# TARGET T0317 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1764 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.003 0.006 0.013 0.022 0.113 0.016 0.816 2 G 0.088 0.013 0.015 0.030 0.052 0.113 0.049 0.640 3 T 0.145 0.019 0.012 0.032 0.041 0.090 0.068 0.593 4 S 0.087 0.012 0.025 0.037 0.052 0.101 0.057 0.629 5 E 0.035 0.005 0.029 0.047 0.082 0.119 0.041 0.643 6 A 0.017 0.003 0.020 0.025 0.038 0.108 0.027 0.762 7 A 0.041 0.012 0.035 0.036 0.048 0.139 0.041 0.648 8 P 0.045 0.020 0.022 0.019 0.028 0.107 0.040 0.720 9 P 0.095 0.034 0.026 0.028 0.029 0.113 0.063 0.613 10 P 0.167 0.055 0.023 0.021 0.027 0.091 0.083 0.532 11 F 0.205 0.048 0.016 0.018 0.028 0.098 0.061 0.524 12 A 0.070 0.028 0.022 0.025 0.041 0.113 0.048 0.653 13 R 0.009 0.013 0.029 0.026 0.060 0.149 0.038 0.676 14 V 0.036 0.016 0.033 0.021 0.034 0.131 0.050 0.678 15 A 0.267 0.058 0.036 0.048 0.036 0.105 0.136 0.315 16 P 0.039 0.033 0.041 0.022 0.054 0.105 0.059 0.648 17 A 0.019 0.016 0.134 0.052 0.175 0.104 0.085 0.415 18 L 0.014 0.010 0.139 0.141 0.184 0.097 0.068 0.345 19 F 0.030 0.022 0.143 0.122 0.161 0.094 0.055 0.373 20 I 0.041 0.037 0.079 0.068 0.101 0.105 0.048 0.521 21 G 0.057 0.098 0.062 0.042 0.061 0.116 0.058 0.506 22 N 0.122 0.288 0.025 0.019 0.026 0.073 0.056 0.391 23 A 0.098 0.254 0.050 0.031 0.031 0.081 0.114 0.342 24 R 0.128 0.284 0.030 0.022 0.026 0.069 0.088 0.353 25 A 0.177 0.190 0.019 0.011 0.014 0.059 0.246 0.284 26 A 0.048 0.281 0.013 0.010 0.013 0.084 0.087 0.463 27 G 0.028 0.424 0.007 0.009 0.014 0.047 0.044 0.428 28 A 0.013 0.909 0.001 0.002 0.002 0.008 0.010 0.054 29 T 0.013 0.953 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.016 30 E 0.010 0.930 0.006 0.009 0.004 0.004 0.014 0.024 31 L 0.031 0.854 0.011 0.006 0.009 0.010 0.037 0.042 32 L 0.184 0.046 0.217 0.014 0.008 0.019 0.457 0.055 33 V 0.875 0.014 0.004 0.003 0.003 0.007 0.038 0.055 34 R 0.059 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.018 0.908 35 A 0.002 0.001 0.024 0.005 0.021 0.276 0.018 0.654 36 G 0.005 0.001 0.027 0.010 0.032 0.072 0.039 0.813 37 I 0.019 0.003 0.050 0.108 0.047 0.142 0.035 0.596 38 T 0.001 0.002 0.446 0.053 0.129 0.041 0.084 0.244 39 L 0.002 0.002 0.438 0.196 0.215 0.024 0.054 0.070 40 C 0.001 0.001 0.812 0.055 0.052 0.006 0.030 0.045 41 V 0.002 0.002 0.636 0.166 0.095 0.012 0.032 0.054 42 N 0.009 0.003 0.579 0.111 0.156 0.023 0.053 0.065 43 V 0.033 0.005 0.211 0.093 0.147 0.093 0.066 0.351 44 S 0.101 0.006 0.100 0.066 0.086 0.107 0.080 0.453 45 R 0.034 0.004 0.023 0.022 0.042 0.145 0.046 0.683 46 Q 0.049 0.003 0.012 0.011 0.024 0.130 0.027 0.744 47 Q 0.075 0.006 0.013 0.028 0.032 0.141 0.062 0.642 48 P 0.042 0.006 0.009 0.012 0.020 0.105 0.024 0.782 49 G 0.132 0.012 0.014 0.029 0.041 0.118 0.055 0.599 50 P 0.016 0.005 0.013 0.024 0.030 0.116 0.036 0.758 51 R 0.122 0.018 0.012 0.018 0.033 0.097 0.047 0.652 52 A 0.228 0.033 0.015 0.030 0.034 0.106 0.083 0.471 53 P 0.024 0.023 0.034 0.035 0.082 0.119 0.028 0.655 54 G 0.029 0.020 0.051 0.047 0.188 0.094 0.080 0.491 55 V 0.028 0.011 0.081 0.191 0.190 0.083 