# TARGET T0317 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1764 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.059 0.141 0.060 0.079 0.102 0.096 0.198 0.125 0.058 0.049 0.034 2 G 0.051 0.115 0.164 0.149 0.077 0.036 0.021 0.045 0.054 0.204 0.085 3 T 0.083 0.270 0.127 0.027 0.228 0.016 0.022 0.078 0.066 0.056 0.026 4 S 0.095 0.164 0.058 0.014 0.207 0.016 0.041 0.179 0.125 0.063 0.037 5 E 0.109 0.084 0.055 0.022 0.137 0.027 0.086 0.154 0.120 0.142 0.063 6 A 0.045 0.262 0.221 0.052 0.126 0.022 0.042 0.091 0.048 0.068 0.022 7 A 0.061 0.270 0.251 0.053 0.144 0.024 0.031 0.051 0.027 0.056 0.031 8 P 0.050 0.332 0.356 0.031 0.138 0.010 0.017 0.026 0.012 0.012 0.015 9 P 0.021 0.391 0.361 0.029 0.091 0.013 0.026 0.035 0.016 0.010 0.008 10 P 0.068 0.273 0.151 0.029 0.150 0.020 0.031 0.096 0.077 0.067 0.038 11 F 0.095 0.096 0.042 0.012 0.120 0.023 0.041 0.125 0.223 0.168 0.055 12 A 0.049 0.230 0.087 0.028 0.162 0.038 0.050 0.116 0.133 0.081 0.027 13 R 0.199 0.124 0.047 0.005 0.282 0.004 0.026 0.098 0.068 0.091 0.056 14 V 0.176 0.205 0.085 0.031 0.203 0.022 0.034 0.055 0.048 0.077 0.065 15 A 0.053 0.368 0.230 0.051 0.188 0.012 0.012 0.041 0.020 0.010 0.014 16 P 0.036 0.095 0.046 0.033 0.069 0.081 0.129 0.269 0.175 0.049 0.018 17 A 0.142 0.076 0.029 0.012 0.202 0.013 0.040 0.103 0.113 0.201 0.068 18 L 0.291 0.133 0.011 0.004 0.410 0.010 0.012 0.030 0.017 0.024 0.059 19 F 0.282 0.121 0.047 0.005 0.421 0.004 0.010 0.030 0.008 0.020 0.052 20 I 0.115 0.044 0.019 0.101 0.083 0.119 0.095 0.117 0.058 0.159 0.091 21 G 0.008 0.089 0.209 0.510 0.030 0.070 0.017 0.029 0.014 0.019 0.005 22 N 0.111 0.065 0.043 0.023 0.107 0.011 0.015 0.117 0.081 0.296 0.131 23 A 0.034 0.240 0.105 0.020 0.141 0.012 0.026 0.237 0.121 0.049 0.015 24 R 0.135 0.141 0.044 0.010 0.156 0.018 0.067 0.244 0.074 0.054 0.058 25 A 0.048 0.143 0.137 0.028 0.093 0.014 0.023 0.301 0.107 0.079 0.027 26 A 0.025 0.061 0.022 0.017 0.043 0.068 0.103 0.510 0.111 0.027 0.013 27 G 0.023 0.066 0.064 0.052 0.034 0.036 0.035 0.290 0.089 0.260 0.052 28 A 0.127 0.078 0.034 0.005 0.125 0.004 0.009 0.278 0.055 0.215 0.070 29 T 0.005 0.015 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 0.886 0.073 0.004 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.944 0.045 0.003 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.019 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.027 0.002 0.001 33 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.805 0.182 0.005 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.819 0.127 0.013 0.001 35 A 0.001 0.652 0.307 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 G 0.116 0.004 0.003 0.002 0.009 0.001 0.002 0.002 0.003 0.250 0.609 37 I 0.463 0.047 0.007 0.001 0.392 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.077 38 T 0.020 0.003 0.001 0.105 0.030 0.357 0.394 0.064 0.012 0.006 0.008 39 L 0.286 0.053 0.005 0.001 0.646 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 40 C 0.202 0.015 0.001 0.001 0.777 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 41 V 0.148 0.030 0.001 0.001 0.797 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 42 N 0.391 0.029 0.001 0.001 0.419 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.149 43 V 0.307 0.067 0.007 0.004 0.240 0.004 0.005 0.008 0.014 0.152 0.191 44 S 0.076 0.315 0.187 0.032 0.237 0.016 0.022 0.026 0.031 0.037 0.021 45 R 0.080 0.184 0.114 0.052 0.142 0.043 0.064 0.102 0.098 0.086 0.035 46 Q 0.111 0.153 0.115 0.047 0.175 0.036 0.085 0.066 0.060 0.103 0.049 47 Q 0.051 0.305 0.327 0.049 0.157 0.022 0.024 0.034 0.010 0.009 0.012 48 P 0.036 0.131 0.091 0.066 0.073 0.082 0.206 0.127 0.076 0.084 0.028 49 G 0.052 0.108 0.222 0.197 0.085 0.059 0.028 0.037 0.041 0.109 0.063 50 P 0.073 0.182 0.101 0.024 0.161 0.021 0.038 0.140 0.125 0.099 0.037 51 R 0.074 0.211 0.209 0.035 0.141 0.019 0.044 0.049 0.037 0.136 0.047 52 A 0.031 0.309 0.349 0.069 0.114 0.016 0.016 0.056 0.021 0.010 0.009 53 P 0.068 0.118 0.077 0.029 0.101 0.051 0.104 0.194 0.134 0.084 0.038 54 G 0.055 