# TARGET T0317 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1764 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.003 0.011 0.011 0.015 0.024 0.002 0.927 2 G 0.030 0.010 0.031 0.042 0.061 0.074 0.010 0.742 3 T 0.050 0.003 0.017 0.011 0.019 0.046 0.004 0.850 4 S 0.012 0.003 0.015 0.019 0.020 0.042 0.002 0.886 5 E 0.080 0.009 0.031 0.038 0.065 0.144 0.010 0.624 6 A 0.200 0.017 0.054 0.034 0.067 0.136 0.015 0.477 7 A 0.117 0.021 0.058 0.063 0.102 0.100 0.014 0.524 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 10 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.992 11 F 0.066 0.004 0.013 0.022 0.061 0.056 0.003 0.774 12 A 0.194 0.024 0.027 0.051 0.053 0.098 0.006 0.547 13 R 0.303 0.034 0.028 0.031 0.043 0.079 0.011 0.471 14 V 0.287 0.069 0.069 0.039 0.074 0.087 0.018 0.356 15 A 0.075 0.093 0.086 0.110 0.139 0.078 0.010 0.408 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 17 A 0.033 0.025 0.043 0.059 0.117 0.083 0.013 0.628 18 L 0.452 0.046 0.107 0.056 0.050 0.033 0.028 0.229 19 F 0.134 0.054 0.267 0.124 0.133 0.067 0.022 0.199 20 I 0.067 0.043 0.314 0.097 0.132 0.044 0.007 0.296 21 G 0.044 0.038 0.206 0.083 0.115 0.075 0.012 0.427 22 N 0.056 0.016 0.069 0.025 0.043 0.117 0.013 0.660 23 A 0.049 0.026 0.087 0.020 0.048 0.086 0.008 0.676 24 R 0.035 0.034 0.029 0.020 0.039 0.275 0.008 0.560 25 A 0.095 0.088 0.020 0.013 0.028 0.331 0.013 0.412 26 A 0.150 0.390 0.023 0.014 0.027 0.069 0.008 0.318 27 G 0.097 0.312 0.022 0.019 0.020 0.101 0.024 0.406 28 A 0.211 0.262 0.031 0.013 0.018 0.095 0.027 0.344 29 T 0.095 0.331 0.021 0.011 0.025 0.040 0.012 0.465 30 E 0.034 0.293 0.018 0.011 0.025 0.143 0.007 0.469 31 L 0.034 0.597 0.009 0.008 0.014 0.101 0.005 0.231 32 L 0.035 0.851 0.005 0.005 0.012 0.018 0.004 0.070 33 V 0.009 0.942 0.002 0.003 0.006 0.005 0.003 0.030 34 R 0.011 0.951 0.003 0.003 0.003 0.003 0.005 0.021 35 A 0.053 0.854 0.007 0.011 0.006 0.003 0.038 0.028 36 G 0.755 0.023 0.005 0.007 0.004 0.004 0.166 0.035 37 I 0.075 0.012 0.774 0.027 0.018 0.020 0.015 0.058 38 T 0.006 0.009 0.508 0.191 0.123 0.033 0.005 0.126 39 L 0.004 0.002 0.534 0.056 0.097 0.028 0.002 0.276 40 C 0.001 0.001 0.883 0.042 0.053 0.006 0.001 0.014 41 V 0.001 0.001 0.900 0.055 0.029 0.003 0.001 0.012 42 N 0.001 0.001 0.619 0.098 0.172 0.013 0.001 0.094 43 V 0.003 0.001 0.600 0.079 0.151 0.032 0.001 0.133 44 S 0.007 0.003 0.126 0.081 0.168 0.357 0.004 0.254 45 R 0.060 0.004 0.048 0.028 0.080 0.119 0.014 0.648 46 Q 0.070 0.009 0.025 0.014 0.030 0.285 0.023 0.545 47 Q 0.155 0.008 0.013 0.017 0.021 0.166 0.019 0.600 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 49 G 0.010 0.002 0.005 0.017 0.030 0.061 0.003 0.873 50 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 51 R 0.037 0.005 0.008 0.019 0.057 0.092 0.005 0.777 52 A 0.199 0.006 0.014 0.019 0.023 0.059 0.004 0.677 53 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 54 G 0.117 0.007 0.027 0.059 0.123 0.156 0.009 0.503 55 V 0.342 0.017 0.090 0.097 0.095 0.066 0.009 0.284 56 A 0.042 0.020 0.077 0.269 0.299 0.051 0.008 0.234 