# TARGET T0318 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.035 0.002 0.006 0.061 0.088 0.808 2 T 0.248 0.004 0.014 0.156 0.097 0.481 3 Q 0.528 0.005 0.019 0.192 0.073 0.183 4 V 0.771 0.004 0.011 0.136 0.027 0.051 5 L 0.803 0.002 0.006 0.139 0.018 0.031 6 V 0.806 0.002 0.005 0.125 0.041 0.021 7 R 0.575 0.004 0.006 0.218 0.134 0.062 8 N 0.178 0.005 0.013 0.378 0.272 0.154 9 G 0.147 0.007 0.025 0.290 0.297 0.234 10 I 0.240 0.016 0.058 0.423 0.124 0.139 11 Q 0.193 0.009 0.099 0.520 0.112 0.067 12 A 0.262 0.015 0.079 0.462 0.117 0.065 13 V 0.291 0.017 0.060 0.376 0.157 0.098 14 G 0.141 0.008 0.054 0.146 0.536 0.114 15 D 0.056 0.003 0.066 0.084 0.646 0.145 16 G 0.114 0.010 0.061 0.022 0.641 0.151 17 L 0.270 0.019 0.031 0.018 0.521 0.141 18 T 0.593 0.007 0.012 0.015 0.193 0.181 19 S 0.899 0.002 0.004 0.012 0.039 0.045 20 L 0.962 0.001 0.002 0.012 0.010 0.012 21 I 0.965 0.001 0.001 0.018 0.005 0.009 22 I 0.949 0.001 0.001 0.026 0.009 0.014 23 V 0.804 0.003 0.003 0.062 0.031 0.096 24 G 0.526 0.006 0.007 0.058 0.112 0.291 25 K 0.252 0.005 0.040 0.228 0.195 0.279 26 K 0.212 0.006 0.072 0.364 0.210 0.136 27 S 0.271 0.007 0.088 0.321 0.217 0.095 28 V 0.305 0.007 0.105 0.375 0.140 0.068 29 L 0.325 0.005 0.077 0.402 0.141 0.049 30 K 0.294 0.003 0.048 0.484 0.125 0.046 31 N 0.382 0.003 0.022 0.426 0.084 0.082 32 V 0.397 0.008 0.009 0.299 0.091 0.195 33 T 0.433 0.017 0.009 0.216 0.091 0.233 34 F 0.338 0.011 0.013 0.236 0.158 0.244 35 E 0.230 0.007 0.013 0.216 0.205 0.329 36 G 0.154 0.008 0.025 0.331 0.227 0.255 37 K 0.209 0.018 0.019 0.383 0.117 0.254 38 F 0.110 0.004 0.020 0.733 0.051 0.082 39 K 0.093 0.003 0.034 0.776 0.049 0.045 40 E 0.107 0.002 0.031 0.761 0.059 0.040 41 V 0.101 0.003 0.042 0.762 0.060 0.033 42 A 0.098 0.002 0.023 0.768 0.069 0.040 43 Q 0.111 0.001 0.028 0.748 0.069 0.043 44 K 0.100 0.002 0.011 0.799 0.043 0.045 45 F 0.155 0.009 0.007 0.710 0.055 0.064 46 V 0.165 0.013 0.008 0.505 0.125 0.184 47 T 0.117 0.014 0.011 0.254 0.267 0.337 48 D 0.048 0.011 0.009 0.083 0.429 0.420 49 G 0.020 0.005 0.021 0.132 0.509 0.313 50 D 0.033 0.015 0.028 0.183 0.467 0.274 51 S 0.056 0.033 0.019 0.343 0.295 0.255 52 W 0.014 0.003 0.013 0.892 0.054 0.024 53 N 0.026 0.003 0.024 0.836 0.084 0.027 54 S 0.036 0.004 0.024 0.853 0.061 0.022 55 M 0.030 0.002 0.045 0.869 0.031 0.022 56 I 0.027 0.002 0.118 0.801 0.034 0.018 57 S 0.043 0.003 0.083 0.780 0.042 0.050 58 R 0.048 0.012 0.079 0.622 0.060 0.179 59 I 0.056 0.042 0.010 0.066 0.169 0.658 