0.120 0.098 0.079 0.086 0.043 0.039 0.116 0.090 0.223 0.050 55 V 0.267 0.134 0.019 0.005 0.409 0.008 0.011 0.035 0.020 0.035 0.056 56 A 0.140 0.190 0.028 0.012 0.418 0.016 0.040 0.072 0.024 0.033 0.027 57 E 0.363 0.073 0.010 0.005 0.441 0.004 0.008 0.018 0.010 0.018 0.052 58 L 0.120 0.194 0.020 0.005 0.608 0.005 0.007 0.016 0.005 0.007 0.013 59 R 0.343 0.065 0.010 0.003 0.408 0.003 0.007 0.017 0.009 0.037 0.099 60 V 0.090 0.422 0.112 0.005 0.339 0.002 0.004 0.009 0.003 0.003 0.012 61 P 0.184 0.221 0.048 0.006 0.337 0.006 0.018 0.028 0.024 0.054 0.074 62 V 0.126 0.261 0.106 0.022 0.266 0.017 0.026 0.050 0.049 0.044 0.033 63 F 0.104 0.158 0.077 0.040 0.183 0.050 0.077 0.116 0.074 0.072 0.051 64 D 0.095 0.104 0.083 0.044 0.153 0.041 0.076 0.058 0.075 0.195 0.075 65 D 0.079 0.135 0.108 0.040 0.146 0.019 0.054 0.127 0.120 0.121 0.051 66 P 0.026 0.144 0.098 0.020 0.058 0.014 0.039 0.196 0.200 0.183 0.022 67 A 0.039 0.201 0.143 0.032 0.095 0.023 0.045 0.222 0.111 0.065 0.023 68 E 0.016 0.113 0.065 0.031 0.055 0.052 0.088 0.374 0.155 0.037 0.015 69 D 0.106 0.098 0.047 0.006 0.132 0.006 0.026 0.270 0.112 0.122 0.077 70 L 0.023 0.065 0.026 0.006 0.038 0.004 0.008 0.462 0.244 0.109 0.016 71 L 0.015 0.058 0.025 0.007 0.033 0.009 0.016 0.567 0.222 0.039 0.009 72 T 0.002 0.009 0.006 0.006 0.004 0.029 0.143 0.664 0.121 0.013 0.003 73 H 0.005 0.014 0.010 0.004 0.008 0.002 0.023 0.545 0.175 0.201 0.011 74 L 0.004 0.013 0.004 0.001 0.007 0.001 0.002 0.634 0.241 0.089 0.004 75 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.043 0.001 0.001 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.031 0.001 0.001 77 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.015 0.001 0.001 78 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.034 0.001 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.016 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.057 0.003 0.001 82 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.914 0.080 0.002 0.001 83 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.900 0.069 0.009 0.001 84 A 0.001 0.005 0.002 0.001 0.004 0.004 0.058 0.810 0.085 0.029 0.001 85 V 0.022 0.033 0.009 0.001 0.018 0.002 0.017 0.687 0.152 0.044 0.012 86 R 0.007 0.016 0.019 0.008 0.008 0.022 0.088 0.604 0.173 0.049 0.005 87 D 0.004 0.350 0.333 0.099 0.046 0.034 0.061 0.052 0.009 0.010 0.003 88 G 0.028 0.069 0.077 0.056 0.020 0.008 0.009 0.011 0.018 0.488 0.215 89 G 0.011 0.205 0.261 0.293 0.040 0.061 0.009 0.012 0.012 0.079 0.018 90 S 0.254 0.083 0.008 0.002 0.603 0.002 0.004 0.006 0.005 0.009 0.024 91 C 0.173 0.111 0.010 0.001 0.696 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 92 L 0.169 0.037 0.001 0.001 0.785 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 93 V 0.336 0.029 0.003 0.001 0.581 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.048 94 Y 0.221 0.139 0.016 0.001 0.517 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.087 95 C 0.159 0.252 0.140 0.025 0.289 0.012 0.012 0.016 0.009 0.021 0.064 96 K 0.048 0.094 0.086 0.051 0.068 0.046 0.068 0.189 0.194 0.110 0.045 97 N 0.015 0.325 0.212 0.121 0.080 0.073 0.089 0.029 0.020 0.026 0.008 98 G 0.039 0.050 0.070 0.149 0.029 0.041 0.025 0.023 0.040 0.375 0.160 99 R 0.060 0.095 0.056 0.056 0.072 0.085 0.173 0.132 0.111 0.102 0.058 100 S 0.026 0.160 0.145 0.095 0.066 0.076 0.049 0.139 0.111 0.100 0.032 101 R 0.017 0.025 0.017 0.016 0.022 0.024 0.063 0.416 0.276 0.101 0.024 102 S 0.004 0.020 0.019 0.011 0.009 0.007 0.021 0.553 0.291 0.059 0.006 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.804 0.179 0.004 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.926 0.066 0.001 0.001 105 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.951 0.045 0.001 0.001 106 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.042 0.001 0.001 107 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.031 0.001 0.001 108 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.018 0.001 0.001 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.971 0.026 0.001 