# TARGET T0318 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.561 0.172 0.101 0.081 0.053 0.027 0.006 2 T 0.484 0.205 0.131 0.089 0.053 0.031 0.007 3 Q 0.373 0.216 0.155 0.126 0.077 0.042 0.010 4 V 0.250 0.139 0.126 0.152 0.149 0.137 0.047 5 L 0.141 0.112 0.115 0.154 0.184 0.217 0.077 6 V 0.125 0.102 0.111 0.158 0.188 0.224 0.091 7 R 0.205 0.174 0.178 0.190 0.135 0.089 0.029 8 N 0.310 0.236 0.173 0.128 0.078 0.056 0.018 9 G 0.278 0.184 0.149 0.166 0.126 0.079 0.019 10 I 0.197 0.129 0.116 0.167 0.182 0.171 0.037 11 Q 0.333 0.258 0.178 0.130 0.063 0.032 0.007 12 A 0.333 0.200 0.141 0.133 0.103 0.074 0.014 13 V 0.463 0.193 0.131 0.107 0.063 0.037 0.006 14 G 0.607 0.201 0.094 0.055 0.028 0.014 0.002 15 D 0.701 0.176 0.068 0.034 0.014 0.005 0.001 16 G 0.628 0.186 0.091 0.051 0.029 0.014 0.002 17 L 0.420 0.135 0.107 0.115 0.108 0.097 0.018 18 T 0.508 0.214 0.127 0.084 0.040 0.022 0.004 19 S 0.593 0.172 0.099 0.073 0.037 0.022 0.004 20 L 0.513 0.127 0.078 0.084 0.086 0.088 0.024 21 I 0.462 0.134 0.096 0.095 0.092 0.096 0.025 22 I 0.391 0.168 0.140 0.125 0.083 0.073 0.020 23 V 0.499 0.190 0.098 0.091 0.070 0.042 0.009 24 G 0.431 0.180 0.128 0.126 0.085 0.044 0.005 25 K 0.481 0.217 0.151 0.087 0.041 0.020 0.002 26 K 0.580 0.260 0.106 0.041 0.011 0.002 0.001 27 S 0.564 0.281 0.100 0.040 0.012 0.003 0.001 28 V 0.466 0.193 0.133 0.137 0.058 0.013 0.001 29 L 0.369 0.168 0.152 0.167 0.113 0.030 0.001 30 K 0.695 0.229 0.058 0.016 0.002 0.001 0.001 31 N 0.577 0.270 0.113 0.031 0.007 0.001 0.001 32 V 0.466 0.171 0.138 0.134 0.070 0.019 0.001 33 T 0.511 0.296 0.129 0.048 0.013 0.003 0.001 34 F 0.412 0.191 0.150 0.147 0.075 0.024 0.001 35 E 0.458 0.308 0.153 0.063 0.014 0.003 0.001 36 G 0.628 0.237 0.082 0.037 0.013 0.003 0.001 37 K 0.423 0.303 0.171 0.080 0.019 0.003 0.001 38 F 0.132 0.123 0.162 0.267 0.235 0.078 0.004 39 K 0.269 0.330 0.256 0.113 0.027 0.006 0.001 40 E 0.304 0.400 0.182 0.076 0.028 0.009 0.001 41 V 0.081 0.094 0.152 0.291 0.254 0.120 0.009 42 A 0.082 0.122 0.180 0.278 0.240 0.092 0.006 43 Q 0.288 0.391 0.211 0.084 0.020 0.005 0.001 44 K 0.250 0.275 0.232 0.161 0.062 0.018 0.002 45 F 0.100 0.105 0.159 0.256 0.246 0.123 0.011 46 V 0.242 0.240 0.219 0.179 0.091 0.029 0.002 47 T 0.569 0.267 0.103 0.046 0.012 0.003 0.001 48 D 0.597 0.242 0.102 0.045 0.011 0.002 0.001 49 G 0.654 0.220 0.081 0.032 0.009 0.002 0.001 50 D 0.717 0.174 0.065 0.031 0.010 0.002 0.001 51 S 0.525 0.260 0.121 0.063 0.024 0.006 0.001 52 W 0.230 0.164 0.178 0.204 0.144 0.072 0.009 53 N 0.334 0.277 0.195 0.120 0.052 0.018 0.003 54 S 0.346 0.255 0.166 0.121 0.069 0.035 0.008 55 M 0.197 0.166 0.165 0.202 0.151 0.098 0.022 56 I 0.085 0.095 0.119 0.192 0.235 0.210 0.065 57 S 0.150 0.198 0.191 0.190 0.132 0.099 0.040 58 R 0.168 0.211 0.202 0.190 0.124 0.081 0.024 59 I 0.115 0.104 0.129 0.202 0.214 