# TARGET T0318 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.448 0.173 0.136 0.113 0.045 0.020 0.034 0.011 0.015 0.004 0.001 2 T 0.477 0.217 0.200 0.048 0.026 0.015 0.007 0.002 0.007 0.003 0.001 3 Q 0.429 0.313 0.180 0.021 0.020 0.018 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 4 V 0.317 0.466 0.143 0.011 0.010 0.028 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 5 L 0.325 0.301 0.296 0.007 0.004 0.050 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 6 V 0.319 0.493 0.065 0.047 0.025 0.023 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 7 R 0.462 0.241 0.168 0.034 0.037 0.026 0.011 0.003 0.015 0.005 0.001 8 N 0.170 0.044 0.059 0.373 0.039 0.011 0.265 0.017 0.015 0.005 0.001 9 G 0.094 0.011 0.041 0.021 0.073 0.004 0.139 0.446 0.002 0.167 0.001 10 I 0.371 0.335 0.198 0.031 0.031 0.022 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 11 Q 0.489 0.197 0.125 0.084 0.023 0.042 0.011 0.001 0.026 0.002 0.001 12 A 0.447 0.183 0.181 0.055 0.068 0.035 0.009 0.004 0.014 0.002 0.001 13 V 0.396 0.231 0.092 0.204 0.029 0.020 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 14 G 0.229 0.055 0.081 0.031 0.196 0.005 0.053 0.091 0.007 0.251 0.001 15 D 0.361 0.052 0.262 0.244 0.036 0.017 0.013 0.002 0.007 0.002 0.004 16 G 0.072 0.009 0.037 0.081 0.057 0.003 0.099 0.547 0.003 0.090 0.001 17 L 0.095 0.154 0.497 0.089 0.024 0.105 0.011 0.001 0.021 0.001 0.002 18 T 0.204 0.376 0.121 0.205 0.076 0.006 0.003 0.003 0.004 0.003 0.001 19 S 0.017 0.652 0.078 0.010 0.221 0.006 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 20 L 0.008 0.715 0.224 0.003 0.024 0.015 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 21 I 0.006 0.874 0.056 0.002 0.025 0.012 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 22 I 0.011 0.599 0.287 0.002 0.006 0.069 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 23 V 0.026 0.498 0.253 0.045 0.013 0.066 0.007 0.001 0.091 0.001 0.001 24 G 0.019 0.027 0.133 0.005 0.333 0.006 0.037 0.075 0.003 0.363 0.001 25 K 0.513 0.152 0.142 0.089 0.038 0.036 0.008 0.003 0.012 0.004 0.002 26 K 0.590 0.085 0.124 0.131 0.020 0.017 0.015 0.004 0.011 0.004 0.001 27 S 0.580 0.072 0.128 0.072 0.073 0.015 0.023 0.019 0.010 0.007 0.001 28 V 0.659 0.178 0.056 0.050 0.026 0.015 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 29 L 0.519 0.155 0.183 0.087 0.009 0.032 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 30 K 0.708 0.086 0.110 0.059 0.018 0.008 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 31 N 0.181 0.043 0.044 0.389 0.028 0.032 0.223 0.024 0.036 0.001 0.001 32 V 0.030 0.363 0.498 0.026 0.016 0.046 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 33 T 0.086 0.575 0.178 0.057 0.056 0.026 0.004 0.001 0.015 0.003 0.001 34 F 0.189 0.381 0.108 0.112 0.082 0.035 0.020 0.007 0.049 0.017 0.001 35 E 0.246 0.229 0.278 0.118 0.025 0.027 0.033 0.003 0.038 0.003 0.001 36 G 0.195 0.013 0.052 0.041 0.079 0.005 0.103 0.342 0.001 0.168 0.001 37 K 0.606 0.139 0.147 0.053 0.025 0.014 0.004 0.002 0.005 0.004 0.001 38 F 0.765 0.066 0.100 0.027 0.009 0.019 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 39 K 0.968 0.011 0.010 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 E 0.973 0.009 0.008 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 V 0.957 0.011 0.003 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 A 0.949 0.011 0.019 0.009 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 43 Q 