# TARGET T0318 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.54067 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.151 0.049 0.030 0.038 0.037 0.075 0.046 0.005 0.001 0.012 0.556 2 T 0.047 0.021 0.016 0.117 0.289 0.216 0.068 0.003 0.001 0.005 0.218 3 Q 0.030 0.013 0.011 0.122 0.149 0.286 0.067 0.001 0.001 0.005 0.316 4 V 0.005 0.008 0.002 0.180 0.342 0.385 0.018 0.001 0.001 0.001 0.059 5 L 0.004 0.008 0.001 0.241 0.222 0.373 0.032 0.001 0.001 0.001 0.118 6 V 0.004 0.009 0.001 0.180 0.259 0.388 0.029 0.001 0.001 0.001 0.128 7 R 0.009 0.011 0.001 0.198 0.169 0.376 0.055 0.001 0.001 0.004 0.177 8 N 0.011 0.008 0.001 0.055 0.072 0.175 0.146 0.002 0.001 0.007 0.524 9 G 0.080 0.008 0.003 0.039 0.053 0.061 0.152 0.003 0.001 0.027 0.573 10 I 0.156 0.026 0.030 0.035 0.045 0.061 0.193 0.001 0.001 0.023 0.428 11 Q 0.032 0.028 0.004 0.041 0.084 0.105 0.164 0.002 0.001 0.005 0.536 12 A 0.080 0.024 0.003 0.021 0.088 0.133 0.059 0.002 0.001 0.005 0.586 13 V 0.091 0.041 0.004 0.038 0.138 0.218 0.073 0.004 0.001 0.006 0.388 14 G 0.068 0.019 0.003 0.021 0.140 0.164 0.167 0.003 0.001 0.006 0.409 15 D 0.012 0.002 0.002 0.007 0.015 0.019 0.034 0.001 0.001 0.002 0.905 16 G 0.035 0.002 0.001 0.013 0.024 0.033 0.348 0.002 0.001 0.017 0.524 17 L 0.542 0.002 0.012 0.019 0.010 0.013 0.108 0.002 0.001 0.070 0.221 18 T 0.084 0.003 0.025 0.085 0.070 0.058 0.185 0.001 0.001 0.013 0.475 19 S 0.006 0.001 0.010 0.175 0.084 0.095 0.052 0.001 0.001 0.003 0.575 20 L 0.002 0.001 0.001 0.441 0.166 0.281 0.033 0.001 0.001 0.001 0.075 21 I 0.001 0.001 0.001 0.565 0.194 0.213 0.009 0.001 0.001 0.001 0.017 22 I 0.001 0.001 0.001 0.620 0.138 0.210 0.010 0.001 0.001 0.001 0.022 23 V 0.001 0.001 0.001 0.723 0.087 0.168 0.007 0.001 0.001 0.001 0.014 24 G 0.002 0.003 0.001 0.559 0.093 0.228 0.037 0.001 0.001 0.002 0.075 25 K 0.006 0.004 0.001 0.186 0.100 0.222 0.075 0.001 0.001 0.007 0.398 26 K 0.011 0.006 0.003 0.101 0.083 0.234 0.081 0.001 0.001 0.008 0.472 27 S 0.019 0.011 0.001 0.039 0.079 0.093 0.086 0.002 0.001 0.004 0.667 28 V 0.127 0.065 0.002 0.031 0.082 0.081 0.064 0.003 0.001 0.008 0.537 29 L 0.109 0.159 0.006 0.029 0.078 0.159 0.065 0.004 0.001 0.009 0.380 30 K 0.071 0.128 0.005 0.032 0.099 0.188 0.121 0.005 0.001 0.006 0.344 31 N 0.221 0.093 0.007 0.026 0.038 0.077 0.056 0.013 0.001 0.008 0.462 32 V 0.227 0.084 0.041 0.069 0.106 0.111 0.054 0.009 0.001 0.008 0.290 33 T 0.030 0.025 0.013 0.072 0.116 0.125 0.173 0.003 0.001 0.004 0.438 34 F 0.013 0.010 0.011 0.048 0.061 0.096 0.052 0.001 0.001 0.002 0.707 35 E 0.024 0.021 0.002 0.078 0.048 0.130 0.249 