# TARGET T0317 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 733 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.075 0.133 0.433 0.060 0.014 0.138 0.038 0.023 0.007 0.001 2 G 0.043 0.043 0.150 0.048 0.125 0.021 0.292 0.155 0.009 0.113 0.001 3 T 0.103 0.306 0.356 0.069 0.116 0.021 0.004 0.003 0.014 0.009 0.001 4 S 0.319 0.087 0.236 0.228 0.050 0.036 0.018 0.008 0.010 0.008 0.001 5 E 0.300 0.240 0.198 0.133 0.090 0.009 0.008 0.006 0.011 0.005 0.001 6 A 0.200 0.139 0.441 0.106 0.038 0.025 0.016 0.007 0.021 0.006 0.002 7 A 0.023 0.171 0.705 0.004 0.014 0.017 0.007 0.001 0.056 0.001 0.003 8 P 0.015 0.004 0.938 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 9 P 0.026 0.003 0.919 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 10 P 0.230 0.010 0.637 0.011 0.001 0.050 0.001 0.001 0.002 0.001 0.058 11 F 0.352 0.159 0.316 0.080 0.028 0.036 0.011 0.004 0.011 0.001 0.001 12 A 0.417 0.222 0.147 0.111 0.051 0.023 0.009 0.003 0.013 0.002 0.001 13 R 0.200 0.374 0.260 0.047 0.040 0.047 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 14 V 0.099 0.479 0.275 0.038 0.017 0.045 0.002 0.001 0.043 0.001 0.001 15 A 0.050 0.127 0.658 0.001 0.017 0.023 0.005 0.001 0.114 0.004 0.001 16 P 0.688 0.001 0.215 0.023 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 17 A 0.180 0.121 0.095 0.214 0.105 0.026 0.159 0.053 0.043 0.004 0.001 18 L 0.087 0.475 0.332 0.039 0.024 0.023 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 19 F 0.050 0.566 0.187 0.022 0.063 0.062 0.011 0.002 0.035 0.002 0.001 20 I 0.076 0.504 0.208 0.090 0.017 0.046 0.003 0.001 0.054 0.001 0.001 21 G 0.085 0.061 0.163 0.027 0.329 0.013 0.031 0.074 0.010 0.208 0.001 22 N 0.221 0.051 0.161 0.249 0.042 0.140 0.071 0.011 0.039 0.009 0.005 23 A 0.527 0.108 0.194 0.078 0.024 0.035 0.011 0.003 0.015 0.002 0.002 24 R 0.807 0.016 0.088 0.062 0.003 0.014 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 25 A 0.548 0.068 0.095 0.209 0.026 0.014 0.015 0.004 0.015 0.003 0.001 26 A 0.611 0.034 0.164 0.148 0.015 0.010 0.009 0.002 0.005 0.002 0.001 27 G 0.305 0.007 0.053 0.100 0.052 0.004 0.065 0.262 0.003 0.149 0.001 28 A 0.171 0.032 0.269 0.121 0.022 0.269 0.025 0.002 0.081 0.004 0.004 29 T 0.967 0.004 0.011 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.993 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 R 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.189 0.001 0.004 0.805 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.274 0.721 0.001 0.002 0.001 37 I 0.001 0.109 0.846 0.001 0.004 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 T 0.193 0.036 0.011 0.753 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.748 0.007 0.001 0.242 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 C 0.001 0.909 0.028 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 41 V 0.003 0.836 0.095 0.001 0.010 0.025 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 42 N 0.007 0.392 0.305 0.004 0.016 0.223 0.003 0.001 0.049 0.001 0.001 43 V 0.038 0.558 0.197 0.052 0.028 0.060 0.002 0.001 0.064 0.001 0.001 44 S 0.096 0.219 0.286 0.069 0.214 0.041 0.029 0.004 0.013 0.029 0.001 45 R 0.325 0.178 0.184 0.174 0.054 0.026 0.033 0.008 0.011 0.006 0.002 46 Q 0.173 0.192 0.266 0.214 0.048 0.042 0.023 0.008 0.030 0.004 0.001 47 Q 0.015 0.206 0.478 0.002 0.026 0.020 0.022 0.001 0.229 0.001 0.001 48 P 0.123 0.004 0.654 0.019 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.186 49 G 0.041 0.023 0.188 0.006 0.170 0.002 0.008 0.093 0.009 0.459 0.001 50 P 0.344 0.017 0.454 0.078 0.004 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.074 51 R 0.149 0.209 0.401 0.142 0.032 0.023 0.011 0.004 0.025 0.002 0.001 52 A 0.061 0.121 0.709 0.003 0.021 0.011 0.004 0.001 0.059 0.008 0.001 53 P 0.217 0.002 0.703 0.014 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 54 G 0.058 0.017 0.048 0.055 0.062 0.004 0.047 0.669 0.004 0.035 0.001 55 V 0.076 0.374 0.446 0.026 0.033 0.028 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 56 A 0.065 0.674 0.149 0.030 0.039 0.019 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 57 E 0.039 0.629 0.233 0.012 0.030 0.029 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 58 L 0.047 0.541 0.250 0.039 0.049 0.033 0.006 0.001 0.033 0.001 0.001 59 R 0.030 0.411 0.268 0.028 0.065 0.091 0.041 0.003 0.058 0.003 0.001 60 V 0.006 0.600 0.243 0.001 0.018 0.025 0.002 0.001 0.104 0.001 0.001 61 P 0.023 0.029 0.836 0.002 0.001 0.086 0.001 0.001 0.008 0.001 0.014 62 V 0.188 0.311 0.314 0.058 0.024 0.065 0.005 0.002 0.031 0.001 0.002 63 F 0.246 0.200 0.200 0.156 0.060 0.062 0.027 0.010 0.031 0.008 0.001 64 D 0.136 0.155 0.161 0.300 0.055 0.098 0.032 0.006 0.049 0.007 0.001 65 D 0.066 0.143 0.324 0.038 0.128 0.075 0.047 0.004 0.166 0.007 0.002 66 P 0.593 0.007 0.210 0.108 0.003 0.039 0.004 0.005 0.002 0.003 0.026 67 A 0.466 0.043 0.105 0.283 0.023 0.024 0.010 0.014 0.020 0.012 0.001 68 E 0.603 0.037 0.182 0.084 0.026 0.030 0.016 0.008 0.006 0.006 0.001 69 D 0.417 0.017 0.126 0.095 0.015 0.181 0.067 0.010 0.066 0.003 0.002 70 L 0.929 0.001 0.001 0.066 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.985 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 T 0.973 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 