# TARGET T0318 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.225 0.151 0.047 0.014 0.291 0.011 0.015 0.052 0.041 0.068 0.085 2 T 0.151 0.206 0.031 0.007 0.502 0.005 0.006 0.033 0.011 0.020 0.026 3 Q 0.280 0.090 0.010 0.004 0.558 0.004 0.005 0.019 0.004 0.005 0.020 4 V 0.222 0.093 0.007 0.003 0.636 0.003 0.003 0.015 0.003 0.002 0.013 5 L 0.296 0.085 0.012 0.002 0.540 0.002 0.004 0.017 0.003 0.003 0.037 6 V 0.250 0.179 0.048 0.007 0.375 0.007 0.007 0.042 0.009 0.016 0.060 7 R 0.081 0.159 0.081 0.077 0.157 0.063 0.070 0.171 0.058 0.041 0.042 8 N 0.055 0.079 0.079 0.093 0.062 0.083 0.102 0.203 0.131 0.079 0.035 9 G 0.071 0.089 0.068 0.036 0.099 0.030 0.062 0.154 0.120 0.209 0.062 10 I 0.159 0.172 0.028 0.018 0.217 0.021 0.032 0.105 0.119 0.076 0.053 11 Q 0.055 0.126 0.086 0.094 0.103 0.047 0.076 0.141 0.113 0.116 0.042 12 A 0.090 0.094 0.032 0.023 0.128 0.021 0.069 0.164 0.104 0.222 0.053 13 V 0.088 0.220 0.132 0.061 0.154 0.037 0.057 0.065 0.044 0.093 0.050 14 G 0.047 0.192 0.374 0.140 0.112 0.028 0.013 0.030 0.016 0.020 0.027 15 D 0.016 0.072 0.037 0.044 0.046 0.081 0.135 0.323 0.179 0.058 0.010 16 G 0.034 0.023 0.016 0.009 0.041 0.006 0.019 0.071 0.103 0.608 0.070 17 L 0.188 0.127 0.058 0.021 0.212 0.011 0.019 0.027 0.034 0.193 0.109 18 T 0.021 0.466 0.287 0.025 0.148 0.007 0.013 0.015 0.006 0.007 0.005 19 S 0.137 0.265 0.047 0.002 0.520 0.001 0.002 0.008 0.002 0.002 0.014 20 L 0.127 0.107 0.003 0.001 0.743 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.004 21 I 0.187 0.069 0.005 0.001 0.686 0.004 0.007 0.011 0.002 0.004 0.024 22 I 0.439 0.032 0.009 0.003 0.424 0.003 0.002 0.008 0.002 0.004 0.075 23 V 0.094 0.028 0.010 0.057 0.067 0.051 0.051 0.093 0.077 0.344 0.130 24 G 0.039 0.196 0.253 0.157 0.088 0.015 0.012 0.028 0.022 0.137 0.053 25 K 0.093 0.345 0.101 0.016 0.206 0.009 0.014 0.086 0.058 0.041 0.031 26 K 0.154 0.151 0.042 0.010 0.251 0.014 0.037 0.181 0.089 0.030 0.039 27 S 0.057 0.065 0.027 0.025 0.078 0.070 0.150 0.339 0.120 0.049 0.021 28 V 0.113 0.082 0.032 0.014 0.150 0.012 0.031 0.201 0.144 0.165 0.055 29 L 0.096 0.028 0.007 0.013 0.080 0.017 0.017 0.189 0.282 0.176 0.093 30 K 0.018 0.129 0.045 0.021 0.088 0.041 0.104 0.321 0.192 0.035 0.006 31 N 0.214 0.028 0.006 0.002 0.102 0.003 0.017 0.060 0.070 0.385 0.113 32 V 0.063 0.498 0.111 0.005 0.297 0.002 0.002 0.004 0.003 0.005 0.010 33 T 0.173 0.296 0.115 0.012 0.254 0.006 0.006 0.021 0.013 0.030 0.073 34 F 0.156 0.064 0.030 0.008 0.288 0.004 0.005 0.158 0.180 0.065 0.042 35 E 0.014 0.022 0.011 0.021 0.025 0.025 0.054 0.572 0.207 0.038 0.010 36 G 0.041 0.057 0.023 