# TARGET T0318 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.54067 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.010 0.002 0.059 0.195 0.324 0.064 0.001 0.001 0.031 0.311 2 T 0.001 0.005 0.001 0.034 0.197 0.577 0.024 0.001 0.001 0.063 0.098 3 Q 0.001 0.003 0.001 0.046 0.333 0.421 0.014 0.001 0.001 0.081 0.098 4 V 0.001 0.002 0.001 0.112 0.343 0.410 0.013 0.001 0.001 0.042 0.077 5 L 0.004 0.001 0.003 0.079 0.325 0.403 0.017 0.001 0.001 0.105 0.061 6 V 0.033 0.003 0.003 0.111 0.287 0.273 0.029 0.003 0.003 0.077 0.179 7 R 0.411 0.016 0.002 0.033 0.065 0.097 0.057 0.007 0.002 0.047 0.262 8 N 0.036 0.008 0.001 0.021 0.026 0.062 0.100 0.005 0.001 0.026 0.714 9 G 0.033 0.021 0.003 0.021 0.029 0.067 0.102 0.006 0.002 0.029 0.688 10 I 0.094 0.036 0.002 0.024 0.089 0.097 0.103 0.014 0.001 0.047 0.492 11 Q 0.102 0.017 0.001 0.018 0.058 0.075 0.076 0.002 0.001 0.046 0.604 12 A 0.011 0.011 0.004 0.022 0.035 0.055 0.104 0.001 0.002 0.032 0.724 13 V 0.028 0.008 0.005 0.009 0.013 0.019 0.088 0.005 0.003 0.024 0.797 14 G 0.697 0.017 0.002 0.002 0.004 0.004 0.033 0.009 0.001 0.071 0.160 15 D 0.105 0.003 0.002 0.006 0.002 0.003 0.089 0.001 0.001 0.057 0.730 16 G 0.012 0.001 0.001 0.012 0.005 0.012 0.116 0.001 0.001 0.020 0.819 17 L 0.014 0.002 0.001 0.031 0.044 0.023 0.171 0.002 0.001 0.030 0.682 18 T 0.006 0.003 0.001 0.185 0.052 0.031 0.149 0.002 0.001 0.043 0.527 19 S 0.001 0.002 0.001 0.537 0.067 0.068 0.047 0.001 0.001 0.053 0.224 20 L 0.001 0.001 0.001 0.768 0.053 0.054 0.016 0.001 0.001 0.034 0.074 21 I 0.001 0.001 0.001 0.902 0.030 0.022 0.006 0.001 0.001 0.011 0.029 22 I 0.001 0.001 0.001 0.867 0.037 0.040 0.007 0.001 0.001 0.015 0.032 23 V 0.014 0.003 0.001 0.682 0.026 0.058 0.032 0.001 0.001 0.076 0.106 24 G 0.020 0.056 0.002 0.336 0.036 0.065 0.103 0.002 0.003 0.078 0.299 25 K 0.129 0.458 0.004 0.025 0.021 0.047 0.069 0.023 0.003 0.014 0.207 26 K 0.111 0.304 0.005 0.026 0.037 0.035 0.066 0.019 0.003 0.063 0.331 27 S 0.066 0.076 0.030 0.013 0.042 0.055 0.109 0.013 0.015 0.247 0.334 28 V 0.359 0.084 0.010 0.010 0.018 0.035 0.063 0.032 0.003 0.132 0.252 29 L 0.196 0.040 0.013 0.017 0.018 0.037 0.089 0.015 0.008 0.077 0.491 30 K 0.050 0.023 0.001 0.020 0.028 0.055 0.119 0.002 0.001 0.024 0.676 31 N 0.011 0.014 0.001 0.015 0.026 0.057 0.092 0.002 0.001 0.024 0.757 32 V 0.014 0.010 0.003 0.014 0.050 0.048 0.156 0.011 0.001 0.034 0.658 33 T 0.297 0.146 0.005 0.025 0.016 0.025 0.066 0.012 0.003 0.053 0.354 34 F 0.301 0.147 0.004 0.011 0.006 0.011 0.048 0.013 0.001 0.033 0.425 35 E 0.075 0.126 0.003 0.017 0.017 