# TARGET T0317 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1621 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.012 0.725 0.009 0.013 0.035 0.001 0.001 0.003 0.089 0.068 0.017 0.026 2 G 0.006 0.025 0.701 0.003 0.012 0.036 0.002 0.001 0.006 0.072 0.048 0.032 0.057 3 T 0.012 0.032 0.563 0.002 0.017 0.059 0.003 0.001 0.008 0.094 0.031 0.093 0.085 4 S 0.020 0.033 0.465 0.005 0.030 0.083 0.005 0.001 0.010 0.088 0.045 0.045 0.171 5 E 0.014 0.031 0.477 0.010 0.033 0.067 0.005 0.001 0.008 0.133 0.060 0.084 0.077 6 A 0.006 0.027 0.528 0.006 0.022 0.045 0.002 0.001 0.004 0.160 0.087 0.022 0.091 7 A 0.001 0.015 0.646 0.007 0.010 0.023 0.001 0.001 0.001 0.199 0.066 0.017 0.015 8 P 0.001 0.008 0.735 0.002 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 0.168 0.054 0.003 0.008 9 P 0.001 0.013 0.667 0.001 0.013 0.022 0.001 0.001 0.001 0.192 0.080 0.004 0.006 10 P 0.001 0.039 0.678 0.001 0.028 0.035 0.001 0.001 0.002 0.120 0.074 0.008 0.014 11 F 0.002 0.022 0.425 0.002 0.162 0.112 0.001 0.001 0.004 0.109 0.118 0.008 0.035 12 A 0.006 0.010 0.256 0.013 0.246 0.117 0.001 0.001 0.005 0.159 0.125 0.037 0.024 13 R 0.019 0.028 0.243 0.006 0.159 0.111 0.005 0.002 0.023 0.108 0.126 0.048 0.123 14 V 0.024 0.085 0.327 0.012 0.045 0.127 0.009 0.006 0.031 0.101 0.071 0.045 0.116 15 A 0.004 0.026 0.597 0.013 0.018 0.066 0.001 0.001 0.017 0.121 0.036 0.058 0.041 16 P 0.002 0.004 0.093 0.023 0.106 0.136 0.001 0.001 0.004 0.107 0.502 0.003 0.019 17 A 0.009 0.005 0.080 0.026 0.134 0.084 0.002 0.003 0.012 0.107 0.493 0.029 0.018 18 L 0.076 0.018 0.213 0.006 0.097 0.089 0.017 0.025 0.054 0.079 0.072 0.077 0.177 19 F 0.138 0.044 0.153 0.011 0.025 0.068 0.049 0.051 0.129 0.045 0.046 0.119 0.123 20 I 0.117 0.028 0.205 0.017 0.022 0.069 0.041 0.026 0.065 0.072 0.075 0.113 0.150 21 G 0.024 0.013 0.253 0.029 0.020 0.062 0.006 0.006 0.020 0.190 0.269 0.055 0.054 22 N 0.011 0.007 0.358 0.014 0.023 0.045 0.002 0.002 0.012 0.183 0.264 0.024 0.057 23 A 0.016 0.016 0.390 0.005 0.058 0.204 0.004 0.002 0.014 0.128 0.068 0.034 0.062 24 R 0.014 0.018 0.230 0.004 0.087 0.352 0.005 0.002 0.024 0.078 0.067 0.070 0.048 25 A 0.010 0.010 0.163 0.008 0.130 0.438 0.004 0.003 0.015 0.048 0.078 0.012 0.079 26 A 0.007 0.008 0.115 0.014 0.059 0.543 0.004 0.007 0.013 0.039 0.155 0.016 0.020 27 G 0.004 0.008 0.127 0.002 0.031 0.411 0.002 0.001 0.008 0.126 0.245 0.023 0.013 28 A 0.003 0.008 0.238 0.001 0.013 0.500 0.001 0.001 0.007 0.111 0.080 0.005 0.034 29 T 0.001 0.002 0.060 0.001 0.007 0.878 0.001 0.001 0.001 0.026 0.018 0.004 0.004 30 E 0.001 0.001 0.011 0.001 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.002 0.002 31 L 0.002 0.001 0.010 0.001 0.007 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.002 0.004 32 L 0.002 0.001 0.008 0.001 0.011 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.002 0.003 33 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.002 34 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.901 0.001 0.001 0.001 0.003 0.077 0.001 0.001 35 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.217 0.001 