0.014 0.080 0.017 0.070 0.428 0.096 0.152 0.021 37 K 0.067 0.051 0.016 0.013 0.076 0.016 0.041 0.385 0.135 0.163 0.037 38 F 0.048 0.081 0.044 0.064 0.083 0.032 0.047 0.324 0.152 0.095 0.031 39 K 0.023 0.142 0.108 0.043 0.059 0.014 0.031 0.272 0.139 0.143 0.027 40 E 0.051 0.141 0.083 0.012 0.122 0.009 0.071 0.271 0.105 0.113 0.021 41 V 0.135 0.207 0.080 0.013 0.254 0.010 0.027 0.111 0.047 0.071 0.044 42 A 0.047 0.392 0.193 0.030 0.194 0.012 0.018 0.057 0.024 0.018 0.014 43 Q 0.060 0.222 0.094 0.014 0.159 0.018 0.031 0.236 0.119 0.029 0.019 44 K 0.066 0.177 0.096 0.008 0.151 0.013 0.051 0.243 0.102 0.060 0.034 45 F 0.188 0.162 0.048 0.008 0.201 0.009 0.015 0.087 0.045 0.132 0.105 46 V 0.031 0.354 0.191 0.047 0.131 0.022 0.020 0.118 0.045 0.029 0.010 47 T 0.023 0.121 0.062 0.025 0.055 0.014 0.018 0.431 0.164 0.067 0.020 48 D 0.028 0.013 0.004 0.003 0.048 0.005 0.023 0.688 0.144 0.031 0.013 49 G 0.004 0.008 0.003 0.001 0.006 0.002 0.009 0.806 0.135 0.024 0.003 50 D 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.833 0.114 0.031 0.002 51 S 0.003 0.008 0.002 0.001 0.006 0.002 0.010 0.827 0.130 0.010 0.002 52 W 0.004 0.007 0.004 0.003 0.009 0.007 0.046 0.797 0.112 0.010 0.002 53 N 0.009 0.005 0.003 0.003 0.015 0.006 0.037 0.728 0.150 0.040 0.005 54 S 0.029 0.013 0.004 0.004 0.031 0.009 0.039 0.481 0.224 0.145 0.023 55 M 0.025 0.052 0.017 0.008 0.065 0.015 0.040 0.421 0.238 0.102 0.016 56 I 0.050 0.068 0.032 0.010 0.118 0.011 0.068 0.389 0.160 0.077 0.018 57 S 0.065 0.136 0.058 0.038 0.151 0.053 0.134 0.135 0.101 0.100 0.027 58 R 0.097 0.261 0.154 0.022 0.233 0.007 0.024 0.054 0.032 0.075 0.040 59 I 0.033 0.434 0.114 0.023 0.165 0.025 0.038 0.061 0.048 0.043 0.016 60 P 0.122 0.263 0.259 0.021 0.206 0.008 0.010 0.029 0.029 0.016 0.036 61 A 0.026 0.028 0.049 0.033 0.033 0.044 0.060 0.274 0.365 0.065 0.023 62 S 0.011 0.441 0.123 0.051 0.055 0.034 0.096 0.088 0.047 0.048 0.006 63 G 0.011 0.010 0.008 0.012 0.012 0.007 0.004 0.018 0.034 0.725 0.159 64 R 0.061 0.145 0.069 0.025 0.119 0.027 0.070 0.157 0.167 0.126 0.034 65 H 0.071 0.302 0.315 0.026 0.182 0.004 0.006 0.031 0.018 0.024 0.022 66 P 0.054 0.385 0.065 0.008 0.252 0.014 0.054 0.121 0.030 0.006 0.009 67 L 0.260 0.037 0.006 0.004 0.274 0.006 0.018 0.149 0.105 0.068 0.073 68 H 0.153 0.121 0.041 0.022 0.348 0.015 0.042 0.128 0.043 0.044 0.042 69 Y 0.184 0.082 0.011 0.010 0.259 0.031 0.038 0.198 0.071 0.056 0.060 70 E 0.107 0.036 0.030 0.075 0.086 0.112 0.202 0.210 0.048 0.055 0.038 71 L 0.135 0.085 0.031 0.013 0.144 0.008 0.022 0.194 0.116 0.169 0.083 72 A 0.247 0.164 0.016 0.013 0.281 0.016 