# TARGET T0317 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1764 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.016 0.004 0.019 0.019 0.037 0.039 0.003 0.001 0.002 0.823 2 G 0.050 0.008 0.003 0.016 0.020 0.025 0.076 0.002 0.001 0.004 0.796 3 T 0.101 0.009 0.008 0.016 0.012 0.021 0.123 0.001 0.001 0.006 0.702 4 S 0.022 0.008 0.001 0.018 0.015 0.015 0.091 0.001 0.001 0.001 0.828 5 E 0.093 0.019 0.001 0.031 0.021 0.027 0.134 0.001 0.001 0.006 0.666 6 A 0.248 0.037 0.003 0.026 0.018 0.044 0.171 0.002 0.001 0.010 0.440 7 A 0.173 0.033 0.007 0.045 0.020 0.048 0.064 0.004 0.001 0.004 0.602 8 P 0.046 0.004 0.003 0.014 0.004 0.010 0.020 0.001 0.001 0.001 0.897 9 P 0.020 0.001 0.002 0.010 0.003 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.948 10 P 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.972 11 F 0.028 0.001 0.001 0.021 0.004 0.009 0.045 0.001 0.001 0.001 0.889 12 A 0.148 0.011 0.001 0.044 0.012 0.025 0.114 0.001 0.001 0.003 0.642 13 R 0.272 0.036 0.001 0.056 0.015 0.023 0.102 0.002 0.001 0.004 0.491 14 V 0.331 0.085 0.006 0.073 0.019 0.042 0.060 0.002 0.001 0.006 0.375 15 A 0.084 0.052 0.006 0.118 0.085 0.147 0.093 0.003 0.001 0.004 0.407 16 P 0.003 0.001 0.001 0.007 0.004 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.973 17 A 0.028 0.005 0.001 0.064 0.050 0.094 0.129 0.002 0.001 0.004 0.622 18 L 0.398 0.017 0.004 0.072 0.041 0.058 0.073 0.003 0.001 0.014 0.321 19 F 0.108 0.082 0.004 0.166 0.093 0.128 0.111 0.003 0.001 0.004 0.299 20 I 0.040 0.035 0.004 0.144 0.077 0.144 0.080 0.002 0.001 0.004 0.471 21 G 0.067 0.033 0.003 0.151 0.070 0.145 0.145 0.003 0.001 0.007 0.375 22 N 0.067 0.017 0.009 0.026 0.020 0.032 0.133 0.002 0.001 0.007 0.687 23 A 0.040 0.019 0.010 0.034 0.021 0.039 0.137 0.001 0.001 0.008 0.691 24 R 0.041 0.019 0.003 0.030 0.028 0.053 0.246 0.001 0.001 0.011 0.568 25 A 0.130 0.067 0.003 0.019 0.020 0.030 0.143 0.002 0.001 0.007 0.579 26 A 0.135 0.236 0.004 0.022 0.019 0.033 0.067 0.004 0.001 0.006 0.475 27 G 0.161 0.210 0.006 0.013 0.016 0.031 0.143 0.006 0.001 0.010 0.403 28 A 0.162 0.244 0.012 0.008 0.011 0.023 0.119 0.008 0.001 0.006 0.405 29 T 0.069 0.385 0.010 0.010 0.006 0.011 0.048 0.007 0.001 0.003 0.453 30 E 0.016 0.355 0.002 0.003 0.003 0.004 0.107 0.002 0.001 0.002 0.505 31 L 0.040 0.522 0.001 0.002 0.004 0.005 0.126 0.003 0.001 0.002 0.294 32 L 0.058 0.844 0.001 0.003 0.004 0.008 0.023 0.003 0.001 0.001 0.055 33 V 0.032 0.913 0.001 0.002 0.003 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.037 34 R 0.066 0.850 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.072 35 A 0.131 0.543 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.191 0.001 0.001 0.125 36 G 0.619 0.074 0.008 0.002 0.005 0.002 0.005 0.188 0.001 0.002 0.096 37 I 0.016 0.004 0.861 0.009 0.003 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.098 38 T 0.003 0.001 0.020 0.312 0.085 0.113 0.083 0.001 0.001 0.001 0.382 39 L 0.012 0.001 0.005 0.693 0.065 0.088 0.024 0.001 0.001 0.002 0.111 