# TARGET T0318 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.622 0.242 0.096 0.032 0.006 0.001 0.001 2 T 0.401 0.266 0.150 0.119 0.053 0.011 0.001 3 Q 0.235 0.319 0.226 0.135 0.066 0.018 0.001 4 V 0.134 0.124 0.159 0.245 0.213 0.113 0.012 5 L 0.112 0.246 0.286 0.235 0.095 0.023 0.002 6 V 0.115 0.093 0.107 0.187 0.303 0.177 0.016 7 R 0.179 0.261 0.284 0.203 0.063 0.009 0.001 8 N 0.429 0.321 0.141 0.080 0.024 0.004 0.001 9 G 0.439 0.335 0.145 0.062 0.016 0.003 0.001 10 I 0.326 0.222 0.174 0.175 0.086 0.017 0.001 11 Q 0.492 0.317 0.130 0.049 0.011 0.001 0.001 12 A 0.627 0.249 0.084 0.031 0.007 0.001 0.001 13 V 0.430 0.246 0.157 0.115 0.043 0.008 0.001 14 G 0.581 0.255 0.103 0.047 0.012 0.002 0.001 15 D 0.632 0.237 0.084 0.035 0.010 0.002 0.001 16 G 0.614 0.234 0.089 0.042 0.017 0.004 0.001 17 L 0.263 0.245 0.211 0.174 0.079 0.024 0.003 18 T 0.120 0.166 0.197 0.243 0.178 0.084 0.012 19 S 0.063 0.119 0.166 0.243 0.225 0.146 0.037 20 L 0.025 0.038 0.057 0.126 0.257 0.337 0.158 21 I 0.014 0.019 0.035 0.084 0.169 0.404 0.275 22 I 0.005 0.009 0.018 0.053 0.122 0.465 0.328 23 V 0.007 0.016 0.041 0.098 0.220 0.445 0.172 24 G 0.014 0.043 0.076 0.152 0.314 0.337 0.064 25 K 0.024 0.113 0.249 0.350 0.193 0.064 0.007 26 K 0.096 0.189 0.228 0.267 0.168 0.049 0.003 27 S 0.286 0.461 0.176 0.057 0.015 0.004 0.001 28 V 0.086 0.168 0.230 0.290 0.177 0.048 0.001 29 L 0.046 0.072 0.170 0.313 0.309 0.088 0.002 30 K 0.315 0.399 0.183 0.079 0.021 0.003 0.001 31 N 0.474 0.342 0.137 0.039 0.007 0.001 0.001 32 V 0.103 0.158 0.262 0.311 0.143 0.022 0.001 33 T 0.417 0.414 0.128 0.033 0.006 0.001 0.001 34 F 0.306 0.206 0.212 0.194 0.073 0.009 0.001 35 E 0.704 0.230 0.051 0.013 0.002 0.001 0.001 36 G 0.568 0.285 0.109 0.031 0.006 0.001 0.001 37 K 0.351 0.250 0.185 0.152 0.053 0.008 0.001 38 F 0.452 0.259 0.155 0.096 0.031 0.006 0.001 39 K 0.674 0.232 0.067 0.021 0.005 0.001 0.001 40 E 0.505 0.320 0.122 0.041 0.010 0.002 0.001 41 V 0.194 0.203 0.205 0.238 0.127 0.030 0.002 42 A 0.291 0.284 0.228 0.146 0.044 0.006 0.001 43 Q 0.538 0.323 0.093 0.035 0.009 0.002 0.001 44 K 0.219 0.298 0.286 0.152 0.040 0.005 0.001 45 F 0.090 0.120 0.156 0.284 0.262 0.084 0.005 46 V 0.225 0.284 0.201 0.173 0.089 0.026 0.002 47 T 0.282 0.321 0.213 0.129 0.043 0.011 0.001 48 D 0.376 0.299 0.168 0.099 0.045 0.012 0.001 49 G 0.225 0.214 0.179 0.187 0.133 0.055 0.006 50 D 0.155 0.100 0.113 0.204 0.240 0.167 0.021 51 S 0.171 0.242 0.231 0.189 0.114 0.047 0.007 52 W 0.117 0.178 0.192 0.221 0.175 0.095 0.022 53 N 0.045 0.058 0.085 0.158 0.252 0.277 0.126 54 S 0.049 0.064 0.097 0.169 0.213 0.253 0.155 55 M 0.097 0.162 0.152 0.153 0.139 0.154 0.142 56 I 0.159 0.122 0.121 0.142 0.163 0.165 0.128 57 S 0.073 0.076 0.083 0.124 0.165 0.232 0.246 58 R 0.133 0.143 0.139 0.178 0.163 0.139 0.107 59 I 0.096 0.099 0.100 0.147 0.172 0.198 0.188 60 