# TARGET T0318 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.100 0.006 0.075 0.074 0.164 0.111 0.005 0.002 0.053 0.389 2 T 0.008 0.055 0.001 0.027 0.085 0.234 0.094 0.004 0.001 0.102 0.390 3 Q 0.007 0.036 0.002 0.074 0.239 0.313 0.040 0.003 0.001 0.124 0.162 4 V 0.006 0.015 0.003 0.150 0.159 0.334 0.041 0.001 0.001 0.099 0.192 5 L 0.009 0.004 0.017 0.103 0.231 0.292 0.029 0.001 0.006 0.193 0.115 6 V 0.109 0.006 0.006 0.129 0.124 0.167 0.050 0.006 0.004 0.143 0.255 7 R 0.453 0.017 0.002 0.033 0.034 0.056 0.058 0.008 0.002 0.064 0.273 8 N 0.032 0.008 0.001 0.022 0.010 0.022 0.109 0.004 0.001 0.016 0.776 9 G 0.008 0.011 0.001 0.027 0.034 0.061 0.112 0.006 0.001 0.020 0.721 10 I 0.032 0.048 0.002 0.057 0.151 0.108 0.090 0.006 0.001 0.042 0.463 11 Q 0.043 0.062 0.004 0.178 0.131 0.146 0.060 0.005 0.002 0.088 0.281 12 A 0.072 0.016 0.028 0.100 0.063 0.087 0.069 0.004 0.012 0.155 0.393 13 V 0.153 0.020 0.005 0.100 0.040 0.060 0.099 0.011 0.003 0.083 0.425 14 G 0.211 0.006 0.003 0.036 0.012 0.024 0.090 0.003 0.002 0.064 0.549 15 D 0.017 0.001 0.002 0.061 0.018 0.045 0.149 0.002 0.001 0.043 0.661 16 G 0.008 0.001 0.001 0.028 0.029 0.065 0.144 0.002 0.001 0.034 0.688 17 L 0.008 0.003 0.001 0.073 0.143 0.098 0.129 0.002 0.001 0.042 0.501 18 T 0.002 0.004 0.001 0.209 0.140 0.196 0.077 0.001 0.001 0.075 0.294 19 S 0.001 0.002 0.001 0.251 0.168 0.265 0.027 0.001 0.001 0.087 0.198 20 L 0.001 0.002 0.001 0.494 0.152 0.142 0.022 0.001 0.001 0.044 0.142 21 I 0.002 0.002 0.001 0.475 0.230 0.166 0.015 0.001 0.001 0.043 0.066 22 I 0.016 0.003 0.001 0.455 0.142 0.174 0.024 0.001 0.001 0.069 0.115 23 V 0.056 0.007 0.002 0.317 0.081 0.147 0.074 0.002 0.002 0.070 0.242 24 G 0.030 0.067 0.003 0.116 0.057 0.101 0.115 0.004 0.002 0.042 0.463 25 K 0.105 0.308 0.004 0.023 0.048 0.069 0.078 0.024 0.002 0.016 0.323 26 K 0.082 0.225 0.005 0.036 0.066 0.072 0.076 0.017 0.003 0.055 0.365 27 S 0.069 0.094 0.020 0.026 0.076 0.108 0.089 0.009 0.008 0.195 0.305 28 V 0.192 0.080 0.011 0.034 0.064 0.096 0.081 0.018 0.003 0.132 0.290 29 L 0.100 0.048 0.010 0.053 0.051 0.083 0.101 0.010 0.005 0.072 0.466 30 K 0.040 0.031 0.002 0.064 0.085 0.133 0.107 0.004 0.001 0.039 0.494 31 N 0.011 0.014 0.001 0.054 0.067 0.128 0.100 0.002 0.001 0.042 0.578 32 V 0.017 0.009 0.004 0.063 0.137 0.145 0.134 0.008 0.002 0.060 0.423 33 T 0.124 0.066 0.005 0.113 0.045 0.078 0.089 0.007 0.003 0.072 0.396 34 F 0.256 0.101 0.003 0.043 0.019 0.030 0.071 0.010 0.002 0.048 0.417 35 E 0.055 0.111 0.002 0.051 0.020 0.034 0.093 0.005 0.001 0.030 0.597 36 G 