# TARGET T0318 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.398 0.244 0.155 0.085 0.056 0.016 0.018 0.008 0.015 0.004 0.001 2 T 0.425 0.280 0.173 0.041 0.039 0.017 0.009 0.002 0.009 0.002 0.001 3 Q 0.382 0.342 0.200 0.019 0.023 0.017 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 4 V 0.401 0.416 0.122 0.009 0.009 0.021 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 5 L 0.386 0.242 0.296 0.005 0.003 0.052 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 6 V 0.455 0.360 0.063 0.047 0.015 0.031 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 7 R 0.527 0.233 0.128 0.036 0.030 0.017 0.009 0.002 0.012 0.006 0.001 8 N 0.195 0.034 0.057 0.412 0.021 0.012 0.226 0.012 0.027 0.003 0.001 9 G 0.093 0.008 0.032 0.018 0.049 0.005 0.142 0.536 0.003 0.114 0.001 10 I 0.263 0.374 0.256 0.027 0.036 0.029 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 11 Q 0.510 0.200 0.126 0.087 0.014 0.036 0.006 0.001 0.017 0.002 0.001 12 A 0.372 0.190 0.230 0.050 0.077 0.042 0.011 0.003 0.020 0.004 0.001 13 V 0.313 0.264 0.111 0.229 0.031 0.016 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 14 G 0.116 0.035 0.083 0.023 0.207 0.005 0.039 0.092 0.006 0.392 0.001 15 D 0.294 0.060 0.311 0.234 0.041 0.019 0.018 0.004 0.008 0.005 0.004 16 G 0.079 0.013 0.048 0.074 0.054 0.005 0.070 0.534 0.004 0.117 0.001 17 L 0.125 0.201 0.480 0.058 0.029 0.073 0.011 0.002 0.018 0.001 0.002 18 T 0.320 0.280 0.118 0.213 0.043 0.011 0.004 0.002 0.008 0.001 0.001 19 S 0.026 0.612 0.093 0.011 0.227 0.008 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 20 L 0.021 0.756 0.165 0.004 0.027 0.013 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 21 I 0.021 0.854 0.060 0.003 0.018 0.017 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 22 I 0.034 0.446 0.363 0.004 0.004 0.114 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 23 V 0.062 0.467 0.170 0.094 0.016 0.062 0.009 0.001 0.119 0.001 0.001 24 G 0.024 0.024 0.119 0.006 0.365 0.006 0.026 0.061 0.003 0.365 0.001 25 K 0.659 0.066 0.085 0.107 0.017 0.031 0.011 0.003 0.016 0.003 0.002 26 K 0.606 0.079 0.152 0.096 0.014 0.020 0.013 0.004 0.009 0.006 0.001 27 S 0.629 0.066 0.095 0.059 0.056 0.023 0.031 0.017 0.015 0.006 0.002 28 V 0.717 0.098 0.061 0.070 0.016 0.017 0.005 0.002 0.010 0.001 0.001 29 L 0.634 0.112 0.112 0.095 0.011 0.019 0.006 0.001 0.008 0.001 0.002 30 K 0.719 0.057 0.104 0.079 0.016 0.009 0.009 0.002 0.004 0.002 0.001 31 N 0.231 0.044 0.048 0.408 0.025 0.031 0.155 0.021 0.035 0.001 0.001 32 V 0.042 0.404 0.412 0.039 0.017 0.053 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 33 T 0.133 0.428 0.250 0.066 0.049 0.041 0.007 0.002 0.022 0.002 0.001 34 F 0.159 0.404 0.124 0.088 0.102 0.039 0.019 0.007 0.049 0.009 0.001 35 E 0.212 0.239 0.267 0.108 0.026 0.031 0.056 0.003 0.054 0.004 0.001 36 G 0.148 0.009 0.042 0.028 0.085 0.006 0.084 0.393 0.002 0.203 0.001 37 K 0.605 0.153 0.124 0.066 0.019 0.016 0.004 0.002 0.006 0.003 0.001 38 F 0.704 0.063 0.133 0.037 0.010 0.028 0.007 0.003 0.011 0.003 0.001 39 K 0.919 0.041 0.019 0.009 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 40 E 0.940 0.016 0.022 0.010 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 41 V 0.929 0.026 0.008 0.030 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 42 A 0.929 0.018 0.024 0.010 0.008 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 43 Q 0.903 0.022 0.017 0.045 0.005 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 