# TARGET T0317 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1764 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.101 0.274 0.360 0.110 0.072 0.022 0.019 0.008 0.023 0.010 0.001 2 G 0.055 0.096 0.263 0.036 0.203 0.018 0.048 0.112 0.012 0.155 0.001 3 T 0.220 0.250 0.355 0.071 0.049 0.022 0.006 0.003 0.018 0.005 0.001 4 S 0.251 0.161 0.369 0.067 0.042 0.045 0.024 0.006 0.024 0.009 0.001 5 E 0.319 0.250 0.189 0.174 0.023 0.022 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 6 A 0.143 0.188 0.428 0.071 0.092 0.020 0.012 0.010 0.016 0.017 0.002 7 A 0.030 0.304 0.530 0.003 0.023 0.017 0.007 0.001 0.081 0.002 0.004 8 P 0.021 0.004 0.894 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.004 0.001 0.064 9 P 0.022 0.003 0.918 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.046 10 P 0.202 0.011 0.587 0.022 0.001 0.073 0.001 0.001 0.003 0.001 0.101 11 F 0.330 0.190 0.267 0.089 0.050 0.029 0.018 0.010 0.013 0.003 0.001 12 A 0.377 0.231 0.177 0.094 0.064 0.021 0.011 0.005 0.014 0.005 0.001 13 R 0.239 0.335 0.219 0.080 0.041 0.050 0.009 0.002 0.024 0.001 0.001 14 V 0.189 0.409 0.238 0.072 0.019 0.037 0.004 0.001 0.031 0.001 0.001 15 A 0.054 0.252 0.406 0.002 0.028 0.033 0.008 0.001 0.214 0.002 0.001 16 P 0.462 0.002 0.438 0.019 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 17 A 0.268 0.097 0.120 0.228 0.070 0.030 0.101 0.054 0.025 0.006 0.001 18 L 0.137 0.412 0.300 0.074 0.032 0.024 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 19 F 0.058 0.503 0.243 0.025 0.052 0.065 0.013 0.001 0.038 0.002 0.001 20 I 0.080 0.449 0.259 0.083 0.010 0.061 0.004 0.001 0.053 0.001 0.001 21 G 0.080 0.058 0.155 0.025 0.307 0.010 0.026 0.063 0.009 0.266 0.001 22 N 0.237 0.066 0.146 0.277 0.041 0.070 0.110 0.021 0.025 0.004 0.003 23 A 0.316 0.221 0.270 0.058 0.048 0.037 0.012 0.003 0.031 0.003 0.001 24 R 0.448 0.103 0.313 0.060 0.007 0.045 0.005 0.002 0.013 0.002 0.001 25 A 0.312 0.237 0.211 0.095 0.055 0.031 0.012 0.004 0.038 0.006 0.001 26 A 0.469 0.074 0.255 0.122 0.022 0.018 0.015 0.005 0.010 0.007 0.002 27 G 0.259 0.021 0.074 0.099 0.078 0.008 0.100 0.172 0.005 0.183 0.001 28 A 0.226 0.070 0.223 0.180 0.043 0.157 0.038 0.005 0.050 0.005 0.003 29 T 0.869 0.025 0.063 0.029 0.003 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 30 E 0.974 0.003 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.990 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 V 0.993 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 R 0.963 0.002 0.002 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.230 0.010 0.022 0.727 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 36 G 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.273 0.704 0.001 0.013 0.001 37 I 0.001 0.178 0.763 0.001 0.015 0.041 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 38 T 0.339 0.007 0.001 0.651 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.721 0.004 0.001 0.274 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 C 0.001 0.936 0.018 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 41 V 0.003 0.841 0.075 0.001 0.019 0.022 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 42 N 0.010 0.379 0.309 0.004 0.019 0.200 0.011 0.001 0.068 0.001 0.001 43 V 0.055 0.583 0.162 0.098 0.024 0.037 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 44 S 0.048 0.352 0.212 0.033 0.290 0.017 0.017 0.002 0.011 0.017 0.001 45 R 0.213 0.308 0.225 0.103 0.054 0.031 0.032 0.004 0.024 0.005 0.002 46 Q 0.153 0.180 0.377 0.113 0.039 0.067 0.023 0.004 0.036 0.005 0.004 47 Q 0.034 0.189 0.523 0.003 0.030 0.028 0.029 0.001 0.157 0.003 0.003 48 P 0.177 0.003 0.508 0.048 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.240 49 G 0.040 0.043 0.205 0.013 0.163 0.005 0.034 0.114 0.018 