# TARGET T0317 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1764 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.986 2 G 0.028 0.017 0.003 0.008 0.010 0.053 0.881 3 T 0.067 0.019 0.011 0.019 0.100 0.025 0.759 4 S 0.142 0.010 0.043 0.023 0.101 0.062 0.619 5 E 0.253 0.027 0.066 0.038 0.163 0.052 0.401 6 A 0.204 0.027 0.019 0.015 0.141 0.031 0.562 7 A 0.089 0.026 0.007 0.006 0.165 0.033 0.674 8 P 0.038 0.030 0.006 0.004 0.132 0.037 0.753 9 P 0.033 0.010 0.006 0.005 0.184 0.035 0.727 10 P 0.056 0.042 0.023 0.018 0.105 0.081 0.676 11 F 0.083 0.021 0.190 0.115 0.074 0.065 0.453 12 A 0.107 0.012 0.343 0.144 0.095 0.075 0.223 13 R 0.219 0.015 0.312 0.179 0.066 0.084 0.126 14 V 0.419 0.048 0.080 0.100 0.107 0.056 0.190 15 A 0.214 0.014 0.027 0.020 0.103 0.018 0.605 16 P 0.084 0.003 0.111 0.058 0.140 0.445 0.159 17 A 0.203 0.009 0.108 0.047 0.104 0.450 0.079 18 L 0.604 0.020 0.040 0.029 0.053 0.063 0.191 19 F 0.760 0.035 0.012 0.027 0.019 0.025 0.122 20 I 0.691 0.030 0.015 0.030 0.044 0.042 0.148 21 G 0.262 0.013 0.016 0.019 0.231 0.182 0.277 22 N 0.141 0.017 0.013 0.018 0.273 0.126 0.411 23 A 0.118 0.031 0.054 0.087 0.203 0.098 0.409 24 R 0.084 0.020 0.113 0.148 0.118 0.124 0.393 25 A 0.085 0.025 0.157 0.184 0.103 0.145 0.302 26 A 0.038 0.014 0.173 0.234 0.090 0.249 0.203 27 G 0.026 0.009 0.083 0.233 0.095 0.395 0.158 28 A 0.038 0.009 0.056 0.299 0.093 0.136 0.369 29 T 0.010 0.001 0.024 0.786 0.031 0.030 0.117 30 E 0.001 0.001 0.007 0.942 0.008 0.013 0.029 31 L 0.001 0.001 0.003 0.982 0.003 0.004 0.007 32 L 0.002 0.001 0.003 0.988 0.002 0.003 0.002 33 V 0.002 0.001 0.004 0.983 0.001 0.008 0.002 34 R 0.003 0.001 0.007 0.918 0.007 0.061 0.004 35 A 0.001 0.001 0.002 0.211 0.013 0.770 0.003 36 G 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 0.968 0.017 37 I 0.041 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.952 38 T 0.537 0.001 0.001 0.001 0.217 0.001 0.244 39 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 40 C 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 41 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 42 N 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 43 V 0.628 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 0.348 44 S 0.359 0.010 0.004 0.002 0.189 0.023 0.413 45 R 0.216 0.040 0.009 0.003 0.239 0.054 0.440 46 Q 0.102 0.015 0.014 0.003 0.307 0.077 0.481 47 Q 0.032 0.016 0.007 0.002 0.412 0.019 0.512 48 P 0.026 0.014 0.012 0.002 0.247 0.174 0.525 49 G 0.023 0.030 0.014 0.001 0.208 0.140 0.583 50 P 0.043 0.017 0.019 0.004 0.201 0.099 0.618 51 R 0.055 0.022 0.032 0.005 0.157 0.126 0.603 52 A 0.087 0.017 0.023 0.004 0.225 0.027 0.617 53 P 0.111 0.006 0.033 0.008 0.169 0.094 0.579 54 G 0.507 0.021 0.030 0.011 0.151 0.094 0.186 55 V 0.781 0.009 0.006 0.004 0.027 0.007 0.165 56 A 0.874 0.004 0.003 0.004 0.019 0.005 0.092 57 E 0.967 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.021 58 L 0.949 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.039 59 R 0.913 0.004 0.001 0.001 0.016 0.007 0.058 60 V 0.699 0.010 0.001 0.001 0.061 0.004 0.224 61 P 0.399 0.034 0.001 0.001 0.046 0.009 0.510 62 V 0.087 0.033 0.013 0.003 0.111 0.073 0.680 63 F 0.025 0.015 0.026 0.005 0.202 0.307 0.420 64 D 0.012 0.014 0.029 0.011 0.314 0.260 0.359 65 D 0.006 0.014 0.011 0.010 0.572 0.067 0.320 66 P 0.012 0.020 0.029 0.050 0.354 0.152 0.384 67 A 0.020 0.031 0.087 0.233 0.192 0.136 0.302 68 E 0.011 0.011 0.132 0.397 0.103 0.094 0.251 69 D 0.010 0.015 0.209 0.402 0.056 0.121 0.188 70 L 0.007 0.006 0.277 0.457 0.041 0.116 0.095 71 L 0.006 0.002 0.250 0.567 0.026 0.084 0.065 72 T 0.003 0.002 0.152 0.658 0.037 0.119 0.029 73 H 0.003 0.003 0.077 0.742 0.030 0.115 0.031 74 L 0.001 0.002 0.006 0.942 0.013 0.015 0.021 75 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.003 0.003 76 P 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.003 0.001 77 T 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 78 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.008 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 82 E 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.008 