# TARGET T0318 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.090 0.063 0.027 0.023 0.018 0.031 0.033 0.004 0.001 0.007 0.704 2 T 0.055 0.060 0.017 0.063 0.119 0.181 0.108 0.003 0.001 0.010 0.383 3 Q 0.070 0.059 0.008 0.084 0.118 0.244 0.098 0.003 0.001 0.009 0.308 4 V 0.042 0.126 0.003 0.146 0.216 0.237 0.030 0.003 0.001 0.002 0.195 5 L 0.021 0.119 0.002 0.205 0.204 0.314 0.032 0.001 0.001 0.001 0.100 6 V 0.005 0.109 0.001 0.180 0.226 0.372 0.022 0.002 0.001 0.001 0.083 7 R 0.025 0.139 0.002 0.128 0.140 0.351 0.044 0.006 0.001 0.003 0.161 8 N 0.053 0.125 0.007 0.047 0.062 0.161 0.168 0.012 0.001 0.010 0.356 9 G 0.196 0.054 0.017 0.044 0.051 0.055 0.153 0.020 0.001 0.039 0.371 10 I 0.080 0.078 0.237 0.028 0.026 0.043 0.215 0.002 0.001 0.015 0.276 11 Q 0.010 0.093 0.004 0.072 0.123 0.127 0.136 0.003 0.001 0.003 0.428 12 A 0.066 0.159 0.003 0.041 0.082 0.125 0.075 0.002 0.001 0.004 0.443 13 V 0.051 0.304 0.002 0.039 0.127 0.147 0.056 0.005 0.001 0.004 0.265 14 G 0.116 0.233 0.007 0.015 0.064 0.128 0.112 0.007 0.001 0.013 0.305 15 D 0.100 0.125 0.009 0.017 0.048 0.075 0.109 0.016 0.001 0.010 0.491 16 G 0.253 0.058 0.012 0.025 0.054 0.043 0.101 0.027 0.001 0.029 0.397 17 L 0.161 0.044 0.202 0.040 0.045 0.052 0.100 0.005 0.001 0.023 0.327 18 T 0.014 0.016 0.020 0.136 0.176 0.218 0.082 0.002 0.001 0.005 0.330 19 S 0.019 0.006 0.006 0.211 0.188 0.304 0.040 0.001 0.001 0.004 0.222 20 L 0.008 0.005 0.002 0.296 0.265 0.324 0.020 0.001 0.001 0.001 0.078 21 I 0.002 0.003 0.001 0.440 0.237 0.278 0.012 0.001 0.001 0.001 0.027 22 I 0.001 0.005 0.001 0.514 0.167 0.250 0.015 0.001 0.001 0.001 0.048 23 V 0.002 0.005 0.001 0.455 0.159 0.307 0.017 0.001 0.001 0.001 0.053 24 G 0.006 0.008 0.001 0.227 0.147 0.319 0.079 0.001 0.001 0.003 0.209 25 K 0.010 0.006 0.004 0.086 0.053 0.129 0.069 0.001 0.001 0.006 0.636 26 K 0.017 0.010 0.003 0.062 0.066 0.155 0.128 0.001 0.001 0.009 0.550 27 S 0.070 0.021 0.002 0.026 0.053 0.048 0.120 0.002 0.001 0.007 0.653 28 V 0.107 0.141 0.003 0.028 0.061 0.082 0.068 0.003 0.001 0.007 0.500 29 L 0.067 0.225 0.004 0.034 0.104 0.237 0.061 0.003 0.001 0.008 0.258 30 K 0.064 0.222 0.003 0.028 0.086 0.219 0.068 0.005 0.001 0.005 0.299 31 N 0.208 0.223 0.006 0.028 0.067 0.122 0.023 0.019 0.001 0.004 0.300 32 V 0.174 0.191 0.025 0.053 0.127 0.107 0.035 0.013 0.001 0.004 0.271 33 T 0.033 0.071 0.016 0.066 0.151 0.212 0.118 0.006 0.001 0.004 0.323 34 F 0.019 0.038 0.019 0.064 0.106 0.184 0.073 0.002 0.001 0.003 0.491 35 E 0.033 0.057 0.003 0.058 0.032 0.098 0.219 0.002 0.001 0.006 0.491 36 G 0.128 