0.924 0.014 0.015 0.038 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 44 K 0.828 0.044 0.041 0.065 0.012 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 45 F 0.654 0.032 0.081 0.164 0.005 0.029 0.016 0.002 0.015 0.001 0.001 46 V 0.315 0.261 0.201 0.098 0.027 0.062 0.006 0.001 0.027 0.001 0.001 47 T 0.413 0.081 0.074 0.294 0.064 0.028 0.014 0.005 0.011 0.017 0.001 48 D 0.095 0.104 0.176 0.317 0.064 0.065 0.053 0.004 0.116 0.004 0.001 49 G 0.423 0.020 0.058 0.098 0.044 0.008 0.053 0.235 0.005 0.056 0.001 50 D 0.446 0.035 0.106 0.340 0.015 0.023 0.018 0.005 0.009 0.002 0.001 51 S 0.290 0.105 0.211 0.142 0.154 0.018 0.016 0.029 0.011 0.022 0.001 52 W 0.677 0.060 0.063 0.129 0.021 0.020 0.012 0.005 0.009 0.004 0.001 53 N 0.615 0.086 0.060 0.180 0.025 0.011 0.011 0.003 0.007 0.003 0.001 54 S 0.495 0.160 0.103 0.108 0.095 0.010 0.016 0.005 0.006 0.002 0.001 55 M 0.460 0.171 0.138 0.115 0.037 0.037 0.018 0.004 0.017 0.002 0.001 56 I 0.293 0.402 0.183 0.053 0.021 0.022 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 57 S 0.637 0.109 0.100 0.103 0.025 0.008 0.006 0.002 0.004 0.005 0.001 58 R 0.229 0.183 0.121 0.257 0.051 0.032 0.078 0.014 0.031 0.002 0.001 59 I 0.032 0.389 0.393 0.006 0.012 0.040 0.007 0.001 0.121 0.001 0.001 60 P 0.057 0.019 0.863 0.005 0.001 0.048 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 61 A 0.676 0.063 0.089 0.104 0.026 0.011 0.012 0.008 0.006 0.004 0.001 62 S 0.281 0.048 0.102 0.476 0.035 0.004 0.025 0.012 0.010 0.007 0.001 63 G 0.085 0.012 0.082 0.052 0.082 0.003 0.083 0.390 0.001 0.210 0.001 64 R 0.199 0.174 0.342 0.183 0.023 0.044 0.016 0.003 0.011 0.003 0.001 65 H 0.063 0.277 0.377 0.004 0.044 0.015 0.016 0.001 0.193 0.009 0.001 66 P 0.346 0.005 0.477 0.007 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 67 L 0.516 0.058 0.291 0.062 0.010 0.043 0.005 0.003 0.009 0.001 0.002 68 H 0.506 0.138 0.120 0.100 0.038 0.060 0.010 0.004 0.021 0.003 0.001 69 Y 0.845 0.042 0.028 0.042 0.011 0.013 0.006 0.002 0.011 0.001 0.001 70 E 0.847 0.045 0.049 0.029 0.006 0.016 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 71 L 0.836 0.028 0.045 0.059 0.002 0.021 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 72 A 0.793 0.049 0.058 0.064 0.016 0.005 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 73 H 0.644 0.076 0.058 0.111 0.034 0.015 0.043 0.008 0.010 0.002 0.001 74 L 0.496 0.203 0.177 0.072 0.014 0.023 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 75 I 0.394 0.353 0.079 0.115 0.027 0.013 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 76 T 0.212 0.313 0.269 0.083 0.033 0.043 0.015 0.004 0.024 0.003 0.001 77 V 0.021 0.335 0.212 0.004 0.010 0.032 0.015 0.001 0.372 0.001 0.001 78 P 0.218 0.005 0.718 0.007 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 79 D 0.250 0.101 0.246 0.185 0.056 0.104 0.016 0.005 0.034 0.002 0.001 80 A 0.603 0.074 0.087 0.158 0.033 0.015 0.011 0.006 0.009 0.004 0.001 81 S 0.537 0.063 0.118 0.213 0.028 0.012 0.009 0.007 0.009 0.004 0.001 82 S 0.336 0.109 0.172 0.261 0.062 0.017 0.014 0.010 0.012 0.006 0.001 83 R 0.173 0.113 0.214 0.369 0.029 0.016 0.048 0.009 0.024 0.003 0.001 84 G 0.034 0.005 0.037 0.025 0.034 0.002 0.082 0.454 0.001 0.326 0.001 85 N 0.135 0.138 0.206 0.246 0.034 0.093 0.099 0.011 0.033 0.005 0.002 86 T 0.045 0.351 0.364 0.006 0.051 0.024 0.023 0.001 0.130 0.003 0.001 87 P 0.305 0.005 0.568 0.019 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 