# TARGET T0318 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.002 0.001 0.007 0.005 0.002 0.930 2 T 0.471 0.014 0.004 0.027 0.007 0.006 0.471 3 Q 0.823 0.007 0.004 0.044 0.022 0.004 0.096 4 V 0.857 0.004 0.006 0.073 0.010 0.004 0.048 5 L 0.812 0.004 0.006 0.136 0.006 0.006 0.031 6 V 0.745 0.005 0.007 0.165 0.010 0.017 0.050 7 R 0.588 0.006 0.013 0.185 0.051 0.065 0.092 8 N 0.222 0.004 0.018 0.115 0.126 0.405 0.110 9 G 0.178 0.006 0.028 0.067 0.170 0.361 0.190 10 I 0.472 0.021 0.026 0.078 0.085 0.058 0.260 11 Q 0.718 0.022 0.020 0.064 0.051 0.026 0.098 12 A 0.657 0.026 0.033 0.069 0.045 0.031 0.140 13 V 0.415 0.025 0.038 0.080 0.114 0.122 0.206 14 G 0.148 0.009 0.047 0.039 0.283 0.152 0.323 15 D 0.054 0.005 0.074 0.051 0.194 0.521 0.101 16 G 0.079 0.011 0.060 0.021 0.214 0.488 0.127 17 L 0.317 0.027 0.026 0.006 0.137 0.046 0.442 18 T 0.526 0.013 0.008 0.005 0.123 0.024 0.301 19 S 0.852 0.003 0.007 0.006 0.046 0.010 0.077 20 L 0.952 0.002 0.002 0.009 0.006 0.002 0.027 21 I 0.968 0.002 0.001 0.014 0.002 0.002 0.011 22 I 0.955 0.002 0.001 0.019 0.002 0.003 0.018 23 V 0.797 0.005 0.003 0.032 0.030 0.033 0.100 24 G 0.386 0.006 0.005 0.021 0.259 0.089 0.234 25 K 0.259 0.015 0.038 0.128 0.165 0.129 0.265 26 K 0.191 0.009 0.113 0.280 0.119 0.106 0.181 27 S 0.268 0.013 0.137 0.207 0.085 0.097 0.193 28 V 0.377 0.016 0.132 0.232 0.058 0.102 0.083 29 L 0.443 0.010 0.118 0.197 0.070 0.079 0.084 30 K 0.488 0.005 0.080 0.178 0.063 0.117 0.069 31 N 0.406 0.005 0.052 0.252 0.058 0.117 0.110 32 V 0.536 0.014 0.015 0.134 0.035 0.038 0.228 33 T 0.461 0.012 0.011 0.149 0.034 0.062 0.270 34 F 0.473 0.020 0.010 0.161 0.076 0.058 0.202 35 E 0.261 0.008 0.009 0.246 0.130 0.144 0.204 36 G 0.140 0.003 0.006 0.229 0.334 0.144 0.144 37 K 0.187 0.015 0.004 0.376 0.085 0.037 0.296 38 F 0.130 0.005 0.004 0.725 0.019 0.011 0.105 39 K 0.111 0.001 0.005 0.813 0.019 0.009 0.042 40 E 0.149 0.003 0.005 0.792 0.015 0.008 0.028 41 V 0.138 0.002 0.009 0.801 0.009 0.013 0.027 42 A 0.201 0.003 0.016 0.722 0.014 0.017 0.027 43 Q 0.166 0.002 0.026 0.743 0.019 0.025 0.019 44 K 0.139 0.002 0.025 0.753 0.016 0.046 0.020 45 F 0.184 0.013 0.020 0.628 0.022 0.095 0.038 46 V 0.183 0.025 0.019 0.387 0.064 0.135 0.188 47 T 0.123 0.017 0.028 0.193 0.140 0.232 0.267 48 D 0.049 0.010 0.023 0.119 0.246 0.318 0.234 49 G 0.014 0.004 0.029 0.105 0.239 0.447 0.163 50 D 0.020 0.008 0.031 0.113 0.336 0.170 0.323 51 S 0.068 0.054 0.038 0.243 0.163 0.131 0.304 52 W 0.059 0.012 0.048 0.629 0.048 0.084 0.119 53 N 0.078 0.005 0.071 0.603 0.050 0.081 0.112 54 S 0.102 0.009 0.134 0.556 0.046 0.071 0.083 55 M 0.123 0.008 0.131 0.579 0.030 0.072 0.056 56 I 0.196 0.015 0.163 0.420 0.045 0.101 0.059 57 S 0.151 0.009 0.091 0.361 0.041 0.264 0.083 58 R 0.121 0.013 0.087 0.230 0.123 0.250 0.176 59 I 0.116 0.029 0.011 0.043 0.399 0.017 0.385 60 P 0.064 0.029 0.023 0.024 0.059 