# TARGET T0318 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.077 0.054 0.045 0.097 0.091 0.101 0.138 0.108 0.114 0.095 0.079 2 T 0.046 0.050 0.047 0.116 0.123 0.136 0.185 0.115 0.090 0.059 0.033 3 Q 0.016 0.046 0.074 0.159 0.164 0.170 0.167 0.093 0.062 0.033 0.017 4 V 0.015 0.015 0.024 0.041 0.048 0.066 0.151 0.170 0.178 0.168 0.125 5 L 0.008 0.011 0.024 0.047 0.059 0.066 0.136 0.150 0.183 0.174 0.142 6 V 0.003 0.011 0.025 0.042 0.043 0.051 0.127 0.151 0.205 0.183 0.160 7 R 0.022 0.031 0.063 0.129 0.151 0.159 0.164 0.110 0.088 0.050 0.033 8 N 0.100 0.098 0.094 0.142 0.126 0.134 0.162 0.072 0.042 0.021 0.009 9 G 0.202 0.149 0.123 0.177 0.105 0.065 0.070 0.038 0.033 0.023 0.014 10 I 0.020 0.028 0.031 0.046 0.043 0.055 0.117 0.123 0.168 0.175 0.193 11 Q 0.050 0.135 0.136 0.241 0.187 0.117 0.076 0.029 0.016 0.008 0.006 12 A 0.039 0.047 0.031 0.060 0.075 0.099 0.171 0.140 0.136 0.109 0.093 13 V 0.037 0.033 0.015 0.068 0.084 0.092 0.144 0.129 0.138 0.129 0.132 14 G 0.247 0.140 0.054 0.116 0.104 0.088 0.086 0.051 0.049 0.032 0.033 15 D 0.270 0.185 0.091 0.188 0.096 0.070 0.051 0.020 0.013 0.009 0.006 16 G 0.300 0.157 0.070 0.145 0.107 0.082 0.075 0.028 0.017 0.012 0.008 17 L 0.017 0.021 0.017 0.047 0.047 0.055 0.110 0.112 0.168 0.182 0.223 18 T 0.018 0.057 0.065 0.130 0.155 0.153 0.181 0.093 0.071 0.043 0.034 19 S 0.040 0.058 0.049 0.149 0.131 0.140 0.176 0.107 0.074 0.047 0.028 20 L 0.012 0.011 0.011 0.033 0.052 0.084 0.170 0.171 0.170 0.163 0.125 21 I 0.007 0.013 0.019 0.050 0.053 0.058 0.125 0.150 0.197 0.179 0.150 22 I 0.005 0.011 0.020 0.040 0.047 0.066 0.161 0.154 0.201 0.170 0.125 23 V 0.012 0.025 0.040 0.077 0.075 0.082 0.164 0.156 0.163 0.126 0.080 24 G 0.092 0.103 0.043 0.131 0.130 0.114 0.146 0.101 0.076 0.044 0.021 25 K 0.102 0.158 0.074 0.193 0.153 0.114 0.102 0.049 0.031 0.017 0.008 26 K 0.227 0.175 0.092 0.198 0.131 0.079 0.055 0.020 0.013 0.006 0.003 27 S 0.228 0.152 0.075 0.152 0.116 0.096 0.089 0.043 0.027 0.015 0.009 28 V 0.054 0.063 0.057 0.135 0.120 0.116 0.160 0.111 0.089 0.061 0.034 29 L 0.019 0.020 0.037 0.053 0.071 0.109 0.199 0.160 0.158 0.108 0.067 30 K 0.061 0.100 0.259 0.298 0.150 0.069 0.038 0.014 0.007 0.003 0.001 31 N 0.141 0.154 0.154 0.221 0.153 0.092 0.055 0.017 0.008 0.004 0.001 32 V 0.031 0.026 0.039 0.045 0.043 0.053 0.123 0.138 0.186 0.173 0.144 33 T 0.130 0.315 0.165 0.200 0.111 0.044 0.025 0.006 0.003 0.001 0.001 34 F 0.083 0.075 0.085 0.100 0.082 0.088 0.148 0.114 0.104 0.076 0.045 35 E 0.196 0.207 0.133 0.193 0.125 0.070 0.051 0.013 0.007 0.003 0.002 36 G 0.493 0.140 0.093 0.084 