# TARGET T0318 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.54067 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.135 0.358 0.211 0.101 0.105 0.024 0.035 0.009 0.019 0.003 0.001 2 T 0.054 0.622 0.198 0.022 0.073 0.013 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 3 Q 0.035 0.663 0.239 0.006 0.024 0.020 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 4 V 0.025 0.777 0.131 0.004 0.021 0.020 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 5 L 0.023 0.680 0.223 0.002 0.011 0.042 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 6 V 0.050 0.721 0.123 0.012 0.027 0.035 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 7 R 0.147 0.438 0.291 0.022 0.035 0.032 0.006 0.001 0.025 0.003 0.001 8 N 0.264 0.092 0.190 0.161 0.082 0.017 0.146 0.020 0.014 0.011 0.001 9 G 0.176 0.025 0.077 0.040 0.114 0.005 0.094 0.300 0.004 0.166 0.001 10 I 0.446 0.187 0.237 0.070 0.020 0.024 0.003 0.001 0.008 0.001 0.002 11 Q 0.500 0.211 0.129 0.067 0.044 0.017 0.009 0.002 0.015 0.004 0.001 12 A 0.386 0.158 0.273 0.073 0.033 0.041 0.012 0.003 0.017 0.001 0.002 13 V 0.324 0.177 0.183 0.256 0.019 0.015 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 14 G 0.117 0.035 0.115 0.023 0.148 0.005 0.037 0.108 0.010 0.401 0.001 15 D 0.344 0.032 0.327 0.255 0.013 0.011 0.008 0.001 0.004 0.002 0.004 16 G 0.045 0.006 0.030 0.077 0.030 0.003 0.078 0.674 0.002 0.057 0.001 17 L 0.039 0.241 0.546 0.079 0.023 0.047 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 18 T 0.010 0.711 0.182 0.008 0.055 0.007 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 19 S 0.013 0.232 0.692 0.003 0.012 0.035 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 20 L 0.003 0.789 0.155 0.002 0.024 0.013 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 21 I 0.002 0.869 0.090 0.001 0.012 0.012 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 22 I 0.005 0.650 0.246 0.001 0.004 0.066 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 23 V 0.011 0.552 0.233 0.014 0.013 0.083 0.004 0.001 0.089 0.001 0.001 24 G 0.013 0.030 0.130 0.004 0.423 0.011 0.033 0.078 0.005 0.272 0.001 25 K 0.467 0.136 0.151 0.095 0.032 0.079 0.010 0.002 0.022 0.004 0.003 26 K 0.613 0.067 0.155 0.101 0.009 0.030 0.008 0.002 0.011 0.002 0.001 27 S 0.800 0.016 0.050 0.085 0.009 0.008 0.020 0.006 0.004 0.001 0.001 28 V 0.751 0.054 0.038 0.106 0.017 0.014 0.008 0.003 0.008 0.001 0.001 29 L 0.486 0.109 0.163 0.181 0.008 0.034 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 30 K 0.683 0.074 0.129 0.089 0.011 0.006 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 31 N 0.058 0.007 0.019 0.535 0.006 0.022 0.296 0.032 0.024 0.001 0.001 32 V 0.006 0.168 0.754 0.010 0.004 0.042 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 33 T 0.029 0.295 0.505 0.027 0.025 0.093 0.006 0.001 0.015 0.003 0.001 34 F 0.419 0.191 0.089 0.162 0.033 0.022 0.020 0.015 0.032 0.015 0.001 35 E 0.529 0.065 0.164 0.158 0.013 0.013 0.030 0.006 0.019 0.004 0.001 36 G 0.322 0.009 0.059 0.090 0.043 0.007 0.127 0.284 0.002 0.056 0.001 37 K 0.627 0.084 0.125 0.128 0.009 0.014 0.005 0.001 0.005 0.002 0.001 38 F 0.386 0.136 0.318 0.061 0.026 0.029 0.017 0.007 0.014 0.005 0.001 39 K 0.728 0.059 0.079 0.053 0.016 0.017 0.035 0.004 0.007 0.001 0.001 40 E 0.744 0.089 0.101 0.035 0.013 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 41 V 0.616 0.175 0.076 0.101 0.010 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 42 A 0.519 0.125 0.249 0.014 0.031 0.013 0.015 0.003 0.024 0.006 0.001 43 Q 0.575 0.045 