0.001 0.001 0.019 0.754 0.001 0.001 36 G 0.001 0.001 0.040 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.019 0.927 0.001 0.001 37 I 0.001 0.004 0.900 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 0.027 0.001 0.008 0.019 38 T 0.005 0.002 0.320 0.180 0.003 0.001 0.010 0.011 0.207 0.205 0.004 0.034 0.018 39 L 0.023 0.001 0.012 0.006 0.001 0.001 0.120 0.412 0.383 0.005 0.001 0.015 0.022 40 C 0.018 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.195 0.654 0.110 0.001 0.001 0.004 0.011 41 V 0.040 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.179 0.644 0.119 0.001 0.001 0.008 0.004 42 N 0.101 0.001 0.042 0.007 0.001 0.001 0.140 0.355 0.270 0.002 0.001 0.043 0.038 43 V 0.052 0.004 0.330 0.010 0.003 0.001 0.049 0.073 0.280 0.021 0.010 0.025 0.142 44 S 0.023 0.013 0.467 0.027 0.014 0.003 0.012 0.005 0.101 0.146 0.045 0.078 0.066 45 R 0.002 0.010 0.421 0.008 0.027 0.004 0.002 0.001 0.025 0.317 0.107 0.027 0.049 46 Q 0.002 0.025 0.436 0.003 0.030 0.005 0.001 0.001 0.008 0.328 0.101 0.014 0.047 47 Q 0.001 0.018 0.569 0.005 0.009 0.003 0.001 0.001 0.002 0.325 0.032 0.026 0.013 48 P 0.001 0.008 0.581 0.003 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.217 0.146 0.003 0.019 49 G 0.001 0.015 0.613 0.005 0.016 0.004 0.001 0.001 0.002 0.223 0.099 0.011 0.011 50 P 0.001 0.012 0.699 0.002 0.021 0.005 0.001 0.001 0.002 0.161 0.067 0.009 0.022 51 R 0.001 0.056 0.668 0.002 0.027 0.008 0.001 0.001 0.004 0.135 0.055 0.008 0.035 52 A 0.001 0.036 0.609 0.006 0.031 0.008 0.001 0.001 0.004 0.193 0.042 0.044 0.025 53 P 0.001 0.006 0.207 0.045 0.045 0.008 0.001 0.001 0.002 0.154 0.508 0.003 0.023 54 G 0.007 0.007 0.218 0.024 0.026 0.004 0.002 0.001 0.008 0.136 0.462 0.075 0.030 55 V 0.054 0.020 0.262 0.004 0.004 0.002 0.013 0.002 0.028 0.040 0.007 0.052 0.512 56 A 0.111 0.006 0.112 0.011 0.001 0.001 0.041 0.003 0.067 0.014 0.001 0.570 0.063 57 E 0.161 0.005 0.041 0.007 0.001 0.001 0.088 0.006 0.077 0.005 0.001 0.034 0.572 58 L 0.189 0.003 0.074 0.076 0.002 0.002 0.110 0.010 0.081 0.009 0.004 0.353 0.087 59 R 0.172 0.006 0.127 0.020 0.001 0.001 0.091 0.005 0.099 0.027 0.004 0.056 0.392 60 V 0.046 0.004 0.279 0.008 0.001 0.001 0.020 0.002 0.102 0.056 0.003 0.410 0.069 61 P 0.010 0.012 0.638 0.004 0.001 0.001 0.007 0.003 0.111 0.018 0.005 0.014 0.176 62 V 0.009 0.052 0.587 0.009 0.027 0.008 0.009 0.005 0.068 0.053 0.047 0.075 0.051 63 F 0.004 0.018 0.435 0.006 0.043 0.011 0.005 0.007 0.038 0.207 0.157 0.019 0.048 64 D 0.002 0.025 0.311 0.005 0.040 0.011 0.002 0.004 0.017 0.409 0.134 0.013 0.027 65 D 0.001 0.018 0.404 0.002 0.023 0.014 0.001 0.001 0.006 0.434 0.079 0.009 0.011 66 P 0.001 0.015 0.238 0.002 0.065 0.058 0.001 0.001 0.003 0.263 0.346 0.003 0.007 67 A 0.001 0.018 0.290 0.001 0.088 0.186 0.001 0.001 0.005 0.202 0.201 0.003 0.006 68 E 0.001 0.011 0.164 0.001 0.146 0.319 0.001 0.001 0.003 0.177 0.172 0.002 0.004 69 D 0.001 0.016 0.153 0.001 0.189 0.281 0.001 0.001 0.003 0.117 0.230 0.002 0.006 70 L 0.002 0.010 0.095 0.001 0.218 0.435 0.001 0.001 0.004 0.066 0.158 0.004 0.006 71 L 0.001 