# TARGET T0317 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 733 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.047 0.005 0.004 0.018 0.190 0.736 2 G 0.158 0.073 0.005 0.020 0.147 0.598 3 T 0.188 0.061 0.009 0.045 0.168 0.529 4 S 0.152 0.015 0.032 0.061 0.247 0.493 5 E 0.066 0.026 0.114 0.097 0.346 0.351 6 A 0.032 0.018 0.111 0.065 0.468 0.306 7 A 0.020 0.004 0.061 0.037 0.472 0.406 8 P 0.027 0.021 0.039 0.025 0.429 0.458 9 P 0.029 0.013 0.023 0.015 0.377 0.544 10 P 0.095 0.007 0.048 0.022 0.271 0.556 11 F 0.278 0.023 0.111 0.038 0.223 0.326 12 A 0.486 0.027 0.075 0.028 0.166 0.218 13 R 0.693 0.026 0.034 0.015 0.102 0.130 14 V 0.550 0.038 0.011 0.012 0.122 0.267 15 A 0.220 0.038 0.013 0.010 0.641 0.078 16 P 0.045 0.002 0.023 0.013 0.855 0.061 17 A 0.059 0.002 0.022 0.010 0.868 0.040 18 L 0.406 0.035 0.015 0.010 0.497 0.037 19 F 0.773 0.028 0.003 0.014 0.073 0.109 20 I 0.784 0.028 0.008 0.017 0.074 0.090 21 G 0.339 0.012 0.010 0.019 0.244 0.376 22 N 0.172 0.023 0.013 0.022 0.273 0.497 23 A 0.063 0.011 0.094 0.077 0.440 0.314 24 R 0.035 0.011 0.166 0.098 0.444 0.247 25 A 0.018 0.004 0.235 0.104 0.498 0.141 26 A 0.009 0.003 0.194 0.200 0.474 0.120 27 G 0.016 0.010 0.100 0.238 0.416 0.221 28 A 0.018 0.012 0.028 0.171 0.311 0.461 29 T 0.004 0.001 0.041 0.818 0.097 0.038 30 E 0.004 0.001 0.023 0.906 0.056 0.010 31 L 0.001 0.001 0.027 0.940 0.028 0.003 32 L 0.002 0.001 0.027 0.947 0.021 0.002 33 V 0.001 0.001 0.021 0.958 0.016 0.004 34 R 0.002 0.001 0.024 0.915 0.043 0.016 35 A 0.004 0.001 0.018 0.644 0.113 0.221 36 G 0.003 0.001 0.001 0.003 0.096 0.897 37 I 0.097 0.001 0.001 0.002 0.105 0.795 38 T 0.809 0.004 0.001 0.001 0.038 0.147 39 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 40 C 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 41 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 42 N 0.931 0.002 0.001 0.002 0.016 0.049 43 V 0.608 0.006 0.009 0.006 0.119 0.253 44 S 0.261 0.010 0.042 0.018 0.323 0.346 45 R 0.173 0.018 0.104 0.029 0.379 0.296 46 Q 0.193 0.027 0.083 0.044 0.358 0.296 47 Q 0.142 0.019 0.057 0.049 0.411 0.322 48 P 0.097 0.012 0.058 0.056 0.387 0.390 49 G 0.054 0.016 0.070 0.073 0.464 0.323 50 P 0.058 0.020 0.102 0.092 0.465 0.263 51 R 0.059 0.018 0.059 0.064 0.459 0.341 52 A 0.056 0.017 0.082 0.042 0.559 0.244 53 P 0.052 0.009 0.049 0.029 0.556 0.304 54 G 0.115 0.008 0.043 0.020 0.471 0.344 55 V 0.355 0.015 0.026 0.016 0.286 0.302 56 A 0.671 0.011 0.011 0.011 0.112 0.183 57 E 0.839 0.007 0.006 0.010 0.050 0.087 58 L 0.846 0.003 0.004 0.009 0.046 0.093 59 R 0.888 0.009 0.002 0.006 0.027 0.068 60 V 0.766 0.019 0.002 0.005 0.047 0.161 61 P 0.469 0.023 0.006 0.008 0.152 0.342 62 V 0.118 0.014 0.150 0.022 0.375 0.320 63 F 0.062 0.022 0.194 0.026 0.427 0.268 64 D 0.033 0.019 0.164 0.036 0.470 0.279 65 D 0.019 0.012 0.054 0.032 0.677 0.206 66 P 0.013 0.012 0.046 0.053 0.668 0.209 67 A 0.011 0.013 0.040 0.122 0.572 0.242 68 E 0.010 0.006 0.034 0.158 0.535 0.256 69 D 0.009 0.019 0.023 0.183 0.266 0.500 70 L 0.005 0.004 0.049 0.784 0.085 0.072 71 L 0.004 0.001 0.043 0.860 0.058 0.034 72 T 0.002 0.002 0.033 0.907 0.030 0.025 73 H 0.001 0.001 0.027 0.947 0.011 0.012 74 L 0.001 0.001 0.004 0.983 0.005 0.007 75 E 0.001 0.001 0.003 0.987 0.004 0.005 76 P 0.001 0.001 0.002 0.988 0.004 0.005 77 T 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 78 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 81 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 82 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.005 0.002 83 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.003 