88 T 0.331 0.173 0.227 0.139 0.074 0.022 0.007 0.008 0.013 0.005 0.001 89 N 0.223 0.086 0.131 0.141 0.079 0.080 0.145 0.027 0.068 0.019 0.001 90 A 0.682 0.052 0.092 0.120 0.014 0.017 0.008 0.006 0.005 0.004 0.001 91 H 0.778 0.043 0.057 0.071 0.018 0.011 0.009 0.006 0.005 0.002 0.001 92 S 0.836 0.029 0.040 0.048 0.016 0.011 0.008 0.007 0.003 0.003 0.001 93 I 0.851 0.050 0.029 0.044 0.008 0.010 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 94 Y 0.799 0.042 0.034 0.103 0.008 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 95 K 0.880 0.033 0.049 0.018 0.006 0.004 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 96 E 0.666 0.016 0.027 0.269 0.003 0.008 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 97 L 0.206 0.173 0.346 0.183 0.012 0.033 0.009 0.002 0.035 0.001 0.001 98 K 0.040 0.322 0.380 0.003 0.033 0.018 0.035 0.001 0.166 0.002 0.001 99 P 0.124 0.009 0.791 0.012 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 100 I 0.159 0.352 0.305 0.069 0.040 0.049 0.004 0.002 0.019 0.001 0.001 101 N 0.106 0.177 0.325 0.122 0.018 0.196 0.015 0.001 0.037 0.001 0.001 102 Y 0.026 0.313 0.324 0.010 0.077 0.023 0.011 0.001 0.211 0.003 0.001 103 P 0.529 0.005 0.401 0.018 0.001 0.017 0.001 0.002 0.001 0.002 0.022 104 E 0.680 0.030 0.101 0.122 0.023 0.011 0.009 0.013 0.005 0.006 0.001 105 D 0.294 0.042 0.085 0.407 0.026 0.054 0.048 0.012 0.027 0.004 0.001 106 T 0.262 0.186 0.194 0.250 0.026 0.042 0.012 0.004 0.023 0.001 0.001 107 K 0.329 0.168 0.240 0.148 0.049 0.014 0.033 0.006 0.008 0.006 0.001 108 N 0.104 0.106 0.152 0.252 0.056 0.112 0.136 0.033 0.044 0.004 0.002 109 V 0.031 0.695 0.191 0.014 0.030 0.020 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 110 H 0.077 0.549 0.267 0.022 0.024 0.035 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 111 F 0.045 0.614 0.281 0.004 0.030 0.017 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 112 V 0.064 0.797 0.072 0.004 0.016 0.020 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 113 L 0.102 0.521 0.287 0.008 0.009 0.050 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 114 F 0.137 0.414 0.220 0.039 0.068 0.070 0.015 0.002 0.032 0.001 0.001 115 A 0.323 0.248 0.194 0.040 0.145 0.019 0.011 0.004 0.007 0.007 0.001 116 E 0.283 0.160 0.153 0.317 0.028 0.034 0.008 0.002 0.011 0.003 0.001 117 Y 0.092 0.204 0.262 0.007 0.045 0.037 0.009 0.001 0.337 0.006 0.001 118 P 0.945 0.001 0.033 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 119 D 0.764 0.007 0.014 0.135 0.005 0.034 0.019 0.008 0.012 0.001 0.001 120 V 0.947 0.005 0.003 0.042 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 L 0.982 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 S 0.988 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 H 0.983 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 V 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 A 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 I 0.964 0.003 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 A 0.950 0.006 0.011 0.026 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 R 0.889 0.011 0.011 0.071 0.004 0.004 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 130 T 0.705 0.035 0.028 0.211 0.011 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 131 F 0.499 0.078 0.058 0.208 0.032 0.018 0.064 0.019 0.021 0.003 0.001 132 C 0.253 0.297 0.233 0.094 0.051 0.032 0.010 0.003 0.025 0.003 0.001 133 K 0.391 0.220 0.191 0.103 0.021 0.038 0.014 