# TARGET T0317 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1621 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.009 0.002 0.022 0.016 0.030 0.119 0.002 0.001 0.031 0.741 2 G 0.022 0.005 0.001 0.016 0.039 0.051 0.119 0.006 0.001 0.029 0.710 3 T 0.031 0.004 0.001 0.032 0.087 0.090 0.112 0.008 0.001 0.052 0.581 4 S 0.036 0.002 0.001 0.058 0.042 0.081 0.104 0.003 0.001 0.056 0.618 5 E 0.021 0.001 0.001 0.088 0.053 0.096 0.101 0.003 0.001 0.048 0.588 6 A 0.012 0.001 0.001 0.057 0.022 0.030 0.100 0.001 0.001 0.017 0.759 7 A 0.016 0.001 0.001 0.032 0.055 0.044 0.110 0.003 0.001 0.026 0.712 8 P 0.008 0.001 0.001 0.014 0.017 0.021 0.118 0.001 0.001 0.014 0.804 9 P 0.022 0.005 0.001 0.012 0.020 0.027 0.129 0.007 0.001 0.020 0.756 10 P 0.357 0.033 0.003 0.010 0.008 0.011 0.070 0.013 0.002 0.046 0.446 11 F 0.213 0.032 0.001 0.009 0.006 0.011 0.079 0.012 0.001 0.054 0.584 12 A 0.099 0.009 0.001 0.011 0.010 0.019 0.085 0.001 0.001 0.026 0.739 13 R 0.008 0.004 0.002 0.029 0.028 0.046 0.124 0.001 0.001 0.017 0.740 14 V 0.053 0.034 0.001 0.020 0.035 0.029 0.131 0.005 0.001 0.028 0.663 15 A 0.340 0.069 0.002 0.017 0.021 0.014 0.123 0.025 0.001 0.065 0.323 16 P 0.054 0.064 0.002 0.042 0.019 0.040 0.162 0.008 0.001 0.055 0.553 17 A 0.036 0.032 0.003 0.108 0.046 0.137 0.124 0.004 0.001 0.077 0.432 18 L 0.032 0.011 0.003 0.165 0.103 0.123 0.103 0.003 0.001 0.082 0.376 19 F 0.059 0.024 0.003 0.155 0.092 0.139 0.102 0.004 0.002 0.082 0.338 20 I 0.146 0.026 0.003 0.066 0.040 0.056 0.095 0.004 0.002 0.037 0.526 21 G 0.038 0.026 0.001 0.035 0.032 0.071 0.132 0.011 0.001 0.030 0.622 22 N 0.092 0.166 0.003 0.021 0.021 0.040 0.123 0.009 0.002 0.039 0.483 23 A 0.143 0.139 0.011 0.030 0.052 0.066 0.103 0.014 0.004 0.046 0.391 24 R 0.137 0.145 0.004 0.017 0.031 0.043 0.083 0.014 0.002 0.040 0.484 25 A 0.227 0.075 0.003 0.016 0.023 0.028 0.082 0.006 0.001 0.101 0.439 26 A 0.056 0.167 0.004 0.031 0.012 0.018 0.107 0.003 0.001 0.064 0.537 27 G 0.022 0.390 0.003 0.014 0.019 0.023 0.076 0.004 0.001 0.036 0.412 28 A 0.013 0.887 0.002 0.002 0.004 0.004 0.011 0.010 0.001 0.004 0.064 29 T 0.010 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.027 30 E 0.018 0.936 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.001 0.008 0.024 31 L 0.008 0.888 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.004 0.039 0.039 32 L 0.036 0.041 0.484 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.304 0.073 0.043 33 V 0.780 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 0.017 0.003 0.037 0.124 34 R 0.044 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.044 0.001 0.001 0.026 0.876 35 A 0.008 0.003 0.002 0.017 0.001 0.003 0.083 0.001 0.001 0.013 0.869 36 G 0.002 0.001 0.001 0.014 0.018 0.031 0.150 0.002 0.001 0.034 0.748 37 I 0.008 0.003 0.001 0.038 0.040 0.031 0.119 0.002 0.001 0.076 0.681 38 T 0.003 0.003 0.001 0.516 0.042 0.087 0.053 0.001 0.001 0.098 0.197 39 L 0.002 0.002 0.001 0.406 0.062 0.126 0.039 0.001 0.001 0.074 0.289 40 C 0.002 0.001 0.001 0.659 0.091 0.088 