0.181 0.055 60 P 0.327 0.284 0.182 0.115 0.055 0.029 0.008 61 A 0.429 0.228 0.134 0.108 0.062 0.031 0.007 62 S 0.525 0.253 0.118 0.064 0.026 0.012 0.003 63 G 0.452 0.216 0.135 0.106 0.058 0.028 0.005 64 R 0.424 0.258 0.150 0.096 0.047 0.021 0.004 65 H 0.305 0.207 0.162 0.151 0.103 0.058 0.012 66 P 0.266 0.235 0.186 0.145 0.093 0.055 0.020 67 L 0.105 0.122 0.147 0.194 0.197 0.183 0.053 68 H 0.093 0.115 0.136 0.185 0.207 0.195 0.068 69 Y 0.082 0.105 0.135 0.186 0.236 0.195 0.062 70 E 0.051 0.081 0.132 0.212 0.235 0.210 0.080 71 L 0.053 0.037 0.042 0.086 0.173 0.364 0.244 72 A 0.043 0.057 0.079 0.141 0.209 0.325 0.146 73 H 0.062 0.075 0.104 0.181 0.216 0.260 0.102 74 L 0.054 0.052 0.089 0.163 0.236 0.309 0.097 75 I 0.033 0.032 0.053 0.123 0.213 0.354 0.192 76 T 0.142 0.149 0.158 0.187 0.181 0.144 0.037 77 V 0.110 0.117 0.152 0.232 0.221 0.137 0.032 78 P 0.273 0.243 0.191 0.159 0.086 0.038 0.010 79 D 0.422 0.268 0.150 0.094 0.043 0.018 0.005 80 A 0.439 0.224 0.138 0.108 0.057 0.026 0.007 81 S 0.445 0.234 0.142 0.101 0.051 0.022 0.004 82 S 0.466 0.222 0.130 0.093 0.053 0.028 0.008 83 R 0.495 0.243 0.125 0.078 0.036 0.018 0.005 84 G 0.521 0.199 0.110 0.084 0.050 0.028 0.008 85 N 0.449 0.238 0.145 0.097 0.045 0.021 0.005 86 T 0.343 0.245 0.164 0.119 0.073 0.044 0.013 87 P 0.375 0.188 0.140 0.130 0.091 0.058 0.018 88 T 0.310 0.229 0.165 0.132 0.089 0.058 0.017 89 N 0.300 0.209 0.172 0.148 0.095 0.058 0.018 90 A 0.171 0.172 0.159 0.176 0.153 0.128 0.041 91 H 0.167 0.172 0.177 0.184 0.150 0.111 0.038 92 S 0.179 0.234 0.197 0.174 0.118 0.075 0.023 93 I 0.061 0.088 0.123 0.208 0.244 0.225 0.052 94 Y 0.057 0.089 0.132 0.234 0.268 0.190 0.030 95 K 0.211 0.298 0.225 0.161 0.075 0.026 0.005 96 E 0.209 0.327 0.251 0.146 0.049 0.015 0.002 97 L 0.051 0.083 0.144 0.274 0.290 0.147 0.012 98 K 0.219 0.302 0.229 0.156 0.068 0.023 0.003 99 P 0.353 0.336 0.176 0.094 0.031 0.008 0.001 100 I 0.124 0.144 0.213 0.274 0.179 0.061 0.005 101 N 0.401 0.348 0.172 0.061 0.015 0.003 0.001 102 Y 0.278 0.227 0.207 0.180 0.084 0.023 0.002 103 P 0.483 0.258 0.133 0.083 0.034 0.009 0.001 104 E 0.623 0.257 0.080 0.030 0.008 0.002 0.001 105 D 0.316 0.284 0.210 0.136 0.044 0.009 0.001 106 T 0.213 0.221 0.222 0.207 0.107 0.027 0.002 107 K 0.348 0.319 0.190 0.097 0.036 0.009 0.001 108 N 0.164 0.229 0.242 0.203 0.110 0.044 0.006 109 V 0.031 0.050 0.086 0.184 0.298 0.299 0.053 110 H 0.024 0.045 0.096 0.195 0.262 0.280 0.098 111 F 0.029 0.039 0.050 0.085 0.163 0.398 0.236 112 V 0.024 0.031 0.050 0.110 0.189 0.345 0.250 113 L 0.008 0.015 0.029 0.071 0.174 0.420 0.284 114 F 0.012 0.022 0.043 0.099 0.196 0.390 0.238 115 A 0.028 0.045 0.071 0.148 0.243 0.332 0.133 116 E 0.071 0.161 0.234 0.253 0.169 0.094 0.019 117 Y 0.061 0.082 0.113 0.205 0.271 0.219 0.049 118 P 0.321 0.303 0.180 0.111 0.055 0.025 0.005 119 D 0.271 