.038 0.011 0.105 0.011 0.035 0.298 0.147 0.135 0.034 13 V 0.131 0.111 0.031 0.015 0.175 0.015 0.044 0.164 0.131 0.118 0.064 14 K 0.027 0.079 0.055 0.045 0.068 0.085 0.167 0.304 0.115 0.037 0.018 15 A 0.133 0.111 0.059 0.015 0.183 0.012 0.027 0.122 0.086 0.175 0.078 16 C 0.187 0.172 0.045 0.011 0.301 0.012 0.017 0.067 0.056 0.069 0.062 17 D 0.102 0.140 0.072 0.030 0.206 0.041 0.071 0.121 0.071 0.080 0.065 18 T 0.126 0.164 0.072 0.022 0.185 0.016 0.028 0.082 0.083 0.146 0.077 19 S 0.086 0.142 0.070 0.063 0.136 0.055 0.063 0.118 0.099 0.119 0.049 20 N 0.048 0.078 0.056 0.091 0.072 0.059 0.063 0.116 0.152 0.218 0.047 21 D 0.045 0.126 0.138 0.077 0.098 0.051 0.110 0.123 0.099 0.104 0.029 22 N 0.096 0.106 0.077 0.050 0.122 0.033 0.056 0.058 0.077 0.231 0.093 23 F 0.109 0.378 0.122 0.012 0.308 0.003 0.006 0.013 0.008 0.014 0.028 24 P 0.205 0.215 0.031 0.003 0.462 0.004 0.010 0.016 0.014 0.012 0.027 25 L 0.232 0.139 0.014 0.003 0.556 0.007 0.009 0.009 0.006 0.006 0.020 26 Q 0.244 0.129 0.016 0.002 0.552 0.002 0.004 0.009 0.004 0.010 0.028 27 Y 0.254 0.177 0.036 0.013 0.394 0.018 0.013 0.015 0.005 0.018 0.058 28 D 0.262 0.154 0.059 0.013 0.315 0.005 0.008 0.007 0.005 0.049 0.121 29 G 0.121 0.134 0.068 0.034 0.184 0.019 0.011 0.096 0.140 0.103 0.089 30 S 0.010 0.062 0.040 0.027 0.031 0.061 0.124 0.381 0.193 0.063 0.008 31 K 0.160 0.117 0.040 0.012 0.178 0.007 0.024 0.130 0.082 0.189 0.061 32 C 0.234 0.153 0.034 0.006 0.360 0.006 0.008 0.055 0.034 0.049 0.062 33 Q 0.094 0.254 0.055 0.005 0.443 0.007 0.013 0.075 0.025 0.013 0.015 34 L 0.388 0.089 0.017 0.002 0.328 0.004 0.011 0.074 0.014 0.016 0.058 35 V 0.135 0.141 0.044 0.040 0.225 0.042 0.048 0.174 0.040 0.065 0.046 36 Q 0.148 0.180 0.056 0.024 0.232 0.023 0.041 0.162 0.036 0.051 0.046 37 D 0.085 0.137 0.062 0.035 0.164 0.030 0.034 0.184 0.086 0.129 0.053 38 E 0.040 0.153 0.113 0.047 0.086 0.029 0.044 0.296 0.124 0.051 0.017 39 S 0.110 0.074 0.028 0.012 0.123 0.011 0.061 0.236 0.141 0.138 0.065 40 I 0.080 0.137 0.030 0.008 0.204 0.010 0.025 0.185 0.184 0.103 0.034 41 E 0.103 0.118 0.020 0.002 0.266 0.009 0.058 0.266 0.067 0.056 0.034 42 F 0.055 0.223 0.185 0.024 0.153 0.038 0.064 0.044 0.029 0.142 0.042 43 N 0.429 0.044 0.010 0.001 0.470 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 44 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.441 0.543 0.010 0.001 45 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.869 0.117 0.004 0.001 46 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.867 0.101 0.027 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.786 0.172 0.035 0.001 48 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.784 0.196 0.003 0.001 49 N 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.057 0.784 0.120 0.029 0.001 50 I 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.005 0.057 0.530 0.228 0.168 0.002 51 V 0.020 0.055 0.013 0.003 0.040 0.003 0.010 0.437 0.361 0.041 0.019 52 D 0.001 0.006 0.005 0.004 0.001 0.023 0.109 0.609 0.235 0.006 0.001 53 R 0.009 0.022 0.008 