84 A 0.001 0.001 0.002 0.985 0.008 0.005 85 V 0.001 0.001 0.005 0.983 0.006 0.005 86 R 0.003 0.001 0.005 0.955 0.019 0.016 87 D 0.004 0.002 0.009 0.848 0.043 0.094 88 G 0.005 0.001 0.001 0.010 0.125 0.857 89 G 0.026 0.003 0.001 0.002 0.196 0.772 90 S 0.407 0.009 0.001 0.001 0.128 0.454 91 C 0.949 0.003 0.001 0.001 0.009 0.039 92 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 93 V 0.983 0.003 0.001 0.001 0.003 0.010 94 Y 0.912 0.003 0.003 0.007 0.023 0.052 95 C 0.343 0.001 0.050 0.026 0.336 0.243 96 K 0.083 0.008 0.074 0.058 0.617 0.161 97 N 0.024 0.007 0.080 0.075 0.625 0.190 98 G 0.028 0.016 0.015 0.037 0.532 0.373 99 R 0.047 0.034 0.017 0.046 0.418 0.438 100 S 0.073 0.068 0.010 0.089 0.348 0.411 101 R 0.018 0.016 0.008 0.586 0.145 0.227 102 S 0.002 0.003 0.002 0.889 0.025 0.080 103 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 104 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 105 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 106 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 107 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 108 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 110 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 111 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 112 R 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.002 113 H 0.001 0.001 0.017 0.956 0.018 0.008 114 R 0.002 0.001 0.023 0.774 0.066 0.135 115 G 0.002 0.001 0.003 0.009 0.090 0.896 116 H 0.012 0.011 0.001 0.002 0.090 0.885 117 S 0.010 0.010 0.001 0.004 0.062 0.913 118 L 0.001 0.001 0.014 0.965 0.015 0.005 119 D 0.001 0.001 0.008 0.986 0.005 0.001 120 R 0.001 0.001 0.006 0.989 0.004 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 122 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 124 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 125 V 0.001 0.001 0.003 0.986 0.006 0.003 126 K 0.001 0.001 0.008 0.975 0.011 0.006 127 S 0.002 0.001 0.014 0.891 0.053 0.040 128 A 0.006 0.003 0.018 0.707 0.095 0.170 129 R 0.012 0.015 0.077 0.222 0.316 0.357 130 P 0.017 0.005 0.140 0.100 0.396 0.340 131 V 0.039 0.011 0.152 0.091 0.398 0.309 132 A 0.125 0.059 0.047 0.039 0.404 0.325 133 E 0.082 0.025 0.015 0.026 0.428 0.424 134 P 0.036 0.031 0.027 0.044 0.391 0.471 135 N 0.008 0.008 0.013 0.047 0.366 0.558 136 L 0.001 0.001 0.063 0.803 0.105 0.027 137 G 0.001 0.001 0.044 0.838 0.093 0.023 138 F 0.001 0.001 0.008 0.973 0.014 0.004 139 W 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 140 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 141 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 142 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 143 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 144 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 145 Y 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 146 E 0.001 0.001 0.002 0.988 0.005 0.004 147 Q 0.001 0.001 0.003 0.976 0.012 0.007 148 T 0.002 0.001 0.005 0.944 0.028 0.021 149 L 0.006 0.001 0.007 0.909 0.043 0.035 150 Q 0.007 0.003 0.015 0.825 0.097 0.054 151 A 0.004 0.001 0.015 0.722 0.127 0.131 152 Q 0.011 0.002 0.012 0.177 0.283 0.516 153 A 0.043 0.010 0.011 0.087 0.258 0.591 154 I 0.154 0.040 0.011 0.081 0.194 0.520 155 L 0.187 0.018 0.016 0.079 0.186 0.513 156 P 0.160 0.016 0.019 0.057 0.201 0.547 157 R 0.122 0.013 0.027 0.065 0.186 0.587 158 E 0.087 0.011 0.029 0.053 0.201 0.619 159 P 0.088 0.011 0.031 0.059 0.245 0.567 160 I 0.063 0.016 0.026 0.039 0.236 0.620 161 D 0.029 0.016 0.015 0.040 0.160 0.740 162 P 0.010 0.007 0.012 0.035 0.130 0.807 163 E 0.002 0.004 0.015 0.056 0.093 0.830