44 K 0.813 0.049 0.039 0.079 0.008 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 45 F 0.699 0.032 0.067 0.148 0.004 0.025 0.012 0.001 0.011 0.001 0.001 46 V 0.373 0.253 0.162 0.098 0.017 0.058 0.005 0.002 0.031 0.001 0.001 47 T 0.441 0.091 0.099 0.207 0.074 0.024 0.019 0.008 0.013 0.024 0.001 48 D 0.202 0.065 0.137 0.396 0.029 0.045 0.041 0.005 0.076 0.003 0.001 49 G 0.350 0.015 0.080 0.087 0.042 0.008 0.055 0.286 0.005 0.071 0.001 50 D 0.505 0.029 0.094 0.300 0.012 0.026 0.021 0.005 0.007 0.002 0.001 51 S 0.381 0.119 0.180 0.160 0.079 0.025 0.013 0.016 0.017 0.011 0.001 52 W 0.740 0.053 0.061 0.079 0.015 0.015 0.015 0.009 0.010 0.003 0.001 53 N 0.707 0.073 0.067 0.105 0.016 0.013 0.007 0.003 0.007 0.002 0.001 54 S 0.594 0.128 0.078 0.091 0.066 0.012 0.014 0.006 0.009 0.002 0.001 55 M 0.643 0.114 0.100 0.077 0.022 0.019 0.008 0.003 0.010 0.002 0.001 56 I 0.415 0.329 0.121 0.066 0.022 0.019 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 57 S 0.670 0.086 0.105 0.086 0.026 0.009 0.005 0.003 0.005 0.005 0.001 58 R 0.263 0.154 0.114 0.275 0.038 0.037 0.065 0.014 0.038 0.002 0.001 59 I 0.057 0.320 0.402 0.004 0.011 0.052 0.011 0.001 0.142 0.001 0.001 60 P 0.076 0.015 0.831 0.006 0.001 0.065 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 61 A 0.543 0.097 0.169 0.100 0.034 0.020 0.013 0.008 0.013 0.004 0.001 62 S 0.222 0.044 0.105 0.519 0.031 0.008 0.034 0.016 0.012 0.009 0.001 63 G 0.047 0.012 0.083 0.037 0.068 0.006 0.138 0.414 0.003 0.192 0.001 64 R 0.144 0.249 0.316 0.158 0.030 0.053 0.021 0.003 0.023 0.002 0.001 65 H 0.035 0.356 0.358 0.002 0.035 0.024 0.015 0.001 0.171 0.002 0.001 66 P 0.279 0.005 0.561 0.009 0.001 0.038 0.001 0.001 0.002 0.001 0.105 67 L 0.528 0.056 0.304 0.046 0.007 0.041 0.004 0.003 0.007 0.001 0.003 68 H 0.459 0.164 0.147 0.070 0.042 0.063 0.015 0.007 0.026 0.003 0.002 69 Y 0.773 0.072 0.039 0.055 0.019 0.016 0.009 0.003 0.013 0.001 0.001 70 E 0.769 0.082 0.073 0.029 0.007 0.024 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 71 L 0.783 0.051 0.068 0.053 0.003 0.027 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 72 A 0.793 0.060 0.058 0.051 0.017 0.006 0.007 0.003 0.004 0.002 0.001 73 H 0.612 0.122 0.068 0.097 0.042 0.019 0.023 0.004 0.011 0.001 0.001 74 L 0.528 0.186 0.157 0.076 0.012 0.024 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 75 I 0.403 0.327 0.088 0.122 0.021 0.017 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 76 T 0.242 0.281 0.239 0.096 0.042 0.044 0.019 0.005 0.029 0.004 0.001 77 V 0.036 0.254 0.267 0.004 0.013 0.038 0.028 0.001 0.359 0.001 0.001 78 P 0.260 0.003 0.660 0.011 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 79 D 0.264 0.093 0.204 0.183 0.041 0.128 0.029 0.010 0.044 0.004 0.001 80 A 0.597 0.076 0.099 0.151 0.024 0.018 0.013 0.006 0.011 0.004 0.001 81 S 0.558 0.058 0.111 0.194 0.031 0.013 0.010 0.007 0.010 0.006 0.001 82 S 0.302 0.120 0.173 0.277 0.055 0.028 0.016 0.007 0.017 0.003 0.001 83 R 0.199 0.116 0.186 0.352 0.026 0.023 0.057 0.012 0.025 0.004 0.001 84 G 0.059 0.010 0.062 0.045 0.052 0.004 0.076 0.302 0.003 0.388 0.001 85 N 0.125 0.113 0.230 0.245 0.039 0.097 0.092 0.018 0.035 0.005 0.002 86 T 0.051 0.325 0.362 0.004 0.046 0.025 0.025 0.001 0.157 0.004 0.001 87 P 0.330 0.004 0.525 0.032 0.001 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 88 T 0.315 0.154 0.223 0.189 0.058 0.028 0.007 0.009 0.011 0.005 0.001 89 