0.034 0.240 0.004 0.043 0.022 0.038 0.097 0.006 0.001 0.038 0.475 37 K 0.035 0.614 0.003 0.020 0.028 0.022 0.044 0.009 0.001 0.039 0.185 38 F 0.030 0.851 0.003 0.004 0.005 0.005 0.012 0.008 0.001 0.008 0.073 39 K 0.044 0.817 0.003 0.004 0.008 0.011 0.012 0.008 0.001 0.020 0.073 40 E 0.036 0.699 0.012 0.007 0.007 0.014 0.023 0.007 0.005 0.065 0.125 41 V 0.129 0.498 0.035 0.009 0.013 0.019 0.046 0.022 0.012 0.081 0.136 42 A 0.211 0.247 0.018 0.018 0.014 0.026 0.054 0.033 0.009 0.071 0.300 43 Q 0.147 0.070 0.003 0.018 0.015 0.029 0.088 0.005 0.001 0.072 0.552 44 K 0.015 0.021 0.002 0.059 0.020 0.052 0.116 0.002 0.001 0.048 0.664 45 F 0.020 0.016 0.007 0.054 0.020 0.038 0.153 0.003 0.002 0.069 0.618 46 V 0.100 0.013 0.004 0.049 0.035 0.035 0.133 0.009 0.003 0.089 0.530 47 T 0.196 0.022 0.001 0.018 0.004 0.007 0.091 0.004 0.001 0.047 0.609 48 D 0.094 0.037 0.002 0.014 0.002 0.006 0.106 0.006 0.001 0.042 0.691 49 G 0.057 0.075 0.002 0.023 0.003 0.007 0.117 0.004 0.001 0.068 0.643 50 D 0.052 0.155 0.004 0.029 0.018 0.025 0.115 0.005 0.001 0.201 0.395 51 S 0.064 0.347 0.004 0.021 0.034 0.039 0.077 0.008 0.001 0.092 0.312 52 W 0.083 0.423 0.004 0.015 0.027 0.037 0.057 0.017 0.001 0.034 0.302 53 N 0.098 0.257 0.003 0.024 0.036 0.053 0.082 0.010 0.002 0.128 0.308 54 S 0.074 0.153 0.013 0.039 0.034 0.075 0.118 0.012 0.006 0.178 0.299 55 M 0.122 0.093 0.016 0.050 0.040 0.091 0.108 0.025 0.007 0.115 0.334 56 I 0.149 0.026 0.006 0.047 0.052 0.077 0.119 0.007 0.003 0.077 0.438 57 S 0.019 0.008 0.001 0.055 0.053 0.099 0.135 0.002 0.001 0.041 0.586 58 R 0.016 0.006 0.003 0.045 0.023 0.048 0.129 0.002 0.001 0.050 0.676 59 I 0.033 0.004 0.004 0.043 0.058 0.064 0.178 0.012 0.002 0.097 0.504 60 P 0.197 0.008 0.003 0.031 0.008 0.015 0.107 0.005 0.002 0.069 0.555 61 A 0.131 0.005 0.002 0.029 0.010 0.023 0.103 0.009 0.001 0.092 0.594 62 S 0.059 0.004 0.001 0.016 0.005 0.011 0.108 0.001 0.001 0.034 0.760 63 G 0.018 0.005 0.001 0.028 0.034 0.058 0.160 0.004 0.001 0.040 0.651 64 R 0.022 0.018 0.001 0.023 0.023 0.027 0.130 0.002 0.001 0.037 0.717 65 H 0.050 0.058 0.001 0.036 0.097 0.090 0.143 0.017 0.001 0.071 0.435 66 P 0.057 0.255 0.002 0.037 0.027 0.048 0.100 0.004 0.001 0.043 0.426 67 L 0.029 0.351 0.003 0.042 0.062 0.111 0.064 0.007 0.001 0.058 0.273 68 H 0.039 0.371 0.004 0.052 0.056 0.084 0.049 0.004 0.001 0.133 0.207 69 Y 0.030 0.397 0.009 0.062 0.092 0.103 0.049 0.004 0.003 0.082 0.170 70 E 0.075 0.189 0.010 0.057 0.135 0.218 0.054 0.009 0.003 0.096 0.153 71 L 0.071 0.184 0.006 0.071 0.105 0.150 0.068 0.011 0.002 