# TARGET T0318 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 T 0.492 0.017 0.001 0.014 0.004 0.004 0.467 3 Q 0.846 0.006 0.002 0.011 0.031 0.005 0.099 4 V 0.939 0.002 0.002 0.006 0.003 0.003 0.045 5 L 0.935 0.002 0.003 0.007 0.007 0.003 0.043 6 V 0.864 0.010 0.005 0.008 0.016 0.006 0.091 7 R 0.509 0.007 0.020 0.013 0.056 0.021 0.373 8 N 0.164 0.006 0.104 0.047 0.193 0.201 0.284 9 G 0.048 0.019 0.120 0.083 0.227 0.262 0.241 10 I 0.055 0.024 0.157 0.092 0.207 0.150 0.315 11 Q 0.073 0.014 0.138 0.096 0.210 0.182 0.288 12 A 0.073 0.022 0.121 0.129 0.144 0.274 0.238 13 V 0.063 0.042 0.043 0.093 0.296 0.100 0.364 14 G 0.028 0.016 0.024 0.017 0.263 0.071 0.582 15 D 0.008 0.007 0.062 0.013 0.180 0.634 0.096 16 G 0.014 0.019 0.084 0.008 0.095 0.669 0.110 17 L 0.050 0.022 0.018 0.006 0.182 0.064 0.659 18 T 0.096 0.003 0.001 0.002 0.607 0.007 0.284 19 S 0.565 0.013 0.002 0.003 0.136 0.012 0.269 20 L 0.937 0.008 0.001 0.002 0.002 0.002 0.049 21 I 0.986 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.007 22 I 0.979 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.013 23 V 0.837 0.002 0.001 0.006 0.014 0.005 0.134 24 G 0.475 0.010 0.008 0.020 0.149 0.027 0.310 25 K 0.229 0.032 0.023 0.026 0.192 0.046 0.452 26 K 0.098 0.022 0.218 0.108 0.137 0.130 0.287 27 S 0.045 0.005 0.256 0.167 0.179 0.255 0.092 28 V 0.031 0.008 0.352 0.200 0.061 0.234 0.114 29 L 0.033 0.015 0.288 0.189 0.118 0.163 0.194 30 K 0.078 0.006 0.162 0.133 0.164 0.305 0.152 31 N 0.116 0.014 0.081 0.090 0.162 0.278 0.260 32 V 0.114 0.031 0.005 0.027 0.280 0.016 0.528 33 T 0.095 0.023 0.001 0.007 0.033 0.006 0.835 34 F 0.017 0.006 0.107 0.712 0.029 0.060 0.069 35 E 0.007 0.002 0.135 0.724 0.036 0.063 0.033 36 G 0.006 0.001 0.196 0.680 0.021 0.069 0.026 37 K 0.010 0.005 0.067 0.780 0.022 0.065 0.052 38 F 0.016 0.010 0.051 0.667 0.031 0.155 0.070 39 K 0.014 0.001 0.065 0.586 0.035 0.255 0.045 40 E 0.018 0.007 0.058 0.550 0.075 0.218 0.074 41 V 0.039 0.033 0.040 0.520 0.123 0.097 0.148 42 A 0.037 0.013 0.031 0.341 0.121 0.106 0.350 43 Q 0.014 0.002 0.052 0.480 0.094 0.115 0.243 44 K 0.038 0.014 0.100 0.503 0.038 0.179 0.129 45 F 0.105 0.052 0.051 0.388 0.106 0.084 0.215 46 V 0.072 0.008 0.027 0.394 0.078 0.050 0.371 47 T 0.016 0.002 0.023 0.737 0.061 0.077 0.083 48 D 0.012 0.003 0.017 0.835 0.027 0.060 0.045 49 G 0.008 0.003 0.010 0.880 0.021 0.044 0.033 50 D 0.012 0.001 0.008 0.899 0.021 0.026 0.033 51 S 0.026 0.001 0.010 0.906 0.015 0.017 0.024 52 W 0.013 0.001 0.009 0.943 0.011 0.014 0.010 53 N 0.017 0.001 0.012 0.933 0.007 0.017 0.012 54 S 0.017 0.001 0.021 0.892 0.011 0.042 0.016 55 M 0.023 0.002 0.028 0.801 0.015 0.118 0.014 56 I 0.017 0.002 0.019 0.766 0.032 0.129 0.035 57 S 0.036 0.010 0.013 0.475 0.148 0.184 0.133 58 R 0.036 0.009 0.004 0.030 0.261 0.059 0.603 59 I 0.043 0.033 0.005 0.011 0.200 0.027 0.681 60 P 0.041 0.034 0.008 0.008 0.100 0.028 0.780 61 A 0.016 