# TARGET T0317 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1764 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.007 0.911 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.033 0.014 0.004 0.016 2 G 0.001 0.020 0.863 0.002 0.005 0.013 0.001 0.001 0.005 0.031 0.024 0.016 0.020 3 T 0.002 0.023 0.701 0.003 0.015 0.035 0.001 0.001 0.008 0.102 0.028 0.030 0.050 4 S 0.007 0.025 0.519 0.004 0.043 0.083 0.003 0.001 0.012 0.121 0.059 0.042 0.082 5 E 0.009 0.036 0.440 0.008 0.048 0.072 0.005 0.001 0.013 0.160 0.066 0.055 0.086 6 A 0.007 0.035 0.509 0.007 0.027 0.048 0.003 0.001 0.007 0.159 0.066 0.043 0.090 7 A 0.002 0.023 0.621 0.008 0.011 0.027 0.001 0.001 0.003 0.200 0.058 0.021 0.025 8 P 0.001 0.010 0.711 0.003 0.009 0.015 0.001 0.001 0.001 0.168 0.065 0.004 0.011 9 P 0.001 0.014 0.622 0.003 0.015 0.026 0.001 0.001 0.001 0.221 0.083 0.006 0.008 10 P 0.001 0.029 0.690 0.001 0.033 0.040 0.001 0.001 0.002 0.107 0.073 0.008 0.015 11 F 0.002 0.018 0.384 0.002 0.196 0.142 0.001 0.001 0.005 0.096 0.104 0.008 0.040 12 A 0.006 0.009 0.227 0.019 0.265 0.133 0.001 0.001 0.008 0.164 0.100 0.041 0.027 13 R 0.021 0.026 0.200 0.007 0.171 0.129 0.007 0.005 0.048 0.091 0.101 0.054 0.141 14 V 0.026 0.088 0.261 0.018 0.045 0.142 0.014 0.014 0.064 0.087 0.070 0.042 0.129 15 A 0.005 0.023 0.565 0.017 0.016 0.069 0.001 0.002 0.032 0.123 0.038 0.066 0.041 16 P 0.001 0.004 0.092 0.029 0.081 0.108 0.001 0.001 0.005 0.106 0.555 0.003 0.015 17 A 0.006 0.004 0.084 0.028 0.101 0.062 0.002 0.004 0.015 0.123 0.531 0.026 0.014 18 L 0.067 0.019 0.250 0.006 0.073 0.068 0.020 0.031 0.071 0.077 0.059 0.066 0.193 19 F 0.134 0.040 0.141 0.010 0.021 0.055 0.058 0.071 0.161 0.039 0.040 0.126 0.105 20 I 0.118 0.031 0.182 0.014 0.023 0.064 0.055 0.042 0.083 0.066 0.068 0.100 0.155 21 G 0.024 0.013 0.284 0.024 0.020 0.057 0.008 0.009 0.028 0.196 0.222 0.064 0.052 22 N 0.009 0.008 0.383 0.009 0.022 0.051 0.002 0.002 0.013 0.212 0.213 0.021 0.056 23 A 0.009 0.014 0.326 0.004 0.071 0.288 0.002 0.001 0.009 0.131 0.088 0.021 0.036 24 R 0.007 0.014 0.177 0.002 0.112 0.446 0.002 0.001 0.012 0.077 0.094 0.030 0.026 25 A 0.005 0.007 0.153 0.005 0.154 0.471 0.002 0.001 0.006 0.059 0.093 0.007 0.036 26 A 0.003 0.007 0.101 0.003 0.068 0.602 0.002 0.003 0.006 0.032 0.154 0.007 0.011 27 G 0.001 0.007 0.109 0.001 0.033 0.449 0.001 0.001 0.003 0.110 0.270 0.011 0.005 28 A 0.001 0.005 0.225 0.001 0.012 0.543 0.001 0.001 0.003 0.101 0.094 0.001 0.014 29 T 0.001 0.001 0.044 0.001 0.005 0.911 0.001 0.001 0.001 0.022 0.015 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 33 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 35 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.285 0.001 0.001 0.001 0.011 0.699 0.001 0.001 36 G 0.001 0.001 0.030 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 0.948 0.001 0.001 37 I 0.001 0.002 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.020 0.001 0.003 0.005 38 T 0.001 0.002 0.359 0.124 0.002 0.001 0.003 0.007 0.184 0.297 0.004 0.012 0.005 39 L 0.005 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.064 0.480 0.418 0.004 0.001 0.005 0.008 40 C 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.116 0.775 0.095 0.001 0.001 0.001 0.003 41 V 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.104 0.779 0.102 0.001 0.001 0.002 0.001 42 N 0.028 0.001 0.029 0.005 0.001 0.001 0.092 0.499 0.311 0.001 0.001 0.019 0.015 43 V 0.018 0.003 0.296 0.006 0.002 0.001 0.039 0.119 0.393 0.015 0.007 0.011 0.088 44 S 0.011 0.012 0.416 0.030 0.016 0.002 0.013 0.012 0.206 0.150 0.036 0.055 0.040 45 R 0.001 0.010 0.409 0.011 0.025 0.003 0.001 0.001 0.052 0.366 0.062 0.022 0.037 46 Q 0.001 0.027 0.500 0.003 0.029 0.006 0.001 0.001 0.015 0.294 0.068 0.009 0.046 47 Q 0.001 0.021 0.582 0.004 0.010 0.003 0.001 0.001 0.005 0.308 0.028 0.026 0.011 48 P 0.001 0.013 0.455 0.004 0.028 0.007 0.001 0.001 0.002 0.237 0.236 0.002 0.015 49 G 