# TARGET T0318 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.224 0.102 0.067 0.124 0.098 0.089 0.098 0.061 0.063 0.044 0.031 2 T 0.090 0.095 0.047 0.114 0.125 0.129 0.159 0.094 0.078 0.044 0.024 3 Q 0.037 0.080 0.089 0.222 0.192 0.161 0.116 0.047 0.031 0.017 0.009 4 V 0.030 0.029 0.029 0.050 0.044 0.056 0.130 0.137 0.176 0.170 0.147 5 L 0.015 0.026 0.045 0.092 0.086 0.094 0.158 0.133 0.149 0.115 0.087 6 V 0.006 0.020 0.031 0.055 0.050 0.058 0.124 0.129 0.184 0.182 0.162 7 R 0.035 0.044 0.080 0.153 0.163 0.148 0.153 0.085 0.072 0.043 0.024 8 N 0.101 0.103 0.094 0.155 0.123 0.128 0.151 0.068 0.044 0.023 0.011 9 G 0.154 0.165 0.130 0.181 0.092 0.063 0.073 0.042 0.043 0.033 0.024 10 I 0.030 0.037 0.041 0.055 0.048 0.060 0.115 0.102 0.154 0.167 0.190 11 Q 0.071 0.144 0.193 0.267 0.152 0.082 0.050 0.018 0.011 0.007 0.005 12 A 0.031 0.041 0.050 0.078 0.091 0.115 0.176 0.123 0.121 0.094 0.080 13 V 0.054 0.058 0.042 0.105 0.073 0.073 0.128 0.097 0.123 0.120 0.126 14 G 0.221 0.127 0.063 0.112 0.097 0.098 0.108 0.053 0.048 0.038 0.035 15 D 0.329 0.192 0.128 0.149 0.072 0.047 0.039 0.016 0.012 0.007 0.007 16 G 0.265 0.148 0.070 0.136 0.108 0.089 0.086 0.038 0.029 0.019 0.012 17 L 0.053 0.047 0.037 0.076 0.057 0.066 0.114 0.092 0.150 0.149 0.158 18 T 0.038 0.082 0.081 0.135 0.142 0.142 0.153 0.082 0.067 0.044 0.034 19 S 0.036 0.063 0.097 0.153 0.127 0.123 0.144 0.091 0.079 0.052 0.036 20 L 0.023 0.027 0.040 0.059 0.046 0.059 0.145 0.131 0.168 0.162 0.142 21 I 0.015 0.026 0.041 0.073 0.058 0.062 0.139 0.128 0.169 0.161 0.128 22 I 0.010 0.022 0.045 0.054 0.051 0.060 0.138 0.127 0.180 0.164 0.149 23 V 0.024 0.036 0.061 0.081 0.074 0.077 0.141 0.128 0.148 0.126 0.103 24 G 0.092 0.109 0.062 0.143 0.120 0.124 0.149 0.079 0.065 0.039 0.019 25 K 0.077 0.180 0.096 0.204 0.143 0.113 0.101 0.041 0.025 0.013 0.007 26 K 0.226 0.170 0.118 0.193 0.126 0.077 0.051 0.017 0.012 0.006 0.004 27 S 0.269 0.163 0.090 0.153 0.104 0.078 0.068 0.032 0.023 0.012 0.008 28 V 0.032 0.047 0.057 0.133 0.105 0.110 0.169 0.114 0.112 0.073 0.047 29 L 0.015 0.023 0.034 0.049 0.056 0.083 0.164 0.142 0.176 0.142 0.116 30 K 0.061 0.111 0.267 0.310 0.145 0.061 0.029 0.008 0.004 0.002 0.001 31 N 0.152 0.191 0.183 0.222 0.122 0.069 0.041 0.011 0.005 0.002 0.001 32 V 0.017 0.016 0.021 0.032 0.029 0.044 0.127 0.144 0.206 0.196 0.168 33 T 0.134 0.365 0.181 0.179 0.082 0.036 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 34 F 0.041 0.047 0.054 0.078 0.074 0.095 0.179 0.131 0.141 0.099 0.059 35 E 0.181 0.189 0.106 0.205 0.143 0.090 0.058 0.015 0.008 0.003 0.002 36 G 