0.049 0.041 0.051 0.023 0.014 0.007 0.004 37 K 0.121 0.186 0.107 0.239 0.154 0.095 0.055 0.021 0.012 0.007 0.003 38 F 0.041 0.047 0.082 0.060 0.057 0.091 0.178 0.143 0.145 0.099 0.057 39 K 0.101 0.125 0.263 0.271 0.134 0.058 0.034 0.009 0.004 0.001 0.001 40 E 0.091 0.098 0.358 0.213 0.108 0.065 0.047 0.012 0.004 0.002 0.001 41 V 0.020 0.021 0.152 0.099 0.084 0.103 0.175 0.120 0.104 0.080 0.042 42 A 0.006 0.009 0.113 0.049 0.062 0.111 0.292 0.157 0.111 0.064 0.027 43 Q 0.005 0.025 0.398 0.258 0.156 0.078 0.045 0.020 0.009 0.005 0.001 44 K 0.017 0.059 0.206 0.144 0.188 0.159 0.130 0.049 0.026 0.014 0.006 45 F 0.011 0.022 0.069 0.058 0.067 0.076 0.173 0.142 0.169 0.135 0.078 46 V 0.010 0.020 0.041 0.064 0.106 0.119 0.261 0.152 0.117 0.072 0.038 47 T 0.093 0.149 0.277 0.189 0.129 0.070 0.052 0.021 0.012 0.006 0.003 48 D 0.155 0.272 0.182 0.185 0.093 0.053 0.038 0.013 0.006 0.003 0.001 49 G 0.513 0.178 0.056 0.091 0.061 0.039 0.031 0.014 0.009 0.005 0.003 50 D 0.579 0.204 0.059 0.075 0.037 0.021 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 51 S 0.116 0.200 0.079 0.184 0.133 0.099 0.094 0.040 0.029 0.017 0.009 52 W 0.065 0.042 0.024 0.063 0.086 0.132 0.202 0.146 0.122 0.074 0.044 53 N 0.159 0.128 0.122 0.263 0.166 0.086 0.045 0.016 0.009 0.004 0.002 54 S 0.036 0.081 0.125 0.205 0.167 0.142 0.121 0.056 0.036 0.020 0.011 55 M 0.031 0.030 0.037 0.071 0.074 0.093 0.159 0.148 0.147 0.125 0.085 56 I 0.014 0.014 0.033 0.051 0.074 0.102 0.201 0.159 0.153 0.121 0.078 57 S 0.036 0.084 0.263 0.193 0.139 0.094 0.087 0.045 0.032 0.017 0.010 58 R 0.039 0.080 0.096 0.179 0.166 0.143 0.148 0.067 0.042 0.026 0.013 59 I 0.031 0.027 0.020 0.034 0.042 0.051 0.112 0.140 0.188 0.196 0.160 60 P 0.224 0.204 0.121 0.185 0.118 0.069 0.043 0.017 0.010 0.005 0.004 61 A 0.213 0.114 0.103 0.118 0.097 0.094 0.112 0.058 0.043 0.029 0.019 62 S 0.250 0.196 0.064 0.132 0.095 0.070 0.079 0.045 0.032 0.023 0.015 63 G 0.573 0.154 0.039 0.076 0.055 0.035 0.028 0.014 0.011 0.008 0.007 64 R 0.115 0.156 0.044 0.136 0.123 0.104 0.124 0.074 0.057 0.041 0.027 65 H 0.108 0.079 0.029 0.109 0.132 0.145 0.163 0.086 0.072 0.048 0.029 66 P 0.213 0.093 0.041 0.138 0.132 0.111 0.109 0.062 0.048 0.031 0.023 67 L 0.027 0.036 0.019 0.057 0.062 0.080 0.152 0.147 0.170 0.144 0.106 68 H 0.016 0.032 0.033 0.071 0.078 0.105 0.163 0.145 0.157 0.114 0.086 69 Y 0.038 0.026 0.035 0.071 0.076 0.095 0.177 0.142 0.141 0.116 0.083 70 E 0.014 0.026 0.075 0.136 0.146 0.143 0.195 0.114 0.080 0.046 0.025 71 L 0.006 0.006 0.028 0.029 0.021 0.025 0.082 0.117 0.214 0.255 0.217 72 A 0.006 0.005 