0.364 0.001 50 P 0.209 0.032 0.614 0.060 0.007 0.025 0.002 0.001 0.002 0.002 0.048 51 R 0.119 0.268 0.378 0.118 0.037 0.035 0.013 0.004 0.024 0.003 0.001 52 A 0.039 0.195 0.601 0.002 0.024 0.018 0.009 0.001 0.107 0.005 0.001 53 P 0.175 0.005 0.726 0.019 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 54 G 0.086 0.093 0.147 0.039 0.184 0.012 0.033 0.328 0.010 0.066 0.001 55 V 0.068 0.557 0.263 0.017 0.052 0.022 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 56 A 0.068 0.679 0.130 0.034 0.038 0.027 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 57 E 0.018 0.748 0.146 0.006 0.042 0.018 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 58 L 0.023 0.743 0.129 0.018 0.030 0.023 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 59 R 0.016 0.436 0.297 0.014 0.039 0.088 0.037 0.001 0.070 0.001 0.001 60 V 0.009 0.572 0.244 0.001 0.016 0.033 0.003 0.001 0.122 0.001 0.001 61 P 0.027 0.020 0.845 0.004 0.001 0.089 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 62 V 0.133 0.411 0.272 0.039 0.043 0.048 0.007 0.002 0.042 0.001 0.001 63 F 0.269 0.156 0.348 0.081 0.032 0.064 0.019 0.005 0.018 0.007 0.002 64 D 0.194 0.093 0.102 0.417 0.038 0.069 0.036 0.010 0.036 0.004 0.001 65 D 0.076 0.188 0.301 0.031 0.099 0.070 0.058 0.003 0.170 0.005 0.001 66 P 0.476 0.012 0.329 0.093 0.002 0.049 0.003 0.002 0.003 0.001 0.031 67 A 0.529 0.060 0.149 0.171 0.020 0.029 0.008 0.009 0.018 0.006 0.001 68 E 0.658 0.038 0.179 0.058 0.016 0.014 0.012 0.008 0.004 0.012 0.001 69 D 0.568 0.022 0.106 0.112 0.011 0.083 0.059 0.011 0.024 0.003 0.002 70 L 0.884 0.006 0.010 0.087 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 71 L 0.951 0.004 0.012 0.026 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 T 0.953 0.002 0.005 0.032 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 73 H 0.748 0.003 0.009 0.194 0.002 0.019 0.009 0.004 0.010 0.001 0.001 74 L 0.950 0.002 0.004 0.040 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.991 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 P 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 T 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 C 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.986 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 M 0.985 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 E 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 A 0.944 0.003 0.003 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.821 0.005 0.014 0.153 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 85 V 0.708 0.072 0.086 0.065 0.005 0.030 0.009 0.002 0.021 0.002 0.001 86 R 0.674 0.068 0.110 0.083 0.014 0.013 0.011 0.004 0.011 0.011 0.001 87 D 0.355 0.021 0.161 0.353 0.005 0.018 0.059 0.002 0.022 0.003 0.001 88 G 0.012 0.001 0.009 0.031 0.007 0.001 0.157 0.766 0.001 0.013 0.001 89 G 0.019 0.049 0.384 0.014 0.119 0.006 0.049 0.114 0.005 0.240 0.001 90 S 0.018 0.315 0.560 0.025 0.049 0.018 0.002 0.001 0.008 0.001 0.004 91 C 0.004 0.794 0.142 0.004 0.032 0.012 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 92 L 0.004 0.732 0.210 0.001 0.006 0.029 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 93 V 0.004 0.774 0.133 0.002 0.016 0.045 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 94 Y 0.005 0.648 0.126 0.005 0.083 0.068 0.003 0.001 0.062 0.001 0.001 95 C 0.028 0.259 0.387 0.020 0.213 0.062 0.004 0.002 0.017 0.006 0.001 96 K 0.658 0.046 0.029 0.234 0.011 0.007 0.006 0.002 0.005 0.002 0.001 97 N 0.100 0.063 0.097 0.405 0.054 0.013 0.228 0.009 0.025 0.007 0.001 98 G 0.016 0.008 0.035 0.017 0.042 0.005 0.139 0.657 0.004 0.078 0.001 99 R 0.163 0.252 0.259 0.233 0.033 0.027 0.010 0.002 0.018 0.002 0.001 100 S 0.145 0.193 0.319 0.051 0.188 0.018 0.010 0.019 0.007 0.050 0.001 