# TARGET T0318 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0318.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.196 0.151 0.142 0.167 0.166 0.141 0.037 2 T 0.191 0.186 0.184 0.176 0.132 0.103 0.028 3 Q 0.142 0.168 0.184 0.194 0.167 0.118 0.027 4 V 0.098 0.072 0.094 0.156 0.222 0.244 0.113 5 L 0.070 0.077 0.096 0.141 0.191 0.274 0.151 6 V 0.079 0.085 0.097 0.156 0.209 0.257 0.117 7 R 0.150 0.158 0.198 0.210 0.153 0.094 0.037 8 N 0.185 0.143 0.157 0.164 0.149 0.147 0.056 9 G 0.270 0.177 0.138 0.139 0.124 0.107 0.047 10 I 0.155 0.095 0.093 0.166 0.207 0.219 0.064 11 Q 0.221 0.197 0.173 0.182 0.128 0.075 0.024 12 A 0.221 0.173 0.149 0.168 0.140 0.119 0.030 13 V 0.229 0.194 0.171 0.177 0.129 0.078 0.022 14 G 0.328 0.244 0.172 0.131 0.078 0.037 0.010 15 D 0.387 0.268 0.168 0.105 0.047 0.019 0.006 16 G 0.307 0.236 0.175 0.131 0.092 0.048 0.011 17 L 0.108 0.087 0.120 0.192 0.245 0.193 0.055 18 T 0.138 0.181 0.207 0.213 0.141 0.092 0.027 19 S 0.156 0.126 0.147 0.172 0.171 0.169 0.059 20 L 0.108 0.082 0.089 0.136 0.194 0.255 0.136 21 I 0.070 0.071 0.083 0.129 0.176 0.290 0.180 22 I 0.088 0.093 0.121 0.186 0.180 0.212 0.120 23 V 0.132 0.129 0.140 0.187 0.177 0.177 0.057 24 G 0.096 0.110 0.148 0.213 0.213 0.182 0.039 25 K 0.173 0.196 0.171 0.179 0.153 0.105 0.023 26 K 0.279 0.289 0.201 0.138 0.065 0.024 0.004 27 S 0.215 0.274 0.231 0.175 0.079 0.025 0.002 28 V 0.097 0.117 0.179 0.273 0.233 0.095 0.006 29 L 0.140 0.111 0.142 0.245 0.248 0.108 0.007 30 K 0.399 0.395 0.147 0.048 0.009 0.002 0.001 31 N 0.334 0.319 0.197 0.109 0.034 0.007 0.001 32 V 0.277 0.163 0.163 0.193 0.151 0.050 0.003 33 T 0.391 0.327 0.170 0.076 0.027 0.008 0.001 34 F 0.183 0.162 0.187 0.249 0.162 0.052 0.004 35 E 0.216 0.293 0.263 0.147 0.062 0.017 0.002 36 G 0.431 0.277 0.139 0.090 0.044 0.017 0.003 37 K 0.247 0.296 0.234 0.143 0.058 0.020 0.002 38 F 0.048 0.034 0.073 0.212 0.399 0.217 0.018 39 K 0.287 0.366 0.223 0.098 0.021 0.005 0.001 40 E 0.292 0.400 0.196 0.080 0.025 0.007 0.001 41 V 0.104 0.078 0.134 0.256 0.273 0.136 0.018 42 A 0.136 0.164 0.188 0.250 0.169 0.083 0.009 43 Q 0.208 0.289 0.216 0.169 0.086 0.030 0.003 44 K 0.207 0.258 0.215 0.181 0.097 0.037 0.005 45 F 0.091 0.102 0.140 0.231 0.254 0.167 0.016 46 V 0.238 0.204 0.203 0.201 0.117 0.036 0.002 47 T 0.525 0.278 0.119 0.054 0.020 0.004 0.001 48 D 0.572 0.249 0.115 0.049 0.012 0.003 0.001 49 G 0.622 0.221 0.095 0.044 0.014 0.003 0.001 50 D 0.728 0.175 0.060 0.026 0.009 0.002 0.001 51 S 0.548 0.242 0.109 0.062 0.028 0.010 0.002 52 W 0.263 0.152 0.162 0.194 0.150 0.067 0.012 53 N 0.290 0.267 0.195 0.153 0.066 0.024 0.004 54 S 0.198 0.239 0.198 0.160 0.114 0.073 0.018 55 M 0.134 0.125 0.153 0.205 0.202 0.140 0.042 56 I 0.088 0.088 0.119 0.188 0.215 0.219 0.083 57 S 0.145 0.172 0.168 0.198 0.164 0.116 0.038 58 R 0.140 0.232 0.226 0.195 0.121 0.067 0.020 