0.031 0.039 0.043 0.072 0.160 0.158 0.187 0.169 0.129 73 H 0.003 0.009 0.095 0.067 0.070 0.118 0.239 0.162 0.126 0.075 0.036 74 L 0.003 0.008 0.057 0.030 0.030 0.046 0.138 0.163 0.193 0.188 0.144 75 I 0.003 0.005 0.016 0.019 0.021 0.032 0.094 0.136 0.217 0.249 0.207 76 T 0.020 0.050 0.083 0.108 0.117 0.114 0.166 0.118 0.112 0.070 0.041 77 V 0.016 0.027 0.039 0.059 0.057 0.074 0.148 0.156 0.190 0.144 0.090 78 P 0.126 0.119 0.095 0.145 0.136 0.119 0.125 0.062 0.040 0.021 0.012 79 D 0.213 0.191 0.091 0.157 0.117 0.080 0.074 0.034 0.022 0.013 0.008 80 A 0.313 0.136 0.059 0.108 0.089 0.070 0.075 0.049 0.044 0.034 0.024 81 S 0.310 0.140 0.047 0.113 0.094 0.075 0.082 0.047 0.041 0.028 0.023 82 S 0.297 0.165 0.066 0.109 0.078 0.070 0.076 0.048 0.040 0.029 0.023 83 R 0.199 0.149 0.054 0.141 0.125 0.101 0.093 0.052 0.038 0.027 0.020 84 G 0.562 0.140 0.038 0.067 0.048 0.036 0.035 0.022 0.020 0.017 0.015 85 N 0.204 0.141 0.046 0.130 0.129 0.094 0.085 0.054 0.048 0.039 0.030 86 T 0.169 0.181 0.059 0.111 0.087 0.070 0.083 0.065 0.068 0.058 0.050 87 P 0.282 0.130 0.060 0.125 0.107 0.096 0.083 0.044 0.034 0.023 0.016 88 T 0.340 0.146 0.084 0.113 0.085 0.067 0.070 0.036 0.027 0.019 0.013 89 N 0.148 0.145 0.094 0.162 0.118 0.097 0.089 0.052 0.043 0.031 0.022 90 A 0.131 0.084 0.065 0.085 0.072 0.086 0.127 0.093 0.098 0.087 0.072 91 H 0.083 0.071 0.089 0.166 0.141 0.139 0.142 0.068 0.050 0.032 0.019 92 S 0.094 0.086 0.145 0.152 0.124 0.110 0.120 0.065 0.048 0.033 0.023 93 I 0.023 0.037 0.085 0.109 0.093 0.086 0.131 0.106 0.119 0.112 0.100 94 Y 0.016 0.022 0.068 0.067 0.077 0.088 0.165 0.135 0.150 0.122 0.091 95 K 0.057 0.073 0.282 0.224 0.153 0.092 0.064 0.027 0.017 0.008 0.003 96 E 0.088 0.098 0.165 0.176 0.154 0.127 0.115 0.040 0.022 0.011 0.005 97 L 0.015 0.016 0.026 0.032 0.038 0.051 0.127 0.143 0.202 0.195 0.154 98 K 0.208 0.213 0.118 0.153 0.107 0.079 0.069 0.027 0.015 0.008 0.004 99 P 0.346 0.163 0.118 0.155 0.091 0.055 0.040 0.015 0.009 0.004 0.002 100 I 0.027 0.028 0.017 0.039 0.056 0.078 0.186 0.175 0.170 0.139 0.086 101 N 0.271 0.352 0.092 0.161 0.073 0.026 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 102 Y 0.037 0.036 0.014 0.049 0.069 0.097 0.169 0.159 0.156 0.126 0.089 103 P 0.311 0.187 0.057 0.140 0.106 0.075 0.063 0.028 0.018 0.009 0.006 104 E 0.537 0.179 0.062 0.120 0.055 0.024 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 105 D 0.135 0.130 0.044 0.157 0.115 0.115 0.128 0.071 0.051 0.035 0.020 106 T 0.080 0.056 0.047 0.099 0.109 0.144 0.170 0.103 0.086 0.060 0.047 107 K 0.157 0.171 0.124 0.235 0.127 0.083 0.066 