0.333 0.137 0.099 0.119 0.080 0.072 0.084 0.037 0.021 0.011 0.006 37 K 0.118 0.188 0.125 0.235 0.143 0.095 0.059 0.019 0.011 0.005 0.002 38 F 0.022 0.039 0.066 0.062 0.050 0.073 0.180 0.142 0.165 0.128 0.072 39 K 0.077 0.130 0.213 0.288 0.165 0.078 0.036 0.008 0.004 0.001 0.001 40 E 0.138 0.153 0.376 0.187 0.077 0.039 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 41 V 0.029 0.035 0.147 0.111 0.082 0.097 0.193 0.118 0.103 0.057 0.029 42 A 0.007 0.015 0.108 0.047 0.057 0.116 0.288 0.145 0.112 0.071 0.034 43 Q 0.007 0.030 0.514 0.255 0.113 0.046 0.023 0.006 0.004 0.002 0.001 44 K 0.014 0.063 0.308 0.201 0.172 0.123 0.078 0.022 0.012 0.005 0.002 45 F 0.010 0.024 0.067 0.056 0.056 0.078 0.178 0.133 0.168 0.138 0.092 46 V 0.013 0.031 0.055 0.075 0.094 0.131 0.255 0.143 0.105 0.064 0.035 47 T 0.077 0.159 0.398 0.178 0.094 0.047 0.028 0.009 0.006 0.003 0.001 48 D 0.109 0.204 0.163 0.214 0.124 0.083 0.064 0.019 0.011 0.006 0.002 49 G 0.478 0.172 0.051 0.100 0.069 0.051 0.039 0.016 0.011 0.007 0.004 50 D 0.502 0.215 0.073 0.104 0.050 0.027 0.017 0.006 0.004 0.002 0.001 51 S 0.146 0.233 0.119 0.186 0.114 0.078 0.060 0.027 0.019 0.011 0.006 52 W 0.074 0.054 0.036 0.085 0.090 0.118 0.176 0.120 0.114 0.080 0.053 53 N 0.181 0.140 0.125 0.244 0.160 0.083 0.042 0.012 0.007 0.003 0.002 54 S 0.065 0.108 0.196 0.229 0.146 0.101 0.075 0.034 0.025 0.014 0.007 55 M 0.047 0.049 0.068 0.101 0.082 0.096 0.161 0.112 0.121 0.094 0.069 56 I 0.021 0.029 0.058 0.068 0.067 0.097 0.174 0.136 0.148 0.122 0.081 57 S 0.039 0.103 0.288 0.196 0.130 0.082 0.069 0.033 0.028 0.019 0.013 58 R 0.046 0.096 0.138 0.185 0.148 0.121 0.122 0.057 0.042 0.028 0.017 59 I 0.048 0.043 0.033 0.060 0.053 0.063 0.123 0.115 0.163 0.159 0.139 60 P 0.211 0.203 0.115 0.184 0.120 0.078 0.051 0.017 0.011 0.006 0.004 61 A 0.237 0.127 0.118 0.133 0.092 0.083 0.081 0.042 0.040 0.028 0.019 62 S 0.336 0.197 0.077 0.132 0.074 0.050 0.050 0.028 0.024 0.018 0.014 63 G 0.464 0.180 0.050 0.085 0.061 0.051 0.043 0.021 0.019 0.014 0.012 64 R 0.161 0.199 0.083 0.158 0.117 0.092 0.083 0.039 0.032 0.021 0.016 65 H 0.103 0.085 0.041 0.115 0.129 0.134 0.149 0.088 0.076 0.050 0.030 66 P 0.254 0.116 0.068 0.149 0.120 0.095 0.088 0.041 0.034 0.020 0.014 67 L 0.083 0.055 0.026 0.071 0.076 0.091 0.159 0.125 0.136 0.106 0.071 68 H 0.048 0.056 0.053 0.110 0.091 0.107 0.163 0.110 0.122 0.086 0.054 69 Y 0.042 0.052 0.081 0.097 0.076 0.087 0.155 0.112 0.130 0.099 0.068 70 E 0.021 0.048 0.141 0.144 0.126 0.124 0.163 0.094 0.074 0.044 0.021 71 L 0.012 0.021 0.077 0.068 0.039 0.047 0.138 0.132 0.190 0.170 