59 I 0.105 0.091 0.119 0.193 0.243 0.194 0.055 60 P 0.303 0.316 0.193 0.112 0.049 0.022 0.006 61 A 0.342 0.228 0.162 0.133 0.087 0.040 0.009 62 S 0.484 0.228 0.137 0.089 0.042 0.016 0.004 63 G 0.432 0.232 0.146 0.106 0.054 0.025 0.005 64 R 0.379 0.247 0.161 0.119 0.061 0.026 0.007 65 H 0.259 0.186 0.166 0.165 0.128 0.075 0.022 66 P 0.261 0.218 0.170 0.141 0.105 0.073 0.033 67 L 0.125 0.122 0.148 0.187 0.175 0.165 0.078 68 H 0.092 0.100 0.113 0.163 0.205 0.221 0.105 69 Y 0.077 0.104 0.135 0.184 0.197 0.198 0.105 70 E 0.085 0.137 0.161 0.189 0.178 0.166 0.084 71 L 0.039 0.041 0.065 0.113 0.178 0.297 0.267 72 A 0.040 0.079 0.114 0.176 0.184 0.241 0.165 73 H 0.052 0.077 0.105 0.164 0.197 0.264 0.141 74 L 0.051 0.083 0.113 0.181 0.223 0.249 0.099 75 I 0.035 0.035 0.049 0.103 0.204 0.369 0.205 76 T 0.089 0.172 0.199 0.233 0.172 0.110 0.026 77 V 0.088 0.114 0.151 0.224 0.250 0.146 0.027 78 P 0.180 0.209 0.196 0.201 0.136 0.064 0.014 79 D 0.361 0.297 0.174 0.103 0.045 0.016 0.003 80 A 0.380 0.243 0.167 0.121 0.063 0.022 0.005 81 S 0.391 0.254 0.167 0.114 0.053 0.017 0.003 82 S 0.471 0.260 0.137 0.077 0.035 0.015 0.005 83 R 0.577 0.243 0.103 0.051 0.019 0.006 0.002 84 G 0.515 0.221 0.116 0.084 0.045 0.016 0.003 85 N 0.510 0.256 0.130 0.068 0.025 0.009 0.002 86 T 0.383 0.248 0.164 0.114 0.060 0.024 0.006 87 P 0.357 0.235 0.172 0.134 0.068 0.027 0.007 88 T 0.367 0.237 0.162 0.120 0.072 0.033 0.009 89 N 0.289 0.224 0.188 0.154 0.087 0.045 0.013 90 A 0.185 0.174 0.165 0.190 0.161 0.101 0.025 91 H 0.125 0.147 0.183 0.204 0.179 0.125 0.038 92 S 0.135 0.176 0.185 0.202 0.155 0.112 0.036 93 I 0.075 0.093 0.135 0.203 0.239 0.214 0.041 94 Y 0.099 0.106 0.144 0.221 0.241 0.161 0.028 95 K 0.266 0.289 0.221 0.139 0.060 0.021 0.004 96 E 0.313 0.326 0.200 0.107 0.039 0.013 0.002 97 L 0.095 0.122 0.183 0.261 0.240 0.092 0.008 98 K 0.329 0.300 0.188 0.109 0.051 0.021 0.003 99 P 0.426 0.289 0.153 0.087 0.034 0.010 0.001 100 I 0.184 0.157 0.190 0.239 0.175 0.051 0.003 101 N 0.365 0.364 0.172 0.072 0.021 0.005 0.001 102 Y 0.238 0.259 0.225 0.179 0.079 0.019 0.001 103 P 0.411 0.263 0.172 0.102 0.043 0.009 0.001 104 E 0.592 0.268 0.093 0.035 0.010 0.002 0.001 105 D 0.485 0.249 0.146 0.085 0.029 0.006 0.001 106 T 0.235 0.248 0.254 0.180 0.071 0.012 0.001 107 K 0.415 0.352 0.151 0.062 0.017 0.004 0.001 108 N 0.175 0.269 0.264 0.181 0.086 0.023 0.003 109 V 0.022 0.040 0.101 0.237 0.347 0.226 0.027 110 H 0.026 0.052 0.103 0.209 0.280 0.269 0.060 111 F 0.022 0.038 0.060 0.101 0.180 0.395 0.203 112 V 0.017 0.032 0.046 0.097 0.178 0.336 0.295 113 L 0.007 0.014 0.024 0.062 0.153 0.380 0.359 114 F 0.008 0.024 0.044 0.104 0.181 0.359 0.280 115 A 0.014 0.027 0.056 0.136 0.231 0.365 0.172 116 E 0.037 0.120 0.197 0.240 0.203 0.162 0.042 117 Y 0.050 0.069 0.107 0.191 0.278 0.244 0.062 118 P 0.174 0.279 0.227 0.174 0.090 0.044 