0.015 0.086 0.056 0.036 0.070 73 H 0.060 0.178 0.055 0.058 0.196 0.087 0.151 0.142 0.036 0.027 0.011 74 L 0.347 0.027 0.006 0.007 0.246 0.015 0.036 0.087 0.037 0.073 0.122 75 I 0.184 0.138 0.034 0.078 0.308 0.043 0.021 0.047 0.035 0.046 0.065 76 T 0.139 0.238 0.110 0.008 0.351 0.003 0.003 0.016 0.012 0.062 0.058 77 V 0.040 0.500 0.233 0.009 0.172 0.003 0.005 0.013 0.006 0.007 0.012 78 P 0.108 0.329 0.141 0.029 0.201 0.010 0.012 0.061 0.044 0.029 0.037 79 D 0.027 0.075 0.034 0.033 0.078 0.071 0.165 0.301 0.176 0.030 0.009 80 A 0.149 0.063 0.024 0.006 0.162 0.006 0.027 0.133 0.117 0.225 0.087 81 S 0.115 0.196 0.061 0.026 0.220 0.045 0.065 0.114 0.056 0.061 0.040 82 S 0.113 0.144 0.131 0.052 0.200 0.034 0.053 0.109 0.051 0.056 0.056 83 R 0.041 0.071 0.054 0.091 0.063 0.131 0.169 0.188 0.094 0.065 0.032 84 G 0.055 0.077 0.048 0.047 0.093 0.029 0.039 0.095 0.091 0.352 0.074 85 N 0.089 0.105 0.075 0.085 0.114 0.048 0.043 0.052 0.055 0.232 0.101 86 T 0.033 0.273 0.352 0.082 0.104 0.012 0.011 0.055 0.025 0.033 0.019 87 P 0.031 0.083 0.047 0.015 0.045 0.018 0.028 0.434 0.193 0.081 0.026 88 T 0.017 0.115 0.062 0.009 0.043 0.013 0.033 0.508 0.148 0.041 0.011 89 N 0.007 0.011 0.007 0.002 0.013 0.001 0.005 0.682 0.199 0.062 0.010 90 A 0.004 0.008 0.003 0.001 0.008 0.001 0.007 0.814 0.144 0.009 0.001 91 H 0.002 0.004 0.002 0.002 0.006 0.003 0.020 0.841 0.109 0.010 0.002 92 S 0.009 0.006 0.001 0.001 0.013 0.001 0.013 0.865 0.080 0.008 0.003 93 I 0.005 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.014 0.848 0.100 0.018 0.002 94 Y 0.006 0.018 0.006 0.002 0.016 0.003 0.019 0.767 0.143 0.016 0.003 95 K 0.006 0.017 0.010 0.005 0.011 0.005 0.033 0.743 0.149 0.016 0.003 96 E 0.010 0.008 0.004 0.002 0.018 0.009 0.081 0.726 0.110 0.028 0.005 97 L 0.043 0.020 0.007 0.007 0.054 0.012 0.055 0.555 0.162 0.062 0.023 98 K 0.021 0.098 0.033 0.023 0.071 0.039 0.095 0.413 0.155 0.044 0.009 99 P 0.076 0.092 0.019 0.007 0.175 0.008 0.039 0.270 0.145 0.134 0.034 100 I 0.097 0.085 0.019 0.010 0.171 0.020 0.088 0.138 0.122 0.205 0.046 101 N 0.142 0.169 0.096 0.041 0.245 0.016 0.054 0.068 0.038 0.071 0.059 102 Y 0.040 0.240 0.177 0.091 0.100 0.046 0.051 0.099 0.072 0.059 0.025 103 P 0.057 0.104 0.087 0.074 0.100 0.058 0.075 0.119 0.127 0.155 0.044 104 E 0.039 0.094 0.102 0.078 0.059 0.060 0.072 0.146 0.164 0.139 0.047 105 D 0.060 0.057 0.028 0.023 0.076 0.039 0.072 0.113 0.158 0.300 0.073 106 T 0.131 0.105 0.046 0.019 0.185 0.020 0.023 0.092 0.121 0.184 0.074 107 K 0.085 0.102 0.058 0.039 0.178 0.053 0.076 0.109 0.105 0.148 0.047 108 N 0.140 0.136 0.105 0.055 0.261 