0.001 0.001 0.006 0.440 36 G 0.112 0.021 0.003 0.025 0.018 0.032 0.204 0.002 0.001 0.019 0.564 37 K 0.160 0.081 0.012 0.041 0.020 0.030 0.170 0.002 0.001 0.010 0.473 38 F 0.036 0.076 0.005 0.035 0.022 0.050 0.139 0.001 0.001 0.005 0.631 39 K 0.047 0.144 0.001 0.026 0.025 0.037 0.076 0.002 0.001 0.004 0.638 40 E 0.087 0.230 0.002 0.006 0.011 0.017 0.065 0.002 0.001 0.003 0.578 41 V 0.086 0.545 0.005 0.005 0.015 0.029 0.032 0.002 0.001 0.002 0.279 42 A 0.059 0.608 0.003 0.010 0.024 0.101 0.028 0.005 0.001 0.003 0.157 43 Q 0.044 0.684 0.003 0.008 0.014 0.049 0.010 0.008 0.001 0.001 0.179 44 K 0.095 0.651 0.002 0.005 0.010 0.010 0.004 0.018 0.001 0.001 0.206 45 F 0.117 0.699 0.007 0.006 0.009 0.011 0.008 0.018 0.001 0.001 0.123 46 V 0.073 0.576 0.021 0.017 0.026 0.061 0.025 0.018 0.001 0.002 0.182 47 T 0.052 0.426 0.019 0.017 0.016 0.041 0.049 0.014 0.001 0.001 0.365 48 D 0.190 0.312 0.008 0.011 0.009 0.014 0.042 0.016 0.001 0.003 0.396 49 G 0.305 0.220 0.022 0.007 0.006 0.007 0.100 0.013 0.001 0.009 0.310 50 D 0.102 0.199 0.033 0.008 0.007 0.009 0.212 0.006 0.001 0.010 0.413 51 S 0.038 0.200 0.009 0.007 0.007 0.011 0.176 0.004 0.001 0.007 0.540 52 W 0.059 0.337 0.003 0.007 0.017 0.024 0.199 0.006 0.001 0.013 0.334 53 N 0.074 0.507 0.003 0.009 0.028 0.038 0.141 0.013 0.001 0.010 0.176 54 S 0.073 0.695 0.007 0.010 0.031 0.044 0.029 0.013 0.001 0.005 0.095 55 M 0.075 0.698 0.006 0.012 0.036 0.047 0.012 0.016 0.001 0.002 0.096 56 I 0.107 0.471 0.011 0.022 0.063 0.073 0.016 0.045 0.001 0.002 0.191 57 S 0.134 0.236 0.030 0.061 0.070 0.101 0.025 0.079 0.001 0.003 0.260 58 R 0.159 0.062 0.047 0.048 0.055 0.085 0.059 0.062 0.001 0.005 0.416 59 I 0.083 0.010 0.044 0.049 0.045 0.062 0.037 0.010 0.001 0.003 0.656 60 P 0.007 0.001 0.003 0.017 0.017 0.022 0.051 0.001 0.001 0.001 0.881 61 A 0.006 0.001 0.001 0.012 0.006 0.008 0.032 0.001 0.001 0.001 0.933 62 S 0.068 0.002 0.001 0.019 0.007 0.013 0.271 0.001 0.001 0.012 0.607 63 G 0.483 0.004 0.001 0.012 0.002 0.003 0.163 0.001 0.001 0.020 0.312 64 R 0.343 0.015 0.011 0.035 0.005 0.009 0.195 0.001 0.001 0.014 0.372 65 H 0.062 0.012 0.005 0.067 0.023 0.044 0.382 0.001 0.001 0.004 0.399 66 P 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.973 67 L 0.012 0.018 0.001 0.035 0.038 0.073 0.144 0.001 0.001 0.002 0.677 68 H 0.055 0.071 0.001 0.012 0.017 0.028 0.158 0.001 0.001 0.004 0.653 69 Y 0.050 0.603 0.001 0.017 0.022 0.027 0.040 0.001 0.001 0.002 0.237 70 E 0.018 0.740 0.002 0.005 0.004 0.014 0.045 0.001 0.001 0.002 0.170 71 L 0.054 0.741 0.001 0.010 0.009 0.022 0.033 0.017 0.001 0.003 0.110 72 