N 0.179 0.086 0.163 0.143 0.063 0.090 0.155 0.026 0.082 0.013 0.001 90 A 0.712 0.043 0.078 0.109 0.013 0.019 0.010 0.006 0.007 0.003 0.001 91 H 0.794 0.043 0.049 0.065 0.014 0.011 0.011 0.006 0.005 0.002 0.001 92 S 0.855 0.029 0.034 0.041 0.012 0.010 0.006 0.006 0.005 0.003 0.001 93 I 0.855 0.049 0.035 0.040 0.005 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 94 Y 0.842 0.044 0.040 0.047 0.008 0.008 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 95 K 0.859 0.042 0.043 0.030 0.008 0.006 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 96 E 0.706 0.021 0.037 0.204 0.006 0.012 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 97 L 0.250 0.178 0.230 0.264 0.011 0.026 0.007 0.001 0.032 0.001 0.001 98 K 0.060 0.280 0.407 0.002 0.042 0.020 0.052 0.001 0.134 0.003 0.001 99 P 0.108 0.009 0.780 0.016 0.001 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 100 I 0.142 0.404 0.277 0.064 0.048 0.040 0.004 0.003 0.017 0.001 0.001 101 N 0.131 0.200 0.250 0.127 0.027 0.186 0.027 0.003 0.045 0.002 0.001 102 Y 0.029 0.357 0.309 0.006 0.079 0.024 0.016 0.001 0.177 0.003 0.001 103 P 0.466 0.005 0.441 0.026 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 104 E 0.706 0.029 0.097 0.113 0.012 0.014 0.007 0.007 0.006 0.007 0.001 105 D 0.322 0.042 0.080 0.358 0.026 0.059 0.055 0.017 0.035 0.005 0.001 106 T 0.322 0.155 0.162 0.263 0.023 0.034 0.014 0.004 0.019 0.001 0.001 107 K 0.413 0.135 0.213 0.147 0.032 0.012 0.029 0.007 0.008 0.004 0.001 108 N 0.124 0.100 0.128 0.251 0.044 0.130 0.143 0.024 0.050 0.004 0.002 109 V 0.034 0.655 0.222 0.017 0.023 0.023 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 110 H 0.099 0.523 0.247 0.022 0.050 0.034 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 111 F 0.042 0.698 0.189 0.004 0.038 0.017 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 112 V 0.062 0.788 0.060 0.007 0.020 0.019 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 113 L 0.102 0.490 0.291 0.007 0.012 0.069 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 114 F 0.125 0.374 0.262 0.041 0.044 0.091 0.023 0.002 0.036 0.002 0.001 115 A 0.383 0.223 0.176 0.063 0.094 0.025 0.011 0.005 0.012 0.009 0.001 116 E 0.264 0.201 0.177 0.263 0.035 0.029 0.013 0.003 0.010 0.004 0.001 117 Y 0.083 0.207 0.197 0.006 0.053 0.051 0.014 0.001 0.385 0.004 0.001 118 P 0.913 0.001 0.054 0.015 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 119 D 0.774 0.007 0.014 0.101 0.004 0.050 0.023 0.013 0.013 0.001 0.001 120 V 0.935 0.003 0.002 0.056 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 L 0.982 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 S 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 H 0.971 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 V 0.984 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 A 0.986 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 A 0.974 0.003 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 I 0.932 0.007 0.006 0.050 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 A 0.916 0.011 0.018 0.040 0.003 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 129 R 0.862 0.019 0.019 0.079 0.005 0.006 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 130 T 0.718 0.037 0.030 0.189 0.009 0.008 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 131 F 0.592 0.082 0.063 0.164 0.022 0.017 0.030 0.012 0.015 0.003 0.001 132 C 0.384 0.201 0.195 0.085 0.039 0.040 0.022 0.005 0.026 