# TARGET T0318 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.126 0.066 0.016 0.010 0.124 0.020 0.053 0.299 0.131 0.101 0.054 2 T 0.099 0.111 0.016 0.011 0.254 0.020 0.035 0.290 0.085 0.048 0.031 3 Q 0.194 0.082 0.010 0.003 0.395 0.005 0.016 0.210 0.038 0.022 0.024 4 V 0.201 0.093 0.010 0.003 0.474 0.003 0.009 0.159 0.020 0.010 0.019 5 L 0.248 0.073 0.006 0.005 0.322 0.006 0.015 0.240 0.027 0.014 0.044 6 V 0.239 0.100 0.026 0.013 0.249 0.018 0.033 0.201 0.030 0.033 0.059 7 R 0.039 0.035 0.017 0.085 0.056 0.162 0.167 0.354 0.041 0.030 0.015 8 N 0.021 0.138 0.188 0.194 0.042 0.070 0.064 0.132 0.041 0.091 0.019 9 G 0.047 0.068 0.078 0.142 0.041 0.044 0.028 0.204 0.073 0.206 0.071 10 I 0.269 0.064 0.008 0.004 0.268 0.008 0.015 0.126 0.085 0.065 0.087 11 Q 0.044 0.161 0.039 0.030 0.146 0.058 0.097 0.274 0.103 0.028 0.020 12 A 0.289 0.070 0.035 0.008 0.250 0.006 0.036 0.170 0.046 0.037 0.053 13 V 0.048 0.064 0.048 0.128 0.056 0.149 0.134 0.175 0.104 0.064 0.030 14 G 0.055 0.114 0.127 0.192 0.085 0.050 0.023 0.097 0.081 0.132 0.045 15 D 0.021 0.132 0.160 0.134 0.052 0.114 0.156 0.114 0.068 0.037 0.010 16 G 0.059 0.057 0.062 0.089 0.048 0.050 0.050 0.050 0.046 0.361 0.127 17 L 0.437 0.055 0.010 0.004 0.287 0.008 0.011 0.007 0.010 0.044 0.128 18 T 0.074 0.049 0.009 0.088 0.158 0.213 0.229 0.089 0.035 0.029 0.028 19 S 0.286 0.067 0.008 0.003 0.598 0.001 0.003 0.005 0.003 0.006 0.020 20 L 0.296 0.024 0.001 0.001 0.657 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 21 I 0.200 0.057 0.002 0.001 0.716 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.017 22 I 0.494 0.028 0.005 0.001 0.328 0.001 0.002 0.003 0.001 0.010 0.129 23 V 0.041 0.024 0.009 0.161 0.037 0.212 0.238 0.085 0.035 0.111 0.048 24 G 0.018 0.106 0.280 0.389 0.037 0.049 0.012 0.026 0.023 0.044 0.015 25 K 0.077 0.106 0.056 0.046 0.137 0.031 0.034 0.198 0.140 0.131 0.044 26 K 0.045 0.094 0.037 0.026 0.119 0.028 0.065 0.313 0.188 0.058 0.028 27 S 0.178 0.095 0.023 0.005 0.230 0.007 0.036 0.233 0.090 0.054 0.049 28 V 0.061 0.066 0.020 0.011 0.085 0.019 0.053 0.465 0.141 0.060 0.019 29 L 0.218 0.077 0.016 0.014 0.188 0.015 0.023 0.221 0.098 0.055 0.076 30 K 0.013 0.050 0.020 0.029 0.040 0.105 0.162 0.451 0.107 0.018 0.005 31 N 0.126 0.064 0.014 0.003 0.170 0.004 0.023 0.213 0.085 0.231 0.065 32 V 0.296 0.110 0.015 0.004 0.357 0.005 0.007 0.042 0.024 0.048 0.092 33 T 0.215 0.140 0.046 0.014 0.290 0.014 0.031 0.092 0.038 0.052 0.068 34 F 0.185 0.094 0.057 0.032 0.162 0.024 0.025 0.155 0.061 0.111 0.094 35 E 0.029 0.047 0.026 0.096 0.037 0.114 0.163 0.291 