# TARGET T0317 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 733 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 2 G 0.060 0.028 0.015 0.078 0.009 0.070 0.740 3 T 0.077 0.020 0.030 0.105 0.172 0.088 0.507 4 S 0.085 0.020 0.061 0.127 0.118 0.107 0.481 5 E 0.086 0.016 0.113 0.137 0.160 0.159 0.329 6 A 0.075 0.015 0.112 0.124 0.187 0.160 0.328 7 A 0.053 0.022 0.070 0.096 0.212 0.111 0.435 8 P 0.046 0.015 0.039 0.069 0.284 0.122 0.424 9 P 0.040 0.022 0.040 0.058 0.222 0.124 0.494 10 P 0.041 0.027 0.085 0.124 0.142 0.118 0.463 11 F 0.066 0.010 0.208 0.247 0.073 0.122 0.274 12 A 0.148 0.008 0.227 0.183 0.103 0.094 0.238 13 R 0.325 0.028 0.156 0.170 0.062 0.074 0.186 14 V 0.390 0.048 0.060 0.175 0.058 0.064 0.206 15 A 0.258 0.010 0.061 0.058 0.077 0.044 0.492 16 P 0.024 0.002 0.111 0.027 0.072 0.735 0.030 17 A 0.049 0.002 0.093 0.011 0.079 0.725 0.040 18 L 0.623 0.052 0.028 0.010 0.038 0.037 0.212 19 F 0.829 0.053 0.003 0.005 0.010 0.014 0.086 20 I 0.749 0.014 0.005 0.005 0.046 0.040 0.141 21 G 0.362 0.017 0.008 0.006 0.190 0.093 0.324 22 N 0.137 0.023 0.013 0.013 0.354 0.090 0.370 23 A 0.054 0.020 0.148 0.138 0.240 0.163 0.237 24 R 0.020 0.015 0.217 0.167 0.170 0.212 0.199 25 A 0.018 0.009 0.222 0.284 0.114 0.159 0.194 26 A 0.008 0.006 0.171 0.477 0.055 0.188 0.095 27 G 0.012 0.012 0.085 0.370 0.124 0.253 0.143 28 A 0.007 0.014 0.022 0.455 0.113 0.069 0.320 29 T 0.001 0.001 0.010 0.955 0.010 0.011 0.013 30 E 0.001 0.001 0.007 0.975 0.003 0.008 0.005 31 L 0.001 0.001 0.005 0.982 0.002 0.007 0.004 32 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.004 0.002 33 V 0.001 0.001 0.007 0.967 0.001 0.020 0.003 34 R 0.002 0.001 0.021 0.815 0.006 0.149 0.006 35 A 0.001 0.001 0.008 0.107 0.025 0.854 0.005 36 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.943 0.029 37 I 0.045 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.928 38 T 0.636 0.001 0.001 0.001 0.084 0.001 0.278 39 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 40 C 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 41 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 42 N 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 43 V 0.500 0.003 0.006 0.006 0.056 0.022 0.408 44 S 0.163 0.007 0.016 0.015 0.270 0.073 0.456 45 R 0.052 0.012 0.060 0.049 0.362 0.200 0.264 46 Q 0.048 0.022 0.069 0.066 0.285 0.217 0.294 47 Q 0.073 0.047 0.062 0.082 0.236 0.113 0.387 48 P 0.070 0.024 0.081 0.103 0.156 0.173 0.392 49 G 0.058 0.012 0.094 0.106 0.153 0.229 0.347 50 P 0.059 0.015 0.109 0.107 0.191 0.201 0.317 51 R 0.052 0.018 0.087 0.083 0.178 0.136 0.446 52 A 0.048 0.011 0.116 0.077 0.164 0.179 0.405 53 P 0.051 0.009 0.113 0.058 0.188 0.296 0.285 54 G 0.090 0.013 0.084 0.038 0.168 0.210 0.398 55 V 0.210 0.017 0.021 0.016 0.102 0.029 0.604 56 A 0.537 0.019 0.015 0.011 0.083 0.015 0.321 57 E 0.786 0.020 0.010 0.006 0.018 0.010 0.151 58 L 0.840 0.005 0.007 0.006 0.019 0.009 0.114 59 R 0.851 0.007 0.003 0.004 0.026 0.006 0.103 60 V 0.660 0.014 0.001 0.003 0.035 0.002 0.284 61 P 0.411 0.026 0.002 0.002 0.029 0.004 0.526 62 V 0.236 0.025 0.026 0.015 0.108 0.070 0.521 63 F 0.085 0.030 0.058 0.020 0.241 0.224 0.341 64 D 0.022 0.018 0.071 0.028 0.314 0.150 0.397 65 D 0.009 0.008 0.070 0.030 0.325 0.183 0.375 66 P 0.005 0.007 0.085 0.031 0.193 0.514 0.164 67 A 0.007 0.014 0.067 0.038 0.373 0.233 0.267 68 E 0.013 0.025 0.047 0.101 0.421 0.063 0.331 69 D 0.021 0.058 0.056 0.171 0.095 0.075 0.524 70 L 0.002 0.003 0.246 0.589 0.022 0.062 0.076 71 L 0.001 0.001 0.178 0.715 0.017 0.058 0.030 72 T 0.001 0.001 0.116 0.758 0.013 0.094 0.017 73 H 0.001 0.001 0.041 0.863 0.011 0.060 0.023 74 L 0.001 0.001 0.005 0.945 0.013 0.016 0.019 75 E 0.001 0.001 0.003 0.980 0.004 0.009 0.004 76 P 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.007 0.002 77 T 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 78 C 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.002 82 E 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.010 0.002 83 A 0.001 0.001 0.003 0.977 