# TARGET T0317 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1764 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.002 0.001 0.009 0.015 0.021 0.105 0.002 0.001 0.019 0.808 2 G 0.020 0.003 0.001 0.009 0.022 0.030 0.110 0.005 0.001 0.021 0.779 3 T 0.033 0.003 0.001 0.018 0.066 0.074 0.122 0.013 0.001 0.062 0.608 4 S 0.027 0.001 0.001 0.035 0.038 0.080 0.103 0.002 0.001 0.048 0.663 5 E 0.016 0.001 0.001 0.087 0.061 0.119 0.086 0.001 0.001 0.044 0.585 6 A 0.007 0.001 0.001 0.046 0.036 0.043 0.095 0.001 0.001 0.019 0.752 7 A 0.015 0.001 0.001 0.027 0.069 0.050 0.121 0.003 0.001 0.027 0.687 8 P 0.014 0.001 0.001 0.012 0.020 0.019 0.123 0.003 0.001 0.018 0.789 9 P 0.038 0.005 0.001 0.010 0.017 0.022 0.129 0.009 0.001 0.026 0.743 10 P 0.277 0.029 0.003 0.012 0.008 0.012 0.081 0.010 0.001 0.047 0.521 11 F 0.154 0.027 0.001 0.013 0.008 0.017 0.085 0.010 0.001 0.054 0.631 12 A 0.104 0.010 0.001 0.015 0.016 0.026 0.092 0.001 0.001 0.032 0.702 13 R 0.009 0.003 0.001 0.033 0.034 0.051 0.132 0.001 0.001 0.020 0.714 14 V 0.061 0.029 0.001 0.025 0.031 0.028 0.139 0.005 0.001 0.029 0.651 15 A 0.285 0.050 0.002 0.023 0.020 0.015 0.148 0.023 0.001 0.065 0.368 16 P 0.042 0.046 0.001 0.053 0.019 0.040 0.173 0.008 0.001 0.055 0.562 17 A 0.030 0.022 0.003 0.135 0.047 0.130 0.124 0.004 0.001 0.085 0.421 18 L 0.025 0.009 0.003 0.217 0.102 0.118 0.099 0.002 0.001 0.081 0.343 19 F 0.040 0.022 0.003 0.218 0.088 0.142 0.098 0.003 0.002 0.078 0.306 20 I 0.148 0.028 0.003 0.090 0.045 0.061 0.096 0.004 0.002 0.041 0.481 21 G 0.039 0.031 0.001 0.047 0.032 0.072 0.140 0.011 0.001 0.033 0.593 22 N 0.104 0.191 0.003 0.021 0.017 0.034 0.121 0.009 0.002 0.039 0.459 23 A 0.146 0.167 0.012 0.029 0.043 0.057 0.104 0.016 0.005 0.051 0.372 24 R 0.150 0.164 0.005 0.013 0.022 0.032 0.081 0.014 0.002 0.042 0.475 25 A 0.250 0.089 0.003 0.011 0.017 0.020 0.077 0.007 0.001 0.116 0.411 26 A 0.058 0.193 0.003 0.021 0.008 0.013 0.097 0.003 0.001 0.074 0.530 27 G 0.015 0.462 0.002 0.011 0.013 0.015 0.067 0.003 0.001 0.041 0.371 28 A 0.007 0.937 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.006 0.001 0.002 0.035 29 T 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.017 30 E 0.013 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.011 0.016 31 L 0.007 0.896 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.004 0.049 0.027 32 L 0.022 0.021 0.506 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.352 0.062 0.024 33 V 0.824 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.012 0.002 0.033 0.101 34 R 0.028 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.039 0.001 0.001 0.021 0.905 35 A 0.008 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.082 0.001 0.001 0.011 0.882 36 G 0.001 0.001 0.001 0.012 0.012 0.022 0.162 0.002 0.001 0.030 0.758 37 I 0.009 0.003 0.001 0.037 0.018 0.017 0.118 0.001 0.001 0.070 0.726 38 T 0.002 0.003 0.001 0.636 0.028 0.059 0.041 0.001 0.001 0.088 0.143 39 L 0.001 0.001 0.001 0.487 0.045 0.102 0.034 0.001 0.001 0.067 0.261 40 C 0.001 0.001 0.001 