0.093 0.080 0.024 36 G 0.024 0.064 0.094 0.191 0.036 0.093 0.034 0.144 0.075 0.190 0.055 37 K 0.044 0.182 0.062 0.008 0.132 0.006 0.027 0.373 0.098 0.054 0.014 38 F 0.092 0.040 0.011 0.003 0.081 0.002 0.005 0.487 0.163 0.070 0.046 39 K 0.006 0.034 0.010 0.006 0.026 0.010 0.020 0.769 0.111 0.006 0.002 40 E 0.061 0.018 0.007 0.001 0.043 0.002 0.018 0.796 0.035 0.007 0.012 41 V 0.012 0.008 0.004 0.008 0.014 0.014 0.025 0.758 0.112 0.041 0.004 42 A 0.058 0.037 0.004 0.005 0.061 0.008 0.018 0.605 0.140 0.046 0.018 43 Q 0.045 0.056 0.018 0.006 0.075 0.011 0.043 0.494 0.174 0.060 0.017 44 K 0.033 0.081 0.040 0.014 0.092 0.035 0.226 0.365 0.078 0.027 0.009 45 F 0.117 0.102 0.026 0.013 0.153 0.013 0.039 0.186 0.111 0.180 0.058 46 V 0.125 0.122 0.047 0.021 0.121 0.035 0.090 0.201 0.106 0.076 0.058 47 T 0.028 0.144 0.132 0.112 0.068 0.071 0.077 0.142 0.071 0.124 0.032 48 D 0.054 0.188 0.156 0.101 0.138 0.048 0.052 0.094 0.055 0.075 0.040 49 G 0.036 0.050 0.040 0.040 0.043 0.026 0.028 0.212 0.198 0.266 0.061 50 D 0.043 0.107 0.058 0.027 0.106 0.028 0.061 0.260 0.117 0.158 0.035 51 S 0.079 0.146 0.062 0.015 0.137 0.009 0.021 0.308 0.081 0.104 0.037 52 W 0.061 0.049 0.010 0.006 0.085 0.009 0.017 0.517 0.145 0.070 0.032 53 N 0.025 0.023 0.007 0.012 0.044 0.022 0.044 0.602 0.153 0.054 0.014 54 S 0.083 0.073 0.032 0.010 0.127 0.011 0.037 0.491 0.073 0.045 0.019 55 M 0.051 0.042 0.016 0.012 0.086 0.014 0.056 0.508 0.102 0.094 0.021 56 I 0.113 0.071 0.013 0.008 0.117 0.015 0.037 0.296 0.159 0.116 0.054 57 S 0.040 0.214 0.053 0.016 0.167 0.023 0.062 0.247 0.096 0.063 0.019 58 R 0.146 0.087 0.034 0.005 0.180 0.007 0.028 0.107 0.083 0.244 0.079 59 I 0.049 0.515 0.181 0.008 0.184 0.002 0.007 0.032 0.010 0.005 0.008 60 P 0.044 0.377 0.225 0.030 0.154 0.019 0.026 0.064 0.027 0.018 0.015 61 A 0.055 0.070 0.037 0.022 0.076 0.032 0.065 0.247 0.251 0.109 0.036 62 S 0.022 0.113 0.103 0.105 0.054 0.085 0.146 0.132 0.092 0.119 0.028 63 G 0.020 0.041 0.059 0.141 0.024 0.040 0.035 0.072 0.088 0.421 0.061 64 R 0.074 0.160 0.107 0.031 0.132 0.028 0.075 0.103 0.095 0.150 0.045 65 H 0.039 0.388 0.286 0.019 0.140 0.007 0.013 0.066 0.018 0.009 0.014 66 P 0.056 0.238 0.081 0.012 0.151 0.011 0.025 0.277 0.094 0.033 0.022 67 L 0.055 0.075 0.024 0.006 0.090 0.011 0.031 0.498 0.141 0.046 0.022 68 H 0.060 0.044 0.014 0.006 0.084 0.008 0.017 0.559 0.120 0.061 0.027 69 Y 0.029 0.035 0.009 0.004 0.057 0.004 0.013 0.667 0.138 0.032 0.011 70 E 0.037 0.042 0.012 0.005 0.053 0.007 0.036 0.686 0.086 0.029 0.008 71 L 0.027 0.014 0.004 0.004 0.032 0.008 0.031 0.679 0.148 