# TARGET T0319 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.8416 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.041 0.092 0.134 0.205 0.243 0.214 0.071 2 K 0.009 0.020 0.055 0.147 0.258 0.350 0.162 3 F 0.004 0.009 0.014 0.029 0.087 0.359 0.497 4 L 0.001 0.001 0.003 0.016 0.070 0.313 0.596 5 T 0.001 0.001 0.003 0.011 0.051 0.284 0.649 6 T 0.001 0.005 0.011 0.037 0.118 0.355 0.473 7 N 0.001 0.006 0.017 0.050 0.137 0.390 0.399 8 F 0.001 0.003 0.006 0.018 0.077 0.370 0.526 9 L 0.002 0.007 0.017 0.061 0.184 0.458 0.271 10 K 0.009 0.079 0.182 0.279 0.240 0.160 0.050 11 C 0.003 0.013 0.049 0.190 0.370 0.312 0.064 12 S 0.047 0.213 0.262 0.228 0.151 0.084 0.016 13 V 0.064 0.161 0.234 0.277 0.190 0.066 0.007 14 K 0.276 0.313 0.222 0.120 0.049 0.017 0.002 15 A 0.249 0.298 0.221 0.140 0.063 0.024 0.004 16 C 0.101 0.135 0.185 0.257 0.208 0.102 0.013 17 D 0.351 0.337 0.167 0.085 0.038 0.018 0.004 18 T 0.249 0.216 0.180 0.176 0.118 0.051 0.009 19 S 0.199 0.201 0.221 0.209 0.122 0.043 0.004 20 N 0.389 0.293 0.179 0.094 0.035 0.009 0.001 21 D 0.252 0.290 0.221 0.153 0.065 0.017 0.002 22 N 0.195 0.271 0.214 0.158 0.104 0.049 0.010 23 F 0.012 0.029 0.086 0.219 0.343 0.264 0.048 24 P 0.014 0.062 0.156 0.231 0.243 0.236 0.058 25 L 0.008 0.011 0.019 0.066 0.235 0.509 0.152 26 Q 0.027 0.125 0.199 0.251 0.216 0.142 0.040 27 Y 0.006 0.022 0.082 0.250 0.374 0.239 0.027 28 D 0.130 0.324 0.254 0.152 0.086 0.045 0.009 29 G 0.088 0.156 0.252 0.292 0.161 0.047 0.003 30 S 0.437 0.324 0.150 0.063 0.020 0.005 0.001 31 K 0.184 0.266 0.243 0.198 0.088 0.020 0.001 32 C 0.076 0.124 0.230 0.308 0.207 0.053 0.002 33 Q 0.386 0.400 0.148 0.050 0.013 0.003 0.001 34 L 0.145 0.247 0.285 0.217 0.087 0.018 0.001 35 V 0.081 0.132 0.210 0.318 0.214 0.044 0.001 36 Q 0.473 0.354 0.132 0.035 0.006 0.001 0.001 37 D 0.760 0.173 0.049 0.015 0.002 0.001 0.001 38 E 0.737 0.195 0.050 0.014 0.003 0.001 0.001 39 S 0.621 0.253 0.088 0.031 0.006 0.001 0.001 40 I 0.289 0.232 0.222 0.178 0.068 0.011 0.001 41 E 0.462 0.322 0.141 0.054 0.017 0.003 0.001 42 F 0.127 0.128 0.204 0.296 0.193 0.049 0.003 43 N 0.235 0.247 0.233 0.169 0.085 0.029 0.003 44 P 0.253 0.275 0.232 0.160 0.066 0.013 0.001 45 E 0.395 0.326 0.174 0.074 0.025 0.006 0.001 46 F 0.103 0.112 0.176 0.270 0.231 0.100 0.008 47 L 0.064 0.065 0.084 0.200 0.284 0.270 0.033 48 L 0.129 0.281 0.279 0.215 0.077 0.017 0.001 49 N 0.128 0.181 0.249 0.263 0.132 0.044 0.003 50 I 0.060 0.049 0.062 0.113 0.265 0.402 0.049 51 V 0.021 0.032 0.079 0.185 0.313 0.327 0.043 52 D 0.104 0.269 0.231 0.203 0.128 0.056 0.009 53 R 0.070 0.166 0.264 0.280 0.159 0.054 0.008 54 V 0.024 0.035 0.059 0.158 0.327 0.344 0.053 55 D 0.056 0.207 0.212 0.174 0.159 0.147 0.046 56 W 0.010 0.026 0.054 0.182 0.384 0.300 0.043 57 P 0.038 0.181 0.311 0.298 0.136 0.031 0.005 58 A 0.006 0.025 0.075 0.231 0.355 0.282 0.026 59 V 0.001 0.003 0.004 0.015 0.097 0.475 0.405 60 L 0.003 0.026 0.101 0.301 0.334 0.207 0.027 61 T 0.007 0.112 0.319 0.352 0.163 0.042 0.006 62 V 0.001 0.005 0.023 0.138 0.369 0.418 0.045 63 A 0.001 0.004 0.013 0.088 0.369 0.468 0.056 64 A 0.037 0.284 0.338 0.227 0.092 0.021 0.001 65 E 0.055 0.300 0.352 0.221 0.061 0.010 0.001 66 L 0.009 0.038 0.126 0.314 0.350 0.153 0.011 67 G 0.145 0.307 0.275 0.182 