0.032 0.067 0.006 0.001 0.020 0.636 36 G 0.054 0.269 0.012 0.022 0.023 0.035 0.071 0.004 0.004 0.023 0.483 37 K 0.129 0.305 0.005 0.014 0.052 0.040 0.064 0.018 0.002 0.028 0.343 38 F 0.190 0.401 0.004 0.008 0.019 0.022 0.041 0.023 0.002 0.017 0.272 39 K 0.202 0.153 0.003 0.015 0.048 0.075 0.064 0.008 0.001 0.020 0.410 40 E 0.032 0.118 0.007 0.036 0.049 0.115 0.087 0.002 0.002 0.023 0.528 41 V 0.034 0.090 0.007 0.025 0.079 0.078 0.096 0.007 0.002 0.026 0.556 42 A 0.240 0.170 0.003 0.023 0.046 0.033 0.070 0.024 0.002 0.036 0.352 43 Q 0.067 0.027 0.001 0.022 0.029 0.036 0.092 0.006 0.001 0.036 0.683 44 K 0.014 0.032 0.003 0.061 0.030 0.066 0.098 0.002 0.001 0.043 0.651 45 F 0.032 0.052 0.007 0.052 0.041 0.051 0.105 0.005 0.002 0.056 0.596 46 V 0.239 0.130 0.004 0.028 0.022 0.016 0.079 0.012 0.002 0.079 0.387 47 T 0.112 0.048 0.002 0.019 0.005 0.007 0.090 0.004 0.001 0.125 0.587 48 D 0.039 0.147 0.002 0.015 0.002 0.007 0.091 0.006 0.001 0.080 0.610 49 G 0.089 0.268 0.003 0.012 0.002 0.004 0.065 0.005 0.001 0.260 0.291 50 D 0.013 0.161 0.004 0.010 0.008 0.008 0.048 0.004 0.001 0.564 0.180 51 S 0.026 0.747 0.002 0.002 0.005 0.009 0.021 0.011 0.001 0.025 0.152 52 W 0.054 0.685 0.006 0.005 0.005 0.007 0.017 0.018 0.002 0.033 0.169 53 N 0.079 0.407 0.014 0.011 0.007 0.011 0.059 0.014 0.008 0.168 0.222 54 S 0.146 0.293 0.014 0.013 0.007 0.017 0.088 0.024 0.008 0.128 0.262 55 M 0.175 0.065 0.042 0.040 0.012 0.023 0.097 0.034 0.020 0.131 0.362 56 I 0.096 0.013 0.002 0.037 0.012 0.024 0.177 0.004 0.002 0.049 0.584 57 S 0.009 0.003 0.001 0.034 0.014 0.033 0.144 0.001 0.001 0.034 0.727 58 R 0.014 0.003 0.001 0.033 0.016 0.024 0.188 0.001 0.001 0.058 0.662 59 I 0.013 0.002 0.002 0.031 0.024 0.040 0.206 0.008 0.002 0.063 0.610 60 P 0.214 0.006 0.004 0.015 0.004 0.007 0.087 0.006 0.003 0.052 0.602 61 A 0.379 0.007 0.001 0.010 0.004 0.006 0.066 0.013 0.001 0.082 0.431 62 S 0.099 0.003 0.001 0.007 0.002 0.004 0.089 0.001 0.001 0.029 0.765 63 G 0.012 0.005 0.001 0.022 0.017 0.047 0.149 0.003 0.001 0.029 0.715 64 R 0.026 0.016 0.001 0.022 0.037 0.045 0.139 0.002 0.001 0.068 0.644 65 H 0.031 0.038 0.001 0.037 0.146 0.122 0.131 0.011 0.001 0.082 0.399 66 P 0.041 0.094 0.002 0.045 0.053 0.101 0.114 0.003 0.001 0.063 0.483 67 L 0.020 0.181 0.003 0.044 0.100 0.171 0.073 0.004 0.001 0.094 0.310 68 H 0.041 0.348 0.003 0.044 0.057 0.105 0.055 0.005 0.001 0.120 0.221 69 Y 0.038 0.233 0.009 0.053 0.116 0.161 0.060 0.004 0.004 0.120 0.203 70 E 0.036 0.123 0.005 0.053 0.134 0.264 0.064 0.005 0.002 0.120 0.195 71 L 0.033 0.162 0.004 0.063 0.111 