0.015 0.020 0.043 0.060 0.115 0.049 109 V 0.182 0.236 0.055 0.007 0.399 0.005 0.017 0.021 0.016 0.021 0.042 110 H 0.135 0.218 0.019 0.006 0.565 0.004 0.005 0.008 0.004 0.010 0.025 111 F 0.211 0.042 0.001 0.001 0.725 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.012 112 V 0.192 0.030 0.001 0.001 0.756 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.010 113 L 0.271 0.035 0.003 0.001 0.638 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.043 114 F 0.307 0.045 0.006 0.002 0.330 0.005 0.008 0.014 0.011 0.086 0.185 115 A 0.115 0.233 0.083 0.018 0.357 0.014 0.031 0.031 0.022 0.049 0.045 116 E 0.132 0.180 0.106 0.044 0.162 0.032 0.021 0.015 0.021 0.160 0.126 117 Y 0.072 0.248 0.144 0.051 0.280 0.015 0.012 0.056 0.072 0.026 0.024 118 P 0.003 0.019 0.010 0.008 0.008 0.015 0.036 0.500 0.366 0.032 0.003 119 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.054 0.641 0.242 0.051 0.002 120 V 0.005 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.008 0.710 0.220 0.040 0.004 121 L 0.003 0.004 0.002 0.002 0.006 0.002 0.014 0.813 0.141 0.012 0.002 122 S 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.878 0.098 0.004 0.001 123 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.886 0.087 0.006 0.001 124 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.883 0.101 0.005 0.001 125 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.875 0.108 0.003 0.001 126 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.890 0.083 0.004 0.001 127 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.840 0.126 0.008 0.001 128 A 0.001 0.004 0.001 0.002 0.003 0.008 0.037 0.700 0.233 0.010 0.001 129 R 0.003 0.007 0.003 0.003 0.006 0.005 0.057 0.703 0.192 0.019 0.003 130 T 0.005 0.005 0.006 0.008 0.005 0.023 0.091 0.315 0.185 0.346 0.011 131 F 0.039 0.243 0.061 0.010 0.149 0.006 0.032 0.279 0.121 0.041 0.020 132 C 0.016 0.055 0.020 0.009 0.040 0.016 0.050 0.506 0.256 0.025 0.007 133 K 0.009 0.008 0.005 0.006 0.019 0.038 0.283 0.439 0.122 0.063 0.008 134 F 0.099 0.048 0.014 0.012 0.112 0.019 0.052 0.205 0.135 0.245 0.058 135 S 0.071 0.257 0.072 0.015 0.219 0.009 0.025 0.139 0.085 0.080 0.028 136 M 0.049 0.113 0.049 0.020 0.120 0.030 0.058 0.296 0.147 0.093 0.025 137 K 0.061 0.076 0.058 0.036 0.080 0.045 0.105 0.228 0.133 0.132 0.046 138 T 0.074 0.225 0.109 0.046 0.158 0.029 0.049 0.139 0.068 0.071 0.033 139 S 0.067 0.098 0.091 0.071 0.100 0.022 0.019 0.104 0.107 0.244 0.076 140 G 0.049 0.171 0.087 0.053 0.117 0.038 0.053 0.177 0.117 0.109 0.029 141 I 0.108 0.121 0.056 0.023 0.186 0.017 0.027 0.150 0.088 0.159 0.064 142 R 0.136 0.152 0.042 