40 C 0.001 0.001 0.001 0.748 0.064 0.107 0.025 0.001 0.001 0.001 0.053 41 V 0.001 0.001 0.001 0.840 0.060 0.061 0.007 0.001 0.001 0.001 0.029 42 N 0.001 0.001 0.001 0.712 0.067 0.112 0.024 0.001 0.001 0.001 0.082 43 V 0.004 0.002 0.001 0.501 0.142 0.200 0.032 0.001 0.001 0.003 0.115 44 S 0.009 0.004 0.001 0.238 0.152 0.254 0.182 0.001 0.001 0.007 0.152 45 R 0.026 0.004 0.002 0.081 0.046 0.083 0.098 0.001 0.001 0.010 0.649 46 Q 0.102 0.009 0.006 0.064 0.041 0.078 0.241 0.003 0.001 0.020 0.436 47 Q 0.162 0.005 0.010 0.019 0.024 0.039 0.134 0.002 0.001 0.011 0.595 48 P 0.003 0.001 0.002 0.005 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.973 49 G 0.021 0.001 0.001 0.015 0.014 0.028 0.115 0.001 0.001 0.001 0.805 50 P 0.037 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.947 51 R 0.033 0.006 0.001 0.023 0.018 0.046 0.100 0.001 0.001 0.002 0.771 52 A 0.272 0.007 0.001 0.015 0.007 0.022 0.056 0.001 0.001 0.005 0.613 53 P 0.025 0.008 0.001 0.012 0.005 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.929 54 G 0.119 0.009 0.001 0.029 0.030 0.042 0.130 0.001 0.001 0.007 0.632 55 V 0.251 0.029 0.011 0.064 0.053 0.105 0.083 0.001 0.001 0.010 0.393 56 A 0.022 0.038 0.002 0.244 0.205 0.183 0.065 0.001 0.001 0.001 0.240 57 E 0.039 0.019 0.002 0.101 0.105 0.214 0.069 0.001 0.001 0.004 0.447 58 L 0.024 0.012 0.001 0.351 0.188 0.331 0.033 0.002 0.001 0.002 0.055 59 R 0.032 0.013 0.010 0.142 0.073 0.134 0.066 0.006 0.001 0.005 0.518 60 V 0.018 0.003 0.008 0.192 0.290 0.245 0.046 0.002 0.001 0.003 0.193 61 P 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.976 62 V 0.005 0.001 0.001 0.090 0.055 0.117 0.145 0.001 0.001 0.003 0.583 63 F 0.041 0.001 0.001 0.037 0.013 0.035 0.078 0.001 0.001 0.009 0.786 64 D 0.095 0.004 0.001 0.046 0.015 0.030 0.204 0.001 0.001 0.011 0.593 65 D 0.231 0.002 0.002 0.020 0.004 0.006 0.152 0.001 0.001 0.012 0.571 66 P 0.033 0.001 0.002 0.009 0.002 0.002 0.071 0.001 0.001 0.003 0.876 67 A 0.053 0.002 0.002 0.007 0.005 0.013 0.402 0.001 0.001 0.010 0.505 68 E 0.052 0.008 0.001 0.007 0.003 0.006 0.082 0.001 0.001 0.004 0.835 69 D 0.032 0.025 0.001 0.005 0.005 0.005 0.161 0.001 0.001 0.003 0.764 70 L 0.133 0.073 0.001 0.004 0.008 0.015 0.261 0.001 0.001 0.013 0.490 71 L 0.162 0.406 0.001 0.012 0.010 0.015 0.119 0.003 0.001 0.008 0.264 72 T 0.089 0.566 0.002 0.003 0.002 0.005 0.088 0.003 0.001 0.003 0.240 73 H 0.176 0.591 0.002 0.003 0.004 0.003 0.014 0.014 0.001 0.001 0.192 74 L 0.308 0.599 0.014 0.002 0.001 0.003 0.010 0.005 0.001 0.003 0.056 75 E 0.043 0.675 0.022 0.009 0.003 0.016 0.021 0.011 0.001 0.001 0.200 76 P 0.006 0.112 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.876 77 T 0.088 0.589 0.001 0.004 0.003 0.005 0.026 0.010 0.001 0.001 0.272 78 C 0.068 0.847 0.001 0.003 0.001 0.003 0.014 0.005 0.001 0.001 0.058 79 A 0.009 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.036 80 A 0.016 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.034 81 M 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 