0.075 0.256 72 A 0.034 0.046 0.005 0.079 0.106 0.199 0.102 0.006 0.002 0.202 0.219 73 H 0.011 0.037 0.003 0.149 0.110 0.329 0.069 0.004 0.001 0.114 0.171 74 L 0.016 0.004 0.003 0.121 0.116 0.185 0.092 0.001 0.001 0.110 0.350 75 I 0.003 0.002 0.002 0.198 0.202 0.202 0.076 0.001 0.001 0.041 0.273 76 T 0.022 0.007 0.002 0.090 0.052 0.105 0.102 0.001 0.001 0.062 0.556 77 V 0.122 0.006 0.002 0.035 0.051 0.054 0.137 0.017 0.002 0.123 0.451 78 P 0.056 0.009 0.002 0.029 0.005 0.012 0.133 0.005 0.002 0.073 0.675 79 D 0.127 0.026 0.004 0.034 0.010 0.027 0.137 0.005 0.002 0.092 0.534 80 A 0.120 0.011 0.005 0.035 0.025 0.040 0.120 0.005 0.002 0.118 0.518 81 S 0.073 0.009 0.003 0.036 0.020 0.038 0.140 0.006 0.001 0.069 0.604 82 S 0.133 0.011 0.001 0.028 0.026 0.049 0.119 0.007 0.001 0.081 0.543 83 R 0.082 0.003 0.001 0.015 0.013 0.018 0.142 0.002 0.001 0.037 0.686 84 G 0.006 0.001 0.001 0.015 0.023 0.056 0.193 0.005 0.001 0.024 0.677 85 N 0.034 0.008 0.001 0.032 0.013 0.021 0.156 0.002 0.001 0.040 0.693 86 T 0.049 0.011 0.001 0.033 0.046 0.043 0.197 0.007 0.001 0.087 0.524 87 P 0.049 0.028 0.001 0.019 0.008 0.016 0.159 0.003 0.001 0.047 0.668 88 T 0.097 0.111 0.002 0.030 0.010 0.017 0.123 0.007 0.001 0.165 0.437 89 N 0.048 0.498 0.003 0.013 0.005 0.007 0.059 0.005 0.001 0.142 0.218 90 A 0.033 0.840 0.003 0.003 0.002 0.005 0.014 0.010 0.001 0.006 0.084 91 H 0.046 0.773 0.002 0.003 0.008 0.011 0.014 0.009 0.001 0.018 0.115 92 S 0.075 0.547 0.012 0.005 0.012 0.016 0.040 0.009 0.007 0.095 0.180 93 I 0.223 0.370 0.028 0.007 0.012 0.019 0.052 0.038 0.013 0.069 0.169 94 Y 0.302 0.072 0.032 0.015 0.015 0.036 0.069 0.033 0.021 0.060 0.346 95 K 0.135 0.009 0.005 0.019 0.023 0.048 0.122 0.002 0.002 0.036 0.600 96 E 0.008 0.003 0.002 0.032 0.022 0.062 0.114 0.001 0.001 0.025 0.732 97 L 0.011 0.002 0.002 0.026 0.020 0.029 0.141 0.003 0.001 0.046 0.719 98 K 0.035 0.002 0.001 0.076 0.104 0.133 0.121 0.016 0.001 0.139 0.372 99 P 0.018 0.001 0.001 0.032 0.011 0.025 0.084 0.001 0.001 0.033 0.794 100 I 0.004 0.001 0.001 0.070 0.119 0.165 0.089 0.002 0.001 0.036 0.515 101 N 0.010 0.001 0.001 0.074 0.025 0.041 0.101 0.001 0.001 0.034 0.713 102 Y 0.020 0.001 0.001 0.082 0.059 0.074 0.143 0.008 0.001 0.074 0.537 103 P 0.186 0.008 0.002 0.044 0.009 0.012 0.110 0.003 0.002 0.078 0.546 104 E 0.059 0.005 0.002 0.023 0.009 0.016 0.137 0.003 0.001 0.045 0.701 105 D 0.076 0.006 0.001 0.018 0.017 0.027 0.139 0.004 0.001 0.060 0.653 106 T 0.052 0.014 0.001 0.035 0.021 0.039 0.172 0.004 0.001 0.069 0.592 107 K 0.030 0.014 0.001 0.036 0.037 