0.106 72 A 0.018 0.021 0.103 0.072 0.058 0.070 0.137 0.128 0.157 0.141 0.096 73 H 0.007 0.019 0.102 0.083 0.087 0.138 0.225 0.128 0.109 0.069 0.033 74 L 0.006 0.025 0.159 0.074 0.038 0.043 0.134 0.126 0.159 0.138 0.099 75 I 0.008 0.017 0.054 0.039 0.034 0.049 0.131 0.135 0.189 0.193 0.152 76 T 0.035 0.089 0.161 0.150 0.118 0.107 0.126 0.070 0.068 0.045 0.030 77 V 0.025 0.044 0.055 0.074 0.063 0.076 0.156 0.136 0.160 0.127 0.085 78 P 0.154 0.130 0.107 0.154 0.124 0.118 0.107 0.045 0.031 0.018 0.011 79 D 0.237 0.206 0.104 0.154 0.101 0.070 0.063 0.027 0.018 0.012 0.008 80 A 0.286 0.150 0.068 0.122 0.089 0.076 0.071 0.042 0.040 0.031 0.024 81 S 0.272 0.154 0.066 0.131 0.095 0.076 0.070 0.038 0.038 0.030 0.029 82 S 0.259 0.155 0.073 0.121 0.091 0.078 0.077 0.044 0.043 0.032 0.027 83 R 0.231 0.169 0.075 0.149 0.104 0.079 0.069 0.040 0.037 0.027 0.021 84 G 0.467 0.150 0.042 0.085 0.062 0.050 0.048 0.028 0.027 0.021 0.018 85 N 0.272 0.156 0.064 0.133 0.097 0.074 0.068 0.038 0.040 0.031 0.027 86 T 0.171 0.185 0.060 0.120 0.092 0.076 0.082 0.060 0.064 0.051 0.039 87 P 0.332 0.144 0.060 0.122 0.092 0.079 0.068 0.036 0.031 0.021 0.014 88 T 0.332 0.153 0.076 0.113 0.087 0.068 0.067 0.038 0.032 0.021 0.014 89 N 0.199 0.159 0.087 0.144 0.097 0.084 0.088 0.049 0.045 0.029 0.019 90 A 0.113 0.079 0.051 0.090 0.080 0.088 0.128 0.098 0.112 0.092 0.070 91 H 0.109 0.076 0.085 0.128 0.110 0.121 0.150 0.078 0.070 0.047 0.026 92 S 0.074 0.091 0.156 0.187 0.131 0.106 0.099 0.054 0.048 0.033 0.020 93 I 0.030 0.041 0.084 0.089 0.066 0.071 0.135 0.112 0.144 0.125 0.103 94 Y 0.018 0.035 0.077 0.090 0.075 0.084 0.153 0.124 0.147 0.115 0.082 95 K 0.066 0.093 0.225 0.202 0.157 0.108 0.079 0.032 0.022 0.011 0.005 96 E 0.109 0.130 0.172 0.202 0.146 0.103 0.082 0.027 0.016 0.008 0.004 97 L 0.024 0.021 0.025 0.031 0.030 0.047 0.122 0.134 0.203 0.197 0.165 98 K 0.238 0.251 0.128 0.158 0.089 0.063 0.046 0.013 0.008 0.003 0.002 99 P 0.306 0.205 0.121 0.147 0.085 0.053 0.042 0.018 0.013 0.007 0.003 100 I 0.028 0.028 0.016 0.044 0.057 0.083 0.184 0.155 0.177 0.133 0.093 101 N 0.272 0.355 0.087 0.168 0.068 0.028 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 102 Y 0.042 0.037 0.015 0.050 0.071 0.100 0.179 0.156 0.153 0.114 0.082 103 P 0.259 0.223 0.075 0.151 0.103 0.073 0.058 0.025 0.018 0.009 0.005 104 E 0.502 0.192 0.066 0.134 0.057 0.025 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 105 D 0.162 0.130 0.045 0.131 0.107 0.110 0.127 0.070 0.058 0.035 0.024 106 T 0.082 0.076 0.051 0.116 0.116 0.137 0.160 0.097 0.082 0.052 0.034 107 K 0.157 0.171 0.121 