101 R 0.818 0.026 0.041 0.079 0.006 0.006 0.009 0.011 0.002 0.002 0.001 102 S 0.896 0.022 0.053 0.008 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 103 A 0.995 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 C 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 T 0.989 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 A 0.993 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 Y 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 L 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 M 0.987 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 R 0.983 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 H 0.809 0.009 0.005 0.171 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 R 0.112 0.004 0.019 0.826 0.001 0.003 0.028 0.003 0.004 0.001 0.001 115 G 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.507 0.465 0.001 0.014 0.001 116 H 0.002 0.455 0.457 0.004 0.042 0.028 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 117 S 0.001 0.064 0.832 0.001 0.014 0.077 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 118 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 D 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 M 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 V 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 K 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 S 0.950 0.002 0.002 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 A 0.641 0.011 0.015 0.323 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 129 R 0.110 0.073 0.178 0.006 0.009 0.016 0.042 0.001 0.563 0.002 0.001 130 P 0.551 0.001 0.378 0.025 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 131 V 0.364 0.085 0.121 0.310 0.040 0.027 0.018 0.021 0.010 0.004 0.001 132 A 0.148 0.215 0.310 0.149 0.070 0.039 0.023 0.011 0.022 0.013 0.001 133 E 0.025 0.402 0.223 0.002 0.030 0.032 0.017 0.001 0.268 0.001 0.001 134 P 0.078 0.003 0.842 0.014 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 135 N 0.023 0.148 0.565 0.007 0.084 0.096 0.002 0.001 0.069 0.004 0.001 136 L 0.975 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 137 G 0.989 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 138 F 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 W 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 Q 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 K 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 Y 0.984 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 Q 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 T 0.973 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 L 0.918 0.003 0.005 0.067 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 150 Q 0.914 0.008 0.016 0.043 0.002 0.004 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 151 A 0.806 0.009 0.022 0.126 0.006 0.006 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 152 Q 0.487 0.053 0.120 0.270 0.015 0.018 0.018 0.003 0.013 0.002 0.001 153 A 0.407 0.114 0.227 0.145 0.022 0.031 0.029 0.006 0.017 0.002 0.001 154 I 0.297 0.180 0.273 0.142 0.014 0.053 0.015 0.002 0.023 0.001 0.001 155 L 0.060 0.261 0.436 0.004 0.022 0.030 0.012 0.001 0.172 0.002 0.001 156 P 0.219 0.009 0.656 0.021 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 157 R 0.220 0.159 0.278 0.171 0.026 0.074 0.024 0.008 0.037 0.001 0.002 158 E 0.047 0.290 0.446 0.003 0.049 0.018 0.016 0.001 0.125 0.005 0.001 159 P 0.190 0.007 0.661 0.028 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 160 I 0.129 0.319 0.317 0.105 0.036 0.063 0.005 0.003 0.021 0.001 0.001 161 D 0.016 0.192 0.487 0.005 0.023 0.078 0.013 0.001 0.182 0.002 0.001 162 P 0.588 0.009 0.289 0.070 0.002 0.027 0.002 0.001 0.003 0.001 0.008 163 E 0.628 0.032 0.089 0.177 0.011 0.019 0.020 0.012 0.008 0.004 0.001