0.757 0.074 0.060 0.015 0.001 0.001 0.023 0.069 41 V 0.001 0.001 0.001 0.634 0.104 0.094 0.022 0.001 0.001 0.037 0.105 42 N 0.037 0.002 0.001 0.485 0.054 0.108 0.052 0.002 0.002 0.074 0.184 43 V 0.058 0.002 0.001 0.226 0.036 0.104 0.123 0.005 0.001 0.060 0.384 44 S 0.056 0.002 0.001 0.053 0.056 0.116 0.114 0.001 0.001 0.049 0.551 45 R 0.005 0.001 0.001 0.050 0.040 0.093 0.139 0.001 0.001 0.031 0.637 46 Q 0.043 0.004 0.002 0.014 0.025 0.025 0.101 0.003 0.001 0.032 0.751 47 Q 0.197 0.006 0.001 0.006 0.019 0.016 0.103 0.016 0.001 0.082 0.552 48 P 0.036 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.092 0.004 0.001 0.026 0.831 49 G 0.113 0.004 0.001 0.004 0.008 0.015 0.094 0.003 0.001 0.025 0.732 50 P 0.016 0.002 0.001 0.008 0.012 0.019 0.124 0.002 0.001 0.025 0.790 51 R 0.090 0.019 0.001 0.008 0.015 0.021 0.108 0.006 0.001 0.024 0.706 52 A 0.272 0.017 0.001 0.010 0.023 0.017 0.107 0.011 0.001 0.041 0.499 53 P 0.028 0.012 0.001 0.026 0.038 0.065 0.159 0.004 0.001 0.020 0.647 54 G 0.019 0.019 0.002 0.068 0.045 0.157 0.097 0.003 0.001 0.032 0.558 55 V 0.015 0.006 0.004 0.127 0.207 0.174 0.088 0.002 0.001 0.048 0.327 56 A 0.016 0.003 0.002 0.164 0.177 0.336 0.043 0.004 0.001 0.049 0.207 57 E 0.028 0.001 0.001 0.111 0.088 0.126 0.055 0.001 0.001 0.044 0.545 58 L 0.004 0.001 0.001 0.153 0.158 0.196 0.056 0.001 0.001 0.015 0.417 59 R 0.005 0.001 0.001 0.047 0.061 0.068 0.076 0.001 0.001 0.017 0.726 60 V 0.001 0.001 0.001 0.031 0.311 0.168 0.095 0.005 0.001 0.020 0.368 61 P 0.026 0.001 0.001 0.093 0.022 0.038 0.123 0.003 0.001 0.031 0.662 62 V 0.334 0.003 0.002 0.052 0.023 0.021 0.077 0.006 0.001 0.072 0.411 63 F 0.029 0.003 0.001 0.025 0.005 0.012 0.121 0.002 0.001 0.032 0.771 64 D 0.012 0.003 0.001 0.011 0.005 0.012 0.103 0.001 0.001 0.011 0.842 65 D 0.032 0.011 0.001 0.030 0.039 0.041 0.185 0.004 0.001 0.066 0.590 66 P 0.032 0.070 0.002 0.015 0.008 0.011 0.117 0.003 0.001 0.029 0.711 67 A 0.352 0.278 0.003 0.005 0.007 0.009 0.051 0.014 0.001 0.025 0.255 68 E 0.145 0.152 0.003 0.006 0.005 0.007 0.077 0.005 0.001 0.066 0.533 69 D 0.039 0.312 0.007 0.006 0.005 0.011 0.098 0.005 0.003 0.059 0.455 70 L 0.305 0.405 0.006 0.004 0.008 0.010 0.037 0.020 0.002 0.042 0.161 71 L 0.358 0.165 0.003 0.005 0.010 0.012 0.059 0.016 0.002 0.040 0.331 72 T 0.119 0.057 0.001 0.010 0.012 0.027 0.134 0.003 0.001 0.037 0.599 73 H 0.009 0.047 0.002 0.018 0.009 0.015 0.117 0.001 0.001 0.157 0.624 74 L 0.010 0.765 0.001 0.002 0.004 0.004 0.032 0.005 0.001 0.031 0.146 75 E 0.021 0.904 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.015 0.044 76 P 0.004 0.946 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.015 0.024 77 T 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 78 C 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.004 79 A 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.007 80 A 0.006 0.932 0.014 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.004 0.013 0.021 81 M 0.096 0.757 0.011 0.002 0.001 0.001 0.010 0.047 0.003 0.034 0.040 82 E 0.080 0.431 