# TARGET T0317 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1621 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.013 0.020 0.047 0.383 0.498 2 G 0.050 0.014 0.009 0.016 0.261 0.650 3 T 0.138 0.036 0.024 0.043 0.205 0.554 4 S 0.257 0.051 0.059 0.049 0.189 0.394 5 E 0.289 0.033 0.079 0.062 0.198 0.339 6 A 0.191 0.030 0.047 0.045 0.205 0.484 7 A 0.114 0.022 0.016 0.023 0.206 0.618 8 P 0.072 0.016 0.007 0.011 0.163 0.732 9 P 0.056 0.031 0.010 0.012 0.176 0.714 10 P 0.051 0.029 0.024 0.015 0.268 0.613 11 F 0.061 0.020 0.168 0.051 0.359 0.340 12 A 0.102 0.018 0.190 0.063 0.399 0.228 13 R 0.158 0.025 0.153 0.064 0.391 0.210 14 V 0.180 0.045 0.046 0.054 0.343 0.331 15 A 0.092 0.022 0.025 0.028 0.594 0.238 16 P 0.049 0.004 0.068 0.045 0.669 0.164 17 A 0.148 0.008 0.071 0.045 0.557 0.171 18 L 0.560 0.030 0.035 0.036 0.245 0.093 19 F 0.682 0.026 0.008 0.029 0.121 0.134 20 I 0.618 0.036 0.007 0.030 0.147 0.163 21 G 0.320 0.012 0.009 0.025 0.325 0.309 22 N 0.250 0.011 0.020 0.045 0.328 0.345 23 A 0.223 0.023 0.068 0.148 0.268 0.269 24 R 0.225 0.030 0.079 0.221 0.222 0.224 25 A 0.167 0.017 0.079 0.283 0.220 0.235 26 A 0.140 0.012 0.069 0.378 0.202 0.199 27 G 0.089 0.010 0.056 0.511 0.153 0.181 28 A 0.070 0.009 0.028 0.645 0.070 0.177 29 T 0.012 0.001 0.008 0.945 0.011 0.024 30 E 0.008 0.001 0.006 0.969 0.009 0.008 31 L 0.003 0.001 0.005 0.983 0.006 0.002 32 L 0.002 0.001 0.006 0.982 0.008 0.002 33 V 0.002 0.001 0.014 0.977 0.004 0.003 34 R 0.001 0.001 0.021 0.966 0.006 0.005 35 A 0.003 0.001 0.041 0.865 0.024 0.066 36 G 0.005 0.001 0.002 0.001 0.032 0.960 37 I 0.271 0.009 0.002 0.001 0.071 0.646 38 T 0.811 0.001 0.001 0.001 0.027 0.160 39 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 40 C 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 41 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 42 N 0.973 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 43 V 0.718 0.004 0.001 0.001 0.043 0.233 44 S 0.272 0.009 0.005 0.002 0.324 0.388 45 R 0.076 0.010 0.028 0.004 0.654 0.227 46 Q 0.061 0.014 0.033 0.007 0.642 0.243 47 Q 0.064 0.024 0.024 0.006 0.656 0.226 48 P 0.032 0.020 0.020 0.006 0.518 0.404 49 G 0.022 0.026 0.015 0.004 0.447 0.485 50 P 0.028 0.019 0.059 0.008 0.507 0.378 51 R 0.047 0.028 0.081 0.015 0.341 0.487 52 A 0.074 0.039 0.062 0.013 0.559 0.254 53 P 0.032 0.005 0.052 0.011 0.625 0.276 54 G 0.058 0.006 0.018 0.003 0.478 0.437 55 V 0.442 0.030 0.009 0.002 0.254 0.263 56 A 0.694 0.007 0.003 0.001 0.059 0.237 57 E 0.940 0.010 0.001 0.001 0.010 0.039 58 L 0.939 0.005 0.001 0.001 0.012 0.043 59 R 0.885 0.004 0.001 0.001 0.021 0.088 60 V 0.601 0.008 0.002 0.001 0.062 0.326 61 P 0.327 0.012 0.005 0.001 0.142 0.512 62 V 0.165 0.031 0.034 0.005 0.360 0.407 63 F 0.059 0.032 0.049 0.005 0.497 0.357 64 D 0.023 0.021 0.041 0.010 0.669 0.234 65 D 0.007 0.012 0.059 0.023 0.663 0.236 66 P 0.007 0.018 0.060 0.067 0.553 0.295 67 A 0.007 0.017 0.117 0.087 0.556 0.216 68 E 0.004 0.007 0.284 0.172 0.388 0.145 69 D 0.005 0.014 0.263 0.228 0.360 0.129 70 L 0.003 0.008 0.317 0.400 0.209 0.062 71 L 0.007 0.009 0.213 0.439 0.210 0.122 72 T 0.006 0.004 0.223 0.491 0.194 0.082 73 H 0.006 0.004 0.119 0.594 0.131 0.146 74 L 0.003 0.003 0.024 0.898 0.033 0.039 75 E 0.002 0.001 0.014 0.928 0.024 0.031 76 P 0.001 0.001 0.014 0.945 0.017 0.021 77 T 0.001 0.001 0.004 0.982 0.006 0.006 78 C 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.004 79 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 81 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 82 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 83 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 84 A 0.001 0.001 0.004 0.974 0.006 0.015 85 V 