0.003 0.017 0.002 0.001 134 F 0.235 0.306 0.188 0.082 0.098 0.030 0.025 0.005 0.024 0.006 0.001 135 S 0.240 0.328 0.214 0.080 0.071 0.032 0.009 0.005 0.017 0.004 0.001 136 M 0.195 0.334 0.195 0.092 0.082 0.044 0.016 0.004 0.036 0.003 0.001 137 K 0.218 0.226 0.302 0.079 0.048 0.064 0.024 0.005 0.027 0.007 0.001 138 T 0.272 0.300 0.162 0.127 0.058 0.038 0.011 0.003 0.025 0.003 0.001 139 S 0.284 0.166 0.179 0.158 0.139 0.008 0.026 0.015 0.010 0.014 0.001 140 G 0.162 0.055 0.123 0.088 0.171 0.010 0.046 0.222 0.007 0.115 0.001 141 I 0.143 0.312 0.356 0.050 0.063 0.037 0.010 0.002 0.022 0.004 0.002 142 R 0.297 0.381 0.137 0.064 0.066 0.019 0.010 0.002 0.019 0.004 0.001 143 E 0.094 0.469 0.322 0.017 0.033 0.034 0.004 0.001 0.024 0.001 0.003 144 L 0.083 0.546 0.205 0.065 0.034 0.032 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 145 N 0.043 0.344 0.129 0.028 0.066 0.142 0.130 0.004 0.109 0.003 0.001 146 V 0.057 0.733 0.093 0.024 0.053 0.014 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 147 N 0.072 0.207 0.286 0.039 0.019 0.252 0.034 0.002 0.082 0.002 0.004 148 I 0.113 0.556 0.174 0.032 0.034 0.039 0.007 0.001 0.041 0.001 0.002 149 D 0.176 0.237 0.346 0.026 0.020 0.126 0.019 0.002 0.042 0.001 0.005 150 V 0.134 0.532 0.194 0.021 0.052 0.032 0.004 0.002 0.026 0.001 0.002 151 V 0.193 0.468 0.199 0.030 0.025 0.050 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 152 C 0.174 0.314 0.232 0.060 0.064 0.070 0.023 0.003 0.052 0.007 0.001 153 D 0.569 0.054 0.124 0.091 0.029 0.056 0.048 0.006 0.017 0.003 0.002 154 K 0.575 0.120 0.091 0.112 0.027 0.029 0.021 0.004 0.019 0.001 0.001 155 L 0.332 0.131 0.233 0.204 0.009 0.049 0.014 0.001 0.024 0.001 0.001 156 T 0.196 0.236 0.295 0.114 0.083 0.036 0.011 0.003 0.020 0.006 0.001 157 N 0.324 0.088 0.180 0.153 0.057 0.076 0.047 0.020 0.039 0.015 0.001 158 E 0.810 0.027 0.039 0.102 0.005 0.005 0.005 0.002 0.003 0.002 0.001 159 D 0.462 0.036 0.050 0.358 0.009 0.022 0.045 0.006 0.012 0.001 0.001 160 A 0.409 0.172 0.229 0.084 0.039 0.028 0.016 0.008 0.012 0.004 0.001 161 V 0.336 0.457 0.102 0.031 0.043 0.012 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 162 F 0.337 0.273 0.218 0.049 0.029 0.056 0.005 0.001 0.027 0.002 0.001 163 L 0.459 0.206 0.118 0.110 0.016 0.052 0.006 0.001 0.030 0.001 0.001 164 T 0.593 0.150 0.106 0.066 0.050 0.016 0.006 0.001 0.008 0.004 0.001 165 D 0.349 0.040 0.129 0.167 0.022 0.120 0.114 0.008 0.048 0.001 0.002 166 L 0.602 0.042 0.126 0.192 0.005 0.021 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 167 S 0.633 0.074 0.165 0.068 0.022 0.007 0.010 0.011 0.003 0.007 0.001 168 E 0.808 0.028 0.069 0.052 0.017 0.004 0.009 0.006 0.002 0.004 0.001 169 S 0.808 0.038 0.063 0.051 0.021 0.004 0.004 0.006 0.002 0.003 0.001 170 V 0.794 0.067 0.033 0.080 0.007 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 171 R 0.716 0.135 0.075 0.040 0.011 0.011 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 172 E 0.705 0.126 0.081 0.037 0.022 0.014 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 173 T 0.644 0.111 0.058 0.151 0.012 0.010 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 174 A 0.474 0.169 0.139 0.050 0.110 0.009 0.013 0.012 0.013 0.011 0.001 175 R 0.459 0.223 0.183 0.043 0.026 0.031 0.010 0.001 0.023 0.001 0.001 176 L 0.465 0.137 0.263 0.060 0.005 0.049 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 177 I 0.442 0.213 0.141 0.117 0.026 0.029 0.006 0.001 0.022 0.002 0.001