0.005 0.004 0.002 0.005 0.027 0.008 0.004 0.237 0.198 83 A 0.026 0.328 0.024 0.005 0.002 0.007 0.063 0.001 0.012 0.089 0.445 84 A 0.053 0.063 0.222 0.003 0.004 0.007 0.062 0.010 0.101 0.105 0.371 85 V 0.542 0.003 0.007 0.002 0.002 0.004 0.033 0.009 0.008 0.053 0.337 86 R 0.273 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.037 0.001 0.001 0.032 0.651 87 D 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.087 0.001 0.001 0.010 0.892 88 G 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.019 0.137 0.001 0.001 0.025 0.802 89 G 0.001 0.001 0.001 0.103 0.181 0.179 0.110 0.001 0.001 0.098 0.327 90 S 0.001 0.001 0.001 0.207 0.107 0.243 0.040 0.001 0.001 0.110 0.291 91 C 0.001 0.001 0.001 0.246 0.307 0.341 0.008 0.001 0.001 0.052 0.045 92 L 0.001 0.001 0.001 0.304 0.278 0.288 0.010 0.001 0.001 0.041 0.078 93 V 0.001 0.001 0.001 0.355 0.340 0.210 0.004 0.001 0.001 0.055 0.035 94 Y 0.006 0.001 0.001 0.288 0.150 0.296 0.023 0.001 0.001 0.167 0.067 95 C 0.093 0.001 0.001 0.168 0.169 0.234 0.049 0.002 0.002 0.119 0.162 96 K 0.071 0.002 0.001 0.058 0.093 0.151 0.109 0.002 0.002 0.051 0.460 97 N 0.009 0.001 0.001 0.039 0.051 0.097 0.165 0.003 0.001 0.025 0.609 98 G 0.054 0.034 0.002 0.027 0.041 0.057 0.150 0.004 0.001 0.080 0.549 99 R 0.030 0.184 0.002 0.017 0.039 0.045 0.108 0.007 0.001 0.088 0.479 100 S 0.023 0.568 0.001 0.008 0.012 0.031 0.046 0.002 0.001 0.057 0.251 101 R 0.008 0.778 0.001 0.008 0.014 0.024 0.018 0.001 0.001 0.071 0.076 102 S 0.004 0.882 0.001 0.005 0.006 0.012 0.009 0.001 0.001 0.049 0.031 103 A 0.002 0.710 0.001 0.004 0.016 0.022 0.004 0.001 0.001 0.232 0.009 104 A 0.001 0.920 0.001 0.003 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.058 0.005 105 V 0.001 0.977 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 106 C 0.001 0.978 0.001 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 107 T 0.002 0.986 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 108 A 0.010 0.880 0.002 0.004 0.007 0.004 0.005 0.002 0.001 0.066 0.020 109 Y 0.022 0.764 0.007 0.004 0.006 0.008 0.011 0.003 0.002 0.137 0.034 110 L 0.052 0.433 0.057 0.015 0.012 0.013 0.038 0.010 0.027 0.216 0.127 111 M 0.102 0.036 0.241 0.014 0.011 0.013 0.061 0.013 0.147 0.159 0.204 112 R 0.398 0.015 0.005 0.011 0.006 0.014 0.057 0.011 0.005 0.062 0.417 113 H 0.111 0.007 0.001 0.006 0.002 0.006 0.061 0.002 0.001 0.025 0.780 114 R 0.013 0.003 0.001 0.005 0.001 0.004 0.086 0.001 0.001 0.012 0.875 115 G 0.009 0.009 0.001 0.005 0.005 0.008 0.086 0.001 0.001 0.015 0.861 116 H 0.004 0.014 0.001 0.010 0.013 0.012 0.121 0.004 0.001 0.028 0.793 117 S 0.044 0.784 0.001 0.005 0.002 0.003 0.020 0.003 0.001 0.057 0.081 118 L 0.011 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.018 119 D 0.006 0.953 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.016 0.018 120 R 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.007 121 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 122 F 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.006 123 Q 0.009 0.596 0.005 