0.307 0.031 0.010 0.016 0.003 0.001 0.003 0.001 0.007 44 K 0.478 0.166 0.206 0.091 0.020 0.015 0.006 0.002 0.013 0.001 0.001 45 F 0.265 0.243 0.315 0.054 0.021 0.068 0.007 0.002 0.024 0.001 0.001 46 V 0.373 0.298 0.137 0.096 0.039 0.035 0.003 0.001 0.016 0.002 0.001 47 T 0.404 0.238 0.104 0.104 0.093 0.014 0.011 0.004 0.018 0.011 0.001 48 D 0.283 0.091 0.212 0.257 0.049 0.026 0.037 0.005 0.032 0.004 0.003 49 G 0.173 0.021 0.097 0.045 0.088 0.005 0.045 0.350 0.005 0.170 0.001 50 D 0.278 0.094 0.287 0.165 0.044 0.065 0.025 0.008 0.023 0.009 0.002 51 S 0.457 0.132 0.149 0.154 0.048 0.024 0.011 0.010 0.009 0.006 0.001 52 W 0.509 0.160 0.108 0.119 0.047 0.019 0.015 0.005 0.013 0.004 0.001 53 N 0.386 0.203 0.137 0.122 0.047 0.045 0.025 0.003 0.029 0.002 0.001 54 S 0.385 0.251 0.147 0.107 0.070 0.017 0.008 0.003 0.009 0.002 0.001 55 M 0.311 0.256 0.153 0.087 0.128 0.015 0.016 0.012 0.015 0.008 0.001 56 I 0.316 0.300 0.188 0.106 0.036 0.022 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 57 S 0.309 0.178 0.223 0.185 0.037 0.030 0.017 0.004 0.012 0.006 0.001 58 R 0.073 0.235 0.205 0.126 0.063 0.056 0.136 0.006 0.093 0.005 0.001 59 I 0.037 0.201 0.677 0.003 0.010 0.021 0.003 0.001 0.045 0.001 0.002 60 P 0.037 0.012 0.890 0.002 0.001 0.041 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 61 A 0.430 0.057 0.332 0.101 0.011 0.042 0.008 0.005 0.008 0.002 0.005 62 S 0.214 0.171 0.226 0.172 0.146 0.011 0.017 0.010 0.018 0.016 0.001 63 G 0.264 0.025 0.084 0.198 0.089 0.009 0.053 0.173 0.003 0.102 0.001 64 R 0.212 0.188 0.257 0.251 0.022 0.033 0.013 0.003 0.018 0.002 0.001 65 H 0.054 0.368 0.325 0.003 0.034 0.014 0.015 0.001 0.184 0.003 0.001 66 P 0.212 0.006 0.538 0.005 0.001 0.059 0.001 0.001 0.002 0.001 0.177 67 L 0.393 0.150 0.302 0.056 0.027 0.044 0.006 0.003 0.015 0.002 0.002 68 H 0.351 0.214 0.164 0.044 0.063 0.102 0.011 0.004 0.038 0.008 0.002 69 Y 0.859 0.034 0.025 0.045 0.008 0.016 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 70 E 0.874 0.021 0.028 0.047 0.004 0.016 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 71 L 0.850 0.018 0.011 0.097 0.003 0.010 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 72 A 0.724 0.095 0.092 0.037 0.026 0.009 0.009 0.004 0.004 0.001 0.001 73 H 0.870 0.056 0.030 0.022 0.009 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 74 L 0.801 0.117 0.031 0.036 0.005 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 75 I 0.689 0.095 0.026 0.167 0.008 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 76 T 0.331 0.136 0.212 0.143 0.046 0.026 0.060 0.018 0.022 0.006 0.001 77 V 0.046 0.317 0.368 0.006 0.018 0.027 0.021 0.001 0.196 0.001 0.001 78 P 0.100 0.002 0.855 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 79 D 0.568 0.031 0.248 0.088 0.012 0.037 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 80 A 0.834 0.036 0.045 0.058 0.013 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 81 S 0.611 0.033 0.063 0.246 0.015 0.008 0.009 0.005 0.008 0.002 0.001 82 S 0.300 0.087 0.246 0.233 0.069 0.023 0.010 0.009 0.015 0.008 0.001 83 R 0.144 0.058 0.163 0.497 0.018 0.014 0.072 0.016 0.014 0.005 0.001 84 G 0.031 0.005 0.030 0.036 0.022 0.004 0.205 0.490 0.002 0.176 0.001 85 N 0.085 0.186 0.228 0.199 0.034 0.114 0.093 0.010 0.046 0.003 0.001 86 T 0.064 0.262 0.419 0.012 0.074 0.035 0.036 0.002 0.083 0.014 0.001 87 P 0.386 0.008 0.488 0.038 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 88 T 0.343 0.141 0.264 0.062 0.128 0.012 0.007 0.017 0.010 0.015 0.001 89 N 0.804 0.021 0.025 