0.021 0.010 0.004 0.002 108 N 0.041 0.077 0.092 0.199 0.179 0.159 0.135 0.058 0.034 0.018 0.009 109 V 0.006 0.008 0.009 0.024 0.030 0.040 0.121 0.161 0.224 0.215 0.162 110 H 0.004 0.013 0.021 0.094 0.149 0.188 0.237 0.135 0.092 0.047 0.020 111 F 0.002 0.006 0.021 0.033 0.039 0.059 0.162 0.190 0.215 0.176 0.098 112 V 0.003 0.005 0.014 0.032 0.039 0.065 0.161 0.191 0.201 0.170 0.118 113 L 0.002 0.004 0.010 0.015 0.015 0.024 0.107 0.179 0.258 0.241 0.144 114 F 0.003 0.008 0.020 0.043 0.048 0.066 0.151 0.177 0.214 0.165 0.104 115 A 0.007 0.012 0.028 0.041 0.051 0.072 0.171 0.166 0.195 0.150 0.109 116 E 0.033 0.077 0.051 0.170 0.187 0.143 0.173 0.086 0.052 0.022 0.008 117 Y 0.013 0.029 0.016 0.070 0.091 0.113 0.209 0.172 0.153 0.093 0.042 118 P 0.278 0.168 0.095 0.168 0.133 0.081 0.044 0.016 0.009 0.004 0.002 119 D 0.082 0.094 0.051 0.164 0.161 0.155 0.164 0.070 0.035 0.016 0.008 120 V 0.006 0.010 0.009 0.021 0.029 0.047 0.132 0.180 0.233 0.204 0.129 121 L 0.017 0.014 0.022 0.036 0.043 0.069 0.167 0.156 0.196 0.161 0.120 122 S 0.031 0.040 0.145 0.172 0.153 0.135 0.139 0.074 0.055 0.034 0.023 123 H 0.004 0.011 0.043 0.052 0.056 0.084 0.200 0.168 0.162 0.132 0.086 124 V 0.005 0.004 0.028 0.019 0.015 0.018 0.073 0.126 0.224 0.259 0.229 125 A 0.011 0.011 0.099 0.070 0.084 0.134 0.231 0.115 0.107 0.081 0.058 126 A 0.008 0.015 0.245 0.094 0.088 0.106 0.177 0.094 0.078 0.057 0.038 127 I 0.005 0.009 0.060 0.029 0.025 0.038 0.124 0.137 0.192 0.208 0.174 128 A 0.015 0.015 0.065 0.035 0.028 0.039 0.115 0.131 0.192 0.199 0.166 129 R 0.024 0.039 0.183 0.133 0.130 0.133 0.145 0.080 0.064 0.043 0.026 130 T 0.039 0.053 0.138 0.090 0.088 0.104 0.174 0.105 0.099 0.067 0.043 131 F 0.043 0.039 0.067 0.079 0.068 0.075 0.150 0.123 0.146 0.127 0.084 132 C 0.044 0.037 0.051 0.059 0.062 0.090 0.183 0.133 0.137 0.116 0.088 133 K 0.062 0.086 0.143 0.176 0.143 0.120 0.121 0.063 0.046 0.026 0.014 134 F 0.038 0.031 0.051 0.063 0.070 0.090 0.159 0.142 0.162 0.122 0.073 135 S 0.097 0.125 0.085 0.178 0.134 0.093 0.108 0.069 0.056 0.034 0.020 136 M 0.134 0.074 0.045 0.078 0.074 0.079 0.128 0.115 0.120 0.096 0.058 137 K 0.120 0.148 0.090 0.195 0.157 0.116 0.086 0.041 0.025 0.014 0.008 138 T 0.132 0.121 0.080 0.140 0.099 0.089 0.100 0.074 0.072 0.056 0.039 139 S 0.294 0.184 0.074 0.129 0.101 0.068 0.064 0.035 0.027 0.016 0.009 140 G 0.290 0.156 0.065 0.128 0.085 0.065 0.075 0.047 0.041 0.028 0.020 141 I 0.094 0.062 0.047 0.084 0.086 0.102 0.132 0.104 0.114 0.096 0.079 142 R 0.104 0.082 0.125 0.195 0.142 0.122 0.109 0.052 0.036 0.020 0.013 143 E 0.159 0.131 0.166 