0.045 0.006 0.025 0.016 0.029 0.215 0.003 0.001 0.018 0.516 37 K 0.130 0.091 0.019 0.017 0.007 0.010 0.183 0.001 0.001 0.007 0.535 38 F 0.039 0.145 0.007 0.024 0.016 0.042 0.159 0.001 0.001 0.005 0.561 39 K 0.042 0.343 0.001 0.020 0.021 0.032 0.066 0.002 0.001 0.003 0.470 40 E 0.040 0.470 0.001 0.001 0.003 0.004 0.035 0.001 0.001 0.001 0.444 41 V 0.034 0.819 0.001 0.001 0.004 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.125 42 A 0.033 0.869 0.002 0.002 0.006 0.034 0.009 0.003 0.001 0.002 0.040 43 Q 0.017 0.896 0.002 0.003 0.007 0.034 0.002 0.008 0.001 0.001 0.031 44 K 0.058 0.831 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 0.082 45 F 0.104 0.800 0.003 0.003 0.006 0.004 0.001 0.037 0.001 0.001 0.042 46 V 0.092 0.632 0.029 0.017 0.018 0.036 0.011 0.050 0.001 0.001 0.114 47 T 0.061 0.427 0.078 0.037 0.041 0.081 0.079 0.030 0.001 0.001 0.164 48 D 0.149 0.140 0.015 0.027 0.019 0.034 0.056 0.020 0.001 0.003 0.536 49 G 0.180 0.049 0.028 0.020 0.010 0.015 0.165 0.009 0.001 0.010 0.513 50 D 0.113 0.021 0.035 0.014 0.008 0.009 0.273 0.003 0.001 0.018 0.505 51 S 0.061 0.025 0.015 0.015 0.015 0.015 0.283 0.002 0.001 0.011 0.558 52 W 0.053 0.062 0.003 0.019 0.024 0.040 0.312 0.002 0.001 0.013 0.473 53 N 0.110 0.163 0.002 0.027 0.063 0.078 0.155 0.004 0.001 0.020 0.378 54 S 0.119 0.231 0.004 0.008 0.034 0.049 0.188 0.004 0.001 0.020 0.342 55 M 0.137 0.283 0.006 0.022 0.079 0.086 0.107 0.011 0.001 0.010 0.259 56 I 0.148 0.309 0.009 0.040 0.089 0.132 0.058 0.018 0.001 0.012 0.184 57 S 0.091 0.227 0.013 0.064 0.128 0.181 0.093 0.028 0.001 0.008 0.166 58 R 0.174 0.113 0.028 0.048 0.045 0.084 0.047 0.046 0.001 0.006 0.409 59 I 0.228 0.037 0.034 0.064 0.143 0.137 0.068 0.014 0.001 0.004 0.272 60 P 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.970 61 A 0.005 0.002 0.001 0.043 0.043 0.106 0.162 0.001 0.001 0.002 0.635 62 S 0.163 0.004 0.001 0.021 0.011 0.015 0.140 0.001 0.001 0.013 0.631 63 G 0.389 0.023 0.001 0.030 0.012 0.014 0.134 0.002 0.001 0.014 0.382 64 R 0.246 0.022 0.020 0.045 0.010 0.025 0.162 0.001 0.001 0.015 0.453 65 H 0.051 0.021 0.004 0.101 0.045 0.078 0.199 0.001 0.001 0.003 0.497 66 P 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.977 67 L 0.028 0.022 0.001 0.047 0.064 0.123 0.101 0.001 0.001 0.003 0.611 68 H 0.090 0.067 0.001 0.025 0.024 0.054 0.109 0.001 0.001 0.005 0.625 69 Y 0.082 0.318 0.001 0.029 0.061 0.068 0.045 0.002 0.001 0.002 0.391 70 E 0.034 0.508 0.003 0.032 0.027 0.071 0.070 0.001 0.001 0.003 0.250 71 L 0.038 0.543 0.002 0.025 0.035 0.082 0.044 0.007 0.001 0.003 