0.001 0.014 0.537 0.004 0.017 0.004 0.001 0.001 0.002 0.249 0.157 0.009 0.007 50 P 0.001 0.012 0.651 0.001 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.183 0.099 0.005 0.017 51 R 0.001 0.033 0.653 0.002 0.025 0.008 0.001 0.001 0.002 0.186 0.070 0.007 0.014 52 A 0.001 0.019 0.676 0.002 0.028 0.009 0.001 0.001 0.002 0.207 0.029 0.015 0.014 53 P 0.001 0.009 0.348 0.026 0.070 0.017 0.001 0.001 0.002 0.137 0.362 0.003 0.026 54 G 0.007 0.013 0.282 0.027 0.046 0.009 0.003 0.001 0.008 0.119 0.377 0.071 0.037 55 V 0.048 0.025 0.318 0.007 0.013 0.005 0.012 0.003 0.036 0.056 0.012 0.072 0.393 56 A 0.103 0.006 0.194 0.041 0.004 0.005 0.041 0.004 0.084 0.028 0.004 0.384 0.102 57 E 0.197 0.004 0.048 0.020 0.002 0.003 0.107 0.009 0.101 0.009 0.002 0.047 0.452 58 L 0.205 0.002 0.039 0.014 0.001 0.002 0.128 0.015 0.084 0.006 0.003 0.421 0.080 59 R 0.186 0.007 0.072 0.009 0.001 0.001 0.113 0.006 0.100 0.012 0.002 0.037 0.455 60 V 0.031 0.003 0.177 0.006 0.001 0.001 0.015 0.002 0.102 0.033 0.001 0.598 0.032 61 P 0.005 0.008 0.589 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.104 0.016 0.002 0.005 0.261 62 V 0.004 0.043 0.663 0.015 0.019 0.007 0.005 0.002 0.054 0.056 0.037 0.068 0.027 63 F 0.002 0.020 0.495 0.005 0.040 0.013 0.003 0.003 0.031 0.190 0.148 0.009 0.041 64 D 0.001 0.023 0.349 0.004 0.051 0.016 0.002 0.005 0.019 0.369 0.138 0.009 0.015 65 D 0.001 0.017 0.415 0.002 0.028 0.018 0.001 0.001 0.006 0.423 0.077 0.006 0.007 66 P 0.001 0.013 0.235 0.001 0.070 0.067 0.001 0.001 0.003 0.268 0.336 0.002 0.005 67 A 0.001 0.017 0.295 0.001 0.092 0.195 0.001 0.001 0.004 0.193 0.196 0.002 0.005 68 E 0.001 0.011 0.149 0.001 0.174 0.337 0.001 0.001 0.002 0.155 0.165 0.001 0.003 69 D 0.001 0.015 0.139 0.001 0.217 0.294 0.001 0.001 0.002 0.103 0.221 0.002 0.005 70 L 0.001 0.009 0.083 0.001 0.259 0.425 0.001 0.001 0.004 0.054 0.158 0.003 0.004 71 L 0.001 0.003 0.068 0.001 0.233 0.558 0.001 0.001 0.001 0.023 0.108 0.001 0.003 72 T 0.001 0.004 0.057 0.001 0.237 0.478 0.001 0.001 0.001 0.051 0.167 0.003 0.002 73 H 0.001 0.007 0.038 0.001 0.156 0.538 0.001 0.001 0.001 0.024 0.234 0.001 0.002 74 L 0.001 0.001 0.042 0.001 0.023 0.846 0.001 0.001 0.001 0.024 0.061 0.001 0.001 75 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 76 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 77 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 78 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 82 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 83 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 84 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.001 0.001 85 V 0.001 0.006 0.021 0.001 0.006 0.904 0.001 0.001 0.001 0.020 0.038 0.001 0.001 86 R 0.001 0.006 0.066 0.001 0.020 0.736 0.001 0.001 0.002 0.020 0.145 0.002 0.001 87 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.023 0.001 0.001 0.001 0.016 0.951 0.001 0.001 88 G 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.971 0.001 0.001 89 G 0.001 0.003 0.784 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.161 0.005 0.014 0.003 90 S 0.002 0.004 0.527 0.003 0.001 0.001 0.008 0.012 0.355 0.046 0.001 0.005 0.037 91 C 0.027 0.002 0.026 0.006 0.001 0.001 0.179 0.449 0.263 0.003 0.001 0.025 0.020 92 L 0.039 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.279 0.597 0.058 0.001 0.001 0.006 0.013 93 V 0.049 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.221 0.643 0.067 0.001 0.001 0.009 0.006 94 Y 0.099 0.002 0.043 0.015 0.001 0.001 0.142 0.313 0.277 0.002 0.001 0.044 0.062 95 C 0.040 0.004 0.358 0.039 0.011 0.004 0.023 0.060 0.234 0.034 0.027 0.029 0.137 96 K 0.011 0.010 0.245 0.039 0.096 0.015 0.003 0.005 0.039 0.243 0.222 0.040 0.032 97 N 0.001 0.009 0.118 0.012 0.087 0.017 0.001 0.001 0.006 0.292 0.435 0.007 0.015 98 G 0.001 0.013 0.231 0.003 0.047 0.019 0.001 0.001 0.004 0.335 0.319 0.008 0.019 99 R 0.009 0.047 0.334 0.003 0.020 0.042 0.002 0.002 