82 E 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 83 A 0.012 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.025 84 A 0.064 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.020 85 V 0.120 0.824 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 0.022 86 R 0.072 0.693 0.031 0.002 0.003 0.008 0.008 0.044 0.001 0.001 0.139 87 D 0.136 0.190 0.004 0.006 0.005 0.005 0.009 0.176 0.001 0.001 0.468 88 G 0.409 0.020 0.007 0.007 0.003 0.002 0.032 0.077 0.001 0.005 0.436 89 G 0.098 0.001 0.187 0.015 0.003 0.003 0.045 0.003 0.001 0.005 0.640 90 S 0.011 0.001 0.104 0.102 0.015 0.014 0.091 0.001 0.001 0.002 0.661 91 C 0.004 0.001 0.006 0.546 0.064 0.069 0.051 0.001 0.001 0.001 0.260 92 L 0.001 0.001 0.001 0.753 0.071 0.111 0.022 0.001 0.001 0.001 0.041 93 V 0.001 0.001 0.001 0.855 0.061 0.064 0.005 0.001 0.001 0.001 0.015 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.871 0.030 0.062 0.006 0.001 0.001 0.001 0.030 95 C 0.001 0.001 0.001 0.722 0.077 0.138 0.014 0.001 0.001 0.001 0.048 96 K 0.002 0.001 0.001 0.277 0.108 0.280 0.082 0.001 0.001 0.005 0.245 97 N 0.010 0.002 0.001 0.052 0.061 0.157 0.223 0.001 0.001 0.012 0.482 98 G 0.248 0.005 0.001 0.027 0.058 0.028 0.101 0.006 0.001 0.035 0.491 99 R 0.323 0.017 0.077 0.010 0.017 0.018 0.163 0.001 0.001 0.025 0.348 100 S 0.007 0.006 0.005 0.017 0.065 0.066 0.146 0.001 0.001 0.002 0.684 101 R 0.023 0.007 0.003 0.044 0.039 0.090 0.078 0.001 0.001 0.005 0.711 102 S 0.031 0.011 0.003 0.052 0.044 0.097 0.164 0.001 0.001 0.007 0.589 103 A 0.050 0.019 0.006 0.158 0.068 0.119 0.138 0.001 0.001 0.010 0.431 104 A 0.020 0.055 0.003 0.138 0.032 0.082 0.206 0.001 0.001 0.004 0.459 105 V 0.010 0.277 0.001 0.230 0.061 0.082 0.092 0.001 0.001 0.002 0.243 106 C 0.004 0.677 0.001 0.045 0.012 0.022 0.047 0.001 0.001 0.001 0.192 107 T 0.003 0.907 0.001 0.006 0.005 0.016 0.015 0.001 0.001 0.001 0.047 108 A 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 109 Y 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 110 L 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 111 M 0.018 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 112 R 0.007 0.970 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.005 113 H 0.107 0.767 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.082 114 R 0.107 0.566 0.019 0.004 0.003 0.002 0.004 0.149 0.001 0.001 0.145 115 G 0.386 0.047 0.016 0.004 0.001 0.001 0.010 0.245 0.001 0.003 0.288 116 H 0.040 0.003 0.908 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.040 117 S 0.016 0.003 0.005 0.019 0.002 0.002 0.258 0.002 0.001 0.001 0.693 118 L 0.004 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.980 119 D 0.001 0.006 0.001 0.013 0.001 0.002 0.389 0.001 0.001 0.001 0.586 120 R 0.017 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.773 0.001 0.001 0.015 0.181 121 A 0.066 0.780 0.001 0.005 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.115 122 F 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 123 