0.234 0.141 0.089 0.056 0.016 0.009 0.004 0.002 108 N 0.055 0.082 0.108 0.158 0.160 0.155 0.149 0.062 0.041 0.020 0.009 109 V 0.015 0.015 0.017 0.042 0.045 0.066 0.154 0.149 0.202 0.168 0.127 110 H 0.013 0.027 0.033 0.089 0.098 0.134 0.235 0.145 0.122 0.073 0.032 111 F 0.007 0.016 0.058 0.068 0.072 0.088 0.164 0.146 0.169 0.133 0.080 112 V 0.009 0.015 0.057 0.052 0.046 0.061 0.146 0.137 0.178 0.160 0.139 113 L 0.004 0.009 0.020 0.030 0.023 0.034 0.124 0.157 0.234 0.227 0.137 114 F 0.005 0.017 0.044 0.060 0.057 0.079 0.180 0.153 0.185 0.138 0.083 115 A 0.021 0.029 0.071 0.060 0.063 0.082 0.160 0.131 0.148 0.119 0.116 116 E 0.061 0.120 0.107 0.169 0.143 0.126 0.152 0.058 0.039 0.018 0.008 117 Y 0.020 0.050 0.033 0.093 0.083 0.113 0.217 0.145 0.129 0.081 0.037 118 P 0.414 0.167 0.109 0.124 0.086 0.055 0.029 0.007 0.004 0.002 0.001 119 D 0.189 0.151 0.116 0.155 0.126 0.105 0.093 0.034 0.018 0.008 0.005 120 V 0.014 0.020 0.026 0.047 0.042 0.065 0.171 0.159 0.216 0.161 0.079 121 L 0.028 0.046 0.081 0.075 0.051 0.076 0.178 0.119 0.142 0.121 0.083 122 S 0.038 0.063 0.272 0.186 0.163 0.117 0.083 0.034 0.024 0.014 0.008 123 H 0.012 0.030 0.129 0.087 0.063 0.080 0.189 0.123 0.131 0.096 0.060 124 V 0.009 0.018 0.114 0.069 0.035 0.039 0.127 0.122 0.181 0.175 0.111 125 A 0.022 0.031 0.284 0.085 0.083 0.124 0.176 0.073 0.059 0.039 0.024 126 A 0.017 0.038 0.427 0.153 0.092 0.081 0.097 0.039 0.028 0.017 0.010 127 I 0.011 0.028 0.192 0.075 0.043 0.054 0.148 0.106 0.142 0.123 0.078 128 A 0.017 0.030 0.136 0.067 0.044 0.067 0.163 0.112 0.140 0.129 0.095 129 R 0.032 0.063 0.325 0.143 0.103 0.098 0.106 0.051 0.040 0.025 0.014 130 T 0.043 0.072 0.225 0.115 0.085 0.094 0.148 0.077 0.066 0.045 0.029 131 F 0.050 0.068 0.137 0.102 0.063 0.066 0.132 0.095 0.110 0.102 0.075 132 C 0.060 0.078 0.125 0.089 0.065 0.081 0.147 0.098 0.107 0.086 0.063 133 K 0.076 0.136 0.242 0.241 0.131 0.078 0.052 0.019 0.013 0.007 0.004 134 F 0.059 0.045 0.079 0.083 0.083 0.099 0.157 0.111 0.123 0.097 0.065 135 S 0.126 0.192 0.138 0.215 0.120 0.071 0.062 0.030 0.023 0.014 0.010 136 M 0.122 0.097 0.064 0.083 0.079 0.095 0.132 0.099 0.101 0.077 0.052 137 K 0.154 0.200 0.142 0.221 0.127 0.075 0.045 0.015 0.011 0.006 0.004 138 T 0.103 0.118 0.078 0.142 0.112 0.094 0.111 0.072 0.075 0.057 0.039 139 S 0.362 0.171 0.085 0.147 0.080 0.051 0.043 0.022 0.019 0.012 0.007 140 G 0.309 0.158 0.054 0.112 0.081 0.072 0.083 0.048 0.040 0.027 0.016 141 I 0.128 0.077 0.049 0.106 0.100 0.109 0.124 0.089 0.093 0.072 0.053 142 R 0.145 0.145 0.116 0.187 0.133 0.099 0.079 0.037 0.028 0.017 0.013 