57 E 0.052 0.011 0.083 0.135 0.254 0.054 0.004 0.406 58 L 0.020 0.011 0.191 0.355 0.336 0.023 0.005 0.059 59 R 0.016 0.010 0.094 0.145 0.246 0.028 0.009 0.452 60 V 0.010 0.002 0.288 0.319 0.267 0.014 0.004 0.096 61 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.993 62 V 0.007 0.001 0.095 0.089 0.357 0.065 0.002 0.385 63 F 0.025 0.003 0.044 0.038 0.056 0.104 0.003 0.727 64 D 0.085 0.007 0.034 0.027 0.058 0.099 0.012 0.678 65 D 0.206 0.006 0.032 0.018 0.022 0.144 0.007 0.564 66 P 0.007 0.001 0.004 0.001 0.002 0.041 0.001 0.943 67 A 0.051 0.009 0.022 0.012 0.038 0.490 0.006 0.372 68 E 0.062 0.032 0.018 0.006 0.014 0.176 0.005 0.689 69 D 0.040 0.080 0.010 0.007 0.016 0.130 0.005 0.712 70 L 0.173 0.123 0.013 0.005 0.015 0.126 0.011 0.534 71 L 0.150 0.218 0.016 0.006 0.020 0.252 0.014 0.325 72 T 0.121 0.269 0.008 0.006 0.014 0.209 0.015 0.358 73 H 0.173 0.368 0.004 0.002 0.004 0.079 0.012 0.357 74 L 0.159 0.520 0.011 0.002 0.005 0.046 0.016 0.242 75 E 0.021 0.653 0.009 0.002 0.004 0.037 0.004 0.269 76 P 0.003 0.181 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.802 77 T 0.012 0.828 0.002 0.001 0.002 0.022 0.002 0.130 78 C 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 79 A 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 80 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 81 M 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 82 E 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 83 A 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 84 A 0.042 0.923 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.018 85 V 0.049 0.889 0.005 0.005 0.005 0.002 0.013 0.032 86 R 0.057 0.605 0.043 0.021 0.029 0.019 0.039 0.187 87 D 0.078 0.249 0.020 0.014 0.015 0.037 0.070 0.516 88 G 0.315 0.065 0.017 0.012 0.004 0.020 0.227 0.340 89 G 0.350 0.007 0.242 0.030 0.010 0.082 0.112 0.167 90 S 0.013 0.001 0.220 0.025 0.026 0.097 0.004 0.614 91 C 0.009 0.001 0.381 0.159 0.242 0.068 0.002 0.139 92 L 0.006 0.001 0.449 0.136 0.212 0.042 0.001 0.154 93 V 0.001 0.001 0.647 0.130 0.175 0.009 0.001 0.037 94 Y 0.001 0.001 0.424 0.148 0.230 0.018 0.001 0.177 95 C 0.002 0.002 0.344 0.146 0.371 0.034 0.001 0.099 96 K 0.008 0.011 0.175 0.126 0.263 0.154 0.003 0.262 97 N 0.031 0.023 0.154 0.097 0.196 0.126 0.017 0.356 98 G 0.224 0.010 0.040 0.029 0.038 0.104 0.044 0.512 99 R 0.145 0.019 0.136 0.036 0.035 0.129 0.020 0.479 100 S 0.016 0.032 0.040 0.043 0.052 0.098 0.009 0.710 101 R 0.056 0.047 0.037 0.028 0.063 0.154 0.013 0.602 102 S 0.037 0.067 0.035 0.021 0.025 0.245 0.010 0.561 103 A 0.044 0.226 0.053 0.040 0.030 0.159 0.011 0.438 104 A 0.036 0.344 0.034 0.030 0.031 0.164 0.006 0.356 105 V 0.033 0.459 0.026 0.044 0.071 0.192 0.005 0.169 106 C 0.005 0.905 0.006 0.021 0.024 0.014 0.001 0.024 107 T 0.001 0.970 0.002 0.009 0.010 0.002 0.001 0.005 108 A 0.001 0.982 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.003 109 Y 0.001 0.988 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 110 L 0.002 0.991 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 111 M 0.006 0.981 