0.003 0.001 133 K 0.469 0.152 0.157 0.114 0.015 0.049 0.018 0.004 0.020 0.001 0.001 134 F 0.313 0.260 0.175 0.090 0.074 0.028 0.021 0.007 0.023 0.007 0.001 135 S 0.350 0.217 0.167 0.112 0.060 0.042 0.018 0.011 0.017 0.005 0.001 136 M 0.263 0.329 0.152 0.091 0.077 0.031 0.018 0.005 0.031 0.003 0.001 137 K 0.308 0.215 0.251 0.079 0.036 0.049 0.021 0.005 0.029 0.007 0.001 138 T 0.331 0.227 0.161 0.144 0.048 0.039 0.013 0.004 0.029 0.003 0.001 139 S 0.372 0.136 0.144 0.180 0.099 0.012 0.023 0.012 0.014 0.008 0.001 140 G 0.218 0.067 0.156 0.073 0.132 0.013 0.056 0.145 0.009 0.129 0.001 141 I 0.264 0.287 0.257 0.058 0.047 0.041 0.008 0.002 0.029 0.003 0.002 142 R 0.367 0.292 0.150 0.070 0.056 0.025 0.013 0.004 0.016 0.006 0.001 143 E 0.187 0.361 0.288 0.041 0.032 0.044 0.010 0.001 0.032 0.001 0.004 144 L 0.133 0.423 0.222 0.114 0.037 0.032 0.008 0.002 0.027 0.002 0.001 145 N 0.070 0.159 0.133 0.051 0.039 0.149 0.298 0.008 0.090 0.003 0.002 146 V 0.126 0.565 0.136 0.059 0.069 0.020 0.004 0.001 0.019 0.002 0.001 147 N 0.106 0.171 0.285 0.082 0.028 0.177 0.073 0.006 0.066 0.004 0.003 148 I 0.206 0.460 0.166 0.062 0.039 0.030 0.008 0.002 0.027 0.001 0.001 149 D 0.286 0.213 0.263 0.044 0.026 0.101 0.027 0.003 0.033 0.002 0.002 150 V 0.209 0.518 0.133 0.040 0.052 0.022 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 151 V 0.242 0.458 0.170 0.036 0.024 0.040 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 152 C 0.213 0.318 0.201 0.054 0.069 0.065 0.019 0.004 0.047 0.008 0.001 153 D 0.606 0.067 0.089 0.085 0.030 0.051 0.042 0.005 0.019 0.003 0.002 154 K 0.543 0.097 0.083 0.197 0.021 0.022 0.018 0.004 0.012 0.001 0.002 155 L 0.337 0.122 0.238 0.212 0.017 0.041 0.013 0.003 0.016 0.001 0.001 156 T 0.239 0.212 0.246 0.155 0.067 0.034 0.012 0.005 0.025 0.005 0.001 157 N 0.294 0.095 0.192 0.162 0.051 0.058 0.076 0.022 0.038 0.011 0.001 158 E 0.726 0.043 0.099 0.087 0.007 0.011 0.013 0.004 0.007 0.002 0.001 159 D 0.499 0.033 0.066 0.310 0.012 0.031 0.026 0.007 0.015 0.001 0.001 160 A 0.444 0.155 0.214 0.075 0.031 0.031 0.020 0.010 0.016 0.003 0.001 161 V 0.558 0.252 0.092 0.049 0.023 0.011 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 162 F 0.444 0.241 0.155 0.047 0.043 0.035 0.008 0.002 0.022 0.002 0.001 163 L 0.565 0.152 0.106 0.073 0.013 0.050 0.006 0.001 0.031 0.001 0.001 164 T 0.560 0.187 0.098 0.071 0.045 0.019 0.004 0.002 0.010 0.003 0.001 165 D 0.437 0.043 0.115 0.145 0.021 0.104 0.076 0.008 0.046 0.003 0.001 166 L 0.607 0.046 0.109 0.188 0.006 0.023 0.008 0.002 0.010 0.001 0.001 167 S 0.639 0.061 0.145 0.087 0.028 0.009 0.012 0.009 0.004 0.006 0.001 168 E 0.786 0.037 0.064 0.065 0.017 0.005 0.012 0.008 0.002 0.003 0.001 169 S 0.785 0.035 0.065 0.074 0.014 0.008 0.005 0.006 0.003 0.004 0.001 170 V 0.791 0.065 0.041 0.066 0.006 0.015 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 171 R 0.756 0.093 0.080 0.036 0.007 0.012 0.005 0.002 0.007 0.002 0.001 172 E 0.817 0.059 0.058 0.029 0.013 0.011 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 173 T 0.770 0.061 0.048 0.095 0.006 0.010 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 174 A 0.617 0.126 0.104 0.063 0.044 0.011 0.011 0.005 0.014 0.004 0.001 175 R 0.575 0.167 0.143 0.034 0.018 0.031 0.011 0.001 0.019 0.001 0.001 176 L 0.590 0.089 0.174 0.079 0.004 0.044 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 177 I 0.487 0.183 0.129 0.115 0.024 0.030 0.006 0.002 0.024 0.002 0.001