0.003 0.002 0.009 0.956 0.021 0.010 86 R 0.004 0.002 0.014 0.894 0.070 0.017 87 D 0.003 0.001 0.019 0.754 0.141 0.081 88 G 0.005 0.004 0.009 0.046 0.344 0.592 89 G 0.012 0.002 0.001 0.001 0.099 0.886 90 S 0.408 0.007 0.001 0.001 0.051 0.533 91 C 0.954 0.005 0.001 0.001 0.006 0.034 92 L 0.991 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 93 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 94 Y 0.815 0.003 0.001 0.002 0.056 0.123 95 C 0.273 0.004 0.010 0.008 0.295 0.410 96 K 0.056 0.006 0.040 0.012 0.554 0.332 97 N 0.041 0.023 0.092 0.034 0.617 0.192 98 G 0.048 0.021 0.156 0.049 0.468 0.259 99 R 0.131 0.017 0.224 0.166 0.265 0.197 100 S 0.127 0.027 0.180 0.240 0.192 0.234 101 R 0.060 0.017 0.074 0.684 0.076 0.090 102 S 0.023 0.004 0.014 0.854 0.033 0.073 103 A 0.006 0.001 0.009 0.974 0.004 0.006 104 A 0.003 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 105 V 0.002 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 106 C 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 107 T 0.001 0.001 0.006 0.992 0.001 0.001 108 A 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 109 Y 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 110 L 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 111 M 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 112 R 0.001 0.001 0.005 0.990 0.004 0.001 113 H 0.001 0.001 0.007 0.961 0.029 0.003 114 R 0.001 0.001 0.007 0.827 0.104 0.061 115 G 0.001 0.001 0.003 0.018 0.207 0.770 116 H 0.007 0.040 0.001 0.008 0.153 0.791 117 S 0.009 0.009 0.001 0.007 0.030 0.944 118 L 0.001 0.001 0.013 0.977 0.003 0.007 119 D 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 120 R 0.001 0.001 0.006 0.992 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 122 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 124 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 125 V 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 126 K 0.001 0.001 0.008 0.982 0.009 0.001 127 S 0.001 0.001 0.004 0.979 0.010 0.006 128 A 0.001 0.002 0.004 0.854 0.027 0.112 129 R 0.004 0.014 0.007 0.074 0.246 0.654 130 P 0.009 0.011 0.044 0.068 0.450 0.418 131 V 0.021 0.017 0.082 0.029 0.606 0.245 132 A 0.045 0.040 0.054 0.015 0.539 0.308 133 E 0.027 0.029 0.021 0.016 0.315 0.592 134 P 0.011 0.018 0.010 0.020 0.256 0.684 135 N 0.004 0.009 0.007 0.060 0.245 0.674 136 L 0.001 0.001 0.024 0.919 0.037 0.019 137 G 0.001 0.001 0.027 0.952 0.015 0.005 138 F 0.001 0.001 0.008 0.986 0.004 0.001 139 W 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 140 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 141 Q 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 142 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 143 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 144 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 145 Y 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.007 146 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 147 Q 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 148 T 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.004 149 L 0.001 0.001 0.004 0.972 0.008 0.015 150 Q 0.002 0.001 0.010 0.947 0.017 0.023 151 A 0.003 0.001 0.017 0.913 0.025 0.042 152 Q 0.004 0.002 0.022 0.830 0.045 0.098 153 A 0.016 0.005 0.040 0.428 0.140 0.370 154 I 0.042 0.017 0.025 0.129 0.181 0.606 155 L 0.070 0.031 0.020 0.080 0.190 0.608 156 P 0.060 0.015 0.020 0.039 0.225 0.642 157 R 0.037 0.014 0.019 0.021 0.207 0.702 158 E 0.044 0.030 0.023 0.028 0.281 0.593 159 P 0.033 0.024 0.042 0.020 0.314 0.567 160 I 0.022 0.028 0.018 0.016 0.184 0.733 161 D 0.011 0.014 0.007 0.014 0.157 0.796 162 P 0.003 0.003 0.001 0.004 0.043 0.946 163 E 0.004 0.002 0.001 0.004 0.032 0.956