Q 0.011 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 124 M 0.011 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 125 V 0.011 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 126 K 0.034 0.944 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 127 S 0.051 0.804 0.014 0.001 0.001 0.003 0.004 0.065 0.001 0.001 0.057 128 A 0.372 0.423 0.010 0.002 0.002 0.001 0.002 0.102 0.001 0.001 0.086 129 R 0.318 0.194 0.149 0.014 0.008 0.007 0.018 0.032 0.001 0.002 0.259 130 P 0.003 0.003 0.039 0.007 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.938 131 V 0.033 0.004 0.003 0.137 0.043 0.068 0.074 0.004 0.001 0.002 0.632 132 A 0.298 0.010 0.007 0.078 0.012 0.025 0.041 0.003 0.001 0.006 0.520 133 E 0.093 0.017 0.005 0.208 0.072 0.090 0.111 0.003 0.001 0.003 0.400 134 P 0.002 0.001 0.001 0.017 0.002 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.963 135 N 0.017 0.001 0.001 0.077 0.013 0.036 0.321 0.001 0.001 0.004 0.531 136 L 0.041 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.052 0.001 0.001 0.005 0.888 137 G 0.020 0.008 0.001 0.007 0.003 0.004 0.349 0.001 0.001 0.003 0.605 138 F 0.187 0.040 0.001 0.009 0.003 0.007 0.331 0.001 0.001 0.017 0.404 139 W 0.077 0.535 0.001 0.010 0.004 0.008 0.085 0.001 0.001 0.003 0.276 140 A 0.025 0.657 0.001 0.001 0.002 0.004 0.051 0.001 0.001 0.001 0.258 141 Q 0.027 0.843 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.115 142 L 0.018 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 143 Q 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 144 K 0.015 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.039 145 Y 0.015 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.020 146 E 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 147 Q 0.007 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.034 148 T 0.021 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 149 L 0.025 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.017 150 Q 0.034 0.903 0.010 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.040 151 A 0.044 0.844 0.014 0.001 0.001 0.003 0.006 0.015 0.001 0.001 0.071 152 Q 0.196 0.591 0.005 0.004 0.004 0.003 0.004 0.059 0.001 0.001 0.133 153 A 0.295 0.303 0.032 0.007 0.007 0.006 0.022 0.067 0.001 0.003 0.258 154 I 0.129 0.180 0.126 0.042 0.020 0.028 0.037 0.048 0.001 0.003 0.387 155 L 0.160 0.045 0.032 0.068 0.035 0.058 0.074 0.016 0.001 0.003 0.511 156 P 0.003 0.001 0.003 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.983 157 R 0.015 0.001 0.002 0.065 0.017 0.037 0.075 0.001 0.001 0.002 0.786 158 E 0.277 0.002 0.003 0.039 0.009 0.017 0.076 0.001 0.001 0.007 0.570 159 P 0.011 0.001 0.001 0.012 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.962 160 I 0.034 0.001 0.001 0.082 0.016 0.042 0.143 0.001 0.001 0.004 0.676 161 D 0.222 0.002 0.001 0.033 0.011 0.018 0.135 0.001 0.001 0.006 0.573 162 P 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.980 163 E 0.013 0.001 0.001 0.015 0.009 0.024 0.316 0.001 0.001 0.005 0.616