# TARGET T0317 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 733 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.490 0.235 0.151 0.083 0.030 0.010 0.001 2 G 0.434 0.215 0.133 0.110 0.071 0.032 0.005 3 T 0.241 0.110 0.103 0.161 0.196 0.152 0.037 4 S 0.311 0.190 0.145 0.143 0.115 0.077 0.019 5 E 0.246 0.159 0.140 0.152 0.140 0.114 0.048 6 A 0.221 0.133 0.118 0.162 0.161 0.138 0.067 7 A 0.214 0.144 0.145 0.169 0.171 0.125 0.031 8 P 0.219 0.190 0.160 0.158 0.139 0.107 0.028 9 P 0.200 0.224 0.190 0.179 0.124 0.069 0.015 10 P 0.097 0.142 0.175 0.230 0.206 0.125 0.026 11 F 0.087 0.082 0.086 0.182 0.258 0.246 0.059 12 A 0.162 0.175 0.184 0.212 0.167 0.084 0.015 13 R 0.154 0.208 0.231 0.216 0.130 0.053 0.007 14 V 0.057 0.051 0.065 0.147 0.279 0.336 0.064 15 A 0.025 0.057 0.120 0.246 0.291 0.216 0.046 16 P 0.075 0.238 0.267 0.205 0.118 0.077 0.020 17 A 0.018 0.057 0.112 0.222 0.296 0.231 0.064 18 L 0.005 0.010 0.025 0.076 0.193 0.462 0.228 19 F 0.014 0.018 0.035 0.080 0.180 0.420 0.254 20 I 0.013 0.012 0.023 0.053 0.126 0.411 0.362 21 G 0.025 0.039 0.059 0.137 0.258 0.339 0.142 22 N 0.047 0.104 0.149 0.206 0.229 0.193 0.072 23 A 0.058 0.106 0.141 0.203 0.229 0.200 0.063 24 R 0.126 0.243 0.195 0.192 0.135 0.084 0.025 25 A 0.093 0.143 0.189 0.227 0.196 0.130 0.022 26 A 0.157 0.160 0.173 0.187 0.165 0.138 0.021 27 G 0.187 0.292 0.219 0.163 0.094 0.039 0.006 28 A 0.167 0.222 0.189 0.180 0.150 0.080 0.013 29 T 0.119 0.191 0.246 0.276 0.135 0.031 0.002 30 E 0.426 0.434 0.106 0.027 0.006 0.001 0.001 31 L 0.063 0.205 0.310 0.289 0.113 0.020 0.001 32 L 0.030 0.046 0.101 0.293 0.392 0.135 0.003 33 V 0.224 0.387 0.251 0.113 0.022 0.003 0.001 34 R 0.493 0.380 0.088 0.029 0.008 0.002 0.001 35 A 0.033 0.152 0.303 0.330 0.156 0.025 0.001 36 G 0.086 0.356 0.321 0.169 0.055 0.012 0.001 37 I 0.002 0.011 0.046 0.165 0.419 0.334 0.023 38 T 0.003 0.023 0.094 0.296 0.389 0.184 0.011 39 L 0.001 0.003 0.010 0.045 0.186 0.582 0.174 40 C 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.324 0.637 41 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.270 0.694 42 N 0.001 0.004 0.017 0.048 0.123 0.351 0.456 43 V 0.001 0.002 0.007 0.029 0.140 0.531 0.290 44 S 0.004 0.029 0.086 0.223 0.332 0.270 0.057 45 R 0.050 0.172 0.246 0.258 0.183 0.079 0.011 46 Q 0.208 0.301 0.213 0.148 0.088 0.037 0.004 47 Q 0.169 0.215 0.228 0.222 0.122 0.040 0.003 48 P 0.325 0.257 0.191 0.133 0.068 0.024 0.002 49 G 0.365 0.275 0.175 0.113 0.052 0.017 0.001 50 P 0.352 0.259 0.174 0.131 0.064 0.019 0.002 51 R 0.311 0.250 0.186 0.145 0.079 0.027 0.002 52 A 0.407 0.229 0.164 0.123 0.058 0.018 0.002 53 P 0.501 0.268 0.123 0.071 0.028 0.008 0.001 54 