60 P 0.059 0.023 0.025 0.044 0.437 0.410 61 A 0.025 0.010 0.108 0.069 0.617 0.171 62 S 0.010 0.007 0.127 0.077 0.641 0.138 63 G 0.017 0.009 0.064 0.051 0.608 0.251 64 R 0.031 0.021 0.017 0.080 0.246 0.604 65 H 0.055 0.039 0.010 0.120 0.167 0.610 66 P 0.056 0.019 0.019 0.275 0.172 0.460 67 L 0.114 0.013 0.024 0.398 0.149 0.302 68 H 0.201 0.017 0.023 0.366 0.122 0.271 69 Y 0.194 0.005 0.026 0.585 0.090 0.100 70 E 0.300 0.008 0.036 0.466 0.097 0.093 71 L 0.315 0.007 0.051 0.489 0.091 0.047 72 A 0.279 0.003 0.059 0.504 0.108 0.047 73 H 0.157 0.002 0.064 0.684 0.064 0.029 74 L 0.219 0.003 0.043 0.636 0.053 0.047 75 I 0.230 0.005 0.018 0.592 0.052 0.104 76 T 0.246 0.025 0.012 0.469 0.058 0.189 77 V 0.139 0.018 0.009 0.169 0.180 0.485 78 P 0.058 0.012 0.046 0.149 0.296 0.439 79 D 0.038 0.015 0.124 0.072 0.472 0.278 80 A 0.024 0.020 0.297 0.098 0.455 0.106 81 S 0.019 0.015 0.240 0.094 0.489 0.143 82 S 0.022 0.012 0.151 0.067 0.594 0.154 83 R 0.026 0.015 0.086 0.065 0.552 0.256 84 G 0.033 0.030 0.037 0.033 0.503 0.364 85 N 0.031 0.041 0.016 0.025 0.440 0.447 86 T 0.042 0.037 0.012 0.031 0.356 0.522 87 P 0.037 0.036 0.021 0.083 0.369 0.454 88 T 0.037 0.033 0.043 0.192 0.313 0.381 89 N 0.029 0.014 0.058 0.247 0.316 0.335 90 A 0.039 0.007 0.066 0.535 0.182 0.170 91 H 0.063 0.010 0.073 0.536 0.180 0.138 92 S 0.156 0.021 0.080 0.498 0.149 0.096 93 I 0.183 0.020 0.079 0.505 0.118 0.095 94 Y 0.147 0.010 0.118 0.551 0.125 0.049 95 K 0.102 0.003 0.150 0.567 0.131 0.046 96 E 0.077 0.007 0.085 0.637 0.122 0.071 97 L 0.094 0.022 0.048 0.489 0.146 0.201 98 K 0.088 0.007 0.015 0.055 0.187 0.646 99 P 0.138 0.018 0.022 0.024 0.234 0.565 100 I 0.119 0.041 0.020 0.013 0.203 0.605 101 N 0.084 0.037 0.018 0.012 0.226 0.623 102 Y 0.035 0.011 0.007 0.004 0.259 0.684 103 P 0.029 0.009 0.184 0.044 0.544 0.190 104 E 0.032 0.006 0.239 0.054 0.564 0.103 105 D 0.036 0.009 0.277 0.046 0.563 0.069 106 T 0.089 0.025 0.153 0.058 0.622 0.052 107 K 0.214 0.020 0.080 0.048 0.513 0.125 108 N 0.186 0.004 0.053 0.029 0.608 0.119 109 V 0.738 0.005 0.005 0.006 0.177 0.069 110 H 0.954 0.003 0.001 0.002 0.009 0.031 111 F 0.988 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 112 V 0.976 0.001 0.001 0.007 0.004 0.012 113 L 0.924 0.002 0.002 0.017 0.015 0.039 114 F 0.766 0.003 0.013 0.032 0.096 0.090 115 A 0.464 0.006 0.035 0.066 0.233 0.196 116 E 0.265 0.016 0.059 0.121 0.267 0.272 117 Y 0.119 0.016 0.031 0.131 0.345 0.358 118 P 0.020 0.004 0.077 0.567 0.178 0.154 119 D 