P 0.209 0.222 0.162 0.152 0.112 0.082 0.061 61 A 0.185 0.137 0.125 0.155 0.160 0.132 0.106 62 S 0.200 0.190 0.153 0.130 0.115 0.130 0.082 63 G 0.084 0.127 0.157 0.218 0.193 0.148 0.072 64 R 0.074 0.127 0.132 0.161 0.163 0.182 0.160 65 H 0.055 0.088 0.095 0.157 0.225 0.225 0.156 66 P 0.054 0.093 0.159 0.200 0.185 0.176 0.134 67 L 0.025 0.042 0.057 0.128 0.194 0.329 0.226 68 H 0.027 0.044 0.059 0.136 0.248 0.303 0.184 69 Y 0.020 0.032 0.042 0.090 0.208 0.388 0.220 70 E 0.029 0.075 0.144 0.260 0.230 0.186 0.076 71 L 0.022 0.041 0.058 0.109 0.208 0.372 0.190 72 A 0.026 0.044 0.065 0.146 0.249 0.345 0.125 73 H 0.024 0.076 0.138 0.227 0.240 0.217 0.078 74 L 0.018 0.025 0.043 0.106 0.218 0.381 0.209 75 I 0.031 0.069 0.093 0.160 0.222 0.288 0.137 76 T 0.059 0.071 0.099 0.159 0.211 0.289 0.111 77 V 0.043 0.063 0.090 0.160 0.276 0.272 0.096 78 P 0.096 0.138 0.157 0.200 0.202 0.158 0.048 79 D 0.104 0.158 0.180 0.224 0.192 0.112 0.031 80 A 0.118 0.212 0.228 0.210 0.132 0.075 0.026 81 S 0.077 0.091 0.107 0.182 0.246 0.223 0.074 82 S 0.067 0.073 0.107 0.175 0.211 0.237 0.131 83 R 0.082 0.101 0.109 0.170 0.192 0.204 0.141 84 G 0.061 0.078 0.094 0.137 0.187 0.242 0.201 85 N 0.067 0.081 0.086 0.137 0.194 0.275 0.159 86 T 0.059 0.083 0.107 0.167 0.212 0.235 0.137 87 P 0.119 0.152 0.183 0.208 0.171 0.124 0.044 88 T 0.133 0.193 0.162 0.169 0.178 0.125 0.040 89 N 0.055 0.148 0.224 0.287 0.151 0.100 0.036 90 A 0.032 0.054 0.073 0.155 0.273 0.307 0.107 91 H 0.055 0.122 0.172 0.217 0.234 0.141 0.058 92 S 0.047 0.076 0.099 0.151 0.190 0.290 0.149 93 I 0.008 0.009 0.018 0.053 0.126 0.415 0.371 94 Y 0.011 0.028 0.049 0.125 0.226 0.349 0.212 95 K 0.026 0.069 0.114 0.187 0.252 0.231 0.120 96 E 0.015 0.045 0.113 0.204 0.265 0.241 0.117 97 L 0.017 0.023 0.037 0.086 0.190 0.404 0.243 98 K 0.087 0.147 0.185 0.223 0.208 0.120 0.031 99 P 0.190 0.200 0.192 0.171 0.132 0.090 0.025 100 I 0.160 0.160 0.169 0.223 0.170 0.096 0.021 101 N 0.245 0.218 0.150 0.160 0.137 0.074 0.017 102 Y 0.380 0.261 0.151 0.111 0.061 0.027 0.009 103 P 0.443 0.252 0.135 0.095 0.045 0.021 0.009 104 E 0.448 0.254 0.129 0.092 0.047 0.023 0.007 105 D 0.399 0.269 0.156 0.102 0.051 0.019 0.004 106 T 0.215 0.219 0.194 0.199 0.126 0.040 0.006 107 K 0.228 0.331 0.229 0.138 0.054 0.018 0.003 108 N 0.046 0.135 0.203 0.273 0.236 0.099 0.008 109 V 0.009 0.054 0.129 0.264 0.329 0.197 0.018 110 H 0.001 0.006 0.021 0.089 0.249 0.483 0.151 111 F 0.001 0.001 0.001 0.006 0.048 0.377 0.568 112 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.200 0.776 113 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.137 0.845 114 F 0.001 0.001 0.002 0.007 0.032 0.204 0.755 115 A 0.001 0.001 0.003 0.014 0.065 0.321 0.594 116 E 0.001 0.006 0.018 0.063 0.187 0.375 0.350 117 Y 0.003 0.017 0.035 0.090 0.188 0.378 0.290 118 P 0.008 0.043 0.098 0.202 0.260 0.266 0.124 