# TARGET T0317 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1764 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.314 0.126 0.059 0.133 0.092 0.076 0.073 0.045 0.041 0.027 0.015 2 G 0.474 0.177 0.048 0.089 0.062 0.044 0.042 0.024 0.019 0.013 0.008 3 T 0.186 0.278 0.103 0.183 0.100 0.059 0.043 0.022 0.015 0.008 0.004 4 S 0.298 0.168 0.048 0.122 0.098 0.081 0.078 0.043 0.034 0.020 0.009 5 E 0.255 0.178 0.094 0.192 0.118 0.073 0.048 0.019 0.013 0.006 0.003 6 A 0.121 0.056 0.030 0.070 0.061 0.063 0.105 0.111 0.157 0.137 0.090 7 A 0.254 0.134 0.048 0.122 0.095 0.088 0.098 0.059 0.053 0.033 0.017 8 P 0.204 0.115 0.042 0.104 0.100 0.097 0.123 0.087 0.070 0.040 0.018 9 P 0.133 0.095 0.032 0.109 0.102 0.106 0.142 0.104 0.095 0.057 0.025 10 P 0.131 0.130 0.042 0.137 0.132 0.121 0.126 0.076 0.060 0.032 0.014 11 F 0.038 0.025 0.015 0.047 0.059 0.079 0.152 0.163 0.197 0.139 0.086 12 A 0.114 0.084 0.049 0.102 0.096 0.097 0.140 0.109 0.106 0.066 0.039 13 R 0.099 0.148 0.093 0.238 0.163 0.106 0.078 0.035 0.023 0.011 0.005 14 V 0.013 0.013 0.009 0.026 0.038 0.068 0.165 0.173 0.205 0.166 0.124 15 A 0.029 0.058 0.033 0.108 0.129 0.139 0.184 0.123 0.102 0.059 0.035 16 P 0.242 0.171 0.105 0.190 0.112 0.068 0.057 0.024 0.017 0.009 0.005 17 A 0.072 0.058 0.039 0.138 0.160 0.160 0.169 0.088 0.061 0.036 0.019 18 L 0.004 0.006 0.004 0.019 0.025 0.041 0.117 0.165 0.233 0.220 0.165 19 F 0.007 0.016 0.014 0.047 0.064 0.101 0.197 0.170 0.175 0.127 0.084 20 I 0.005 0.009 0.018 0.028 0.035 0.053 0.129 0.150 0.213 0.199 0.162 21 G 0.031 0.032 0.023 0.066 0.076 0.096 0.166 0.145 0.154 0.126 0.084 22 N 0.081 0.105 0.051 0.157 0.127 0.108 0.132 0.088 0.076 0.048 0.029 23 A 0.057 0.034 0.021 0.053 0.063 0.084 0.157 0.141 0.160 0.129 0.101 24 R 0.117 0.137 0.077 0.197 0.149 0.110 0.098 0.045 0.037 0.021 0.013 25 A 0.049 0.052 0.032 0.078 0.081 0.101 0.158 0.127 0.145 0.108 0.068 26 A 0.102 0.047 0.043 0.074 0.073 0.089 0.145 0.118 0.129 0.103 0.076 27 G 0.233 0.189 0.107 0.139 0.100 0.072 0.071 0.036 0.028 0.017 0.009 28 A 0.031 0.117 0.042 0.113 0.111 0.114 0.134 0.094 0.106 0.081 0.058 29 T 0.022 0.023 0.019 0.072 0.124 0.162 0.197 0.126 0.127 0.078 0.049 30 E 0.358 0.126 0.200 0.164 0.071 0.034 0.025 0.009 0.007 0.004 0.002 31 L 0.008 0.029 0.055 0.160 0.161 0.183 0.222 0.094 0.052 0.023 0.012 32 L 0.001 0.001 0.003 0.006 0.008 0.017 0.053 0.099 0.206 0.290 0.315 33 V 0.005 0.023 0.119 0.219 0.243 0.188 0.131 0.038 0.019 0.009 0.006 34 R 0.013 0.049 0.635 0.167 0.074 0.035 0.017 0.004 0.003 0.001 0.001 35 A 0.004 0.005 0.005 0.031 0.055 0.135 0.354 0.192 0.116 0.070 0.034 36 G 0.389 0.285 0.078 0.155 0.057 0.021 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.022 0.054 0.176 0.254 0.485 38 T 0.012 0.088 0.078 0.279 0.240 0.165 0.090 0.027 0.012 0.005 0.003 39 L 0.001 0.002 0.002 0.027 0.059 0.115 0.313 0.243 0.158 0.061 0.018 40 C 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.043 0.089 0.168 0.246 0.435 41 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.017 0.089 0.149 0.255 0.259 