0.001 110 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.965 0.031 0.001 0.001 111 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.945 0.045 0.001 0.001 112 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.884 0.081 0.003 0.001 113 H 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.007 0.157 0.734 0.081 0.011 0.001 114 R 0.001 0.707 0.238 0.007 0.033 0.001 0.003 0.005 0.001 0.002 0.001 115 G 0.065 0.004 0.005 0.002 0.007 0.001 0.001 0.004 0.004 0.366 0.540 116 H 0.010 0.601 0.220 0.006 0.147 0.004 0.003 0.003 0.001 0.003 0.002 117 S 0.022 0.722 0.144 0.001 0.109 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 118 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.782 0.216 0.001 0.001 119 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 120 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.028 0.003 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.010 0.001 0.001 122 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.027 0.001 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.016 0.001 0.001 124 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.018 0.001 0.001 125 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.897 0.091 0.009 0.001 126 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.767 0.184 0.016 0.001 127 S 0.004 0.005 0.003 0.002 0.005 0.005 0.147 0.671 0.110 0.045 0.003 128 A 0.022 0.070 0.060 0.021 0.045 0.041 0.196 0.140 0.104 0.274 0.026 129 R 0.142 0.310 0.126 0.014 0.269 0.004 0.011 0.052 0.025 0.018 0.030 130 P 0.026 0.097 0.036 0.012 0.064 0.029 0.054 0.308 0.294 0.066 0.013 131 V 0.053 0.111 0.035 0.011 0.142 0.012 0.053 0.161 0.158 0.222 0.043 132 A 0.191 0.149 0.028 0.004 0.355 0.005 0.012 0.045 0.049 0.080 0.081 133 E 0.036 0.466 0.246 0.004 0.202 0.002 0.005 0.013 0.008 0.010 0.008 134 P 0.130 0.294 0.095 0.017 0.239 0.015 0.040 0.053 0.023 0.040 0.054 135 N 0.021 0.497 0.331 0.013 0.104 0.002 0.001 0.010 0.004 0.011 0.007 136 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 0.734 0.234 0.006 0.001 137 G 0.001 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.005 0.854 0.093 0.031 0.003 138 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.055 0.017 0.001 139 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.035 0.001 0.001 140 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 141 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.018 0.003 0.001 142 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.024 0.001 0.001 143 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 144 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.010 0.001 0.001 145 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.026 0.005 0.001 146 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.042 0.002 0.001 147 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.961 0.031 0.001 0.001 148 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.953 0.027 0.004 0.001 149 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.892 0.076 0.014 0.002 150 Q 0.005 0.008 0.002 0.002 0.006 0.005 0.022 0.798 0.124 0.024 0.003 151 A 0.011 0.048 0.016 0.008 0.030 0.011 0.056 0.551 0.158 0.104 0.008 152 Q 0.060 0.115 0.044 0.012 0.114 0.019 0.070 0.271 0.147 0.112 0.035 153 A 0.098 0.139 0.038 0.009 0.185 0.011 0.052 0.208 0.110 0.111 0.040 154 I 0.174 0.141 0.053 0.012 0.235 0.016 0.059 0.094 0.058 0.094 0.064 155 L 0.058 0.410 0.206 0.022 0.195 0.009 0.019 0.041 0.016 0.011 0.015 156 P 0.055 0.295 0.142 0.026 0.177 0.023 0.042 0.107 0.069 0.043 0.021 157 R 0.098 0.156 0.111 0.021 0.151 0.018 0.050 0.096 0.111 0.133 0.055 158 E 0.035 0.352 0.284 0.025 0.179 0.009 0.019 0.051 0.022 0.012 0.011 159 P 0.109 0.248 0.078 0.009 0.244 0.010 0.036 0.108 0.062 0.060 0.034 160 I 0.075 0.225 0.133 0.023 0.156 0.026 0.055 0.070 0.076 0.112 0.050 161 D 0.146 0.227 0.150 0.016 0.341 0.005 0.010 0.020 0.012 0.022 0.052 162 P 0.035 0.123 0.058 0.014 0.070 0.013 0.029 0.228 0.305 0.103 0.022 163 E 0.039 0.158 0.090 0.018 0.096 0.027 0.088 0.209 0.142 0.110 0.024