# TARGET T0317 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1621 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.003 0.007 0.012 0.029 0.112 0.014 0.818 2 G 0.053 0.010 0.022 0.053 0.091 0.129 0.047 0.595 3 T 0.135 0.016 0.013 0.054 0.057 0.089 0.069 0.566 4 S 0.120 0.012 0.023 0.042 0.053 0.093 0.060 0.598 5 E 0.036 0.005 0.025 0.043 0.078 0.128 0.037 0.648 6 A 0.017 0.003 0.016 0.018 0.030 0.097 0.024 0.796 7 A 0.051 0.014 0.031 0.038 0.046 0.139 0.047 0.634 8 P 0.042 0.022 0.022 0.020 0.030 0.110 0.042 0.712 9 P 0.088 0.032 0.027 0.030 0.031 0.112 0.059 0.622 10 P 0.175 0.051 0.025 0.022 0.027 0.090 0.086 0.525 11 F 0.221 0.047 0.015 0.016 0.024 0.098 0.059 0.520 12 A 0.069 0.028 0.020 0.020 0.034 0.116 0.043 0.668 13 R 0.010 0.015 0.024 0.022 0.051 0.146 0.034 0.698 14 V 0.041 0.022 0.029 0.020 0.034 0.130 0.054 0.670 15 A 0.246 0.074 0.033 0.051 0.040 0.103 0.135 0.319 16 P 0.045 0.044 0.038 0.026 0.063 0.098 0.065 0.621 17 A 0.020 0.019 0.109 0.059 0.179 0.102 0.085 0.428 18 L 0.016 0.011 0.117 0.149 0.192 0.101 0.065 0.350 19 F 0.038 0.022 0.107 0.116 0.162 0.097 0.059 0.399 20 I 0.042 0.034 0.060 0.065 0.098 0.109 0.046 0.546 21 G 0.055 0.092 0.051 0.042 0.066 0.112 0.051 0.531 22 N 0.107 0.272 0.024 0.024 0.036 0.075 0.054 0.409 23 A 0.070 0.226 0.057 0.045 0.049 0.084 0.117 0.352 24 R 0.113 0.273 0.035 0.038 0.046 0.070 0.090 0.334 25 A 0.149 0.153 0.028 0.023 0.028 0.065 0.255 0.299 26 A 0.038 0.238 0.021 0.020 0.027 0.092 0.105 0.459 27 G 0.030 0.394 0.010 0.017 0.029 0.050 0.045 0.425 28 A 0.019 0.838 0.003 0.005 0.008 0.015 0.017 0.095 29 T 0.018 0.924 0.002 0.003 0.003 0.006 0.017 0.026 30 E 0.016 0.874 0.008 0.017 0.008 0.008 0.022 0.045 31 L 0.030 0.798 0.012 0.012 0.016 0.016 0.048 0.068 32 L 0.173 0.071 0.160 0.022 0.015 0.027 0.448 0.084 33 V 0.827 0.025 0.004 0.006 0.005 0.011 0.052 0.069 34 R 0.064 0.003 0.002 0.001 0.001 0.015 0.030 0.884 35 A 0.003 0.002 0.028 0.008 0.041 0.281 0.027 0.611 36 G 0.007 0.003 0.034 0.020 0.066 0.078 0.057 0.735 37 I 0.023 0.005 0.052 0.164 0.079 0.126 0.037 0.515 38 T 0.002 0.002 0.321 0.076 0.193 0.041 0.085 0.280 39 L 0.002 0.002 0.279 0.274 0.298 0.026 0.044 0.075 40 C 0.001 0.001 0.670 0.102 0.112 0.009 0.037 0.069 41 V 0.003 0.002 0.433 0.262 0.165 0.017 0.035 0.084 42 N 0.010 0.003 0.402 0.177 0.247 0.026 0.051 0.085 43 V 0.034 0.003 0.126 0.108 0.160 0.089 0.054 0.426 44 S 0.119 0.005 0.070 0.076 0.091 0.101 0.071 0.466 45 R 0.033 0.003 0.015 0.019 0.036 0.131 0.031 0.733 46 Q 0.040 0.003 0.009 0.010 0.023 0.115 0.024 0.776 47 Q 0.063 0.007 0.014 0.032 0.033 0.135 0.055 0.661 48 P 0.058 0.010 0.011 0.018 0.027 0.096 0.030 0.749 49 G 0.166 0.016 0.016 0.034 0.047 0.096 0.057 0.568 50 P 0.011 0.004 0.023 0.041 0.050 0.119 0.037 0.714 51 R 0.087 0.010 0.014 0.021 0.038 0.080 0.034 0.716 52 A 0.349 0.019 0.014 0.029 0.026 0.082 0.082 0.399 53 P 0.022 0.012 0.031 0.026 0.059 0.122 0.021 0.706 54 G 0.024 0.009 0.042 0.030 0.139 0.092 0.053 0.610 55 V 0.026 0.007 0.079 0.165 0.149 0.094 0.090 0.389 56 A 0.036 0.006 0.102 0.175 0.283 0.058 0.060 0.280 57 E 0.016 0.002 0.064 0.104 0.167 0.063 0.043 0.541 58 L 0.004 0.001 0.166 0.180 0.290 0.072 0.028 0.259 59 R 0.011 0.001 0.085 0.092 0.183 0.068 0.041 0.520 60 V 0.013 0.002 0.102 0.242 0.182 0.089 0.044 0.327 61 P 0.028 0.003 0.078 0.044 0.073 0.098 0.038 0.639 62 V 0.129 0.007 0.048 0.061 0.062 0.132 0.074 0.488 63 F 0.034 0.006 0.027 0.014 0.020 0.115 0.028 0.756 64 D 0.115 