0.241 0.194 0.157 0.086 0.043 0.008 120 V 0.222 0.136 0.137 0.173 0.166 0.136 0.030 121 L 0.314 0.165 0.131 0.133 0.128 0.110 0.019 122 S 0.454 0.198 0.131 0.108 0.065 0.037 0.007 123 H 0.559 0.150 0.087 0.075 0.064 0.052 0.013 124 V 0.517 0.118 0.072 0.072 0.080 0.112 0.029 125 A 0.544 0.140 0.104 0.091 0.065 0.047 0.010 126 A 0.591 0.158 0.088 0.071 0.049 0.034 0.008 127 I 0.706 0.125 0.060 0.049 0.033 0.024 0.004 128 A 0.553 0.135 0.087 0.084 0.072 0.061 0.008 129 R 0.526 0.162 0.125 0.099 0.051 0.029 0.008 130 T 0.583 0.146 0.084 0.067 0.055 0.054 0.012 131 F 0.519 0.160 0.108 0.101 0.062 0.041 0.009 132 C 0.488 0.184 0.103 0.086 0.072 0.056 0.011 133 K 0.358 0.226 0.176 0.143 0.064 0.029 0.005 134 F 0.371 0.127 0.095 0.129 0.138 0.118 0.022 135 S 0.430 0.243 0.152 0.108 0.047 0.018 0.002 136 M 0.425 0.179 0.139 0.140 0.081 0.031 0.004 137 K 0.529 0.265 0.123 0.061 0.017 0.004 0.001 138 T 0.554 0.240 0.111 0.062 0.025 0.008 0.001 139 S 0.612 0.224 0.097 0.044 0.016 0.006 0.001 140 G 0.579 0.217 0.108 0.064 0.023 0.007 0.001 141 I 0.464 0.209 0.134 0.109 0.059 0.023 0.003 142 R 0.489 0.246 0.126 0.082 0.039 0.015 0.002 143 E 0.541 0.261 0.119 0.053 0.018 0.006 0.001 144 L 0.230 0.170 0.171 0.200 0.151 0.068 0.010 145 N 0.332 0.286 0.189 0.115 0.052 0.022 0.004 146 V 0.203 0.150 0.137 0.174 0.171 0.133 0.031 147 N 0.292 0.247 0.196 0.156 0.072 0.030 0.007 148 I 0.091 0.085 0.103 0.164 0.233 0.259 0.066 149 D 0.227 0.231 0.227 0.183 0.081 0.041 0.010 150 V 0.148 0.173 0.156 0.161 0.157 0.155 0.051 151 V 0.118 0.112 0.137 0.226 0.219 0.162 0.025 152 C 0.118 0.163 0.189 0.224 0.190 0.103 0.013 153 D 0.392 0.281 0.163 0.103 0.041 0.016 0.004 154 K 0.292 0.306 0.211 0.127 0.047 0.014 0.001 155 L 0.109 0.101 0.169 0.271 0.228 0.112 0.010 156 T 0.409 0.290 0.164 0.088 0.036 0.012 0.001 157 N 0.616 0.239 0.088 0.040 0.013 0.003 0.001 158 E 0.698 0.203 0.065 0.026 0.007 0.002 0.001 159 D 0.432 0.271 0.165 0.089 0.032 0.009 0.001 160 A 0.367 0.204 0.160 0.149 0.086 0.031 0.003 161 V 0.350 0.250 0.174 0.135 0.066 0.023 0.003 162 F 0.230 0.157 0.149 0.179 0.156 0.111 0.018 163 L 0.173 0.124 0.128 0.171 0.196 0.174 0.034 164 T 0.275 0.202 0.179 0.167 0.104 0.058 0.015 165 D 0.301 0.251 0.190 0.135 0.072 0.041 0.010 166 L 0.181 0.137 0.141 0.191 0.177 0.147 0.026 167 S 0.371 0.260 0.165 0.112 0.055 0.030 0.007 168 E 0.603 0.222 0.091 0.051 0.022 0.010 0.002 169 S 0.556 0.234 0.111 0.063 0.025 0.010 0.002 170 V 0.394 0.177 0.143 0.145 0.095 0.042 0.004 171 R 0.486 0.244 0.142 0.075 0.035 0.016 0.003 172 E 0.579 0.220 0.100 0.058 0.028 0.013 0.002 173 T 0.470 0.219 0.146 0.099 0.046 0.018 0.002 174 A 0.497 0.173 0.131 0.120 0.059 0.020 0.001 175 R 0.614 0.239 0.096 0.037 0.010 0.003 0.001 176 L 0.662 0.170 0.077 0.052 0.026 0.011 0.001 177 I 0.576 0.160 0.106 0.087 0.048 0.021 0.002