0.221 72 A 0.053 0.677 0.004 0.028 0.042 0.089 0.021 0.009 0.001 0.003 0.074 73 H 0.040 0.692 0.007 0.027 0.041 0.057 0.012 0.013 0.001 0.001 0.110 74 L 0.079 0.534 0.008 0.039 0.058 0.049 0.008 0.028 0.001 0.001 0.197 75 I 0.086 0.364 0.013 0.096 0.109 0.143 0.027 0.049 0.001 0.003 0.109 76 T 0.154 0.186 0.077 0.051 0.039 0.082 0.059 0.038 0.001 0.005 0.310 77 V 0.057 0.051 0.082 0.131 0.105 0.144 0.073 0.010 0.001 0.003 0.344 78 P 0.001 0.001 0.002 0.010 0.002 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.970 79 D 0.018 0.002 0.002 0.040 0.024 0.042 0.236 0.001 0.001 0.005 0.630 80 A 0.284 0.011 0.002 0.026 0.008 0.012 0.060 0.001 0.001 0.010 0.586 81 S 0.125 0.061 0.001 0.057 0.031 0.040 0.192 0.002 0.001 0.010 0.481 82 S 0.188 0.046 0.003 0.031 0.023 0.036 0.198 0.001 0.001 0.010 0.464 83 R 0.179 0.096 0.004 0.026 0.020 0.030 0.093 0.004 0.001 0.006 0.542 84 G 0.160 0.082 0.012 0.017 0.023 0.036 0.146 0.005 0.001 0.013 0.507 85 N 0.143 0.041 0.019 0.014 0.024 0.043 0.179 0.006 0.001 0.015 0.516 86 T 0.126 0.039 0.019 0.026 0.027 0.045 0.144 0.004 0.001 0.006 0.563 87 P 0.009 0.004 0.003 0.004 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.963 88 T 0.053 0.020 0.003 0.027 0.015 0.041 0.334 0.002 0.001 0.015 0.491 89 N 0.167 0.042 0.003 0.008 0.005 0.007 0.185 0.003 0.001 0.007 0.573 90 A 0.078 0.348 0.002 0.014 0.006 0.009 0.136 0.003 0.001 0.005 0.399 91 H 0.032 0.379 0.002 0.007 0.004 0.008 0.202 0.002 0.001 0.009 0.356 92 S 0.049 0.562 0.002 0.003 0.004 0.005 0.183 0.004 0.001 0.005 0.184 93 I 0.033 0.891 0.001 0.001 0.003 0.004 0.018 0.003 0.001 0.001 0.044 94 Y 0.017 0.950 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.018 95 K 0.023 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.066 96 E 0.129 0.735 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.063 0.001 0.001 0.063 97 L 0.332 0.476 0.038 0.002 0.003 0.004 0.004 0.064 0.001 0.001 0.075 98 K 0.141 0.289 0.091 0.036 0.033 0.027 0.019 0.057 0.001 0.001 0.306 99 P 0.015 0.014 0.017 0.015 0.005 0.009 0.006 0.005 0.001 0.001 0.914 100 I 0.087 0.023 0.008 0.112 0.038 0.069 0.068 0.009 0.001 0.002 0.583 101 N 0.225 0.026 0.012 0.103 0.026 0.055 0.067 0.007 0.001 0.006 0.474 102 Y 0.070 0.016 0.010 0.074 0.046 0.059 0.108 0.002 0.001 0.002 0.614 103 P 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.972 104 E 0.013 0.001 0.001 0.037 0.027 0.067 0.275 0.001 0.001 0.006 0.572 105 D 0.201 0.005 0.001 0.010 0.013 0.014 0.219 0.001 0.001 0.017 0.519 106 T 0.309 0.088 0.002 0.028 0.023 0.025 0.104 0.002 0.001 0.015 0.404 107 