H 0.854 0.001 0.002 0.134 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.961 0.001 0.003 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.993 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 P 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 T 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 C 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 M 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 V 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 R 0.969 0.002 0.003 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 D 0.326 0.003 0.010 0.656 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 88 G 0.004 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.262 0.711 0.001 0.007 0.001 89 G 0.014 0.014 0.361 0.010 0.063 0.010 0.057 0.185 0.001 0.284 0.001 90 S 0.098 0.216 0.393 0.185 0.071 0.022 0.004 0.002 0.004 0.003 0.003 91 C 0.002 0.867 0.064 0.001 0.047 0.005 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 92 L 0.004 0.724 0.205 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 93 V 0.005 0.741 0.109 0.002 0.017 0.066 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 94 Y 0.009 0.580 0.152 0.009 0.070 0.097 0.005 0.001 0.077 0.001 0.001 95 C 0.043 0.201 0.418 0.025 0.193 0.086 0.006 0.003 0.016 0.008 0.002 96 K 0.644 0.050 0.037 0.222 0.016 0.014 0.009 0.002 0.004 0.003 0.001 97 N 0.102 0.115 0.121 0.441 0.082 0.011 0.097 0.007 0.021 0.002 0.001 98 G 0.020 0.008 0.035 0.024 0.049 0.003 0.116 0.609 0.002 0.134 0.001 99 R 0.209 0.244 0.221 0.207 0.036 0.036 0.015 0.002 0.028 0.003 0.001 100 S 0.209 0.132 0.199 0.062 0.165 0.011 0.010 0.034 0.003 0.173 0.001 101 R 0.844 0.041 0.035 0.050 0.010 0.008 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 102 S 0.907 0.022 0.046 0.007 0.008 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 103 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 C 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 M 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 H 0.924 0.002 0.002 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 R 0.108 0.002 0.012 0.869 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 115 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.355 0.631 0.001 0.006 0.001 116 H 0.001 0.302 0.621 0.004 0.023 0.037 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 117 S 0.001 0.048 0.840 0.001 0.012 0.089 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 118 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 D 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 R 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 M 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 V 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 K 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 S 0.967 0.002 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 A 0.619 0.015 0.018 0.336 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 129 R 0.092 0.101 0.166 0.005 0.013 0.009 0.020 0.001 0.592 0.002 0.001 130 P 0.656 0.001 0.286 0.019 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 131 V 0.399 0.082 0.110 0.300 0.052 0.025 0.013 0.009 0.008 0.002 0.001 132 A 0.146 0.231 0.297 0.171 0.064 0.044 0.009 0.004 0.028 0.005 0.001 133 E 0.033 0.286 0.312 0.003 0.052 0.018 0.025 0.001 0.266 0.005 0.001 134 P 0.119 0.003 0.764 0.013 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 135 N 0.037 0.105 0.531 0.020 0.071 0.130 0.007 0.003 0.091 0.005 0.001 136 L 0.962 0.001 0.007 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 G 0.979 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.001 138 F 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 W 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 Q 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 K 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 Y 0.985 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 Q 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 T 0.977 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 L 0.945 0.003 0.007 0.040 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 150 Q 0.923 0.009 0.016 0.041 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 151 A 0.902 0.007 0.031 0.043 0.004 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 152 Q 0.512 0.025 0.046 0.379 0.011 0.006 0.011 0.004 0.005 0.001 0.001 153 A 0.276 0.127 0.206 0.143 0.047 0.030 0.113 0.030 0.023 0.006 0.001 154 I 0.195 0.337 0.292 0.082 0.015 0.047 0.009 0.001 0.021 0.001 0.001 155 L 0.024 0.277 0.386 0.002 0.017 0.024 0.008 0.001 0.261 0.001 0.001 156 P 0.176 0.004 0.720 0.008 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 157 R 0.201 0.171 0.240 0.169 0.029 0.112 0.030 0.009 0.035 0.001 0.002 158 E 0.037 0.334 0.345 0.009 0.047 0.018 0.016 0.001 0.189 0.002 0.001 159 P 0.071 0.009 0.852 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 160 I 0.161 0.214 0.402 0.149 0.025 0.040 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 161 D 0.005 0.146 0.524 0.004 0.109 0.068 0.004 0.001 0.135 0.005 0.001 162 P 0.860 0.003 0.031 0.093 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 163 E 0.738 0.019 0.058 0.157 0.011 0.003 0.002 0.006 0.003 0.004 0.001