0.001 83 A 0.001 0.001 0.003 0.967 0.001 0.027 0.002 84 A 0.001 0.001 0.008 0.946 0.002 0.038 0.005 85 V 0.005 0.005 0.018 0.857 0.022 0.056 0.037 86 R 0.010 0.003 0.041 0.657 0.046 0.191 0.052 87 D 0.004 0.001 0.026 0.162 0.056 0.733 0.019 88 G 0.003 0.001 0.008 0.003 0.081 0.851 0.054 89 G 0.031 0.001 0.002 0.001 0.241 0.043 0.682 90 S 0.518 0.005 0.001 0.001 0.078 0.011 0.388 91 C 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 92 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 93 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 95 C 0.536 0.002 0.003 0.001 0.025 0.014 0.420 96 K 0.105 0.007 0.025 0.003 0.285 0.205 0.371 97 N 0.047 0.026 0.062 0.007 0.293 0.385 0.179 98 G 0.036 0.010 0.070 0.018 0.292 0.395 0.179 99 R 0.038 0.016 0.070 0.054 0.275 0.241 0.306 100 S 0.038 0.025 0.083 0.188 0.176 0.304 0.186 101 R 0.025 0.010 0.052 0.510 0.070 0.187 0.145 102 S 0.015 0.003 0.017 0.851 0.014 0.037 0.063 103 A 0.004 0.001 0.005 0.974 0.002 0.005 0.008 104 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 105 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 106 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 107 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 108 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 110 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 111 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 112 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 113 H 0.001 0.001 0.001 0.922 0.003 0.071 0.001 114 R 0.001 0.001 0.001 0.181 0.009 0.806 0.002 115 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.036 0.891 0.068 116 H 0.007 0.012 0.001 0.001 0.101 0.001 0.878 117 S 0.018 0.060 0.001 0.001 0.012 0.001 0.908 118 L 0.001 0.001 0.015 0.980 0.001 0.003 0.001 119 D 0.001 0.001 0.010 0.988 0.001 0.002 0.001 120 R 0.001 0.001 0.011 0.988 0.001 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 122 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 124 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 125 V 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.011 0.001 126 K 0.001 0.001 0.009 0.961 0.002 0.027 0.001 127 S 0.001 0.001 0.015 0.771 0.003 0.206 0.003 128 A 0.001 0.001 0.022 0.507 0.035 0.404 0.029 129 R 0.006 0.005 0.009 0.045 0.368 0.044 0.522 130 P 0.016 0.010 0.062 0.041 0.117 0.251 0.502 131 V 0.067 0.018 0.089 0.035 0.229 0.287 0.275 132 A 0.189 0.019 0.034 0.033 0.232 0.065 0.429 133 E 0.219 0.024 0.009 0.029 0.094 0.039 0.586 134 P 0.089 0.043 0.003 0.027 0.121 0.020 0.697 135 N 0.014 0.007 0.001 0.028 0.056 0.005 0.890 136 L 0.001 0.001 0.004 0.968 0.005 0.021 0.002 137 G 0.001 0.001 0.004 0.976 0.002 0.016 0.002 138 F 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.003 139 W 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 140 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 141 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 142 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 143 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 144 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 145 Y 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.002 146 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 147 Q 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.011 0.002 148 T 0.001 0.001 0.003 0.975 0.001 0.018 0.002 149 L 0.001 0.001 0.006 0.947 0.004 0.034 0.008 150 Q 0.002 0.001 0.016 0.825 0.011 0.124 0.020 151 A 0.003 0.001 0.029 0.628 0.022 0.288 0.029 152 Q 0.007 0.003 0.040 0.444 0.077 0.291 0.139 153 A 0.018 0.012 0.036 0.180 0.178 0.186 0.390 154 I 0.043 0.031 0.027 0.064 0.199 0.119 0.517 155 L 0.034 0.025 0.009 0.008 0.136 0.030 0.758 156 P 0.031 0.018 0.011 0.005 0.101 0.083 0.751 157 R 0.028 0.021 0.021 0.007 0.221 0.103 0.599 158 E 0.036 0.017 0.010 0.006 0.306 0.023 0.602 159 P 0.033 0.014 0.011 0.007 0.097 0.042 0.798 160 I 0.043 0.051 0.021 0.006 0.230 0.041 0.609 161 D 0.032 0.018 0.009 0.003 0.174 0.024 0.740 162 P 0.009 0.012 0.039 0.011 0.022 0.075 0.832 163 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.993