0.024 0.001 0.001 0.034 0.101 41 V 0.002 0.001 0.001 0.514 0.130 0.125 0.031 0.001 0.001 0.046 0.150 42 N 0.042 0.002 0.001 0.393 0.060 0.113 0.063 0.002 0.002 0.067 0.255 43 V 0.052 0.001 0.001 0.159 0.034 0.091 0.129 0.005 0.001 0.059 0.468 44 S 0.069 0.002 0.001 0.043 0.043 0.076 0.108 0.001 0.001 0.048 0.609 45 R 0.005 0.001 0.001 0.034 0.030 0.072 0.135 0.002 0.001 0.028 0.692 46 Q 0.061 0.004 0.001 0.012 0.021 0.020 0.097 0.002 0.001 0.031 0.750 47 Q 0.120 0.004 0.001 0.007 0.020 0.019 0.113 0.014 0.001 0.068 0.634 48 P 0.029 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.100 0.004 0.001 0.022 0.831 49 G 0.110 0.003 0.001 0.006 0.014 0.024 0.108 0.003 0.001 0.035 0.696 50 P 0.007 0.001 0.001 0.009 0.013 0.021 0.124 0.001 0.001 0.022 0.801 51 R 0.075 0.004 0.001 0.010 0.015 0.023 0.113 0.004 0.001 0.026 0.727 52 A 0.330 0.007 0.001 0.012 0.013 0.010 0.103 0.008 0.001 0.060 0.456 53 P 0.024 0.003 0.001 0.015 0.012 0.021 0.161 0.002 0.001 0.023 0.738 54 G 0.010 0.004 0.001 0.061 0.035 0.103 0.124 0.003 0.001 0.031 0.628 55 V 0.009 0.003 0.002 0.158 0.125 0.126 0.104 0.001 0.001 0.051 0.421 56 A 0.006 0.001 0.001 0.275 0.174 0.300 0.032 0.002 0.001 0.057 0.152 57 E 0.016 0.001 0.001 0.173 0.091 0.111 0.051 0.001 0.001 0.048 0.508 58 L 0.003 0.001 0.001 0.188 0.178 0.171 0.061 0.001 0.001 0.015 0.384 59 R 0.007 0.001 0.001 0.079 0.047 0.057 0.082 0.001 0.001 0.019 0.707 60 V 0.003 0.001 0.001 0.045 0.178 0.139 0.142 0.008 0.001 0.026 0.458 61 P 0.051 0.003 0.002 0.067 0.018 0.031 0.125 0.005 0.002 0.036 0.661 62 V 0.452 0.006 0.002 0.031 0.015 0.016 0.064 0.005 0.001 0.064 0.346 63 F 0.024 0.005 0.001 0.022 0.007 0.018 0.119 0.002 0.001 0.032 0.769 64 D 0.015 0.006 0.001 0.011 0.005 0.011 0.086 0.001 0.001 0.012 0.852 65 D 0.033 0.014 0.001 0.020 0.058 0.048 0.178 0.006 0.001 0.073 0.568 66 P 0.027 0.075 0.001 0.010 0.007 0.009 0.111 0.003 0.001 0.023 0.732 67 A 0.317 0.338 0.003 0.005 0.007 0.008 0.049 0.019 0.001 0.023 0.230 68 E 0.202 0.164 0.003 0.005 0.004 0.006 0.064 0.006 0.001 0.073 0.472 69 D 0.045 0.292 0.007 0.007 0.005 0.012 0.096 0.005 0.003 0.067 0.463 70 L 0.278 0.367 0.007 0.006 0.010 0.013 0.045 0.018 0.002 0.046 0.207 71 L 0.329 0.162 0.003 0.006 0.012 0.014 0.064 0.017 0.002 0.040 0.351 72 T 0.126 0.051 0.001 0.011 0.014 0.028 0.137 0.003 0.001 0.038 0.592 73 H 0.008 0.042 0.002 0.019 0.008 0.015 0.116 0.001 0.001 0.140 0.650 74 L 0.009 0.758 0.001 0.003 0.004 0.004 0.033 0.004 0.001 0.028 0.155 75 E 0.021 0.904 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.016 0.043 76 P 0.004 0.949 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.014 0.023 77 T 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 78 C 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.005 79 A 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.007 80 A 0.008 0.913 0.020 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.006 0.017 0.024 81 M 0.143 0.664 0.015 0.002 0.001 0.001 0.013 0.054 0.004 0.051 0.052 82 E 0.101 0.361 0.005 0.004 0.002 