0.096 0.318 56 A 0.044 0.007 0.077 0.193 0.333 0.049 0.056 0.241 57 E 0.014 0.002 0.054 0.119 0.213 0.059 0.044 0.495 58 L 0.003 0.001 0.131 0.210 0.382 0.062 0.022 0.191 59 R 0.008 0.001 0.067 0.120 0.247 0.063 0.034 0.462 60 V 0.013 0.002 0.074 0.282 0.190 0.076 0.040 0.324 61 P 0.044 0.004 0.068 0.059 0.092 0.102 0.043 0.589 62 V 0.145 0.008 0.035 0.054 0.058 0.125 0.073 0.502 63 F 0.030 0.007 0.023 0.014 0.020 0.107 0.025 0.774 64 D 0.114 0.029 0.013 0.009 0.014 0.107 0.044 0.671 65 D 0.084 0.056 0.018 0.019 0.016 0.139 0.049 0.618 66 P 0.117 0.138 0.014 0.008 0.011 0.105 0.032 0.574 67 A 0.291 0.223 0.013 0.007 0.011 0.070 0.058 0.328 68 E 0.091 0.099 0.016 0.008 0.010 0.103 0.129 0.544 69 D 0.079 0.217 0.014 0.007 0.008 0.083 0.167 0.424 70 L 0.122 0.430 0.007 0.004 0.006 0.052 0.083 0.296 71 L 0.173 0.454 0.008 0.003 0.005 0.046 0.067 0.244 72 T 0.045 0.173 0.007 0.004 0.006 0.072 0.287 0.405 73 H 0.007 0.189 0.006 0.003 0.003 0.054 0.535 0.204 74 L 0.011 0.871 0.001 0.001 0.001 0.011 0.066 0.038 75 E 0.011 0.942 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.013 76 P 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.009 77 T 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 78 C 0.003 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 79 A 0.001 0.984 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 80 A 0.004 0.978 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 81 M 0.012 0.949 0.011 0.001 0.001 0.001 0.023 0.004 82 E 0.031 0.856 0.025 0.003 0.002 0.004 0.030 0.048 83 A 0.066 0.440 0.030 0.007 0.005 0.030 0.082 0.341 84 A 0.075 0.017 0.213 0.026 0.011 0.048 0.391 0.220 85 V 0.572 0.002 0.009 0.004 0.003 0.034 0.076 0.300 86 R 0.485 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.010 0.487 87 D 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.099 0.002 0.890 88 G 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.092 0.005 0.890 89 G 0.005 0.001 0.120 0.078 0.081 0.204 0.051 0.462 90 S 0.001 0.001 0.445 0.130 0.112 0.036 0.061 0.215 91 C 0.001 0.001 0.645 0.138 0.116 0.009 0.031 0.059 92 L 0.001 0.001 0.830 0.072 0.054 0.004 0.013 0.026 93 V 0.001 0.001 0.760 0.125 0.065 0.005 0.026 0.017 94 Y 0.006 0.003 0.729 0.059 0.083 0.018 0.060 0.043 95 C 0.196 0.009 0.263 0.062 0.098 0.092 0.079 0.201 96 K 0.066 0.006 0.067 0.033 0.053 0.119 0.082 0.574 97 N 0.018 0.008 0.038 0.010 0.043 0.157 0.037 0.689 98 G 0.029 0.019 0.044 0.032 0.074 0.148 0.194 0.459 99 R 0.019 0.092 0.041 0.063 0.062 0.130 0.114 0.478 100 S 0.013 0.530 0.025 0.016 0.028 0.055 0.072 0.262 101 R 0.002 0.956 0.002 0.006 0.005 0.004 0.009 0.018 102 S 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 103 A 0.001 0.807 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.001 104 A 0.001 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.001 105 V 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 106 C 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 107 T 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 108 A 0.002 0.955 0.002 0.003 0.001 0.001 0.034 0.002 109 Y 0.012 