0.061 0.740 61 A 0.030 0.022 0.132 0.073 0.117 0.355 0.271 62 S 0.017 0.006 0.112 0.050 0.156 0.474 0.187 63 G 0.019 0.007 0.061 0.035 0.279 0.250 0.350 64 R 0.036 0.019 0.013 0.049 0.335 0.061 0.488 65 H 0.047 0.012 0.004 0.052 0.375 0.015 0.496 66 P 0.063 0.017 0.016 0.504 0.064 0.075 0.260 67 L 0.093 0.010 0.014 0.677 0.036 0.051 0.118 68 H 0.195 0.011 0.015 0.611 0.046 0.023 0.099 69 Y 0.344 0.009 0.013 0.535 0.033 0.016 0.050 70 E 0.396 0.007 0.010 0.491 0.022 0.025 0.049 71 L 0.261 0.004 0.027 0.621 0.014 0.026 0.045 72 A 0.266 0.003 0.051 0.559 0.035 0.042 0.045 73 H 0.336 0.003 0.062 0.453 0.030 0.074 0.043 74 L 0.412 0.010 0.058 0.340 0.028 0.105 0.046 75 I 0.481 0.021 0.028 0.210 0.043 0.122 0.095 76 T 0.443 0.017 0.015 0.111 0.088 0.107 0.219 77 V 0.253 0.014 0.005 0.029 0.248 0.015 0.435 78 P 0.159 0.028 0.008 0.017 0.131 0.037 0.620 79 D 0.086 0.022 0.032 0.024 0.140 0.075 0.621 80 A 0.059 0.015 0.132 0.054 0.174 0.320 0.246 81 S 0.036 0.012 0.149 0.041 0.219 0.254 0.288 82 S 0.054 0.045 0.096 0.043 0.224 0.248 0.290 83 R 0.048 0.031 0.037 0.018 0.260 0.250 0.356 84 G 0.048 0.031 0.014 0.005 0.294 0.225 0.383 85 N 0.034 0.048 0.010 0.005 0.345 0.124 0.433 86 T 0.028 0.033 0.004 0.004 0.387 0.031 0.514 87 P 0.036 0.036 0.012 0.022 0.182 0.214 0.498 88 T 0.034 0.053 0.020 0.072 0.253 0.241 0.327 89 N 0.042 0.031 0.024 0.141 0.237 0.102 0.424 90 A 0.030 0.012 0.046 0.552 0.072 0.113 0.175 91 H 0.050 0.009 0.065 0.615 0.067 0.084 0.109 92 S 0.091 0.014 0.088 0.568 0.067 0.070 0.101 93 I 0.100 0.020 0.089 0.616 0.037 0.085 0.054 94 Y 0.109 0.012 0.148 0.538 0.034 0.092 0.067 95 K 0.099 0.005 0.208 0.412 0.057 0.153 0.066 96 E 0.117 0.008 0.153 0.323 0.052 0.249 0.098 97 L 0.156 0.016 0.061 0.145 0.213 0.115 0.294 98 K 0.144 0.023 0.006 0.019 0.233 0.017 0.556 99 P 0.170 0.032 0.009 0.006 0.047 0.028 0.709 100 I 0.193 0.025 0.009 0.003 0.120 0.067 0.583 101 N 0.183 0.036 0.011 0.004 0.210 0.072 0.483 102 Y 0.090 0.018 0.008 0.005 0.246 0.012 0.622 103 P 0.055 0.023 0.033 0.013 0.091 0.070 0.715 104 E 0.032 0.013 0.126 0.032 0.189 0.443 0.164 105 D 0.040 0.013 0.140 0.035 0.176 0.353 0.243 106 T 0.072 0.018 0.125 0.070 0.199 0.143 0.374 107 K 0.123 0.012 0.061 0.082 0.169 0.196 0.356 108 N 0.353 0.022 0.023 0.031 0.186 0.104 0.280 109 V 0.631 0.010 0.003 0.014 0.037 0.011 0.294 110 H 0.867 0.002 0.001 0.018 0.040 0.004 0.069 111 F 0.976 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.008 112 V 0.957 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.012 113 L 0.939 0.001 0.002 0.035 0.002 0.003 0.017 114 F 0.810 0.002 0.012 0.052 0.019 0.014 0.091 115 A 0.421 0.007 0.041 0.052 0.153 0.089 0.237 116 E 0.150 0.017 0.043 0.074 0.282 0.128 0.306 117 Y 0.031 0.007 0.032 0.182 0.249 0.032 0.467 118 P 0.008 0.002 0.116 0.512 0.085 0.156 0.120 119 D 0.010 0.006 0.083 0.673 0.054 0.131 0.043 120 