0.038 0.013 72 A 0.033 0.050 0.013 0.009 0.062 0.023 0.060 0.549 0.149 0.039 0.013 73 H 0.050 0.054 0.013 0.006 0.089 0.009 0.044 0.465 0.146 0.106 0.018 74 L 0.133 0.049 0.007 0.006 0.149 0.017 0.047 0.264 0.157 0.127 0.044 75 I 0.096 0.245 0.041 0.005 0.358 0.006 0.023 0.111 0.054 0.037 0.025 76 T 0.166 0.178 0.063 0.007 0.298 0.007 0.039 0.078 0.035 0.079 0.050 77 V 0.053 0.453 0.232 0.013 0.188 0.003 0.010 0.029 0.007 0.004 0.008 78 P 0.030 0.380 0.172 0.041 0.123 0.034 0.043 0.091 0.049 0.024 0.013 79 D 0.131 0.132 0.055 0.012 0.241 0.013 0.035 0.126 0.113 0.074 0.068 80 A 0.040 0.061 0.026 0.010 0.068 0.014 0.030 0.260 0.312 0.142 0.036 81 S 0.055 0.109 0.056 0.021 0.095 0.028 0.075 0.175 0.159 0.191 0.037 82 S 0.121 0.095 0.052 0.023 0.148 0.023 0.065 0.151 0.108 0.159 0.056 83 R 0.039 0.154 0.121 0.099 0.085 0.073 0.091 0.100 0.089 0.110 0.039 84 G 0.029 0.087 0.102 0.182 0.049 0.067 0.047 0.059 0.073 0.241 0.063 85 N 0.125 0.135 0.091 0.024 0.151 0.016 0.035 0.069 0.082 0.182 0.090 86 T 0.040 0.416 0.236 0.017 0.158 0.007 0.018 0.055 0.023 0.017 0.014 87 P 0.121 0.245 0.071 0.012 0.230 0.013 0.023 0.124 0.060 0.059 0.044 88 T 0.036 0.198 0.153 0.041 0.092 0.054 0.064 0.195 0.076 0.072 0.021 89 N 0.116 0.074 0.046 0.011 0.142 0.005 0.010 0.284 0.094 0.121 0.097 90 A 0.022 0.016 0.004 0.003 0.026 0.004 0.013 0.615 0.216 0.067 0.014 91 H 0.011 0.019 0.005 0.006 0.021 0.009 0.023 0.626 0.195 0.078 0.008 92 S 0.022 0.025 0.010 0.003 0.043 0.004 0.022 0.720 0.120 0.025 0.007 93 I 0.015 0.024 0.009 0.004 0.026 0.005 0.028 0.707 0.129 0.045 0.008 94 Y 0.022 0.024 0.006 0.003 0.029 0.004 0.013 0.539 0.284 0.065 0.013 95 K 0.008 0.046 0.015 0.004 0.022 0.016 0.061 0.585 0.223 0.017 0.003 96 E 0.044 0.022 0.007 0.003 0.043 0.007 0.075 0.331 0.160 0.276 0.032 97 L 0.157 0.229 0.090 0.012 0.219 0.007 0.015 0.059 0.055 0.096 0.061 98 K 0.012 0.244 0.254 0.082 0.064 0.047 0.071 0.153 0.055 0.014 0.004 99 P 0.140 0.163 0.063 0.009 0.220 0.008 0.030 0.140 0.083 0.082 0.061 100 I 0.117 0.217 0.043 0.008 0.359 0.010 0.024 0.044 0.054 0.067 0.059 101 N 0.116 0.114 0.077 0.026 0.211 0.021 0.068 0.076 0.077 0.131 0.084 102 Y 0.115 0.287 0.184 0.011 0.267 0.002 0.008 0.026 0.027 0.031 0.042 103 P 0.041 0.227 0.066 0.015 0.109 0.013 0.027 0.160 0.269 0.055 0.018 104 E 0.013 0.047 0.025 0.013 0.028 0.050 0.125 0.248 0.369 0.070 0.011 105 D 0.112 0.050 0.017 0.007 0.101 0.008 0.043 0.101 0.140 0.311 0.110 106 T 0.182 0.093 0.032 0.010 0.170 0.009 0.016 0.074 0.128 0.170 0.118 107 K 0.018 0.048 0.032 0.053 0.044 0.153 0.260 0.230 0.116 