0.073 0.015 0.011 0.021 0.014 0.007 0.008 0.001 90 A 0.914 0.019 0.028 0.028 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 H 0.925 0.017 0.012 0.028 0.007 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 92 S 0.939 0.014 0.010 0.023 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 93 I 0.892 0.044 0.011 0.041 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 94 Y 0.691 0.098 0.039 0.146 0.013 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 95 K 0.673 0.105 0.146 0.017 0.029 0.007 0.014 0.003 0.005 0.001 0.001 96 E 0.676 0.043 0.069 0.167 0.007 0.023 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 97 L 0.275 0.277 0.257 0.104 0.014 0.032 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 98 K 0.082 0.364 0.284 0.007 0.023 0.020 0.014 0.001 0.204 0.001 0.001 99 P 0.187 0.009 0.740 0.017 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 100 I 0.321 0.204 0.217 0.157 0.033 0.041 0.007 0.003 0.015 0.001 0.001 101 N 0.165 0.183 0.195 0.203 0.051 0.117 0.029 0.004 0.047 0.005 0.001 102 Y 0.061 0.253 0.387 0.027 0.063 0.028 0.014 0.002 0.157 0.006 0.001 103 P 0.296 0.013 0.568 0.044 0.003 0.032 0.002 0.003 0.003 0.003 0.035 104 E 0.390 0.108 0.193 0.137 0.063 0.025 0.022 0.030 0.014 0.016 0.001 105 D 0.251 0.077 0.147 0.284 0.036 0.069 0.070 0.018 0.038 0.007 0.001 106 T 0.260 0.197 0.184 0.220 0.047 0.032 0.021 0.008 0.027 0.003 0.001 107 K 0.236 0.188 0.199 0.228 0.045 0.022 0.054 0.007 0.017 0.004 0.001 108 N 0.044 0.169 0.293 0.163 0.073 0.113 0.089 0.016 0.035 0.002 0.002 109 V 0.019 0.714 0.158 0.028 0.054 0.012 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 110 H 0.004 0.715 0.211 0.004 0.039 0.012 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 111 F 0.001 0.718 0.250 0.001 0.012 0.011 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 112 V 0.002 0.856 0.100 0.001 0.006 0.015 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 113 L 0.004 0.680 0.241 0.001 0.004 0.048 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 114 F 0.011 0.662 0.185 0.006 0.021 0.077 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 115 A 0.023 0.481 0.194 0.009 0.212 0.043 0.009 0.002 0.023 0.004 0.001 116 E 0.139 0.349 0.258 0.137 0.044 0.045 0.007 0.001 0.013 0.005 0.001 117 Y 0.085 0.210 0.431 0.003 0.049 0.046 0.011 0.001 0.160 0.005 0.001 118 P 0.955 0.001 0.027 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 119 D 0.708 0.019 0.012 0.164 0.014 0.020 0.036 0.011 0.013 0.001 0.001 120 V 0.756 0.085 0.033 0.093 0.005 0.017 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 121 L 0.829 0.041 0.036 0.035 0.007 0.017 0.018 0.002 0.015 0.001 0.001 122 S 0.921 0.008 0.020 0.038 0.002 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 123 H 0.943 0.010 0.006 0.032 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 124 V 0.973 0.008 0.004 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 A 0.985 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 A 0.989 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 I 0.968 0.007 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 A 0.949 0.010 0.007 0.026 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 R 0.918 0.008 0.008 0.051 0.003 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 130 T 0.833 0.018 0.015 0.110 0.008 0.006 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 131 F 0.690 0.055 0.048 0.133 0.024 0.014 0.016 0.005 0.011 0.003 0.001 132 C 0.692 0.065 0.142 0.048 0.017 0.017 0.005 0.002 0.009 0.003 0.001 133 K 