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.341 0.035 124 M 0.041 0.318 0.121 0.003 0.001 0.001 0.028 0.011 0.042 0.371 0.064 125 V 0.307 0.110 0.118 0.008 0.002 0.003 0.038 0.063 0.056 0.156 0.139 126 K 0.262 0.015 0.003 0.006 0.002 0.005 0.059 0.002 0.003 0.039 0.603 127 S 0.008 0.004 0.001 0.005 0.002 0.005 0.073 0.001 0.001 0.008 0.894 128 A 0.017 0.006 0.003 0.010 0.002 0.006 0.113 0.005 0.001 0.024 0.812 129 R 0.210 0.005 0.001 0.012 0.010 0.011 0.129 0.037 0.001 0.080 0.504 130 P 0.075 0.002 0.001 0.033 0.003 0.007 0.087 0.002 0.001 0.035 0.755 131 V 0.013 0.002 0.001 0.087 0.008 0.031 0.122 0.001 0.001 0.031 0.704 132 A 0.010 0.002 0.001 0.108 0.021 0.028 0.128 0.001 0.001 0.027 0.675 133 E 0.026 0.009 0.001 0.085 0.047 0.040 0.188 0.002 0.001 0.050 0.551 134 P 0.007 0.016 0.001 0.031 0.007 0.010 0.126 0.003 0.001 0.040 0.758 135 N 0.109 0.796 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 0.004 0.001 0.013 0.058 136 L 0.049 0.831 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.026 0.073 137 G 0.007 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.033 0.060 138 F 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.012 139 W 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.007 140 A 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 141 Q 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 142 L 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 143 Q 0.014 0.867 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.100 0.012 144 K 0.005 0.158 0.005 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.786 0.033 145 Y 0.013 0.845 0.009 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.002 0.061 0.047 146 E 0.040 0.842 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.002 0.017 0.064 147 Q 0.025 0.761 0.004 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.003 0.025 0.161 148 T 0.079 0.506 0.027 0.001 0.001 0.003 0.033 0.009 0.024 0.050 0.268 149 L 0.305 0.305 0.053 0.002 0.001 0.002 0.025 0.039 0.027 0.059 0.181 150 Q 0.307 0.102 0.015 0.003 0.001 0.003 0.058 0.014 0.017 0.035 0.446 151 A 0.069 0.038 0.004 0.005 0.001 0.003 0.064 0.002 0.001 0.015 0.798 152 Q 0.042 0.006 0.001 0.008 0.004 0.007 0.079 0.002 0.001 0.035 0.813 153 A 0.012 0.002 0.001 0.020 0.021 0.032 0.132 0.002 0.001 0.042 0.736 154 I 0.009 0.003 0.001 0.024 0.006 0.016 0.073 0.001 0.001 0.019 0.848 155 L 0.120 0.003 0.001 0.015 0.043 0.030 0.109 0.008 0.001 0.068 0.603 156 P 0.017 0.002 0.001 0.018 0.007 0.013 0.124 0.003 0.001 0.028 0.788 157 R 0.049 0.005 0.001 0.018 0.007 0.014 0.093 0.004 0.001 0.023 0.786 158 E 0.132 0.002 0.001 0.017 0.022 0.026 0.111 0.005 0.001 0.070 0.615 159 P 0.007 0.001 0.001 0.009 0.009 0.017 0.117 0.001 0.001 0.019 0.820 160 I 0.018 0.002 0.001 0.016 0.015 0.025 0.091 0.002 0.001 0.017 0.812 161 D 0.345 0.008 0.001 0.007 0.015 0.010 0.087 0.008 0.001 0.060 0.457 162 P 0.069 0.004 0.001 0.004 0.004 0.006 0.113 0.005 0.001 0.029 0.764 163 E 0.039 0.005 0.001 0.008 0.006 0.012 0.102 0.003 0.001 0.018 0.806