0.037 0.010 108 N 0.260 0.058 0.016 0.005 0.248 0.004 0.012 0.034 0.034 0.192 0.138 109 V 0.277 0.112 0.009 0.003 0.504 0.002 0.004 0.015 0.010 0.017 0.047 110 H 0.253 0.067 0.006 0.005 0.589 0.006 0.013 0.021 0.005 0.007 0.026 111 F 0.231 0.069 0.003 0.001 0.673 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.011 112 V 0.271 0.065 0.004 0.002 0.614 0.002 0.003 0.013 0.001 0.002 0.021 113 L 0.248 0.083 0.014 0.009 0.421 0.007 0.015 0.099 0.013 0.024 0.066 114 F 0.217 0.078 0.023 0.008 0.181 0.013 0.024 0.079 0.054 0.157 0.166 115 A 0.045 0.264 0.063 0.013 0.146 0.013 0.051 0.227 0.120 0.036 0.021 116 E 0.048 0.060 0.035 0.012 0.073 0.025 0.121 0.130 0.166 0.291 0.039 117 Y 0.227 0.170 0.078 0.008 0.295 0.002 0.007 0.083 0.043 0.015 0.069 118 P 0.006 0.035 0.010 0.004 0.020 0.011 0.023 0.610 0.268 0.010 0.004 119 D 0.012 0.009 0.004 0.003 0.015 0.012 0.063 0.698 0.111 0.063 0.010 120 V 0.008 0.013 0.003 0.003 0.009 0.003 0.005 0.807 0.091 0.053 0.004 121 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.875 0.101 0.007 0.002 122 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.949 0.031 0.002 0.001 123 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.938 0.041 0.011 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.919 0.069 0.006 0.001 125 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.916 0.072 0.003 0.001 126 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.938 0.043 0.004 0.001 127 I 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.014 0.866 0.089 0.017 0.001 128 A 0.007 0.008 0.001 0.001 0.010 0.003 0.015 0.760 0.166 0.026 0.003 129 R 0.012 0.019 0.005 0.003 0.020 0.007 0.059 0.702 0.131 0.037 0.006 130 T 0.032 0.046 0.017 0.010 0.054 0.017 0.108 0.506 0.124 0.070 0.016 131 F 0.043 0.056 0.016 0.022 0.053 0.025 0.055 0.421 0.175 0.109 0.025 132 C 0.068 0.111 0.030 0.014 0.134 0.020 0.052 0.386 0.114 0.047 0.023 133 K 0.063 0.059 0.014 0.013 0.100 0.026 0.076 0.406 0.124 0.088 0.031 134 F 0.113 0.152 0.038 0.015 0.223 0.013 0.039 0.217 0.082 0.069 0.039 135 S 0.130 0.138 0.041 0.013 0.253 0.014 0.039 0.180 0.072 0.074 0.046 136 M 0.087 0.138 0.040 0.010 0.159 0.010 0.025 0.281 0.134 0.076 0.040 137 K 0.125 0.117 0.041 0.014 0.170 0.025 0.072 0.239 0.074 0.072 0.050 138 T 0.119 0.130 0.056 0.031 0.184 0.025 0.046 0.185 0.079 0.092 0.051 139 S 0.045 0.134 0.101 0.060 0.085 0.044 0.066 0.244 0.121 0.073 0.027 140 G 0.054 0.105 0.092 0.049 0.079 0.024 0.035 0.299 0.108 0.119 0.036 141 I 0.174 0.068 0.012 0.011 0.175 0.028 0.049 0.245 0.110 0.077 0.051 142 R 0.083 0.156 0.039 0.028 