0.006 0.032 0.009 0.003 0.245 0.231 83 A 0.030 0.238 0.016 0.007 0.002 0.009 0.069 0.001 0.007 0.079 0.542 84 A 0.037 0.055 0.187 0.006 0.006 0.011 0.077 0.007 0.076 0.108 0.432 85 V 0.449 0.003 0.009 0.003 0.004 0.007 0.042 0.008 0.009 0.061 0.405 86 R 0.404 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.036 0.002 0.001 0.039 0.511 87 D 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.093 0.001 0.001 0.011 0.884 88 G 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.019 0.134 0.001 0.001 0.023 0.806 89 G 0.001 0.001 0.001 0.103 0.209 0.204 0.103 0.001 0.001 0.093 0.287 90 S 0.001 0.001 0.001 0.194 0.124 0.251 0.036 0.001 0.001 0.109 0.285 91 C 0.001 0.001 0.001 0.235 0.334 0.333 0.006 0.001 0.001 0.051 0.039 92 L 0.001 0.001 0.001 0.292 0.284 0.287 0.010 0.001 0.001 0.044 0.083 93 V 0.001 0.001 0.001 0.368 0.333 0.208 0.004 0.001 0.001 0.053 0.033 94 Y 0.006 0.001 0.001 0.291 0.140 0.306 0.024 0.001 0.001 0.163 0.066 95 C 0.093 0.001 0.001 0.174 0.163 0.232 0.050 0.002 0.002 0.117 0.165 96 K 0.069 0.002 0.001 0.058 0.088 0.148 0.114 0.002 0.002 0.052 0.464 97 N 0.009 0.002 0.001 0.039 0.049 0.093 0.172 0.003 0.001 0.026 0.607 98 G 0.055 0.036 0.002 0.027 0.042 0.057 0.153 0.004 0.001 0.085 0.539 99 R 0.030 0.192 0.002 0.017 0.039 0.045 0.106 0.007 0.001 0.091 0.470 100 S 0.024 0.538 0.002 0.009 0.014 0.036 0.050 0.002 0.001 0.063 0.262 101 R 0.009 0.736 0.001 0.010 0.019 0.031 0.022 0.002 0.001 0.080 0.090 102 S 0.005 0.844 0.001 0.007 0.009 0.017 0.012 0.001 0.001 0.064 0.041 103 A 0.002 0.604 0.001 0.007 0.024 0.032 0.005 0.001 0.001 0.313 0.012 104 A 0.001 0.886 0.001 0.005 0.009 0.013 0.002 0.001 0.001 0.076 0.008 105 V 0.001 0.963 0.001 0.004 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 106 C 0.001 0.965 0.001 0.004 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 107 T 0.004 0.973 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.008 108 A 0.018 0.809 0.004 0.006 0.011 0.007 0.009 0.004 0.001 0.094 0.037 109 Y 0.034 0.700 0.008 0.007 0.008 0.012 0.019 0.005 0.003 0.149 0.055 110 L 0.066 0.376 0.056 0.018 0.014 0.015 0.051 0.011 0.029 0.187 0.176 111 M 0.146 0.061 0.128 0.022 0.016 0.020 0.089 0.015 0.076 0.148 0.279 112 R 0.274 0.031 0.006 0.015 0.009 0.020 0.071 0.010 0.005 0.063 0.495 113 H 0.120 0.011 0.001 0.008 0.002 0.007 0.071 0.002 0.001 0.031 0.745 114 R 0.026 0.010 0.001 0.007 0.003 0.007 0.096 0.002 0.001 0.021 0.827 115 G 0.032 0.030 0.001 0.006 0.004 0.007 0.083 0.001 0.001 0.022 0.813 116 H 0.010 0.034 0.001 0.011 0.016 0.017 0.130 0.009 0.001 0.037 0.735 117 S 0.045 0.775 0.001 0.004 0.002 0.003 0.023 0.004 0.001 0.034 0.109 118 L 0.014 0.942 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.008 0.026 119 D 0.011 0.926 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.019 0.032 120 R 0.003 0.960 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 0.014 121 A 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.010 122 F 0.026 0.912 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.006 0.001 