V 0.004 0.001 0.032 0.906 0.006 0.042 0.009 121 L 0.003 0.001 0.009 0.968 0.003 0.011 0.006 122 S 0.002 0.001 0.006 0.972 0.003 0.012 0.005 123 H 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.011 0.003 124 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 125 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 126 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 127 I 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.012 0.001 128 A 0.001 0.001 0.004 0.972 0.001 0.021 0.001 129 R 0.003 0.001 0.007 0.926 0.005 0.055 0.004 130 T 0.006 0.001 0.009 0.887 0.008 0.077 0.013 131 F 0.016 0.003 0.014 0.831 0.016 0.096 0.024 132 C 0.048 0.005 0.022 0.657 0.041 0.136 0.090 133 K 0.092 0.003 0.029 0.571 0.068 0.130 0.107 134 F 0.173 0.008 0.030 0.498 0.059 0.103 0.128 135 S 0.261 0.017 0.021 0.343 0.054 0.103 0.202 136 M 0.275 0.013 0.028 0.235 0.089 0.102 0.259 137 K 0.301 0.017 0.021 0.137 0.081 0.122 0.321 138 T 0.171 0.015 0.020 0.110 0.161 0.096 0.427 139 S 0.102 0.006 0.015 0.082 0.270 0.206 0.320 140 G 0.163 0.010 0.014 0.070 0.248 0.145 0.349 141 I 0.358 0.017 0.019 0.066 0.086 0.042 0.412 142 R 0.501 0.012 0.022 0.066 0.089 0.028 0.282 143 E 0.652 0.009 0.025 0.090 0.061 0.032 0.132 144 L 0.671 0.011 0.019 0.106 0.036 0.046 0.112 145 N 0.682 0.010 0.006 0.057 0.037 0.062 0.147 146 V 0.687 0.009 0.004 0.029 0.031 0.039 0.201 147 N 0.612 0.011 0.003 0.038 0.041 0.037 0.258 148 I 0.598 0.007 0.006 0.057 0.066 0.024 0.241 149 D 0.679 0.009 0.008 0.082 0.063 0.024 0.136 150 V 0.712 0.009 0.015 0.140 0.028 0.031 0.064 151 V 0.632 0.021 0.013 0.157 0.031 0.037 0.110 152 C 0.354 0.017 0.057 0.203 0.067 0.097 0.204 153 D 0.161 0.004 0.086 0.128 0.209 0.296 0.116 154 K 0.172 0.016 0.104 0.144 0.131 0.257 0.175 155 L 0.151 0.046 0.053 0.110 0.179 0.132 0.328 156 T 0.077 0.027 0.021 0.104 0.166 0.133 0.472 157 N 0.035 0.009 0.035 0.147 0.353 0.171 0.250 158 E 0.024 0.006 0.076 0.300 0.202 0.244 0.148 159 D 0.047 0.006 0.104 0.303 0.141 0.174 0.226 160 A 0.168 0.021 0.073 0.332 0.073 0.055 0.277 161 V 0.351 0.024 0.055 0.342 0.058 0.047 0.123 162 F 0.411 0.023 0.042 0.364 0.037 0.054 0.070 163 L 0.327 0.014 0.050 0.356 0.044 0.052 0.157 164 T 0.223 0.011 0.069 0.309 0.103 0.104 0.182 165 D 0.160 0.019 0.073 0.258 0.087 0.147 0.256 166 L 0.058 0.009 0.084 0.360 0.093 0.087 0.310 167 S 0.036 0.004 0.074 0.493 0.066 0.089 0.238 168 E 0.028 0.003 0.042 0.671 0.094 0.076 0.086 169 S 0.036 0.005 0.025 0.743 0.030 0.057 0.104 170 V 0.028 0.004 0.018 0.861 0.013 0.033 0.043 171 R 0.019 0.001 0.015 0.896 0.014 0.024 0.030 172 E 0.031 0.001 0.020 0.886 0.010 0.028 0.023 173 T 0.027 0.001 0.022 0.878 0.011 0.032 0.030 174 A 0.080 0.004 0.044 0.714 0.039 0.058 0.062 175 R 0.132 0.010 0.055 0.488 0.061 0.170 0.084 176 L 0.123 0.018 0.023 0.224 0.016 0.131 0.464 177 I 0.011 0.002 0.001 0.006 0.003 0.002 0.975