0.202 0.132 0.089 0.064 0.027 0.016 0.009 0.005 144 L 0.052 0.042 0.051 0.072 0.062 0.072 0.136 0.138 0.148 0.135 0.092 145 N 0.068 0.125 0.110 0.192 0.170 0.130 0.093 0.043 0.033 0.021 0.015 146 V 0.028 0.023 0.040 0.044 0.044 0.057 0.135 0.135 0.170 0.163 0.160 147 N 0.084 0.110 0.098 0.222 0.186 0.124 0.098 0.038 0.021 0.011 0.007 148 I 0.015 0.016 0.016 0.030 0.028 0.036 0.110 0.144 0.219 0.216 0.170 149 D 0.066 0.124 0.087 0.273 0.202 0.124 0.069 0.026 0.015 0.008 0.006 150 V 0.018 0.019 0.024 0.036 0.039 0.061 0.147 0.151 0.200 0.176 0.130 151 V 0.024 0.064 0.059 0.175 0.177 0.136 0.154 0.086 0.064 0.038 0.025 152 C 0.007 0.015 0.016 0.036 0.042 0.054 0.145 0.146 0.195 0.177 0.168 153 D 0.071 0.077 0.097 0.234 0.213 0.138 0.100 0.035 0.020 0.009 0.005 154 K 0.148 0.165 0.132 0.221 0.140 0.089 0.066 0.021 0.011 0.005 0.002 155 L 0.007 0.011 0.014 0.029 0.042 0.063 0.135 0.147 0.197 0.198 0.158 156 T 0.052 0.212 0.123 0.192 0.136 0.097 0.094 0.042 0.028 0.015 0.010 157 N 0.374 0.211 0.148 0.156 0.070 0.025 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 158 E 0.545 0.150 0.091 0.106 0.052 0.030 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 159 D 0.043 0.076 0.058 0.161 0.146 0.151 0.178 0.083 0.058 0.030 0.015 160 A 0.044 0.022 0.037 0.049 0.060 0.108 0.196 0.150 0.147 0.110 0.077 161 V 0.058 0.087 0.236 0.204 0.150 0.116 0.084 0.033 0.019 0.009 0.004 162 F 0.014 0.034 0.088 0.097 0.101 0.127 0.188 0.132 0.107 0.073 0.039 163 L 0.017 0.020 0.056 0.061 0.052 0.056 0.115 0.122 0.159 0.170 0.172 164 T 0.051 0.055 0.138 0.126 0.123 0.122 0.168 0.092 0.066 0.037 0.021 165 D 0.074 0.147 0.239 0.212 0.142 0.082 0.059 0.024 0.012 0.006 0.003 166 L 0.031 0.050 0.061 0.066 0.065 0.082 0.162 0.130 0.137 0.127 0.089 167 S 0.180 0.182 0.164 0.145 0.113 0.084 0.082 0.025 0.016 0.007 0.003 168 E 0.485 0.124 0.175 0.113 0.045 0.026 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 169 S 0.096 0.112 0.158 0.181 0.132 0.114 0.108 0.046 0.027 0.017 0.009 170 V 0.032 0.038 0.138 0.061 0.046 0.072 0.164 0.136 0.139 0.104 0.068 171 R 0.036 0.042 0.242 0.217 0.193 0.131 0.087 0.029 0.014 0.006 0.002 172 E 0.047 0.057 0.481 0.157 0.091 0.071 0.062 0.019 0.009 0.004 0.002 173 T 0.009 0.021 0.181 0.130 0.110 0.108 0.165 0.098 0.084 0.062 0.032 174 A 0.017 0.014 0.155 0.038 0.036 0.063 0.201 0.150 0.148 0.112 0.066 175 R 0.013 0.029 0.430 0.237 0.147 0.077 0.041 0.015 0.007 0.003 0.001 176 L 0.010 0.041 0.320 0.078 0.087 0.092 0.139 0.082 0.073 0.051 0.027 177 I 0.022 0.036 0.092 0.095 0.097 0.085 0.138 0.115 0.142 0.106 0.071