0.021 0.022 123 Q 0.024 0.659 0.006 0.006 0.004 0.007 0.017 0.002 0.002 0.174 0.100 124 M 0.050 0.290 0.126 0.009 0.004 0.006 0.052 0.011 0.040 0.269 0.143 125 V 0.306 0.092 0.072 0.014 0.007 0.011 0.059 0.051 0.031 0.136 0.220 126 K 0.248 0.012 0.003 0.007 0.004 0.008 0.058 0.002 0.002 0.033 0.621 127 S 0.008 0.002 0.001 0.008 0.004 0.010 0.078 0.001 0.001 0.008 0.879 128 A 0.014 0.004 0.002 0.013 0.004 0.009 0.102 0.004 0.001 0.020 0.828 129 R 0.142 0.004 0.001 0.017 0.023 0.019 0.133 0.037 0.001 0.081 0.542 130 P 0.060 0.002 0.001 0.043 0.005 0.010 0.092 0.002 0.001 0.035 0.751 131 V 0.011 0.002 0.001 0.098 0.014 0.045 0.117 0.001 0.001 0.030 0.683 132 A 0.009 0.002 0.001 0.099 0.023 0.031 0.124 0.001 0.001 0.023 0.688 133 E 0.021 0.008 0.001 0.080 0.060 0.052 0.190 0.002 0.001 0.047 0.540 134 P 0.008 0.017 0.001 0.031 0.008 0.012 0.126 0.003 0.001 0.040 0.753 135 N 0.124 0.780 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 0.004 0.001 0.014 0.057 136 L 0.054 0.812 0.002 0.003 0.001 0.001 0.014 0.003 0.001 0.027 0.084 137 G 0.007 0.874 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.034 0.067 138 F 0.006 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 0.013 139 W 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.007 140 A 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 141 Q 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 142 L 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 143 Q 0.008 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.069 0.007 144 K 0.003 0.146 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.823 0.017 145 Y 0.007 0.892 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.001 0.052 0.027 146 E 0.022 0.900 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.011 0.037 147 Q 0.024 0.822 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.002 0.024 0.109 148 T 0.045 0.701 0.010 0.001 0.001 0.002 0.020 0.006 0.008 0.031 0.176 149 L 0.149 0.497 0.065 0.002 0.001 0.002 0.022 0.030 0.033 0.066 0.133 150 Q 0.234 0.185 0.063 0.003 0.002 0.003 0.059 0.018 0.072 0.050 0.312 151 A 0.173 0.051 0.005 0.003 0.001 0.004 0.063 0.007 0.003 0.021 0.669 152 Q 0.085 0.008 0.001 0.006 0.002 0.004 0.074 0.003 0.001 0.034 0.782 153 A 0.012 0.002 0.001 0.018 0.011 0.027 0.119 0.002 0.001 0.034 0.774 154 I 0.006 0.002 0.001 0.016 0.005 0.013 0.060 0.001 0.001 0.014 0.884 155 L 0.058 0.001 0.001 0.008 0.062 0.038 0.098 0.013 0.001 0.063 0.657 156 P 0.038 0.003 0.001 0.017 0.006 0.011 0.104 0.003 0.001 0.035 0.782 157 R 0.046 0.003 0.001 0.016 0.007 0.017 0.089 0.005 0.001 0.024 0.792 158 E 0.077 0.002 0.001 0.013 0.016 0.019 0.100 0.002 0.001 0.041 0.729 159 P 0.002 0.001 0.001 0.009 0.015 0.026 0.131 0.001 0.001 0.014 0.801 160 I 0.023 0.003 0.002 0.016 0.012 0.014 0.089 0.002 0.001 0.016 0.822 161 D 0.456 0.010 0.001 0.007 0.012 0.007 0.074 0.013 0.001 0.073 0.345 162 P 0.073 0.007 0.001 0.005 0.002 0.004 0.103 0.003 0.001 0.033 0.771 163 E 0.039 0.011 0.001 0.012 0.006 0.014 0.106 0.003 0.001 0.021 0.786