0.890 0.012 0.024 0.058 0.003 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 134 F 0.643 0.037 0.049 0.211 0.012 0.010 0.022 0.005 0.009 0.001 0.001 135 S 0.583 0.079 0.147 0.110 0.035 0.014 0.009 0.009 0.007 0.005 0.001 136 M 0.643 0.095 0.087 0.106 0.021 0.020 0.011 0.003 0.011 0.003 0.001 137 K 0.519 0.084 0.154 0.146 0.019 0.032 0.022 0.005 0.015 0.004 0.001 138 T 0.420 0.138 0.147 0.191 0.035 0.029 0.013 0.004 0.019 0.002 0.001 139 S 0.326 0.147 0.173 0.184 0.105 0.009 0.018 0.016 0.009 0.013 0.001 140 G 0.223 0.077 0.161 0.089 0.161 0.009 0.044 0.126 0.007 0.101 0.001 141 I 0.214 0.305 0.283 0.081 0.064 0.024 0.007 0.003 0.015 0.003 0.001 142 R 0.207 0.427 0.176 0.063 0.069 0.023 0.009 0.002 0.021 0.003 0.001 143 E 0.121 0.362 0.363 0.029 0.023 0.049 0.008 0.001 0.041 0.001 0.002 144 L 0.214 0.265 0.316 0.123 0.028 0.026 0.009 0.001 0.015 0.002 0.001 145 N 0.071 0.137 0.167 0.098 0.070 0.098 0.268 0.025 0.060 0.006 0.001 146 V 0.094 0.490 0.303 0.040 0.039 0.012 0.003 0.001 0.015 0.002 0.001 147 N 0.075 0.276 0.406 0.045 0.019 0.101 0.028 0.003 0.045 0.002 0.001 148 I 0.089 0.497 0.286 0.035 0.043 0.026 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 149 D 0.109 0.446 0.244 0.045 0.062 0.050 0.010 0.002 0.029 0.001 0.001 150 V 0.046 0.653 0.205 0.012 0.056 0.015 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 151 V 0.047 0.768 0.099 0.012 0.031 0.018 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 152 C 0.083 0.560 0.189 0.018 0.070 0.037 0.008 0.001 0.030 0.003 0.001 153 D 0.227 0.293 0.179 0.042 0.113 0.059 0.046 0.004 0.031 0.003 0.002 154 K 0.188 0.479 0.174 0.034 0.046 0.034 0.008 0.001 0.035 0.001 0.001 155 L 0.148 0.355 0.365 0.029 0.015 0.056 0.003 0.001 0.027 0.001 0.002 156 T 0.326 0.315 0.129 0.147 0.024 0.031 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 157 N 0.168 0.193 0.160 0.101 0.221 0.028 0.047 0.021 0.024 0.037 0.001 158 E 0.456 0.136 0.085 0.209 0.030 0.024 0.019 0.006 0.030 0.005 0.001 159 D 0.149 0.064 0.110 0.361 0.029 0.052 0.181 0.008 0.040 0.005 0.001 160 A 0.231 0.046 0.120 0.214 0.032 0.025 0.209 0.100 0.009 0.012 0.002 161 V 0.242 0.380 0.249 0.046 0.043 0.012 0.007 0.003 0.017 0.003 0.001 162 F 0.198 0.132 0.523 0.029 0.007 0.083 0.007 0.001 0.017 0.001 0.002 163 L 0.399 0.251 0.158 0.109 0.020 0.039 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 164 T 0.433 0.266 0.142 0.047 0.076 0.017 0.004 0.002 0.011 0.004 0.001 165 D 0.535 0.131 0.151 0.072 0.038 0.026 0.025 0.005 0.013 0.002 0.001 166 L 0.560 0.103 0.118 0.152 0.016 0.025 0.008 0.002 0.016 0.001 0.001 167 S 0.631 0.101 0.161 0.049 0.030 0.010 0.005 0.004 0.005 0.004 0.001 168 E 0.900 0.019 0.028 0.034 0.006 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 169 S 0.849 0.051 0.047 0.030 0.012 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 170 V 0.903 0.036 0.017 0.029 0.003 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 171 R 0.904 0.042 0.023 0.018 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 172 E 0.899 0.040 0.026 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 173 T 0.748 0.025 0.020 0.193 0.004 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 174 A 0.618 0.083 0.132 0.054 0.049 0.009 0.017 0.016 0.014 0.007 0.001 175 R 0.684 0.099 0.109 0.061 0.014 0.016 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 176 L 0.540 0.127 0.186 0.088 0.007 0.032 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 177 I 0.437 0.198 0.165 0.108 0.024 0.031 0.007 0.001 0.027 0.002 0.001