0.015 0.205 0.021 0.045 0.151 0.095 0.087 0.050 143 E 0.155 0.169 0.093 0.022 0.274 0.012 0.018 0.096 0.053 0.059 0.050 144 L 0.105 0.204 0.076 0.023 0.219 0.028 0.054 0.132 0.076 0.049 0.036 145 N 0.134 0.223 0.115 0.014 0.325 0.007 0.011 0.045 0.039 0.051 0.037 146 V 0.090 0.270 0.138 0.024 0.228 0.023 0.043 0.078 0.052 0.031 0.023 147 N 0.132 0.249 0.090 0.011 0.316 0.011 0.024 0.042 0.037 0.048 0.040 148 I 0.224 0.184 0.036 0.009 0.380 0.011 0.019 0.027 0.022 0.038 0.049 149 D 0.206 0.147 0.032 0.012 0.442 0.012 0.025 0.022 0.013 0.043 0.046 150 V 0.281 0.106 0.012 0.005 0.525 0.003 0.004 0.010 0.005 0.013 0.037 151 V 0.307 0.089 0.009 0.007 0.525 0.012 0.008 0.007 0.002 0.005 0.030 152 C 0.355 0.054 0.006 0.004 0.532 0.005 0.002 0.003 0.001 0.003 0.035 153 D 0.337 0.084 0.008 0.004 0.497 0.005 0.004 0.005 0.002 0.004 0.048 154 K 0.288 0.105 0.013 0.005 0.496 0.006 0.006 0.007 0.004 0.009 0.062 155 L 0.358 0.094 0.019 0.006 0.401 0.006 0.007 0.010 0.005 0.016 0.079 156 T 0.140 0.150 0.069 0.075 0.237 0.063 0.056 0.046 0.036 0.075 0.055 157 N 0.062 0.189 0.250 0.209 0.108 0.039 0.030 0.038 0.024 0.026 0.024 158 E 0.036 0.050 0.042 0.089 0.034 0.147 0.122 0.144 0.160 0.133 0.043 159 D 0.067 0.228 0.080 0.058 0.183 0.041 0.063 0.084 0.073 0.079 0.044 160 A 0.064 0.031 0.019 0.042 0.045 0.031 0.031 0.053 0.095 0.493 0.096 161 V 0.011 0.260 0.494 0.084 0.056 0.013 0.012 0.031 0.016 0.018 0.006 162 F 0.146 0.279 0.066 0.005 0.234 0.003 0.007 0.099 0.053 0.040 0.068 163 L 0.084 0.139 0.072 0.026 0.149 0.021 0.031 0.281 0.109 0.059 0.029 164 T 0.066 0.137 0.048 0.008 0.133 0.012 0.028 0.424 0.100 0.029 0.015 165 D 0.048 0.041 0.010 0.004 0.066 0.007 0.026 0.638 0.111 0.025 0.025 166 L 0.036 0.043 0.011 0.006 0.049 0.010 0.026 0.682 0.086 0.042 0.009 167 S 0.017 0.039 0.010 0.002 0.035 0.002 0.007 0.757 0.108 0.019 0.005 168 E 0.005 0.005 0.003 0.003 0.005 0.005 0.010 0.848 0.104 0.009 0.004 169 S 0.007 0.016 0.005 0.002 0.014 0.002 0.011 0.867 0.063 0.010 0.003 170 V 0.005 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.870 0.097 0.008 0.001 171 R 0.004 0.004 0.002 0.001 0.008 0.002 0.006 0.846 0.118 0.007 0.001 172 E 0.003 0.004 0.002 0.002 0.004 0.005 0.016 0.869 0.090 0.005 0.001 173 T 0.009 0.008 0.005 0.003 0.012 0.004 0.015 0.768 0.119 0.051 0.005 174 A 0.027 0.025 0.009 0.004 0.046 0.004 0.009 0.574 0.229 0.059 0.015 175 R 0.008 0.036 0.013 0.005 0.025 0.009 0.030 0.672 0.179 0.019 0.004 176 L 0.042 0.035 0.011 0.005 0.071 0.009 0.053 0.563 0.116 0.080 0.016 177 I 0.059 0.097 0.046 0.027 0.139 0.040 0.082 0.310 0.094 0.083 0.024