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.003 112 R 0.023 0.949 0.002 0.002 0.002 0.001 0.013 0.007 113 H 0.041 0.906 0.009 0.003 0.003 0.002 0.020 0.016 114 R 0.089 0.677 0.019 0.007 0.006 0.009 0.077 0.116 115 G 0.477 0.090 0.022 0.006 0.004 0.011 0.134 0.256 116 H 0.222 0.036 0.380 0.011 0.008 0.056 0.022 0.264 117 S 0.015 0.018 0.026 0.006 0.008 0.246 0.004 0.678 118 L 0.019 0.035 0.025 0.004 0.018 0.036 0.002 0.861 119 D 0.006 0.025 0.005 0.001 0.003 0.451 0.001 0.507 120 R 0.016 0.030 0.001 0.001 0.001 0.804 0.001 0.148 121 A 0.008 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 122 F 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 123 Q 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 124 M 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 125 V 0.009 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 126 K 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 127 S 0.020 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.023 128 A 0.137 0.640 0.016 0.003 0.003 0.004 0.125 0.073 129 R 0.239 0.398 0.051 0.021 0.012 0.019 0.053 0.208 130 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 131 V 0.036 0.023 0.099 0.066 0.092 0.093 0.012 0.579 132 A 0.289 0.025 0.104 0.013 0.020 0.043 0.019 0.486 133 E 0.097 0.025 0.209 0.075 0.054 0.062 0.009 0.469 134 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 135 N 0.014 0.009 0.025 0.015 0.051 0.332 0.003 0.550 136 L 0.045 0.016 0.011 0.003 0.011 0.042 0.003 0.869 137 G 0.016 0.027 0.003 0.002 0.003 0.300 0.002 0.646 138 F 0.060 0.059 0.001 0.001 0.002 0.647 0.003 0.227 139 W 0.014 0.933 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.045 140 A 0.001 0.966 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.025 141 Q 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 142 L 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 143 Q 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 144 K 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 145 Y 0.008 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 146 E 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 147 Q 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 148 T 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 149 L 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 150 Q 0.018 0.939 0.003 0.002 0.002 0.004 0.007 0.026 151 A 0.066 0.821 0.007 0.003 0.003 0.008 0.024 0.069 152 Q 0.183 0.645 0.011 0.004 0.003 0.008 0.052 0.095 153 A 0.241 0.391 0.032 0.011 0.007 0.017 0.077 0.224 154 I 0.129 0.152 0.118 0.022 0.023 0.050 0.056 0.449 155 L 0.080 0.062 0.086 0.051 0.050 0.057 0.012 0.603 156 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 157 R 0.021 0.008 0.025 0.015 0.034 0.070 0.008 0.819 158 E 0.242 0.008 0.030 0.020 0.017 0.084 0.009 0.590 159 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 160 I 0.021 0.002 0.013 0.016 0.046 0.070 0.003 0.830 161 D 0.150 0.005 0.013 0.017 0.020 0.113 0.005 0.677 162 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 163 E 0.018 0.003 0.007 0.011 0.032 0.468 0.002 0.460