G 0.374 0.301 0.170 0.104 0.040 0.010 0.001 55 V 0.112 0.157 0.200 0.264 0.190 0.070 0.007 56 A 0.152 0.288 0.244 0.186 0.091 0.035 0.004 57 E 0.043 0.079 0.146 0.254 0.289 0.167 0.022 58 L 0.058 0.121 0.177 0.260 0.242 0.128 0.015 59 R 0.055 0.133 0.199 0.248 0.208 0.135 0.021 60 V 0.011 0.021 0.046 0.139 0.300 0.390 0.094 61 P 0.044 0.131 0.205 0.247 0.221 0.133 0.020 62 V 0.027 0.054 0.095 0.194 0.307 0.271 0.052 63 F 0.098 0.201 0.229 0.239 0.152 0.072 0.010 64 D 0.112 0.157 0.185 0.236 0.192 0.104 0.013 65 D 0.226 0.247 0.197 0.159 0.108 0.055 0.009 66 P 0.407 0.254 0.149 0.111 0.055 0.020 0.003 67 A 0.292 0.278 0.205 0.135 0.065 0.023 0.003 68 E 0.318 0.271 0.181 0.134 0.070 0.023 0.003 69 D 0.244 0.352 0.216 0.125 0.048 0.013 0.002 70 L 0.034 0.081 0.154 0.265 0.297 0.153 0.016 71 L 0.029 0.146 0.263 0.308 0.193 0.056 0.004 72 T 0.121 0.353 0.267 0.175 0.066 0.016 0.001 73 H 0.005 0.032 0.113 0.290 0.362 0.185 0.012 74 L 0.001 0.006 0.015 0.067 0.290 0.550 0.071 75 E 0.007 0.099 0.302 0.365 0.175 0.049 0.003 76 P 0.004 0.057 0.240 0.427 0.209 0.061 0.003 77 T 0.001 0.001 0.001 0.011 0.129 0.695 0.164 78 C 0.001 0.003 0.031 0.188 0.440 0.317 0.021 79 A 0.003 0.128 0.435 0.338 0.082 0.014 0.001 80 A 0.001 0.004 0.027 0.197 0.499 0.259 0.013 81 M 0.001 0.001 0.001 0.014 0.183 0.710 0.091 82 E 0.003 0.088 0.280 0.387 0.201 0.037 0.003 83 A 0.014 0.234 0.394 0.256 0.083 0.018 0.001 84 A 0.002 0.026 0.085 0.292 0.416 0.173 0.006 85 V 0.026 0.170 0.306 0.346 0.135 0.017 0.001 86 R 0.495 0.362 0.106 0.031 0.005 0.001 0.001 87 D 0.592 0.313 0.074 0.019 0.002 0.001 0.001 88 G 0.612 0.331 0.052 0.005 0.001 0.001 0.001 89 G 0.048 0.314 0.348 0.240 0.047 0.002 0.001 90 S 0.004 0.062 0.193 0.449 0.243 0.049 0.001 91 C 0.001 0.001 0.007 0.051 0.290 0.560 0.091 92 L 0.001 0.001 0.006 0.025 0.110 0.526 0.332 93 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.268 0.695 94 Y 0.001 0.003 0.011 0.040 0.109 0.317 0.520 95 C 0.001 0.002 0.005 0.023 0.124 0.434 0.412 96 K 0.002 0.028 0.088 0.216 0.300 0.236 0.129 97 N 0.012 0.053 0.121 0.228 0.268 0.220 0.097 98 G 0.062 0.136 0.166 0.185 0.215 0.179 0.055 99 R 0.115 0.123 0.134 0.185 0.200 0.189 0.054 100 S 0.120 0.168 0.172 0.164 0.153 0.158 0.065 101 R 0.051 0.104 0.115 0.181 0.218 0.220 0.110 102 S 0.010 0.038 0.058 0.135 0.208 0.301 0.251 103 A 0.001 0.003 0.009 0.035 0.112 0.317 0.523 104 A 0.001 0.001 0.003 0.009 0.056 0.228 0.703 105 V 0.001 0.001 0.003 0.010 0.040 0.206 0.739 106 C 0.001 0.001 0.002 0.008 0.022 0.128 0.838 107 T 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.091 0.890 108 A 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.232 