0.004 0.084 0.001 0.197 0.563 0.001 0.001 0.002 0.029 0.113 0.002 0.004 72 T 0.001 0.006 0.080 0.001 0.208 0.466 0.001 0.001 0.002 0.064 0.164 0.004 0.004 73 H 0.001 0.012 0.060 0.001 0.136 0.526 0.001 0.001 0.002 0.037 0.224 0.001 0.003 74 L 0.001 0.001 0.045 0.001 0.022 0.845 0.001 0.001 0.001 0.026 0.058 0.001 0.001 75 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 76 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 77 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 78 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 82 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 83 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 84 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.955 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 0.001 0.001 85 V 0.001 0.009 0.027 0.001 0.007 0.879 0.001 0.001 0.002 0.025 0.046 0.001 0.002 86 R 0.001 0.010 0.127 0.001 0.024 0.640 0.001 0.001 0.004 0.032 0.157 0.003 0.002 87 D 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.017 0.956 0.001 0.001 88 G 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.973 0.001 0.001 89 G 0.001 0.003 0.754 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.188 0.007 0.015 0.003 90 S 0.002 0.004 0.520 0.003 0.001 0.001 0.010 0.015 0.350 0.053 0.001 0.006 0.038 91 C 0.029 0.002 0.024 0.005 0.001 0.001 0.187 0.464 0.242 0.003 0.001 0.023 0.020 92 L 0.042 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.290 0.590 0.052 0.001 0.001 0.006 0.012 93 V 0.048 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.226 0.640 0.066 0.001 0.001 0.008 0.006 94 Y 0.098 0.002 0.045 0.015 0.001 0.001 0.141 0.311 0.281 0.002 0.001 0.044 0.060 95 C 0.038 0.004 0.367 0.038 0.010 0.003 0.023 0.054 0.237 0.035 0.024 0.028 0.138 96 K 0.009 0.010 0.253 0.038 0.095 0.015 0.003 0.004 0.037 0.246 0.221 0.037 0.031 97 N 0.001 0.009 0.120 0.012 0.089 0.017 0.001 0.001 0.006 0.296 0.429 0.006 0.014 98 G 0.001 0.012 0.222 0.003 0.050 0.019 0.001 0.001 0.004 0.335 0.327 0.008 0.019 99 R 0.009 0.048 0.323 0.003 0.023 0.045 0.002 0.002 0.008 0.325 0.106 0.042 0.062 100 S 0.018 0.062 0.261 0.004 0.027 0.151 0.002 0.001 0.006 0.205 0.125 0.036 0.102 101 R 0.009 0.009 0.152 0.003 0.016 0.565 0.001 0.001 0.002 0.109 0.096 0.017 0.019 102 S 0.006 0.005 0.073 0.001 0.004 0.845 0.001 0.001 0.001 0.023 0.020 0.004 0.018 103 A 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 111 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 112 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.001 0.001 113 H 0.001 0.001 0.009 0.001 0.007 0.891 0.001 0.001 0.001 0.006 0.084 0.001 0.001 114 R 0.001 0.001 0.011 0.001 0.006 0.207 0.001 0.001 0.001 0.036 0.740 0.001 0.001 115 G 0.001 0.001 0.054 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.071 0.864 0.001 0.001 116 H 0.001 0.026 0.673 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.279 0.007 0.007 0.003 117 S 0.001 0.055 0.834 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.075 0.003 0.001 0.021 118 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.011 0.958 