0.008 0.334 0.094 0.042 0.062 100 S 0.015 0.064 0.275 0.003 0.024 0.152 0.002 0.001 0.007 0.209 0.118 0.034 0.098 101 R 0.006 0.008 0.144 0.003 0.014 0.605 0.001 0.001 0.002 0.101 0.087 0.014 0.015 102 S 0.004 0.004 0.059 0.001 0.003 0.880 0.001 0.001 0.001 0.018 0.017 0.002 0.012 103 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 111 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 112 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 113 H 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.918 0.001 0.001 0.001 0.003 0.070 0.001 0.001 114 R 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.185 0.001 0.001 0.001 0.034 0.770 0.001 0.001 115 G 0.001 0.001 0.047 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.062 0.885 0.001 0.001 116 H 0.001 0.030 0.813 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.144 0.002 0.006 0.002 117 S 0.001 0.078 0.842 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.045 0.001 0.001 0.022 118 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 119 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 120 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 125 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 126 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 127 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.884 0.001 0.001 0.001 0.002 0.106 0.001 0.001 128 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.010 0.686 0.001 0.001 0.001 0.017 0.274 0.001 0.001 129 R 0.001 0.007 0.429 0.001 0.011 0.092 0.001 0.001 0.001 0.362 0.095 0.001 0.001 130 P 0.001 0.006 0.409 0.002 0.099 0.044 0.001 0.001 0.002 0.095 0.339 0.001 0.003 131 V 0.001 0.009 0.171 0.002 0.120 0.050 0.001 0.002 0.018 0.229 0.385 0.008 0.006 132 A 0.004 0.045 0.279 0.003 0.095 0.039 0.004 0.004 0.058 0.255 0.144 0.006 0.064 133 E 0.002 0.042 0.420 0.002 0.012 0.021 0.002 0.001 0.064 0.287 0.028 0.106 0.013 134 P 0.001 0.037 0.712 0.001 0.005 0.016 0.001 0.001 0.032 0.118 0.031 0.003 0.043 135 N 0.001 0.013 0.799 0.001 0.003 0.031 0.001 0.001 0.012 0.118 0.011 0.003 0.008 136 L 0.001 0.001 0.014 0.001 0.021 0.887 0.001 0.001 0.001 0.020 0.057 0.001 0.001 137 G 0.001 0.001 0.013 0.001 0.021 0.907 0.001 0.001 0.001 0.011 0.046 0.001 0.001 138 F 0.001 0.001 0.012 0.001 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 139 W 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 145 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 146 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 147 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 148 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 149 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.946 0.001 0.001 0.001 0.006 0.034 0.001 0.001 150 Q 0.001 0.002 0.028 0.001 0.011 0.832 0.001 0.001 0.001 0.015 0.109 0.001 0.001 151 A 0.001 0.001 0.045 0.001 0.029 0.556 0.001 0.001 0.001 0.033 0.332 0.001 0.001 152 Q 0.001 0.002 0.107 0.001 0.051 0.331 0.001 0.001 0.001 0.107 0.394 0.002 0.004 153 A 0.002 0.015 0.334 0.001 0.058 0.275 0.001 0.001 0.004 0.121 0.163 0.010 0.017 154 I 0.003 0.055 0.493 0.002 0.033 0.121 0.002 0.001 0.011 0.137 0.085 0.014 0.044 155 L 0.001 0.017 0.705 0.004 0.010 0.021 0.001 0.001 0.006 0.176 0.027 0.017 0.015 156 P 0.001 0.012 0.720 0.003 0.020 0.012 0.001 0.001 0.004 0.108 0.095 0.007 0.018 157 R 0.001 0.023 0.587 0.003 0.054 0.016 0.001 0.001 0.006 0.153 0.129 0.005 0.022 158 E 0.001 0.014 0.586 0.003 0.032 0.010 0.001 0.001 0.006 0.251 0.047 0.039 0.011 159 P 0.001 0.015 0.628 0.001 0.038 0.014 0.001 0.001 0.004 0.141 0.097 0.006 0.053 160 I 0.001 0.040 0.661 0.002 0.018 0.015 0.001 0.001 0.005 0.167 0.059 0.011 0.020 161 D 0.001 0.018 0.812 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.122 0.016 0.007 0.013 162 P 0.001 0.006 0.888 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.058 0.025 0.002 0.007 163 E 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001