0.001 0.015 0.004 0.047 0.346 0.175 0.356 0.018 54 V 0.071 0.340 0.070 0.006 0.205 0.009 0.025 0.058 0.045 0.120 0.051 55 D 0.251 0.154 0.056 0.004 0.274 0.002 0.006 0.031 0.017 0.096 0.110 56 W 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.742 0.243 0.003 0.001 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.955 0.040 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.927 0.070 0.003 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.062 0.002 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.016 0.001 0.001 61 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.006 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.018 0.002 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.053 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.876 0.107 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.103 0.830 0.046 0.015 0.001 66 L 0.007 0.567 0.272 0.009 0.063 0.006 0.014 0.034 0.010 0.014 0.004 67 G 0.069 0.025 0.022 0.033 0.025 0.039 0.034 0.073 0.047 0.366 0.268 68 N 0.089 0.096 0.031 0.020 0.155 0.016 0.025 0.082 0.149 0.247 0.090 69 N 0.037 0.090 0.045 0.016 0.130 0.019 0.041 0.162 0.244 0.170 0.046 70 A 0.098 0.106 0.054 0.007 0.145 0.010 0.060 0.078 0.129 0.259 0.053 71 L 0.048 0.496 0.217 0.007 0.168 0.001 0.008 0.021 0.009 0.009 0.014 72 P 0.008 0.515 0.349 0.010 0.080 0.003 0.003 0.017 0.009 0.004 0.003 73 P 0.036 0.124 0.036 0.004 0.093 0.015 0.055 0.287 0.301 0.036 0.013 74 T 0.070 0.104 0.102 0.019 0.099 0.016 0.052 0.107 0.106 0.231 0.093 75 K 0.059 0.443 0.190 0.007 0.245 0.002 0.008 0.017 0.007 0.010 0.012 76 P 0.043 0.415 0.135 0.005 0.206 0.008 0.029 0.069 0.053 0.025 0.012 77 S 0.096 0.167 0.103 0.010 0.169 0.016 0.055 0.077 0.102 0.139 0.067 78 F 0.103 0.284 0.150 0.016 0.248 0.009 0.023 0.052 0.031 0.036 0.049 79 P 0.076 0.240 0.099 0.014 0.204 0.009 0.019 0.103 0.114 0.077 0.045 80 S 0.035 0.130 0.063 0.012 0.080 0.023 0.066 0.265 0.235 0.074 0.016 81 S 0.085 0.191 0.075 0.010 0.162 0.006 0.021 0.184 0.083 0.143 0.039 82 I 0.108 0.049 0.013 0.005 0.091 0.006 0.016 0.267 0.240 0.154 0.050 83 Q 0.017 0.080 0.031 0.014 0.058 0.031 0.055 0.474 0.201 0.029 0.009 84 E 0.097 0.087 0.034 0.003 0.144 0.004 0.017 0.315 0.112 0.143 0.043 85 L 0.093 0.073 0.020 0.005 0.115 0.009 0.029 0.399 0.107 0.116 0.034 86 T 0.037 0.167 0.099 0.025 0.088 0.028 0.035 0.302 0.078 0.117 0.023 87 D 0.031 0.091 0.075 0.022 0.092 0.017 0.033 0.402 0.109 0.099 0.030 88 D 0.009 0.029 0.021 0.003 0.015 0.004 0.013 0.660 0.139 0.093 0.013 89 D 0.009 0.036 0.011 0.002 0.019 0.001 0.007 0.715 0.100 0.093 0.007 90 M 0.002 0.008 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 0.842 0.099 0.034 0.003 91 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.955 0.031 0.002 0.001 92 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.022 0.006 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.043 0.001 0.001 94 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.961 0.034 0.001 0.001 95 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.950 