0.220 42 N 0.004 0.027 0.022 0.133 0.139 0.116 0.197 0.142 0.124 0.064 0.032 43 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.031 0.087 0.218 0.315 0.336 44 S 0.006 0.036 0.028 0.210 0.241 0.189 0.173 0.068 0.033 0.011 0.004 45 R 0.065 0.099 0.042 0.174 0.184 0.153 0.150 0.070 0.038 0.017 0.006 46 Q 0.205 0.199 0.093 0.236 0.126 0.067 0.041 0.015 0.010 0.005 0.003 47 Q 0.142 0.101 0.041 0.141 0.141 0.135 0.147 0.068 0.045 0.026 0.013 48 P 0.492 0.205 0.041 0.090 0.052 0.036 0.036 0.019 0.015 0.010 0.005 49 G 0.312 0.182 0.039 0.109 0.083 0.075 0.081 0.046 0.039 0.022 0.011 50 P 0.307 0.111 0.044 0.096 0.085 0.079 0.086 0.056 0.059 0.045 0.032 51 R 0.214 0.203 0.075 0.195 0.125 0.079 0.053 0.024 0.017 0.009 0.006 52 A 0.128 0.112 0.064 0.139 0.127 0.119 0.118 0.073 0.061 0.038 0.020 53 P 0.253 0.143 0.058 0.135 0.113 0.098 0.096 0.047 0.033 0.017 0.008 54 G 0.262 0.148 0.060 0.145 0.110 0.084 0.086 0.042 0.034 0.019 0.010 55 V 0.016 0.020 0.014 0.063 0.084 0.106 0.168 0.150 0.167 0.131 0.082 56 A 0.055 0.121 0.103 0.291 0.195 0.107 0.070 0.027 0.017 0.009 0.005 57 E 0.008 0.017 0.022 0.072 0.097 0.124 0.195 0.176 0.150 0.093 0.047 58 L 0.011 0.015 0.017 0.067 0.097 0.134 0.233 0.173 0.138 0.079 0.037 59 R 0.048 0.080 0.059 0.196 0.187 0.147 0.143 0.065 0.045 0.021 0.009 60 V 0.007 0.008 0.009 0.020 0.025 0.038 0.113 0.153 0.236 0.222 0.169 61 P 0.148 0.185 0.078 0.201 0.136 0.091 0.081 0.036 0.025 0.013 0.007 62 V 0.017 0.017 0.006 0.023 0.025 0.037 0.101 0.146 0.234 0.225 0.168 63 F 0.058 0.076 0.039 0.143 0.153 0.150 0.162 0.087 0.070 0.039 0.023 64 D 0.044 0.053 0.031 0.090 0.097 0.105 0.166 0.141 0.132 0.087 0.054 65 D 0.132 0.098 0.043 0.116 0.113 0.113 0.147 0.095 0.075 0.046 0.023 66 P 0.243 0.171 0.054 0.131 0.108 0.092 0.084 0.042 0.036 0.025 0.016 67 A 0.104 0.107 0.036 0.102 0.096 0.094 0.133 0.098 0.100 0.074 0.055 68 E 0.385 0.135 0.067 0.132 0.089 0.061 0.058 0.028 0.023 0.014 0.008 69 D 0.297 0.260 0.106 0.177 0.081 0.038 0.024 0.008 0.005 0.002 0.001 70 L 0.034 0.038 0.019 0.053 0.070 0.118 0.204 0.154 0.149 0.103 0.059 71 L 0.032 0.031 0.033 0.107 0.167 0.209 0.213 0.092 0.066 0.033 0.018 72 T 0.165 0.167 0.351 0.170 0.069 0.032 0.024 0.009 0.006 0.004 0.002 73 H 0.003 0.024 0.028 0.082 0.136 0.202 0.254 0.121 0.085 0.044 0.021 74 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.017 0.072 0.121 0.226 0.268 0.280 75 E 0.070 0.084 0.132 0.230 0.218 0.146 0.087 0.019 0.009 0.003 0.001 76 P 0.036 0.102 0.208 0.318 0.174 0.089 0.049 0.013 0.006 0.003 0.001 77 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.035 0.089 0.247 0.310 0.311 78 C 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.075 0.238 0.207 0.209 0.155 0.092 79 A 0.008 0.026 0.666 0.198 0.067 0.021 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.009 0.042 0.159 0.404 0.193 0.110 0.058 0.024 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.038 0.166 0.325 0.461 82 E 0.002 0.005 0.062 0.179 0.245 0.228 0.190 0.049 0.024 0.011 0.004 83 A 0.002 0.027 0.431 0.227 0.149 0.090 