0.897 0.011 0.010 0.008 0.004 0.042 0.016 110 L 0.088 0.564 0.025 0.013 0.014 0.036 0.166 0.095 111 M 0.124 0.067 0.131 0.048 0.028 0.051 0.360 0.191 112 R 0.497 0.011 0.007 0.007 0.007 0.032 0.021 0.419 113 H 0.122 0.001 0.002 0.002 0.002 0.042 0.016 0.814 114 R 0.005 0.003 0.003 0.002 0.005 0.135 0.006 0.840 115 G 0.004 0.004 0.002 0.001 0.004 0.078 0.006 0.900 116 H 0.015 0.037 0.009 0.020 0.005 0.109 0.024 0.782 117 S 0.054 0.863 0.003 0.001 0.001 0.010 0.018 0.049 118 L 0.052 0.920 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.013 119 D 0.011 0.908 0.008 0.002 0.001 0.005 0.037 0.029 120 R 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.012 121 A 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.005 122 F 0.014 0.925 0.005 0.001 0.002 0.003 0.039 0.011 123 Q 0.018 0.477 0.016 0.011 0.010 0.018 0.326 0.123 124 M 0.023 0.239 0.031 0.008 0.009 0.033 0.560 0.096 125 V 0.315 0.257 0.032 0.015 0.014 0.041 0.193 0.134 126 K 0.308 0.036 0.011 0.009 0.011 0.052 0.033 0.539 127 S 0.007 0.007 0.007 0.003 0.006 0.063 0.025 0.882 128 A 0.021 0.009 0.027 0.010 0.017 0.175 0.037 0.703 129 R 0.180 0.010 0.029 0.035 0.035 0.148 0.096 0.468 130 P 0.038 0.004 0.014 0.011 0.013 0.089 0.019 0.812 131 V 0.008 0.004 0.114 0.051 0.144 0.121 0.049 0.509 132 A 0.015 0.007 0.053 0.033 0.063 0.110 0.038 0.681 133 E 0.037 0.021 0.104 0.169 0.093 0.123 0.049 0.403 134 P 0.019 0.046 0.016 0.009 0.012 0.081 0.014 0.802 135 N 0.126 0.769 0.003 0.003 0.003 0.015 0.027 0.053 136 L 0.039 0.781 0.005 0.003 0.003 0.026 0.018 0.123 137 G 0.013 0.826 0.005 0.005 0.008 0.013 0.082 0.048 138 F 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 139 W 0.009 0.940 0.002 0.002 0.003 0.003 0.032 0.009 140 A 0.003 0.934 0.004 0.007 0.005 0.003 0.025 0.019 141 Q 0.005 0.957 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 0.012 142 L 0.009 0.967 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 0.005 143 Q 0.012 0.907 0.002 0.002 0.003 0.004 0.048 0.023 144 K 0.008 0.372 0.004 0.002 0.002 0.011 0.551 0.051 145 Y 0.006 0.898 0.001 0.001 0.001 0.003 0.081 0.009 146 E 0.016 0.944 0.002 0.001 0.001 0.003 0.016 0.017 147 Q 0.022 0.833 0.006 0.002 0.002 0.013 0.030 0.091 148 T 0.052 0.659 0.028 0.005 0.004 0.026 0.112 0.114 149 L 0.213 0.401 0.027 0.005 0.004 0.041 0.116 0.193 150 Q 0.281 0.129 0.035 0.005 0.005 0.063 0.124 0.359 151 A 0.142 0.055 0.011 0.003 0.004 0.063 0.043 0.678 152 Q 0.061 0.020 0.015 0.004 0.006 0.078 0.033 0.783 153 A 0.014 0.009 0.032 0.014 0.017 0.140 0.033 0.741 154 I 0.044 0.008 0.021 0.009 0.015 0.109 0.026 0.767 155 L 0.218 0.010 0.026 0.024 0.019 0.120 0.063 0.521 156 P 0.038 0.006 0.015 0.009 0.013 0.103 0.024 0.791 157 R 0.045 0.006 0.013 0.010 0.019 0.087 0.024 0.797 158 E 0.103 0.010 0.015 0.021 0.020 0.132 0.035 0.665 159 P 0.026 0.007 0.017 0.020 0.028 0.140 0.030 0.733 160 I 0.034 0.004 0.008 0.008 0.012 0.090 0.019 0.826 161 D 0.461 0.018 0.007 0.015 0.015 0.073 0.080 0.331 162 P 0.085 0.013 0.006 0.008 0.014 0.101 0.031 0.742 163 E 0.037 0.011 0.011 0.013 0.042 0.103 0.028 0.756