A 0.061 0.867 0.004 0.004 0.003 0.007 0.006 0.007 0.001 0.001 0.040 73 H 0.011 0.929 0.004 0.003 0.003 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.038 74 L 0.016 0.869 0.001 0.005 0.008 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 0.078 75 I 0.112 0.782 0.003 0.008 0.007 0.013 0.010 0.035 0.001 0.003 0.029 76 T 0.109 0.622 0.096 0.009 0.004 0.019 0.023 0.032 0.001 0.002 0.085 77 V 0.133 0.357 0.055 0.046 0.027 0.027 0.015 0.027 0.001 0.001 0.313 78 P 0.005 0.007 0.004 0.009 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.966 79 D 0.031 0.010 0.007 0.031 0.013 0.046 0.117 0.003 0.001 0.003 0.739 80 A 0.325 0.018 0.004 0.022 0.005 0.005 0.023 0.004 0.001 0.001 0.593 81 S 0.243 0.124 0.003 0.092 0.021 0.041 0.071 0.004 0.001 0.006 0.395 82 S 0.094 0.049 0.005 0.065 0.036 0.061 0.191 0.001 0.001 0.004 0.492 83 R 0.068 0.067 0.003 0.036 0.013 0.021 0.067 0.002 0.001 0.002 0.722 84 G 0.106 0.095 0.006 0.032 0.015 0.032 0.106 0.003 0.001 0.007 0.598 85 N 0.149 0.045 0.006 0.012 0.014 0.020 0.276 0.006 0.001 0.018 0.454 86 T 0.231 0.077 0.020 0.013 0.007 0.013 0.161 0.003 0.001 0.007 0.469 87 P 0.012 0.017 0.003 0.004 0.002 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.940 88 T 0.054 0.049 0.002 0.010 0.007 0.020 0.329 0.002 0.001 0.018 0.508 89 N 0.149 0.155 0.003 0.005 0.007 0.010 0.145 0.004 0.001 0.006 0.515 90 A 0.047 0.790 0.001 0.006 0.007 0.008 0.023 0.002 0.001 0.001 0.114 91 H 0.024 0.783 0.001 0.005 0.008 0.016 0.038 0.004 0.001 0.003 0.118 92 S 0.050 0.800 0.003 0.004 0.008 0.012 0.022 0.009 0.001 0.001 0.092 93 I 0.051 0.892 0.004 0.003 0.005 0.009 0.004 0.007 0.001 0.001 0.024 94 Y 0.022 0.889 0.004 0.008 0.009 0.022 0.003 0.010 0.001 0.001 0.033 95 K 0.031 0.650 0.005 0.008 0.013 0.012 0.004 0.022 0.001 0.001 0.255 96 E 0.161 0.533 0.007 0.010 0.013 0.025 0.014 0.047 0.001 0.002 0.189 97 L 0.270 0.348 0.041 0.017 0.020 0.039 0.025 0.043 0.001 0.004 0.193 98 K 0.134 0.273 0.051 0.056 0.051 0.059 0.044 0.015 0.001 0.002 0.313 99 P 0.021 0.029 0.008 0.019 0.014 0.025 0.014 0.004 0.001 0.001 0.865 100 I 0.096 0.037 0.006 0.063 0.056 0.102 0.057 0.007 0.001 0.003 0.573 101 N 0.172 0.038 0.013 0.053 0.033 0.075 0.066 0.007 0.001 0.006 0.537 102 Y 0.050 0.018 0.010 0.037 0.050 0.081 0.068 0.002 0.001 0.002 0.682 103 P 0.005 0.001 0.001 0.005 0.006 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.963 104 E 0.054 0.003 0.002 0.032 0.056 0.109 0.162 0.001 0.001 0.008 0.574 105 D 0.141 0.008 0.001 0.018 0.045 0.040 0.154 0.002 0.001 0.008 0.582 106 T 0.133 0.033 0.001 0.034 0.059 0.055 0.168 