0.179 0.073 0.005 0.001 0.117 0.252 72 A 0.007 0.022 0.002 0.074 0.124 0.198 0.050 0.001 0.001 0.435 0.086 73 H 0.004 0.039 0.003 0.136 0.138 0.333 0.036 0.002 0.001 0.201 0.108 74 L 0.013 0.006 0.006 0.137 0.180 0.188 0.053 0.002 0.002 0.156 0.257 75 I 0.006 0.005 0.003 0.189 0.249 0.236 0.047 0.001 0.001 0.056 0.207 76 T 0.028 0.008 0.002 0.049 0.073 0.133 0.086 0.002 0.002 0.081 0.536 77 V 0.073 0.004 0.003 0.040 0.081 0.091 0.128 0.019 0.003 0.109 0.449 78 P 0.110 0.012 0.003 0.039 0.012 0.029 0.146 0.005 0.003 0.070 0.570 79 D 0.105 0.013 0.003 0.046 0.024 0.048 0.125 0.005 0.002 0.074 0.555 80 A 0.051 0.005 0.003 0.049 0.043 0.066 0.127 0.004 0.001 0.091 0.559 81 S 0.036 0.006 0.002 0.068 0.024 0.048 0.154 0.005 0.001 0.061 0.595 82 S 0.094 0.008 0.001 0.061 0.045 0.066 0.126 0.007 0.001 0.102 0.491 83 R 0.065 0.003 0.001 0.023 0.017 0.018 0.143 0.002 0.001 0.040 0.687 84 G 0.003 0.001 0.001 0.023 0.018 0.052 0.210 0.005 0.001 0.023 0.666 85 N 0.083 0.029 0.001 0.042 0.011 0.017 0.149 0.002 0.001 0.089 0.577 86 T 0.056 0.059 0.004 0.032 0.023 0.031 0.161 0.008 0.001 0.140 0.485 87 P 0.066 0.193 0.002 0.013 0.006 0.012 0.108 0.005 0.001 0.075 0.521 88 T 0.076 0.286 0.003 0.018 0.009 0.013 0.068 0.006 0.001 0.320 0.199 89 N 0.038 0.569 0.003 0.008 0.006 0.010 0.043 0.007 0.001 0.158 0.157 90 A 0.057 0.643 0.005 0.006 0.012 0.024 0.026 0.010 0.001 0.075 0.141 91 H 0.036 0.698 0.005 0.008 0.015 0.023 0.024 0.008 0.001 0.044 0.137 92 S 0.131 0.476 0.013 0.010 0.023 0.037 0.050 0.013 0.006 0.054 0.188 93 I 0.151 0.271 0.033 0.027 0.033 0.053 0.067 0.030 0.014 0.048 0.274 94 Y 0.202 0.060 0.010 0.025 0.027 0.059 0.113 0.022 0.006 0.060 0.415 95 K 0.093 0.010 0.005 0.043 0.037 0.056 0.135 0.003 0.002 0.047 0.570 96 E 0.009 0.003 0.002 0.050 0.037 0.078 0.149 0.001 0.001 0.027 0.644 97 L 0.012 0.002 0.002 0.050 0.035 0.041 0.112 0.004 0.001 0.040 0.701 98 K 0.067 0.003 0.001 0.119 0.096 0.083 0.115 0.016 0.001 0.121 0.377 99 P 0.031 0.001 0.001 0.036 0.016 0.020 0.097 0.001 0.001 0.037 0.761 100 I 0.003 0.001 0.001 0.070 0.045 0.089 0.131 0.003 0.001 0.024 0.634 101 N 0.040 0.003 0.001 0.075 0.015 0.031 0.118 0.002 0.001 0.040 0.675 102 Y 0.087 0.004 0.002 0.066 0.029 0.048 0.134 0.008 0.001 0.116 0.505 103 P 0.075 0.012 0.002 0.031 0.008 0.016 0.116 0.002 0.001 0.066 0.671 104 E 0.076 0.006 0.003 0.016 0.015 0.022 0.151 0.003 0.002 0.056 0.652 105 D 0.071 0.004 0.001 0.016 0.019 0.025 0.156 0.006 0.001 0.076 0.625 106 T 0.218 0.006 0.001 0.015 0.014 0.024 0.133 0.004 0.001 0.085 0.498 107 K 0.047 0.002 0.002 