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 119 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 120 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 124 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 125 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 126 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 127 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.880 0.001 0.001 0.001 0.003 0.106 0.001 0.001 128 A 0.001 0.001 0.014 0.001 0.014 0.680 0.001 0.001 0.001 0.020 0.271 0.001 0.001 129 R 0.001 0.007 0.451 0.001 0.011 0.084 0.001 0.001 0.002 0.353 0.089 0.002 0.001 130 P 0.001 0.006 0.415 0.003 0.095 0.040 0.001 0.001 0.001 0.095 0.341 0.001 0.003 131 V 0.001 0.008 0.186 0.002 0.113 0.045 0.001 0.001 0.015 0.238 0.376 0.009 0.006 132 A 0.003 0.041 0.298 0.002 0.092 0.037 0.003 0.002 0.048 0.259 0.145 0.005 0.063 133 E 0.001 0.042 0.424 0.002 0.012 0.021 0.002 0.001 0.054 0.295 0.028 0.108 0.012 134 P 0.001 0.035 0.733 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 0.028 0.106 0.029 0.003 0.044 135 N 0.001 0.015 0.802 0.001 0.003 0.031 0.001 0.001 0.012 0.113 0.012 0.003 0.008 136 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.020 0.884 0.001 0.001 0.001 0.022 0.058 0.001 0.001 137 G 0.001 0.001 0.014 0.001 0.020 0.908 0.001 0.001 0.001 0.011 0.045 0.001 0.001 138 F 0.001 0.001 0.012 0.001 0.006 0.969 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 139 W 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 142 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 145 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 146 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 147 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 148 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 149 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 150 Q 0.001 0.001 0.016 0.001 0.008 0.912 0.001 0.001 0.001 0.009 0.051 0.001 0.001 151 A 0.001 0.001 0.021 0.001 0.022 0.797 0.001 0.001 0.001 0.013 0.142 0.001 0.001 152 Q 0.001 0.002 0.045 0.001 0.053 0.564 0.001 0.001 0.001 0.040 0.290 0.001 0.003 153 A 0.001 0.006 0.143 0.001 0.054 0.399 0.001 0.001 0.002 0.101 0.280 0.006 0.007 154 I 0.002 0.029 0.413 0.002 0.038 0.172 0.001 0.001 0.006 0.144 0.158 0.008 0.028 155 L 0.001 0.016 0.663 0.002 0.005 0.019 0.001 0.001 0.004 0.243 0.021 0.016 0.009 156 P 0.001 0.017 0.824 0.002 0.010 0.009 0.001 0.001 0.003 0.067 0.049 0.003 0.017 157 R 0.001 0.020 0.562 0.003 0.072 0.021 0.001 0.001 0.004 0.155 0.144 0.006 0.013 158 E 0.001 0.011 0.565 0.003 0.067 0.017 0.001 0.001 0.004 0.209 0.095 0.017 0.011 159 P 0.001 0.018 0.602 0.001 0.069 0.020 0.001 0.001 0.003 0.155 0.095 0.006 0.030 160 I 0.001 0.043 0.641 0.001 0.017 0.018 0.001 0.001 0.003 0.190 0.055 0.012 0.018 161 D 0.001 0.014 0.813 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.114 0.031 0.004 0.009 162 P 0.001 0.005 0.820 0.001 0.010 0.013 0.001 0.001 0.001 0.079 0.065 0.001 0.005 163 E 0.001 0.003 0.923 0.001 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.034 0.017 0.002 0.002