0.060 0.158 0.003 0.001 0.067 0.593 108 N 0.009 0.022 0.001 0.107 0.124 0.156 0.130 0.002 0.001 0.074 0.374 109 V 0.006 0.022 0.001 0.149 0.104 0.149 0.102 0.002 0.001 0.105 0.362 110 H 0.003 0.021 0.001 0.357 0.191 0.203 0.037 0.001 0.001 0.065 0.121 111 F 0.005 0.012 0.001 0.319 0.171 0.236 0.030 0.001 0.001 0.106 0.119 112 V 0.007 0.012 0.002 0.301 0.223 0.214 0.034 0.001 0.001 0.088 0.117 113 L 0.018 0.016 0.002 0.388 0.100 0.187 0.057 0.003 0.001 0.079 0.150 114 F 0.110 0.012 0.002 0.164 0.066 0.127 0.099 0.002 0.002 0.179 0.235 115 A 0.020 0.017 0.004 0.153 0.059 0.080 0.169 0.001 0.003 0.104 0.391 116 E 0.030 0.195 0.003 0.024 0.029 0.039 0.127 0.006 0.002 0.054 0.492 117 Y 0.142 0.652 0.002 0.004 0.003 0.005 0.028 0.027 0.001 0.029 0.108 118 P 0.044 0.230 0.003 0.004 0.002 0.003 0.031 0.004 0.001 0.505 0.174 119 D 0.010 0.708 0.004 0.001 0.001 0.003 0.017 0.002 0.001 0.165 0.088 120 V 0.016 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.032 0.033 121 L 0.006 0.933 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.034 0.019 122 S 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.013 123 H 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.008 124 V 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.004 125 A 0.011 0.893 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.065 0.021 126 A 0.021 0.383 0.008 0.004 0.001 0.001 0.021 0.003 0.002 0.509 0.047 127 I 0.040 0.620 0.025 0.009 0.002 0.003 0.031 0.016 0.007 0.177 0.072 128 A 0.087 0.615 0.016 0.009 0.004 0.006 0.033 0.011 0.006 0.044 0.170 129 R 0.074 0.391 0.009 0.012 0.008 0.017 0.067 0.007 0.004 0.058 0.354 130 T 0.068 0.378 0.003 0.013 0.008 0.020 0.071 0.008 0.002 0.051 0.378 131 F 0.091 0.194 0.026 0.033 0.014 0.030 0.098 0.014 0.009 0.122 0.369 132 C 0.091 0.210 0.009 0.046 0.029 0.051 0.110 0.010 0.004 0.063 0.377 133 K 0.071 0.092 0.006 0.042 0.022 0.048 0.102 0.006 0.002 0.082 0.526 134 F 0.052 0.033 0.004 0.073 0.052 0.067 0.119 0.007 0.001 0.181 0.411 135 S 0.042 0.039 0.006 0.105 0.037 0.101 0.121 0.005 0.003 0.158 0.384 136 M 0.067 0.016 0.015 0.067 0.054 0.092 0.109 0.004 0.006 0.104 0.466 137 K 0.082 0.022 0.005 0.049 0.048 0.082 0.105 0.009 0.003 0.074 0.522 138 T 0.218 0.028 0.002 0.017 0.019 0.036 0.089 0.005 0.002 0.060 0.522 139 S 0.060 0.016 0.004 0.025 0.023 0.051 0.129 0.008 0.002 0.054 0.628 140 G 0.042 0.013 0.002 0.020 0.032 0.072 0.128 0.007 0.001 0.042 0.640 141 I 0.062 0.008 0.005 0.039 0.055 0.081 0.118 0.004 0.002 0.062 0.566 142 R 0.044 0.007 0.002 0.062 0.112 0.149 0.095 0.005 