0.009 0.075 0.033 0.188 0.361 0.319 62 S 0.013 0.006 0.057 0.029 0.294 0.374 0.228 63 G 0.012 0.009 0.076 0.072 0.420 0.225 0.186 64 R 0.029 0.019 0.046 0.140 0.255 0.166 0.345 65 H 0.082 0.032 0.051 0.264 0.142 0.063 0.367 66 P 0.146 0.016 0.041 0.479 0.054 0.047 0.218 67 L 0.125 0.010 0.044 0.648 0.023 0.043 0.107 68 H 0.086 0.013 0.028 0.734 0.025 0.047 0.067 69 Y 0.061 0.008 0.029 0.738 0.020 0.038 0.106 70 E 0.061 0.003 0.022 0.777 0.029 0.034 0.073 71 L 0.054 0.001 0.014 0.863 0.020 0.021 0.026 72 A 0.025 0.002 0.014 0.917 0.014 0.014 0.014 73 H 0.015 0.001 0.018 0.934 0.009 0.015 0.009 74 L 0.009 0.001 0.046 0.896 0.006 0.032 0.009 75 I 0.010 0.001 0.060 0.712 0.016 0.189 0.012 76 T 0.013 0.006 0.057 0.436 0.043 0.402 0.043 77 V 0.023 0.019 0.014 0.080 0.313 0.054 0.497 78 P 0.030 0.009 0.127 0.135 0.107 0.121 0.471 79 D 0.049 0.009 0.190 0.124 0.133 0.211 0.285 80 A 0.073 0.027 0.284 0.132 0.090 0.169 0.225 81 S 0.106 0.062 0.087 0.109 0.225 0.078 0.333 82 S 0.064 0.027 0.036 0.077 0.237 0.115 0.444 83 R 0.021 0.012 0.051 0.094 0.253 0.274 0.296 84 G 0.010 0.011 0.040 0.091 0.276 0.277 0.296 85 N 0.010 0.015 0.024 0.063 0.373 0.119 0.396 86 T 0.004 0.009 0.020 0.088 0.199 0.084 0.596 87 P 0.002 0.004 0.070 0.482 0.176 0.110 0.157 88 T 0.002 0.003 0.098 0.551 0.081 0.163 0.101 89 N 0.001 0.001 0.098 0.738 0.024 0.113 0.024 90 A 0.004 0.002 0.057 0.837 0.011 0.055 0.034 91 H 0.007 0.002 0.049 0.837 0.028 0.049 0.027 92 S 0.017 0.002 0.025 0.898 0.010 0.028 0.019 93 I 0.010 0.002 0.022 0.921 0.007 0.023 0.014 94 Y 0.018 0.002 0.018 0.922 0.007 0.021 0.013 95 K 0.023 0.001 0.021 0.897 0.007 0.038 0.012 96 E 0.016 0.001 0.023 0.862 0.013 0.074 0.011 97 L 0.035 0.009 0.014 0.828 0.023 0.063 0.030 98 K 0.064 0.011 0.025 0.620 0.067 0.131 0.081 99 P 0.131 0.014 0.036 0.294 0.141 0.230 0.155 100 I 0.139 0.026 0.040 0.119 0.157 0.250 0.268 101 N 0.097 0.042 0.014 0.038 0.314 0.128 0.368 102 Y 0.042 0.022 0.010 0.013 0.294 0.067 0.551 103 P 0.030 0.023 0.040 0.027 0.325 0.130 0.424 104 E 0.027 0.015 0.123 0.030 0.203 0.225 0.377 105 D 0.032 0.015 0.146 0.023 0.176 0.356 0.253 106 T 0.096 0.035 0.082 0.017 0.258 0.176 0.336 107 K 0.142 0.028 0.031 0.008 0.296 0.111 0.384 108 N 0.272 0.018 0.016 0.004 0.276 0.071 0.343 109 V 0.594 0.010 0.005 0.001 0.119 0.011 0.260 110 H 0.890 0.004 0.001 0.001 0.013 0.003 0.088 111 F 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.016 112 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 113 L 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 114 F 0.939 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.047 115 A 0.674 0.013 0.005 0.003 0.046 0.016 0.242 116 E 0.309 0.021 0.007 0.007 0.231 0.032 0.394 117 Y 0.063 0.008 0.068 0.073 0.220 0.103 0.465 118 P 0.006 0.002 0.178 0.450 0.103 0.216 0.045 119 D 0.003 0.001 0.139 0.607 0.042 0.173 0.034 120 V 0.004 0.001 0.022 0.921 0.015 0.019 