0.040 0.002 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.927 0.064 0.006 0.001 97 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.086 0.002 0.001 98 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.967 0.028 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.933 0.047 0.005 0.001 100 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.883 0.089 0.009 0.001 101 L 0.003 0.013 0.002 0.001 0.008 0.004 0.024 0.841 0.094 0.009 0.002 102 Q 0.026 0.008 0.002 0.001 0.027 0.003 0.059 0.610 0.121 0.132 0.012 103 T 0.102 0.242 0.040 0.003 0.277 0.005 0.016 0.221 0.050 0.026 0.016 104 S 0.176 0.141 0.023 0.003 0.328 0.004 0.020 0.194 0.040 0.036 0.036 105 I 0.307 0.067 0.012 0.007 0.200 0.015 0.040 0.163 0.064 0.063 0.062 106 A 0.060 0.131 0.112 0.132 0.146 0.119 0.095 0.135 0.032 0.026 0.012 107 E 0.070 0.085 0.050 0.146 0.100 0.092 0.185 0.105 0.048 0.077 0.042 108 G 0.044 0.145 0.199 0.248 0.103 0.074 0.019 0.033 0.020 0.077 0.038 109 E 0.195 0.125 0.011 0.003 0.545 0.004 0.009 0.028 0.018 0.020 0.040 110 M 0.279 0.134 0.016 0.001 0.495 0.002 0.002 0.008 0.003 0.011 0.048 111 K 0.173 0.226 0.041 0.004 0.463 0.002 0.004 0.006 0.003 0.023 0.056 112 C 0.068 0.265 0.200 0.013 0.397 0.003 0.002 0.020 0.010 0.010 0.011 113 R 0.005 0.016 0.024 0.005 0.004 0.008 0.054 0.627 0.247 0.008 0.003 114 N 0.015 0.029 0.029 0.014 0.015 0.026 0.188 0.359 0.139 0.166 0.021 115 C 0.007 0.736 0.117 0.007 0.126 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 116 G 0.042 0.003 0.005 0.009 0.005 0.010 0.004 0.005 0.016 0.378 0.524 117 H 0.063 0.368 0.135 0.020 0.340 0.009 0.009 0.014 0.011 0.017 0.013 118 I 0.389 0.051 0.006 0.001 0.496 0.001 0.003 0.004 0.005 0.009 0.034 119 Y 0.098 0.338 0.052 0.005 0.474 0.004 0.003 0.005 0.003 0.003 0.015 120 Y 0.326 0.129 0.012 0.001 0.466 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 0.053 121 I 0.320 0.089 0.032 0.023 0.277 0.021 0.012 0.020 0.015 0.050 0.141 122 K 0.020 0.067 0.098 0.223 0.052 0.177 0.158 0.113 0.059 0.023 0.009 123 N 0.015 0.076 0.127 0.138 0.032 0.074 0.156 0.172 0.104 0.081 0.024 124 G 0.027 0.054 0.081 0.086 0.032 0.024 0.017 0.037 0.081 0.476 0.084 125 I 0.047 0.454 0.170 0.010 0.196 0.007 0.010 0.038 0.033 0.017 0.018 126 P 0.034 0.357 0.122 0.017 0.160 0.023 0.038 0.106 0.099 0.024 0.020 127 N 0.076 0.081 0.029 0.017 0.120 0.024 0.086 0.156 0.180 0.173 0.058 128 L 0.064 0.126 0.040 0.007 0.182 0.010 0.064 0.097 0.137 0.213 0.060 129 L 0.169 0.241 0.111 0.003 0.216 0.005 0.030 0.030 0.034 0.076 0.084 130 L 0.014 0.473 0.362 0.016 0.094 0.003 0.012 0.008 0.005 0.005 0.007 131 P 0.004 0.660 0.275 0.002 0.047 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.001 132 P 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.006 0.023 0.291 0.663 0.006 0.001 133 H 0.004 0.010 0.005 0.005 0.007 0.003 0.030 0.428 0.258 0.235 0.015 134 L 0.026 0.020 0.002 0.001 0.024 0.005 0.038 0.266 0.242 0.361 0.014 135 V 0.037 0.069 0.024 0.008 0.067 0.015 0.027 0.399 0.227 0.094 0.033