K 0.115 0.081 0.003 0.018 0.034 0.037 0.246 0.001 0.001 0.018 0.446 108 N 0.162 0.063 0.004 0.017 0.023 0.051 0.171 0.005 0.001 0.023 0.483 109 V 0.285 0.090 0.036 0.052 0.128 0.152 0.045 0.005 0.001 0.015 0.192 110 H 0.019 0.030 0.012 0.107 0.313 0.294 0.096 0.001 0.001 0.004 0.123 111 F 0.003 0.010 0.004 0.103 0.277 0.493 0.018 0.001 0.001 0.001 0.090 112 V 0.001 0.006 0.001 0.260 0.266 0.452 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 113 L 0.002 0.018 0.001 0.321 0.223 0.279 0.023 0.001 0.001 0.001 0.132 114 F 0.005 0.017 0.001 0.409 0.200 0.277 0.021 0.001 0.001 0.001 0.068 115 A 0.009 0.023 0.002 0.361 0.080 0.221 0.068 0.003 0.001 0.003 0.231 116 E 0.027 0.016 0.003 0.131 0.046 0.122 0.173 0.005 0.001 0.010 0.467 117 Y 0.113 0.009 0.021 0.051 0.019 0.041 0.134 0.003 0.001 0.008 0.599 118 P 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.974 119 D 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.117 0.001 0.001 0.001 0.867 120 V 0.205 0.089 0.001 0.004 0.002 0.002 0.081 0.001 0.001 0.002 0.614 121 L 0.040 0.810 0.001 0.005 0.001 0.005 0.035 0.001 0.001 0.001 0.102 122 S 0.028 0.803 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 0.001 0.140 123 H 0.023 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 124 V 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 125 A 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 126 A 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 127 I 0.012 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 128 A 0.015 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 129 R 0.012 0.949 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 0.016 130 T 0.077 0.776 0.010 0.001 0.002 0.002 0.002 0.031 0.001 0.001 0.099 131 F 0.109 0.753 0.029 0.004 0.005 0.007 0.006 0.019 0.001 0.001 0.066 132 C 0.076 0.499 0.059 0.018 0.022 0.045 0.030 0.031 0.001 0.003 0.215 133 K 0.053 0.344 0.054 0.035 0.037 0.055 0.029 0.016 0.001 0.002 0.376 134 F 0.083 0.293 0.009 0.047 0.058 0.090 0.030 0.016 0.001 0.003 0.372 135 S 0.153 0.172 0.016 0.050 0.068 0.090 0.053 0.015 0.001 0.004 0.378 136 M 0.053 0.074 0.019 0.046 0.070 0.084 0.044 0.008 0.001 0.003 0.599 137 K 0.051 0.050 0.008 0.047 0.083 0.139 0.135 0.005 0.001 0.007 0.475 138 T 0.118 0.045 0.009 0.032 0.046 0.076 0.120 0.005 0.001 0.010 0.539 139 S 0.069 0.053 0.008 0.038 0.051 0.060 0.127 0.003 0.001 0.009 0.583 140 G 0.092 0.028 0.006 0.025 0.045 0.056 0.202 0.003 0.001 0.017 0.525 141 I 0.126 0.048 0.013 0.051 0.075 0.140 0.148 0.002 0.001 0.017 0.380 142 R 0.051 0.052 0.004 0.097 0.192 