0.012 119 D 0.200 0.216 0.195 0.188 0.124 0.065 0.013 120 V 0.099 0.097 0.128 0.180 0.222 0.216 0.058 121 L 0.112 0.102 0.132 0.193 0.226 0.189 0.046 122 S 0.152 0.198 0.211 0.202 0.129 0.082 0.027 123 H 0.164 0.101 0.107 0.155 0.192 0.196 0.085 124 V 0.129 0.087 0.077 0.101 0.164 0.259 0.183 125 A 0.139 0.121 0.158 0.187 0.155 0.142 0.098 126 A 0.155 0.116 0.125 0.153 0.142 0.162 0.147 127 I 0.103 0.070 0.071 0.108 0.148 0.243 0.257 128 A 0.111 0.105 0.100 0.137 0.136 0.227 0.183 129 R 0.119 0.154 0.170 0.186 0.133 0.132 0.106 130 T 0.097 0.081 0.102 0.163 0.190 0.234 0.134 131 F 0.105 0.115 0.094 0.123 0.158 0.260 0.146 132 C 0.059 0.073 0.095 0.182 0.215 0.263 0.112 133 K 0.076 0.176 0.229 0.238 0.156 0.095 0.032 134 F 0.055 0.063 0.093 0.191 0.277 0.261 0.059 135 S 0.091 0.172 0.203 0.239 0.173 0.099 0.022 136 M 0.177 0.163 0.155 0.188 0.174 0.115 0.027 137 K 0.261 0.246 0.209 0.166 0.080 0.032 0.006 138 T 0.371 0.251 0.165 0.123 0.063 0.022 0.003 139 S 0.475 0.253 0.136 0.083 0.036 0.014 0.003 140 G 0.483 0.254 0.134 0.078 0.034 0.014 0.003 141 I 0.551 0.209 0.112 0.079 0.036 0.012 0.002 142 R 0.577 0.240 0.099 0.053 0.022 0.007 0.001 143 E 0.553 0.254 0.116 0.051 0.018 0.006 0.001 144 L 0.227 0.158 0.176 0.205 0.157 0.068 0.009 145 N 0.274 0.274 0.215 0.138 0.069 0.024 0.005 146 V 0.239 0.173 0.168 0.185 0.136 0.082 0.017 147 N 0.230 0.222 0.235 0.168 0.100 0.039 0.007 148 I 0.087 0.071 0.094 0.168 0.246 0.272 0.062 149 D 0.209 0.242 0.209 0.175 0.100 0.052 0.013 150 V 0.181 0.173 0.167 0.179 0.156 0.113 0.031 151 V 0.161 0.129 0.136 0.229 0.194 0.128 0.023 152 C 0.099 0.152 0.187 0.237 0.201 0.109 0.015 153 D 0.417 0.276 0.151 0.093 0.045 0.016 0.003 154 K 0.304 0.343 0.198 0.106 0.036 0.011 0.001 155 L 0.135 0.124 0.172 0.264 0.216 0.081 0.007 156 T 0.467 0.286 0.147 0.070 0.024 0.006 0.001 157 N 0.606 0.248 0.093 0.039 0.012 0.002 0.001 158 E 0.639 0.218 0.093 0.038 0.010 0.002 0.001 159 D 0.458 0.276 0.146 0.080 0.031 0.009 0.001 160 A 0.226 0.196 0.205 0.203 0.126 0.041 0.003 161 V 0.274 0.242 0.191 0.160 0.092 0.037 0.004 162 F 0.187 0.118 0.128 0.178 0.196 0.165 0.029 163 L 0.230 0.131 0.120 0.167 0.184 0.141 0.026 164 T 0.303 0.210 0.181 0.156 0.092 0.047 0.011 165 D 0.339 0.228 0.164 0.128 0.077 0.049 0.015 166 L 0.280 0.150 0.140 0.160 0.151 0.099 0.019 167 S 0.588 0.210 0.101 0.060 0.029 0.011 0.002 168 E 0.599 0.212 0.098 0.054 0.024 0.011 0.002 169 S 0.589 0.183 0.106 0.069 0.035 0.016 0.003 170 V 0.516 0.174 0.112 0.109 0.062 0.025 0.003 171 R 0.645 0.216 0.076 0.037 0.017 0.007 0.001 172 E 0.622 0.190 0.098 0.059 0.022 0.008 0.001 173 T 0.584 0.203 0.113 0.063 0.026 0.010 0.001 174 A 0.579 0.149 0.093 0.091 0.062 0.023 0.002 175 R 0.619 0.238 0.087 0.038 0.013 0.005 0.001 176 L 0.665 0.154 0.086 0.058 0.029 0.008 0.001 177 I 0.651 0.166 0.089 0.059 0.024 0.008 0.001