0.008 0.003 0.056 0.827 0.073 0.034 120 V 0.003 0.001 0.038 0.936 0.016 0.006 121 L 0.004 0.001 0.020 0.952 0.016 0.007 122 S 0.005 0.001 0.021 0.946 0.018 0.009 123 H 0.009 0.001 0.011 0.960 0.014 0.006 124 V 0.003 0.001 0.004 0.983 0.007 0.003 125 A 0.002 0.001 0.003 0.987 0.005 0.002 126 A 0.004 0.001 0.004 0.983 0.007 0.002 127 I 0.006 0.001 0.005 0.968 0.013 0.006 128 A 0.007 0.001 0.006 0.963 0.016 0.008 129 R 0.011 0.001 0.013 0.932 0.028 0.016 130 T 0.026 0.001 0.015 0.864 0.046 0.048 131 F 0.037 0.003 0.019 0.741 0.070 0.131 132 C 0.050 0.009 0.022 0.636 0.111 0.171 133 K 0.064 0.006 0.031 0.584 0.139 0.176 134 F 0.069 0.006 0.055 0.502 0.175 0.194 135 S 0.115 0.016 0.054 0.399 0.207 0.208 136 M 0.200 0.017 0.067 0.290 0.222 0.204 137 K 0.177 0.019 0.049 0.250 0.243 0.263 138 T 0.160 0.015 0.044 0.223 0.312 0.246 139 S 0.132 0.007 0.034 0.101 0.424 0.302 140 G 0.176 0.017 0.049 0.090 0.384 0.284 141 I 0.350 0.022 0.055 0.056 0.278 0.239 142 R 0.450 0.010 0.079 0.078 0.183 0.200 143 E 0.580 0.016 0.048 0.070 0.114 0.172 144 L 0.590 0.011 0.030 0.075 0.106 0.186 145 N 0.486 0.005 0.011 0.032 0.134 0.332 146 V 0.546 0.011 0.005 0.064 0.073 0.301 147 N 0.479 0.006 0.005 0.095 0.077 0.338 148 I 0.516 0.005 0.010 0.263 0.049 0.156 149 D 0.572 0.007 0.012 0.238 0.051 0.121 150 V 0.600 0.012 0.017 0.231 0.060 0.080 151 V 0.494 0.016 0.021 0.234 0.100 0.134 152 C 0.284 0.011 0.059 0.236 0.276 0.133 153 D 0.097 0.005 0.099 0.269 0.415 0.114 154 K 0.070 0.008 0.100 0.202 0.490 0.131 155 L 0.093 0.040 0.059 0.179 0.464 0.165 156 T 0.066 0.019 0.029 0.155 0.377 0.354 157 N 0.027 0.007 0.052 0.204 0.468 0.242 158 E 0.030 0.004 0.093 0.290 0.452 0.131 159 D 0.053 0.004 0.105 0.243 0.456 0.138 160 A 0.195 0.008 0.079 0.338 0.259 0.121 161 V 0.366 0.012 0.048 0.368 0.109 0.097 162 F 0.469 0.018 0.032 0.357 0.055 0.068 163 L 0.439 0.009 0.031 0.319 0.084 0.119 164 T 0.231 0.008 0.045 0.345 0.152 0.219 165 D 0.133 0.012 0.059 0.326 0.216 0.254 166 L 0.035 0.006 0.067 0.509 0.196 0.188 167 S 0.021 0.004 0.044 0.577 0.164 0.190 168 E 0.006 0.001 0.036 0.870 0.063 0.025 169 S 0.010 0.002 0.027 0.869 0.059 0.033 170 V 0.014 0.002 0.021 0.883 0.052 0.028 171 R 0.026 0.002 0.022 0.868 0.050 0.033 172 E 0.014 0.002 0.012 0.921 0.029 0.022 173 T 0.012 0.001 0.015 0.902 0.028 0.042 174 A 0.010 0.001 0.043 0.871 0.032 0.045 175 R 0.022 0.003 0.057 0.805 0.039 0.075 176 L 0.031 0.005 0.041 0.699 0.039 0.184 177 I 0.014 0.002 0.001 0.050 0.036 0.898