0.050 0.013 0.007 0.003 0.002 84 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.021 0.122 0.133 0.227 0.251 0.238 85 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.044 0.222 0.208 0.204 0.153 0.147 86 R 0.011 0.085 0.546 0.191 0.092 0.043 0.021 0.005 0.003 0.001 0.001 87 D 0.169 0.145 0.145 0.259 0.131 0.091 0.049 0.007 0.003 0.001 0.001 88 G 0.820 0.122 0.018 0.031 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 G 0.007 0.021 0.013 0.075 0.140 0.185 0.260 0.144 0.097 0.040 0.017 90 S 0.001 0.012 0.015 0.105 0.232 0.307 0.214 0.067 0.031 0.012 0.004 91 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.071 0.164 0.251 0.270 0.227 92 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.043 0.176 0.214 0.207 0.177 0.162 93 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.067 0.173 0.315 0.421 94 Y 0.001 0.002 0.001 0.013 0.026 0.042 0.123 0.180 0.260 0.219 0.134 95 C 0.001 0.002 0.001 0.010 0.016 0.029 0.079 0.148 0.238 0.240 0.237 96 K 0.026 0.054 0.030 0.211 0.216 0.164 0.147 0.074 0.047 0.022 0.011 97 N 0.042 0.056 0.024 0.144 0.156 0.155 0.184 0.110 0.072 0.038 0.020 98 G 0.219 0.115 0.037 0.130 0.104 0.085 0.087 0.062 0.065 0.056 0.040 99 R 0.055 0.096 0.038 0.182 0.175 0.152 0.142 0.065 0.049 0.029 0.018 100 S 0.039 0.067 0.028 0.083 0.102 0.118 0.159 0.122 0.126 0.092 0.064 101 R 0.013 0.019 0.010 0.056 0.096 0.145 0.221 0.154 0.142 0.087 0.055 102 S 0.017 0.023 0.015 0.057 0.080 0.106 0.200 0.157 0.162 0.113 0.071 103 A 0.002 0.005 0.004 0.024 0.051 0.090 0.173 0.168 0.198 0.162 0.123 104 A 0.001 0.002 0.004 0.008 0.009 0.017 0.070 0.113 0.234 0.265 0.278 105 V 0.001 0.001 0.006 0.011 0.010 0.018 0.077 0.117 0.234 0.280 0.245 106 C 0.001 0.001 0.010 0.009 0.010 0.015 0.067 0.120 0.231 0.275 0.262 107 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.042 0.091 0.218 0.300 0.337 108 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.011 0.058 0.112 0.230 0.295 0.286 109 Y 0.001 0.001 0.005 0.010 0.019 0.057 0.215 0.199 0.220 0.178 0.098 110 L 0.001 0.001 0.004 0.011 0.017 0.041 0.174 0.197 0.222 0.188 0.145 111 M 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.010 0.046 0.094 0.229 0.311 0.301 112 R 0.001 0.002 0.009 0.052 0.115 0.172 0.287 0.177 0.112 0.051 0.024 113 H 0.003 0.020 0.064 0.090 0.139 0.199 0.220 0.109 0.090 0.042 0.024 114 R 0.027 0.029 0.029 0.104 0.138 0.216 0.289 0.088 0.049 0.023 0.009 115 G 0.781 0.111 0.019 0.050 0.017 0.008 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 116 H 0.002 0.006 0.004 0.026 0.050 0.086 0.248 0.250 0.181 0.103 0.043 117 S 0.032 0.759 0.048 0.091 0.037 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 118 L 0.010 0.008 0.005 0.046 0.133 0.203 0.240 0.152 0.111 0.058 0.034 119 D 0.655 0.176 0.037 0.060 0.038 0.018 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 120 R 0.002 0.044 0.067 0.581 0.208 0.071 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.074 0.209 0.296 0.392 122 F 0.001 0.001 0.005 0.015 0.048 0.174 0.328 0.197 0.133 0.071 0.028 123 Q 0.001 0.011 0.690 