0.199 0.037 0.076 0.264 0.066 0.029 0.023 143 E 0.294 0.063 0.016 0.006 0.315 0.009 0.035 0.128 0.036 0.051 0.045 144 L 0.139 0.246 0.028 0.014 0.413 0.016 0.019 0.069 0.018 0.016 0.022 145 N 0.378 0.046 0.008 0.004 0.339 0.005 0.008 0.041 0.011 0.044 0.115 146 V 0.118 0.308 0.039 0.005 0.447 0.005 0.007 0.029 0.008 0.017 0.018 147 N 0.343 0.089 0.010 0.002 0.444 0.001 0.004 0.016 0.005 0.025 0.060 148 I 0.250 0.128 0.012 0.003 0.449 0.004 0.005 0.054 0.026 0.026 0.042 149 D 0.200 0.073 0.011 0.007 0.370 0.018 0.048 0.134 0.039 0.045 0.055 150 V 0.310 0.096 0.016 0.003 0.432 0.003 0.010 0.050 0.014 0.025 0.040 151 V 0.155 0.161 0.043 0.020 0.289 0.019 0.025 0.137 0.039 0.062 0.051 152 C 0.143 0.172 0.049 0.025 0.274 0.014 0.016 0.116 0.055 0.075 0.059 153 D 0.044 0.108 0.051 0.028 0.096 0.033 0.043 0.294 0.187 0.090 0.025 154 K 0.052 0.112 0.062 0.012 0.085 0.014 0.079 0.260 0.138 0.159 0.029 155 L 0.130 0.099 0.041 0.026 0.104 0.037 0.102 0.182 0.079 0.116 0.083 156 T 0.032 0.270 0.173 0.073 0.092 0.041 0.048 0.091 0.045 0.104 0.031 157 N 0.033 0.121 0.134 0.055 0.080 0.023 0.014 0.230 0.164 0.118 0.029 158 E 0.027 0.043 0.022 0.007 0.045 0.010 0.033 0.557 0.186 0.052 0.017 159 D 0.054 0.078 0.021 0.010 0.106 0.007 0.022 0.285 0.115 0.257 0.044 160 A 0.141 0.051 0.007 0.003 0.190 0.003 0.010 0.307 0.145 0.094 0.048 161 V 0.055 0.077 0.016 0.007 0.139 0.016 0.066 0.505 0.087 0.021 0.011 162 F 0.133 0.112 0.019 0.006 0.238 0.007 0.029 0.325 0.052 0.052 0.028 163 L 0.163 0.075 0.013 0.008 0.208 0.012 0.027 0.328 0.061 0.058 0.046 164 T 0.028 0.124 0.055 0.036 0.081 0.057 0.080 0.355 0.100 0.065 0.019 165 D 0.186 0.080 0.031 0.005 0.166 0.005 0.026 0.196 0.060 0.141 0.105 166 L 0.039 0.066 0.022 0.009 0.050 0.010 0.020 0.339 0.241 0.172 0.032 167 S 0.041 0.099 0.038 0.017 0.074 0.019 0.033 0.420 0.159 0.079 0.022 168 E 0.020 0.058 0.027 0.012 0.047 0.017 0.041 0.570 0.154 0.042 0.012 169 S 0.034 0.082 0.038 0.006 0.060 0.004 0.021 0.563 0.100 0.076 0.016 170 V 0.035 0.018 0.003 0.002 0.039 0.004 0.009 0.681 0.146 0.048 0.015 171 R 0.012 0.030 0.008 0.004 0.032 0.007 0.018 0.757 0.110 0.017 0.005 172 E 0.035 0.020 0.008 0.003 0.036 0.005 0.034 0.732 0.075 0.041 0.013 173 T 0.015 0.033 0.014 0.011 0.030 0.010 0.028 0.659 0.120 0.074 0.006 174 A 0.054 0.036 0.005 0.003 0.071 0.004 0.013 0.586 0.163 0.045 0.019 175 R 0.031 0.069 0.014 0.003 0.086 0.006 0.043 0.614 0.104 0.023 0.007 176 L 0.085 0.047 0.012 0.005 0.110 0.009 0.049 0.522 0.088 0.049 0.025 177 I 0.076 0.121 0.035 0.018 0.138 0.022 0.045 0.367 0.107 0.049 0.023