0.073 0.017 0.001 68 N 0.299 0.322 0.213 0.116 0.042 0.007 0.001 69 N 0.312 0.306 0.218 0.116 0.040 0.008 0.001 70 A 0.262 0.347 0.213 0.118 0.045 0.014 0.001 71 L 0.041 0.076 0.164 0.309 0.295 0.110 0.006 72 P 0.142 0.232 0.258 0.220 0.114 0.032 0.003 73 P 0.299 0.313 0.204 0.117 0.050 0.015 0.002 74 T 0.332 0.282 0.193 0.120 0.054 0.017 0.002 75 K 0.161 0.241 0.266 0.208 0.096 0.027 0.002 76 P 0.150 0.196 0.217 0.227 0.154 0.053 0.004 77 S 0.457 0.269 0.141 0.083 0.039 0.011 0.001 78 F 0.195 0.198 0.259 0.238 0.093 0.017 0.001 79 P 0.541 0.284 0.115 0.046 0.012 0.002 0.001 80 S 0.657 0.213 0.088 0.033 0.008 0.001 0.001 81 S 0.639 0.253 0.079 0.023 0.005 0.001 0.001 82 I 0.076 0.135 0.301 0.357 0.119 0.011 0.001 83 Q 0.603 0.287 0.083 0.023 0.004 0.001 0.001 84 E 0.558 0.305 0.103 0.028 0.005 0.001 0.001 85 L 0.094 0.176 0.276 0.321 0.121 0.012 0.001 86 T 0.468 0.381 0.115 0.030 0.006 0.001 0.001 87 D 0.727 0.189 0.058 0.020 0.005 0.001 0.001 88 D 0.626 0.223 0.088 0.046 0.014 0.002 0.001 89 D 0.399 0.265 0.177 0.117 0.036 0.005 0.001 90 M 0.205 0.337 0.277 0.143 0.033 0.005 0.001 91 A 0.189 0.430 0.258 0.096 0.024 0.003 0.001 92 I 0.010 0.048 0.161 0.313 0.352 0.111 0.005 93 L 0.004 0.010 0.028 0.154 0.408 0.369 0.026 94 N 0.035 0.273 0.391 0.235 0.057 0.010 0.001 95 D 0.026 0.091 0.290 0.399 0.168 0.026 0.001 96 L 0.007 0.008 0.013 0.043 0.197 0.629 0.102 97 H 0.005 0.016 0.059 0.215 0.382 0.288 0.034 98 T 0.044 0.198 0.272 0.270 0.152 0.056 0.008 99 L 0.017 0.038 0.091 0.239 0.336 0.240 0.039 100 L 0.011 0.019 0.026 0.068 0.181 0.435 0.261 101 L 0.079 0.130 0.155 0.188 0.199 0.188 0.060 102 Q 0.152 0.244 0.232 0.193 0.117 0.049 0.013 103 T 0.140 0.146 0.161 0.210 0.182 0.122 0.039 104 S 0.183 0.221 0.185 0.174 0.130 0.090 0.018 105 I 0.139 0.120 0.132 0.178 0.207 0.168 0.056 106 A 0.171 0.207 0.174 0.188 0.136 0.090 0.034 107 E 0.101 0.202 0.211 0.211 0.146 0.091 0.038 108 G 0.142 0.204 0.175 0.183 0.143 0.112 0.041 109 E 0.060 0.216 0.294 0.254 0.122 0.043 0.010 110 M 0.032 0.037 0.065 0.186 0.355 0.286 0.039 111 K 0.083 0.297 0.337 0.205 0.063 0.014 0.001 112 C 0.119 0.204 0.233 0.255 0.147 0.040 0.003 113 R 0.500 0.311 0.131 0.044 0.011 0.002 0.001 114 N 0.552 0.300 0.101 0.036 0.009 0.002 0.001 115 C 0.278 0.223 0.216 0.180 0.083 0.019 0.001 116 G 0.328 0.370 0.201 0.076 0.022 0.004 0.001 117 H 0.157 0.242 0.243 0.214 0.107 0.033 0.004 118 I 0.100 0.280 0.307 0.197 0.089 0.025 0.002 119 Y 0.038 0.063 0.122 0.265 0.354 0.145 0.013 120 Y 0.093 0.294 0.323 0.207 0.066 0.016 0.001 121 I 0.059 0.069 0.125 0.285 0.339 0.118 0.005 122 K 0.325 0.352 0.211 0.091 0.019 0.002 0.001 123 N 0.499 0.318 0.124 0.044 0.011 0.002 0.001 124 G 0.280 0.261 0.235 0.153 0.057 0.014 0.001 125 I 0.110 0.166 0.237 0.265 0.169 0.051 0.003 126 P 0.235 0.206 0.177 0.169 0.136 0.069 0.008 127 N 0.192 0.194 0.179 0.188 0.145 0.090 0.013 128 L 0.081 0.083 0.105 0.187 0.265 0.242 0.036 129 L 0.100 0.147 0.206 0.256 0.193 0.087 0.010 130 L 0.231 0.302 0.245 0.148 0.056 0.016 0.002 131 P 0.670 0.228 0.071 0.023 0.007 0.001 0.001 132 P 0.833 0.124 0.031 0.010 0.003 0.001 0.001 133 H 0.720 0.202 0.057 0.017 0.004 0.001 0.001 134 L 0.536 0.233 0.143 0.069 0.017 0.002 0.001 135 V 0.634 0.211 0.096 0.045 0.012 0.002 0.001