119 D 0.008 0.032 0.076 0.153 0.292 0.299 0.139 120 V 0.006 0.011 0.021 0.054 0.176 0.460 0.273 121 L 0.008 0.017 0.032 0.076 0.157 0.382 0.329 122 S 0.014 0.028 0.046 0.086 0.131 0.313 0.381 123 H 0.005 0.016 0.024 0.070 0.146 0.306 0.433 124 V 0.004 0.006 0.008 0.024 0.096 0.320 0.542 125 A 0.009 0.019 0.027 0.064 0.130 0.278 0.473 126 A 0.014 0.024 0.043 0.084 0.125 0.269 0.441 127 I 0.005 0.007 0.013 0.036 0.090 0.310 0.538 128 A 0.004 0.009 0.019 0.055 0.122 0.337 0.455 129 R 0.006 0.012 0.028 0.067 0.160 0.347 0.379 130 T 0.004 0.009 0.013 0.037 0.129 0.345 0.462 131 F 0.008 0.019 0.033 0.073 0.140 0.382 0.345 132 C 0.032 0.053 0.105 0.181 0.213 0.289 0.127 133 K 0.055 0.072 0.117 0.192 0.239 0.237 0.089 134 F 0.054 0.042 0.075 0.150 0.278 0.301 0.101 135 S 0.095 0.090 0.113 0.165 0.239 0.233 0.064 136 M 0.152 0.187 0.199 0.244 0.151 0.057 0.009 137 K 0.317 0.258 0.176 0.134 0.079 0.031 0.006 138 T 0.390 0.189 0.150 0.140 0.087 0.040 0.005 139 S 0.560 0.214 0.111 0.072 0.032 0.011 0.001 140 G 0.713 0.180 0.064 0.030 0.010 0.003 0.001 141 I 0.687 0.194 0.074 0.030 0.011 0.003 0.001 142 R 0.535 0.229 0.125 0.077 0.027 0.006 0.001 143 E 0.625 0.246 0.083 0.033 0.011 0.002 0.001 144 L 0.510 0.237 0.133 0.083 0.029 0.006 0.001 145 N 0.541 0.240 0.112 0.071 0.028 0.007 0.001 146 V 0.503 0.262 0.135 0.070 0.024 0.006 0.001 147 N 0.528 0.260 0.121 0.066 0.020 0.005 0.001 148 I 0.266 0.208 0.169 0.176 0.123 0.051 0.007 149 D 0.227 0.222 0.205 0.180 0.110 0.047 0.008 150 V 0.133 0.140 0.154 0.208 0.198 0.137 0.031 151 V 0.072 0.109 0.143 0.226 0.229 0.176 0.045 152 C 0.093 0.126 0.156 0.204 0.219 0.155 0.047 153 D 0.135 0.171 0.174 0.206 0.173 0.110 0.031 154 K 0.128 0.165 0.183 0.230 0.172 0.094 0.027 155 L 0.120 0.081 0.085 0.148 0.228 0.245 0.093 156 T 0.200 0.213 0.196 0.183 0.126 0.065 0.016 157 N 0.309 0.262 0.192 0.142 0.065 0.023 0.007 158 E 0.464 0.273 0.131 0.074 0.037 0.016 0.005 159 D 0.364 0.256 0.156 0.116 0.067 0.032 0.008 160 A 0.426 0.244 0.150 0.100 0.047 0.024 0.008 161 V 0.447 0.227 0.138 0.102 0.054 0.024 0.007 162 F 0.378 0.208 0.153 0.126 0.086 0.039 0.008 163 L 0.265 0.190 0.160 0.177 0.133 0.064 0.011 164 T 0.353 0.291 0.194 0.116 0.037 0.008 0.001 165 D 0.434 0.310 0.157 0.069 0.023 0.006 0.001 166 L 0.328 0.244 0.187 0.160 0.065 0.015 0.001 167 S 0.283 0.226 0.188 0.163 0.100 0.037 0.003 168 E 0.613 0.242 0.091 0.039 0.013 0.003 0.001 169 S 0.520 0.317 0.120 0.034 0.007 0.001 0.001 170 V 0.194 0.134 0.157 0.243 0.200 0.067 0.004 171 R 0.384 0.282 0.195 0.098 0.034 0.007 0.001 172 E 0.647 0.246 0.073 0.026 0.006 0.001 0.001 173 T 0.471 0.241 0.154 0.095 0.033 0.007 0.001 174 A 0.434 0.199 0.156 0.130 0.065 0.015 0.001 175 R 0.590 0.282 0.091 0.029 0.006 0.001 0.001 176 L 0.609 0.224 0.099 0.049 0.016 0.003 0.001 177 I 0.544 0.180 0.111 0.093 0.054 0.018 0.001