0.733 109 Y 0.001 0.002 0.005 0.025 0.116 0.452 0.399 110 L 0.001 0.003 0.012 0.056 0.182 0.532 0.215 111 M 0.001 0.009 0.024 0.079 0.275 0.484 0.126 112 R 0.002 0.017 0.078 0.252 0.392 0.244 0.015 113 H 0.008 0.066 0.148 0.313 0.352 0.108 0.006 114 R 0.047 0.232 0.388 0.262 0.062 0.009 0.001 115 G 0.267 0.488 0.173 0.056 0.013 0.002 0.001 116 H 0.140 0.244 0.286 0.221 0.095 0.014 0.001 117 S 0.177 0.423 0.262 0.108 0.025 0.004 0.001 118 L 0.007 0.053 0.183 0.333 0.348 0.074 0.002 119 D 0.161 0.476 0.271 0.076 0.014 0.002 0.001 120 R 0.050 0.348 0.381 0.178 0.036 0.006 0.001 121 A 0.002 0.008 0.022 0.116 0.455 0.378 0.020 122 F 0.001 0.023 0.129 0.361 0.367 0.113 0.005 123 Q 0.037 0.427 0.357 0.139 0.031 0.007 0.001 124 M 0.004 0.033 0.198 0.443 0.272 0.049 0.001 125 V 0.001 0.003 0.006 0.042 0.289 0.596 0.063 126 K 0.026 0.177 0.334 0.319 0.118 0.022 0.003 127 S 0.245 0.451 0.205 0.072 0.021 0.005 0.001 128 A 0.034 0.134 0.274 0.339 0.164 0.050 0.005 129 R 0.098 0.163 0.203 0.263 0.212 0.058 0.004 130 P 0.439 0.301 0.136 0.075 0.035 0.012 0.002 131 V 0.333 0.241 0.167 0.138 0.077 0.037 0.009 132 A 0.274 0.163 0.142 0.175 0.140 0.089 0.018 133 E 0.308 0.249 0.161 0.122 0.100 0.049 0.012 134 P 0.239 0.217 0.199 0.210 0.102 0.027 0.005 135 N 0.243 0.367 0.219 0.106 0.046 0.016 0.003 136 L 0.492 0.296 0.122 0.064 0.021 0.005 0.001 137 G 0.227 0.366 0.256 0.112 0.030 0.006 0.001 138 F 0.073 0.074 0.107 0.219 0.314 0.192 0.020 139 W 0.085 0.204 0.248 0.246 0.151 0.059 0.007 140 A 0.165 0.421 0.276 0.106 0.025 0.006 0.001 141 Q 0.015 0.054 0.142 0.317 0.338 0.128 0.007 142 L 0.007 0.012 0.024 0.085 0.276 0.509 0.088 143 Q 0.058 0.217 0.326 0.255 0.109 0.031 0.004 144 K 0.090 0.327 0.337 0.178 0.057 0.010 0.001 145 Y 0.020 0.037 0.088 0.256 0.378 0.207 0.015 146 E 0.059 0.119 0.194 0.295 0.244 0.084 0.006 147 Q 0.344 0.395 0.163 0.066 0.025 0.007 0.001 148 T 0.206 0.297 0.255 0.169 0.059 0.013 0.001 149 L 0.110 0.130 0.195 0.299 0.208 0.056 0.002 150 Q 0.477 0.286 0.140 0.066 0.025 0.005 0.001 151 A 0.690 0.208 0.063 0.030 0.007 0.001 0.001 152 Q 0.679 0.214 0.073 0.026 0.006 0.001 0.001 153 A 0.528 0.230 0.136 0.074 0.027 0.005 0.001 154 I 0.530 0.225 0.132 0.079 0.028 0.004 0.001 155 L 0.433 0.225 0.169 0.120 0.046 0.007 0.001 156 P 0.441 0.258 0.177 0.090 0.028 0.005 0.001 157 R 0.351 0.208 0.182 0.164 0.080 0.014 0.001 158 E 0.518 0.250 0.135 0.070 0.023 0.004 0.001 159 P 0.625 0.209 0.105 0.047 0.012 0.002 0.001 160 I 0.742 0.173 0.053 0.023 0.007 0.001 0.001 161 D 0.678 0.180 0.083 0.045 0.012 0.002 0.001 162 P 0.864 0.101 0.025 0.008 0.002 0.001 0.001 163 E 0.834 0.120 0.030 0.013 0.004 0.001 0.001