143 E 0.163 0.158 0.177 0.206 0.127 0.080 0.049 0.018 0.012 0.006 0.003 144 L 0.052 0.047 0.044 0.069 0.047 0.059 0.129 0.121 0.167 0.149 0.116 145 N 0.113 0.166 0.109 0.205 0.153 0.102 0.072 0.030 0.023 0.015 0.012 146 V 0.034 0.031 0.036 0.042 0.038 0.048 0.112 0.124 0.177 0.177 0.181 147 N 0.119 0.142 0.108 0.230 0.157 0.100 0.079 0.030 0.019 0.010 0.007 148 I 0.025 0.029 0.023 0.052 0.043 0.057 0.135 0.129 0.187 0.181 0.139 149 D 0.075 0.136 0.102 0.263 0.187 0.111 0.070 0.025 0.017 0.009 0.006 150 V 0.018 0.022 0.028 0.045 0.048 0.071 0.159 0.160 0.184 0.156 0.109 151 V 0.031 0.072 0.077 0.170 0.150 0.123 0.150 0.083 0.071 0.044 0.030 152 C 0.008 0.018 0.019 0.043 0.043 0.053 0.131 0.134 0.185 0.178 0.188 153 D 0.067 0.098 0.123 0.260 0.203 0.119 0.076 0.025 0.016 0.008 0.004 154 K 0.168 0.172 0.133 0.239 0.133 0.072 0.048 0.016 0.010 0.005 0.002 155 L 0.016 0.016 0.019 0.036 0.039 0.058 0.133 0.135 0.193 0.192 0.164 156 T 0.059 0.211 0.145 0.198 0.117 0.090 0.083 0.037 0.029 0.017 0.012 157 N 0.255 0.213 0.161 0.180 0.098 0.050 0.028 0.008 0.004 0.002 0.001 158 E 0.477 0.158 0.103 0.117 0.063 0.039 0.026 0.008 0.005 0.002 0.001 159 D 0.081 0.093 0.065 0.157 0.131 0.133 0.160 0.075 0.056 0.031 0.018 160 A 0.080 0.052 0.063 0.090 0.079 0.102 0.154 0.110 0.116 0.089 0.065 161 V 0.068 0.115 0.238 0.194 0.148 0.111 0.075 0.026 0.015 0.007 0.003 162 F 0.020 0.042 0.099 0.099 0.080 0.101 0.175 0.119 0.129 0.088 0.048 163 L 0.016 0.026 0.056 0.078 0.068 0.080 0.161 0.126 0.148 0.134 0.107 164 T 0.072 0.098 0.210 0.153 0.119 0.096 0.110 0.058 0.044 0.026 0.014 165 D 0.077 0.126 0.249 0.194 0.134 0.096 0.074 0.025 0.015 0.006 0.003 166 L 0.028 0.052 0.083 0.081 0.061 0.073 0.157 0.115 0.138 0.125 0.088 167 S 0.133 0.194 0.148 0.157 0.122 0.104 0.090 0.027 0.015 0.007 0.003 168 E 0.472 0.139 0.197 0.113 0.041 0.019 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 169 S 0.184 0.126 0.178 0.158 0.111 0.093 0.087 0.032 0.019 0.009 0.004 170 V 0.027 0.045 0.124 0.085 0.064 0.096 0.195 0.117 0.114 0.083 0.051 171 R 0.051 0.078 0.292 0.241 0.170 0.098 0.048 0.012 0.006 0.003 0.001 172 E 0.071 0.085 0.479 0.151 0.088 0.062 0.040 0.012 0.007 0.003 0.001 173 T 0.023 0.050 0.207 0.157 0.119 0.108 0.149 0.071 0.061 0.037 0.020 174 A 0.033 0.043 0.141 0.065 0.056 0.092 0.204 0.123 0.112 0.085 0.048 175 R 0.031 0.067 0.476 0.239 0.112 0.046 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 176 L 0.025 0.077 0.309 0.117 0.088 0.088 0.120 0.061 0.058 0.037 0.020 177 I 0.054 0.083 0.123 0.131 0.099 0.094 0.133 0.086 0.092 0.066 0.040