0.203 0.102 0.003 0.001 0.005 0.291 143 E 0.054 0.045 0.004 0.044 0.091 0.160 0.074 0.003 0.001 0.007 0.520 144 L 0.063 0.033 0.004 0.127 0.240 0.316 0.049 0.005 0.001 0.005 0.158 145 N 0.054 0.014 0.005 0.075 0.136 0.162 0.129 0.006 0.001 0.007 0.411 146 V 0.023 0.004 0.025 0.190 0.155 0.203 0.052 0.001 0.001 0.006 0.339 147 N 0.006 0.001 0.003 0.142 0.105 0.172 0.200 0.001 0.001 0.004 0.366 148 I 0.023 0.001 0.011 0.250 0.078 0.096 0.054 0.001 0.001 0.010 0.477 149 D 0.007 0.002 0.001 0.258 0.078 0.141 0.226 0.001 0.001 0.005 0.280 150 V 0.019 0.002 0.002 0.352 0.090 0.110 0.068 0.001 0.001 0.008 0.347 151 V 0.007 0.010 0.001 0.361 0.085 0.220 0.116 0.001 0.001 0.005 0.195 152 C 0.018 0.019 0.001 0.216 0.164 0.359 0.063 0.001 0.001 0.007 0.152 153 D 0.028 0.075 0.001 0.159 0.113 0.239 0.067 0.002 0.001 0.005 0.311 154 K 0.073 0.079 0.003 0.043 0.064 0.116 0.082 0.009 0.001 0.009 0.521 155 L 0.209 0.118 0.017 0.050 0.111 0.130 0.114 0.014 0.001 0.019 0.219 156 T 0.115 0.129 0.017 0.031 0.068 0.088 0.230 0.013 0.001 0.014 0.293 157 N 0.054 0.103 0.019 0.020 0.030 0.032 0.104 0.006 0.001 0.006 0.625 158 E 0.034 0.098 0.010 0.012 0.018 0.032 0.146 0.003 0.001 0.014 0.632 159 D 0.066 0.057 0.005 0.012 0.033 0.058 0.541 0.009 0.001 0.049 0.170 160 A 0.165 0.293 0.023 0.056 0.050 0.076 0.125 0.011 0.001 0.018 0.183 161 V 0.040 0.487 0.007 0.072 0.091 0.095 0.048 0.005 0.001 0.004 0.152 162 F 0.035 0.416 0.006 0.033 0.075 0.103 0.030 0.006 0.001 0.003 0.295 163 L 0.046 0.378 0.005 0.071 0.116 0.262 0.022 0.012 0.001 0.003 0.086 164 T 0.075 0.401 0.011 0.043 0.037 0.072 0.065 0.027 0.001 0.004 0.264 165 D 0.156 0.243 0.019 0.026 0.031 0.045 0.091 0.025 0.001 0.008 0.355 166 L 0.124 0.167 0.042 0.033 0.026 0.044 0.185 0.018 0.001 0.016 0.346 167 S 0.073 0.140 0.021 0.024 0.012 0.021 0.312 0.013 0.001 0.013 0.370 168 E 0.071 0.164 0.013 0.011 0.008 0.009 0.147 0.008 0.001 0.012 0.556 169 S 0.092 0.233 0.007 0.003 0.005 0.006 0.263 0.003 0.001 0.012 0.377 170 V 0.057 0.398 0.007 0.007 0.012 0.018 0.233 0.008 0.001 0.012 0.248 171 R 0.030 0.745 0.004 0.007 0.013 0.019 0.037 0.005 0.001 0.005 0.134 172 E 0.038 0.763 0.002 0.002 0.008 0.015 0.039 0.011 0.001 0.004 0.118 173 T 0.083 0.822 0.003 0.002 0.006 0.008 0.004 0.019 0.001 0.001 0.051 174 A 0.073 0.828 0.008 0.003 0.006 0.006 0.003 0.016 0.001 0.001 0.056 175 R 0.058 0.684 0.024 0.009 0.026 0.033 0.020 0.034 0.001 0.003 0.110 176 L 0.132 0.478 0.034 0.029 0.041 0.072 0.017 0.036 0.001 0.003 0.159 177 I 0.077 0.432 0.034 0.077 0.067 0.097 0.036 0.021 0.001 0.003 0.155