0.017 121 L 0.002 0.001 0.003 0.970 0.004 0.008 0.013 122 S 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.005 0.003 123 H 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.007 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 125 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 126 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 127 I 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.006 0.001 128 A 0.001 0.001 0.007 0.980 0.001 0.010 0.001 129 R 0.001 0.001 0.010 0.942 0.002 0.045 0.001 130 T 0.001 0.001 0.018 0.883 0.005 0.089 0.004 131 F 0.002 0.004 0.028 0.778 0.091 0.047 0.050 132 C 0.005 0.003 0.063 0.502 0.081 0.200 0.145 133 K 0.007 0.003 0.080 0.478 0.034 0.352 0.046 134 F 0.019 0.008 0.079 0.471 0.080 0.260 0.083 135 S 0.062 0.018 0.047 0.396 0.157 0.129 0.192 136 M 0.081 0.015 0.041 0.231 0.211 0.141 0.281 137 K 0.072 0.024 0.054 0.169 0.199 0.210 0.273 138 T 0.061 0.023 0.042 0.151 0.151 0.258 0.315 139 S 0.035 0.017 0.062 0.100 0.184 0.258 0.343 140 G 0.053 0.014 0.084 0.104 0.186 0.250 0.308 141 I 0.078 0.018 0.099 0.100 0.157 0.225 0.324 142 R 0.125 0.027 0.073 0.098 0.185 0.105 0.387 143 E 0.198 0.035 0.062 0.094 0.108 0.095 0.408 144 L 0.206 0.033 0.047 0.066 0.149 0.108 0.392 145 N 0.153 0.011 0.019 0.020 0.237 0.083 0.478 146 V 0.166 0.014 0.007 0.012 0.316 0.032 0.452 147 N 0.357 0.025 0.004 0.004 0.117 0.018 0.474 148 I 0.570 0.011 0.002 0.002 0.062 0.004 0.348 149 D 0.737 0.006 0.002 0.002 0.075 0.003 0.175 150 V 0.925 0.005 0.002 0.002 0.009 0.003 0.054 151 V 0.965 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.019 152 C 0.956 0.002 0.002 0.003 0.006 0.003 0.028 153 D 0.901 0.002 0.003 0.004 0.017 0.006 0.068 154 K 0.862 0.010 0.003 0.004 0.020 0.006 0.094 155 L 0.745 0.017 0.005 0.008 0.052 0.018 0.155 156 T 0.528 0.030 0.006 0.009 0.132 0.040 0.255 157 N 0.206 0.017 0.014 0.012 0.252 0.089 0.410 158 E 0.062 0.009 0.027 0.015 0.383 0.235 0.269 159 D 0.037 0.014 0.035 0.022 0.332 0.235 0.327 160 A 0.026 0.013 0.058 0.078 0.329 0.145 0.351 161 V 0.022 0.010 0.047 0.207 0.279 0.132 0.303 162 F 0.035 0.013 0.073 0.418 0.103 0.168 0.190 163 L 0.042 0.015 0.044 0.557 0.082 0.078 0.184 164 T 0.056 0.012 0.020 0.631 0.072 0.030 0.178 165 D 0.016 0.004 0.025 0.872 0.015 0.028 0.040 166 L 0.005 0.002 0.019 0.892 0.019 0.032 0.031 167 S 0.004 0.001 0.007 0.946 0.010 0.015 0.016 168 E 0.002 0.001 0.003 0.975 0.006 0.008 0.006 169 S 0.002 0.001 0.003 0.982 0.002 0.008 0.003 170 V 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.008 0.002 171 R 0.003 0.001 0.004 0.980 0.003 0.007 0.003 172 E 0.007 0.001 0.006 0.967 0.004 0.013 0.003 173 T 0.006 0.001 0.010 0.906 0.007 0.064 0.007 174 A 0.022 0.003 0.021 0.798 0.025 0.075 0.057 175 R 0.035 0.002 0.059 0.706 0.020 0.119 0.058 176 L 0.023 0.004 0.053 0.489 0.003 0.217 0.210 177 I 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.982