0.028 0.011 0.022 0.165 0.002 0.001 0.042 0.678 108 N 0.009 0.002 0.001 0.034 0.022 0.026 0.179 0.002 0.001 0.021 0.704 109 V 0.005 0.004 0.001 0.220 0.053 0.040 0.149 0.001 0.001 0.043 0.484 110 H 0.001 0.003 0.001 0.659 0.055 0.060 0.038 0.001 0.001 0.048 0.137 111 F 0.001 0.001 0.001 0.729 0.075 0.071 0.011 0.001 0.001 0.055 0.058 112 V 0.001 0.001 0.001 0.858 0.049 0.030 0.007 0.001 0.001 0.015 0.040 113 L 0.001 0.001 0.001 0.876 0.031 0.038 0.008 0.001 0.001 0.018 0.028 114 F 0.024 0.002 0.001 0.643 0.024 0.058 0.038 0.001 0.001 0.111 0.098 115 A 0.021 0.011 0.002 0.386 0.023 0.053 0.131 0.001 0.003 0.105 0.264 116 E 0.046 0.180 0.003 0.043 0.024 0.037 0.154 0.005 0.003 0.061 0.443 117 Y 0.126 0.594 0.002 0.006 0.006 0.009 0.050 0.026 0.001 0.031 0.149 118 P 0.049 0.250 0.003 0.006 0.005 0.007 0.046 0.007 0.001 0.403 0.224 119 D 0.009 0.750 0.004 0.001 0.002 0.004 0.017 0.003 0.001 0.122 0.086 120 V 0.015 0.916 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.026 0.030 121 L 0.006 0.931 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.034 0.019 122 S 0.007 0.937 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.020 0.025 123 H 0.001 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.011 124 V 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.010 0.008 125 A 0.018 0.773 0.003 0.007 0.003 0.005 0.011 0.002 0.001 0.128 0.050 126 A 0.044 0.297 0.025 0.017 0.007 0.008 0.044 0.006 0.006 0.455 0.093 127 I 0.157 0.257 0.046 0.040 0.010 0.018 0.070 0.038 0.015 0.210 0.138 128 A 0.217 0.065 0.019 0.042 0.021 0.032 0.090 0.009 0.012 0.072 0.420 129 R 0.049 0.020 0.002 0.026 0.021 0.038 0.122 0.002 0.002 0.028 0.692 130 T 0.020 0.017 0.002 0.027 0.013 0.031 0.123 0.003 0.001 0.029 0.734 131 F 0.097 0.016 0.005 0.034 0.029 0.038 0.169 0.018 0.003 0.078 0.513 132 C 0.083 0.038 0.003 0.064 0.030 0.053 0.131 0.007 0.002 0.047 0.542 133 K 0.054 0.030 0.003 0.048 0.014 0.042 0.096 0.005 0.001 0.042 0.664 134 F 0.040 0.016 0.002 0.095 0.066 0.091 0.109 0.006 0.001 0.126 0.448 135 S 0.033 0.034 0.005 0.111 0.041 0.092 0.128 0.003 0.002 0.118 0.432 136 M 0.062 0.023 0.008 0.074 0.064 0.090 0.095 0.004 0.003 0.082 0.494 137 K 0.098 0.035 0.003 0.048 0.052 0.077 0.107 0.008 0.002 0.070 0.501 138 T 0.105 0.075 0.002 0.020 0.036 0.065 0.100 0.007 0.002 0.052 0.536 139 S 0.093 0.042 0.007 0.022 0.038 0.078 0.111 0.010 0.003 0.045 0.550 140 G 0.057 0.038 0.003 0.017 0.082 0.135 0.097 0.012 0.001 0.039 0.519 141 I 0.118 0.023 0.006 0.022 0.049 0.092 0.097 0.005 0.003 0.054 0.532 142 R 0.067 0.013 0.005 0.045 0.117 