0.002 0.001 0.012 0.503 107 K 0.104 0.025 0.002 0.028 0.050 0.065 0.337 0.003 0.001 0.026 0.361 108 N 0.193 0.015 0.003 0.020 0.035 0.037 0.271 0.005 0.001 0.036 0.384 109 V 0.212 0.007 0.034 0.053 0.050 0.051 0.120 0.003 0.001 0.031 0.438 110 H 0.034 0.001 0.038 0.133 0.197 0.155 0.142 0.001 0.001 0.011 0.290 111 F 0.002 0.001 0.010 0.352 0.241 0.255 0.027 0.001 0.001 0.001 0.113 112 V 0.001 0.001 0.001 0.425 0.233 0.321 0.009 0.001 0.001 0.001 0.012 113 L 0.001 0.001 0.001 0.712 0.138 0.140 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 114 F 0.001 0.001 0.001 0.810 0.065 0.095 0.006 0.001 0.001 0.001 0.023 115 A 0.001 0.001 0.001 0.835 0.040 0.095 0.008 0.001 0.001 0.001 0.022 116 E 0.002 0.001 0.001 0.532 0.043 0.167 0.064 0.001 0.001 0.003 0.188 117 Y 0.007 0.001 0.001 0.122 0.030 0.100 0.074 0.001 0.001 0.004 0.661 118 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.972 119 D 0.009 0.002 0.001 0.005 0.003 0.003 0.069 0.001 0.001 0.001 0.908 120 V 0.238 0.073 0.001 0.004 0.003 0.004 0.045 0.001 0.001 0.002 0.631 121 L 0.081 0.675 0.001 0.006 0.003 0.012 0.038 0.001 0.001 0.001 0.181 122 S 0.040 0.690 0.001 0.002 0.001 0.008 0.017 0.001 0.001 0.001 0.239 123 H 0.042 0.877 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.071 124 V 0.021 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.049 125 A 0.012 0.959 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 126 A 0.014 0.934 0.003 0.001 0.004 0.007 0.004 0.005 0.001 0.001 0.028 127 I 0.013 0.943 0.002 0.003 0.005 0.008 0.002 0.006 0.001 0.001 0.018 128 A 0.029 0.895 0.003 0.007 0.008 0.008 0.003 0.010 0.001 0.001 0.037 129 R 0.037 0.818 0.017 0.013 0.012 0.021 0.014 0.015 0.001 0.001 0.051 130 T 0.145 0.424 0.048 0.019 0.017 0.032 0.020 0.042 0.001 0.003 0.252 131 F 0.143 0.337 0.067 0.054 0.055 0.083 0.052 0.027 0.001 0.005 0.177 132 C 0.078 0.099 0.032 0.027 0.021 0.054 0.037 0.010 0.001 0.005 0.637 133 K 0.038 0.080 0.029 0.046 0.056 0.070 0.031 0.006 0.001 0.001 0.643 134 F 0.077 0.071 0.004 0.053 0.071 0.109 0.057 0.006 0.001 0.005 0.547 135 S 0.109 0.084 0.009 0.046 0.081 0.133 0.079 0.005 0.001 0.004 0.450 136 M 0.046 0.074 0.005 0.055 0.091 0.134 0.067 0.004 0.001 0.003 0.522 137 K 0.079 0.058 0.005 0.030 0.051 0.087 0.165 0.003 0.001 0.008 0.514 138 T 0.117 0.075 0.007 0.029 0.038 0.063 0.181 0.005 0.001 0.012 0.473 139 S 0.098 0.103 0.010 0.030 0.039 0.046 0.150 0.004 0.001 0.011 0.509 140 G 0.105 0.075 0.008 0.012 0.027 0.038 0.234 0.003 0.001 0.016 0.482 141 I 0.138 0.118 0.011 0.021 0.040 0.075 0.142 0.004 0.001 0.012 0.438 142 R 0.081 0.128 