0.001 0.068 0.456 143 E 0.024 0.004 0.001 0.048 0.043 0.069 0.111 0.001 0.001 0.046 0.651 144 L 0.008 0.003 0.001 0.090 0.166 0.144 0.105 0.003 0.001 0.044 0.435 145 N 0.015 0.008 0.001 0.127 0.059 0.087 0.110 0.002 0.001 0.041 0.551 146 V 0.010 0.007 0.001 0.165 0.180 0.112 0.069 0.003 0.001 0.031 0.420 147 N 0.013 0.044 0.001 0.303 0.091 0.091 0.070 0.003 0.001 0.035 0.347 148 I 0.017 0.030 0.001 0.195 0.155 0.124 0.065 0.007 0.001 0.039 0.366 149 D 0.015 0.058 0.002 0.504 0.106 0.093 0.042 0.003 0.001 0.032 0.145 150 V 0.029 0.105 0.006 0.373 0.067 0.087 0.056 0.005 0.002 0.043 0.226 151 V 0.119 0.093 0.011 0.301 0.072 0.076 0.065 0.013 0.006 0.059 0.185 152 C 0.122 0.058 0.004 0.160 0.029 0.053 0.108 0.012 0.002 0.073 0.378 153 D 0.085 0.046 0.003 0.099 0.032 0.064 0.124 0.005 0.002 0.093 0.447 154 K 0.037 0.028 0.005 0.075 0.027 0.051 0.169 0.003 0.002 0.050 0.552 155 L 0.027 0.031 0.006 0.037 0.043 0.057 0.140 0.003 0.003 0.037 0.617 156 T 0.131 0.124 0.003 0.021 0.030 0.040 0.105 0.013 0.002 0.058 0.474 157 N 0.237 0.238 0.005 0.016 0.005 0.011 0.075 0.011 0.002 0.073 0.328 158 E 0.096 0.259 0.007 0.023 0.008 0.018 0.102 0.009 0.002 0.073 0.401 159 D 0.083 0.280 0.004 0.034 0.022 0.048 0.104 0.011 0.001 0.065 0.347 160 A 0.105 0.070 0.004 0.059 0.047 0.055 0.103 0.008 0.001 0.226 0.322 161 V 0.041 0.079 0.004 0.119 0.063 0.089 0.125 0.006 0.001 0.125 0.347 162 F 0.073 0.098 0.004 0.088 0.043 0.089 0.133 0.007 0.002 0.083 0.380 163 L 0.100 0.051 0.010 0.086 0.053 0.088 0.125 0.006 0.004 0.116 0.359 164 T 0.042 0.094 0.002 0.041 0.028 0.073 0.140 0.006 0.002 0.097 0.474 165 D 0.192 0.204 0.005 0.023 0.008 0.020 0.085 0.006 0.003 0.122 0.331 166 L 0.030 0.480 0.006 0.020 0.010 0.012 0.075 0.007 0.002 0.080 0.279 167 S 0.038 0.812 0.002 0.002 0.002 0.005 0.017 0.008 0.001 0.006 0.108 168 E 0.070 0.699 0.002 0.006 0.003 0.005 0.020 0.013 0.001 0.051 0.132 169 S 0.012 0.027 0.004 0.002 0.003 0.003 0.019 0.002 0.001 0.862 0.065 170 V 0.049 0.599 0.011 0.004 0.004 0.008 0.036 0.015 0.003 0.131 0.140 171 R 0.143 0.315 0.058 0.007 0.005 0.009 0.037 0.022 0.020 0.065 0.319 172 E 0.117 0.226 0.020 0.016 0.012 0.022 0.088 0.013 0.010 0.076 0.400 173 T 0.110 0.173 0.001 0.008 0.006 0.021 0.070 0.010 0.001 0.037 0.563 174 A 0.097 0.055 0.018 0.027 0.014 0.027 0.102 0.016 0.005 0.078 0.562 175 R 0.054 0.034 0.003 0.053 0.034 0.064 0.136 0.003 0.002 0.043 0.573 176 L 0.013 0.012 0.002 0.027 0.015 0.027 0.114 0.001 0.001 0.029 0.758 177 I 0.070 0.018 0.005 0.069 0.066 0.037 0.168 0.013 0.002 0.072 0.480