0.165 0.079 0.007 0.002 0.056 0.443 143 E 0.049 0.004 0.003 0.025 0.037 0.075 0.098 0.002 0.001 0.036 0.671 144 L 0.020 0.001 0.001 0.038 0.157 0.149 0.081 0.005 0.001 0.034 0.512 145 N 0.032 0.002 0.001 0.037 0.032 0.051 0.097 0.001 0.001 0.025 0.722 146 V 0.011 0.001 0.001 0.029 0.152 0.098 0.091 0.006 0.001 0.020 0.593 147 N 0.009 0.002 0.001 0.056 0.049 0.053 0.100 0.002 0.001 0.016 0.712 148 I 0.005 0.001 0.001 0.068 0.170 0.141 0.075 0.004 0.001 0.019 0.516 149 D 0.012 0.006 0.001 0.320 0.113 0.128 0.066 0.002 0.001 0.027 0.325 150 V 0.012 0.008 0.003 0.254 0.127 0.154 0.053 0.003 0.001 0.027 0.359 151 V 0.040 0.016 0.002 0.309 0.119 0.128 0.056 0.005 0.001 0.040 0.284 152 C 0.032 0.010 0.001 0.223 0.084 0.109 0.077 0.004 0.001 0.038 0.421 153 D 0.015 0.007 0.001 0.235 0.109 0.167 0.077 0.002 0.001 0.042 0.344 154 K 0.016 0.008 0.002 0.161 0.117 0.154 0.115 0.002 0.001 0.042 0.382 155 L 0.031 0.007 0.003 0.103 0.144 0.131 0.105 0.004 0.002 0.043 0.425 156 T 0.153 0.025 0.002 0.060 0.049 0.071 0.117 0.010 0.002 0.064 0.447 157 N 0.154 0.027 0.003 0.034 0.010 0.023 0.112 0.006 0.002 0.056 0.573 158 E 0.049 0.031 0.002 0.026 0.012 0.027 0.123 0.005 0.001 0.044 0.680 159 D 0.059 0.068 0.002 0.030 0.024 0.043 0.151 0.005 0.001 0.057 0.561 160 A 0.084 0.036 0.004 0.032 0.032 0.035 0.121 0.004 0.001 0.111 0.540 161 V 0.057 0.077 0.002 0.026 0.043 0.051 0.130 0.007 0.001 0.079 0.528 162 F 0.106 0.211 0.003 0.016 0.014 0.028 0.119 0.007 0.001 0.052 0.442 163 L 0.113 0.079 0.010 0.023 0.018 0.028 0.108 0.008 0.003 0.175 0.434 164 T 0.058 0.248 0.002 0.010 0.019 0.037 0.097 0.011 0.001 0.129 0.389 165 D 0.144 0.243 0.006 0.012 0.008 0.017 0.068 0.005 0.002 0.120 0.375 166 L 0.012 0.601 0.005 0.016 0.016 0.017 0.051 0.005 0.001 0.047 0.228 167 S 0.028 0.838 0.001 0.001 0.004 0.008 0.014 0.007 0.001 0.006 0.092 168 E 0.044 0.744 0.003 0.007 0.004 0.005 0.016 0.013 0.001 0.052 0.112 169 S 0.012 0.048 0.004 0.003 0.004 0.005 0.021 0.002 0.002 0.834 0.064 170 V 0.042 0.620 0.011 0.004 0.004 0.008 0.034 0.013 0.003 0.125 0.134 171 R 0.130 0.370 0.062 0.008 0.005 0.007 0.034 0.024 0.020 0.060 0.279 172 E 0.124 0.225 0.027 0.015 0.009 0.016 0.082 0.015 0.016 0.076 0.395 173 T 0.147 0.194 0.002 0.006 0.005 0.016 0.061 0.012 0.001 0.034 0.521 174 A 0.146 0.058 0.022 0.019 0.007 0.017 0.092 0.018 0.007 0.070 0.544 175 R 0.060 0.032 0.003 0.038 0.026 0.049 0.134 0.003 0.001 0.032 0.622 176 L 0.013 0.014 0.002 0.022 0.010 0.021 0.115 0.001 0.001 0.024 0.776 177 I 0.052 0.014 0.004 0.045 0.062 0.031 0.181 0.014 0.002 0.064 0.532