0.007 0.016 0.043 0.050 0.087 0.004 0.001 0.005 0.580 143 E 0.083 0.124 0.006 0.011 0.049 0.076 0.103 0.004 0.001 0.008 0.537 144 L 0.123 0.155 0.008 0.019 0.070 0.136 0.063 0.007 0.001 0.007 0.414 145 N 0.108 0.132 0.006 0.023 0.073 0.104 0.080 0.010 0.001 0.006 0.458 146 V 0.095 0.089 0.012 0.020 0.051 0.091 0.052 0.006 0.001 0.006 0.578 147 N 0.096 0.059 0.008 0.037 0.072 0.101 0.077 0.011 0.001 0.006 0.534 148 I 0.137 0.044 0.025 0.064 0.077 0.096 0.068 0.004 0.001 0.010 0.476 149 D 0.044 0.030 0.010 0.095 0.128 0.177 0.121 0.003 0.001 0.005 0.388 150 V 0.034 0.023 0.011 0.134 0.166 0.238 0.059 0.001 0.001 0.005 0.330 151 V 0.009 0.022 0.002 0.189 0.193 0.410 0.052 0.001 0.001 0.003 0.118 152 C 0.012 0.025 0.002 0.133 0.202 0.411 0.037 0.001 0.001 0.004 0.174 153 D 0.013 0.031 0.001 0.179 0.236 0.367 0.023 0.002 0.001 0.002 0.144 154 K 0.024 0.028 0.003 0.096 0.209 0.316 0.037 0.004 0.001 0.004 0.279 155 L 0.027 0.019 0.005 0.084 0.299 0.365 0.036 0.004 0.001 0.004 0.156 156 T 0.018 0.015 0.004 0.066 0.241 0.353 0.081 0.004 0.001 0.004 0.213 157 N 0.029 0.012 0.005 0.050 0.128 0.171 0.123 0.003 0.001 0.006 0.473 158 E 0.031 0.010 0.004 0.025 0.043 0.065 0.248 0.002 0.001 0.015 0.557 159 D 0.084 0.011 0.004 0.011 0.016 0.022 0.467 0.002 0.001 0.034 0.348 160 A 0.230 0.035 0.010 0.018 0.013 0.017 0.280 0.002 0.001 0.045 0.349 161 V 0.152 0.061 0.009 0.019 0.025 0.027 0.308 0.002 0.001 0.022 0.377 162 F 0.047 0.039 0.009 0.009 0.020 0.041 0.132 0.001 0.001 0.007 0.695 163 L 0.043 0.070 0.004 0.026 0.110 0.262 0.083 0.002 0.001 0.005 0.396 164 T 0.071 0.095 0.002 0.012 0.047 0.109 0.079 0.003 0.001 0.004 0.577 165 D 0.090 0.144 0.003 0.012 0.065 0.093 0.052 0.006 0.001 0.004 0.531 166 L 0.124 0.179 0.008 0.013 0.033 0.058 0.130 0.006 0.001 0.008 0.441 167 S 0.097 0.220 0.011 0.020 0.020 0.043 0.201 0.010 0.001 0.010 0.367 168 E 0.061 0.269 0.009 0.016 0.013 0.017 0.093 0.006 0.001 0.006 0.509 169 S 0.067 0.259 0.007 0.006 0.011 0.013 0.264 0.004 0.001 0.010 0.360 170 V 0.070 0.530 0.009 0.008 0.012 0.022 0.108 0.005 0.001 0.005 0.232 171 R 0.030 0.768 0.003 0.009 0.017 0.025 0.024 0.005 0.001 0.002 0.115 172 E 0.036 0.736 0.003 0.002 0.008 0.016 0.027 0.006 0.001 0.003 0.164 173 T 0.080 0.771 0.003 0.003 0.011 0.015 0.007 0.017 0.001 0.001 0.091 174 A 0.082 0.764 0.009 0.004 0.008 0.009 0.006 0.016 0.001 0.001 0.100 175 R 0.071 0.616 0.020 0.011 0.030 0.039 0.032 0.031 0.001 0.005 0.147 176 L 0.161 0.405 0.045 0.019 0.028 0.050 0.030 0.034 0.001 0.004 0.224 177 I 0.111 0.408 0.039 0.062 0.057 0.077 0.037 0.022 0.001 0.003 0.183