0.002 0.015 0.003 84 A 0.001 0.001 0.006 0.971 0.003 0.014 0.005 85 V 0.004 0.001 0.006 0.935 0.007 0.039 0.009 86 R 0.005 0.002 0.015 0.797 0.011 0.157 0.014 87 D 0.002 0.001 0.008 0.198 0.064 0.701 0.028 88 G 0.002 0.001 0.004 0.008 0.122 0.800 0.063 89 G 0.088 0.004 0.002 0.002 0.293 0.048 0.563 90 S 0.367 0.004 0.001 0.001 0.047 0.008 0.572 91 C 0.932 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.042 92 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 93 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 94 Y 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.037 95 C 0.576 0.006 0.015 0.004 0.034 0.033 0.333 96 K 0.237 0.014 0.062 0.009 0.235 0.202 0.242 97 N 0.019 0.002 0.063 0.017 0.257 0.592 0.049 98 G 0.010 0.006 0.042 0.017 0.206 0.626 0.093 99 R 0.027 0.011 0.033 0.048 0.267 0.259 0.355 100 S 0.036 0.029 0.017 0.075 0.232 0.121 0.490 101 R 0.025 0.018 0.019 0.339 0.279 0.085 0.235 102 S 0.008 0.003 0.006 0.663 0.060 0.033 0.227 103 A 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.007 0.003 104 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 105 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 106 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 107 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 108 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 110 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 111 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 112 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.001 113 H 0.001 0.001 0.003 0.863 0.004 0.128 0.002 114 R 0.001 0.001 0.003 0.225 0.019 0.746 0.007 115 G 0.001 0.001 0.003 0.015 0.071 0.756 0.153 116 H 0.006 0.014 0.001 0.002 0.112 0.006 0.860 117 S 0.014 0.032 0.001 0.005 0.039 0.002 0.907 118 L 0.001 0.001 0.012 0.972 0.007 0.005 0.003 119 D 0.001 0.001 0.005 0.989 0.002 0.004 0.001 120 R 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.003 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 122 F 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 124 M 0.001 0.001 0.002 0.979 0.002 0.013 0.003 125 V 0.001 0.002 0.005 0.971 0.003 0.012 0.007 126 K 0.001 0.001 0.015 0.943 0.003 0.033 0.004 127 S 0.001 0.001 0.013 0.847 0.011 0.121 0.007 128 A 0.002 0.002 0.015 0.731 0.033 0.183 0.034 129 R 0.008 0.009 0.013 0.104 0.307 0.077 0.482 130 P 0.010 0.005 0.064 0.030 0.165 0.343 0.383 131 V 0.024 0.011 0.090 0.018 0.195 0.379 0.284 132 A 0.049 0.027 0.044 0.014 0.233 0.056 0.577 133 E 0.049 0.037 0.017 0.012 0.102 0.040 0.742 134 P 0.012 0.022 0.010 0.015 0.142 0.035 0.764 135 N 0.003 0.006 0.004 0.016 0.082 0.022 0.866 136 L 0.001 0.001 0.054 0.707 0.055 0.161 0.024 137 G 0.001 0.001 0.044 0.796 0.019 0.118 0.020 138 F 0.001 0.001 0.018 0.936 0.012 0.018 0.014 139 W 0.001 0.001 0.003 0.981 0.004 0.006 0.006 140 A 0.001 0.001 0.003 0.979 0.003 0.010 0.004 141 Q 0.001 0.001 0.003 0.977 0.002 0.015 0.002 142 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.007 0.002 143 Q 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.010 0.002 144 K 0.001 0.001 0.001 0.979 0.002 0.016 0.003 145 Y 0.001 0.001 0.001 0.974 0.003 0.014 0.007 146 E 0.001 0.001 0.002 0.973 0.006 0.013 0.006 147 Q 0.001 0.001 0.002 0.965 0.006 0.017 0.008 148 T 0.001 0.001 0.005 0.943 0.010 0.026 0.015 149 L 0.003 0.002 0.008 0.893 0.019 0.049 0.026 150 Q 0.003 0.002 0.019 0.759 0.020 0.162 0.035 151 A 0.003 0.002 0.023 0.436 0.043 0.442 0.051 152 Q 0.004 0.002 0.023 0.202 0.093 0.552 0.123 153 A 0.016 0.010 0.028 0.103 0.251 0.151 0.441 154 I 0.044 0.030 0.027 0.064 0.175 0.060 0.600 155 L 0.089 0.027 0.039 0.079 0.153 0.063 0.550 156 P 0.096 0.023 0.048 0.068 0.106 0.087 0.572 157 R 0.076 0.017 0.064 0.071 0.112 0.065 0.594 158 E 0.094 0.023 0.062 0.072 0.160 0.067 0.522 159 P 0.079 0.013 0.068 0.074 0.150 0.090 0.526 160 I 0.045 0.018 0.054 0.079 0.189 0.076 0.538 161 D 0.027 0.013 0.035 0.057 0.163 0.100 0.605 162 P 0.009 0.007 0.017 0.026 0.006 0.122 0.814 163 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998