0.202 0.059 0.021 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 124 M 0.001 0.001 0.005 0.027 0.088 0.262 0.406 0.125 0.055 0.024 0.008 125 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.061 0.227 0.353 0.339 126 K 0.001 0.005 0.029 0.100 0.207 0.254 0.255 0.091 0.040 0.015 0.004 127 S 0.008 0.049 0.660 0.159 0.070 0.033 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 128 A 0.008 0.015 0.018 0.050 0.098 0.220 0.364 0.125 0.065 0.028 0.009 129 R 0.015 0.012 0.007 0.020 0.026 0.056 0.183 0.201 0.228 0.168 0.084 130 P 0.198 0.247 0.145 0.140 0.078 0.056 0.054 0.030 0.025 0.016 0.009 131 V 0.250 0.115 0.056 0.139 0.113 0.111 0.107 0.052 0.035 0.017 0.006 132 A 0.097 0.047 0.013 0.037 0.037 0.049 0.107 0.125 0.190 0.168 0.130 133 E 0.127 0.146 0.077 0.187 0.153 0.108 0.090 0.047 0.035 0.019 0.011 134 P 0.115 0.115 0.060 0.109 0.105 0.115 0.131 0.086 0.080 0.056 0.029 135 N 0.083 0.267 0.068 0.159 0.123 0.100 0.092 0.052 0.035 0.016 0.006 136 L 0.317 0.101 0.056 0.154 0.132 0.099 0.080 0.031 0.018 0.009 0.003 137 G 0.271 0.181 0.075 0.152 0.100 0.067 0.070 0.037 0.027 0.012 0.006 138 F 0.001 0.002 0.003 0.016 0.034 0.085 0.228 0.234 0.220 0.122 0.056 139 W 0.002 0.003 0.014 0.043 0.092 0.157 0.280 0.178 0.134 0.069 0.028 140 A 0.010 0.035 0.455 0.214 0.131 0.080 0.050 0.014 0.007 0.002 0.001 141 Q 0.001 0.002 0.023 0.045 0.074 0.136 0.287 0.177 0.154 0.076 0.026 142 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.082 0.215 0.335 0.331 143 Q 0.001 0.002 0.152 0.230 0.271 0.172 0.126 0.030 0.012 0.004 0.001 144 K 0.001 0.015 0.352 0.234 0.196 0.124 0.058 0.013 0.005 0.001 0.001 145 Y 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.028 0.176 0.204 0.272 0.209 0.099 146 E 0.001 0.002 0.014 0.021 0.038 0.091 0.335 0.226 0.170 0.081 0.022 147 Q 0.008 0.032 0.695 0.173 0.060 0.020 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 148 T 0.011 0.044 0.201 0.158 0.160 0.190 0.168 0.042 0.019 0.006 0.002 149 L 0.003 0.003 0.008 0.009 0.013 0.035 0.144 0.180 0.262 0.222 0.121 150 Q 0.026 0.068 0.178 0.209 0.204 0.147 0.114 0.033 0.015 0.005 0.002 151 A 0.062 0.105 0.494 0.162 0.079 0.048 0.029 0.010 0.007 0.003 0.001 152 Q 0.144 0.135 0.104 0.150 0.125 0.124 0.125 0.046 0.029 0.014 0.006 153 A 0.188 0.120 0.075 0.104 0.085 0.091 0.131 0.076 0.067 0.041 0.021 154 I 0.121 0.132 0.096 0.135 0.120 0.104 0.119 0.066 0.056 0.034 0.018 155 L 0.116 0.107 0.067 0.111 0.098 0.107 0.140 0.089 0.085 0.052 0.027 156 P 0.271 0.161 0.061 0.118 0.093 0.085 0.093 0.049 0.037 0.020 0.011 157 R 0.329 0.168 0.069 0.148 0.105 0.070 0.055 0.026 0.017 0.009 0.005 158 E 0.256 0.199 0.064 0.132 0.107 0.083 0.071 0.037 0.028 0.016 0.008 159 P 0.354 0.174 0.066 0.142 0.093 0.063 0.048 0.024 0.019 0.011 0.006 160 I 0.185 0.093 0.043 0.084 0.087 0.098 0.138 0.094 0.088 0.058 0.033 161 D 0.203 0.276 0.088 0.179 0.094 0.057 0.047 0.025 0.017 0.009 0.004 162 P 0.516 0.129 0.035 0.089 0.071 0.056 0.047 0.024 0.018 0.011 0.005 163 E 0.592 0.208 0.046 0.078 0.037 0.019 0.011 0.004 0.003 0.002 0.001