0.027 0.014 0.009 0.015 0.112 0.045 0.663 65 D 0.076 0.049 0.020 0.017 0.016 0.146 0.046 0.630 66 P 0.104 0.123 0.015 0.009 0.012 0.112 0.036 0.589 67 A 0.287 0.209 0.014 0.008 0.012 0.074 0.062 0.335 68 E 0.106 0.086 0.016 0.009 0.012 0.103 0.158 0.510 69 D 0.085 0.169 0.014 0.009 0.010 0.091 0.176 0.446 70 L 0.111 0.321 0.009 0.006 0.009 0.067 0.090 0.388 71 L 0.139 0.368 0.010 0.005 0.009 0.064 0.067 0.339 72 T 0.046 0.146 0.009 0.006 0.010 0.083 0.262 0.438 73 H 0.009 0.180 0.007 0.004 0.004 0.064 0.498 0.233 74 L 0.014 0.852 0.002 0.001 0.001 0.014 0.070 0.047 75 E 0.012 0.934 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.016 76 P 0.003 0.966 0.002 0.001 0.001 0.003 0.014 0.011 77 T 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 78 C 0.004 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 79 A 0.002 0.981 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 80 A 0.005 0.972 0.004 0.001 0.001 0.002 0.012 0.005 81 M 0.015 0.937 0.012 0.001 0.001 0.002 0.028 0.005 82 E 0.038 0.828 0.025 0.005 0.003 0.006 0.036 0.059 83 A 0.077 0.378 0.028 0.009 0.006 0.035 0.088 0.378 84 A 0.061 0.016 0.175 0.035 0.017 0.058 0.378 0.259 85 V 0.442 0.002 0.010 0.005 0.005 0.044 0.085 0.407 86 R 0.605 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.013 0.365 87 D 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.099 0.002 0.887 88 G 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.088 0.004 0.894 89 G 0.004 0.001 0.116 0.081 0.094 0.206 0.051 0.448 90 S 0.001 0.001 0.393 0.152 0.126 0.038 0.062 0.228 91 C 0.001 0.001 0.629 0.147 0.123 0.010 0.030 0.060 92 L 0.001 0.001 0.804 0.084 0.063 0.004 0.014 0.030 93 V 0.001 0.001 0.748 0.132 0.069 0.005 0.027 0.018 94 Y 0.007 0.003 0.721 0.062 0.085 0.018 0.060 0.045 95 C 0.188 0.008 0.261 0.064 0.099 0.093 0.079 0.207 96 K 0.061 0.006 0.068 0.032 0.053 0.121 0.079 0.581 97 N 0.019 0.009 0.042 0.010 0.048 0.164 0.038 0.670 98 G 0.027 0.020 0.047 0.033 0.078 0.147 0.194 0.452 99 R 0.019 0.093 0.047 0.071 0.071 0.127 0.117 0.455 100 S 0.014 0.491 0.031 0.019 0.035 0.059 0.085 0.266 101 R 0.002 0.940 0.002 0.009 0.007 0.005 0.013 0.022 102 S 0.001 0.974 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.006 103 A 0.001 0.831 0.001 0.002 0.002 0.001 0.163 0.001 104 A 0.001 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.001 105 V 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 106 C 0.001 0.986 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 0.001 107 T 0.001 0.973 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.001 108 A 0.003 0.951 0.002 0.004 0.002 0.001 0.033 0.003 109 Y 0.013 0.901 0.010 0.010 0.009 0.005 0.036 0.018 110 L 0.087 0.569 0.025 0.013 0.013 0.036 0.164 0.093 111 M 0.107 0.128 0.097 0.057 0.034 0.050 0.331 0.196 112 R 0.387 0.028 0.009 0.008 0.009 0.040 0.032 0.487 113 H 0.147 0.004 0.004 0.004 0.003 0.059 0.037 0.741 114 R 0.011 0.007 0.004 0.003 0.006 0.114 0.013 0.842 115 G 0.011 0.012 0.003 0.001 0.004 0.077 0.011 0.882 116 H 0.019 0.055 0.010 0.021 0.007 0.131 0.032 0.725 117 S 0.054 0.788 0.005 0.003 0.003 0.019 0.025 0.104 118 L 0.057 0.892 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.025 119 D 0.016 0.862 0.012 0.004 0.003 0.009 0.050 0.044 120 R 0.007 0.951 0.002 0.001 0.002 0.003 0.014 0.020 121 A 0.011 0.953 0.003 0.001 0.002 0.004 0.016 0.010 122 F 0.017 0.895 0.008 0.004 0.005 0.006 0.046 0.019 123 Q 0.020 0.404 0.023 0.025 0.023 0.026 0.321 0.157 124 M 0.024 0.192 0.043 0.015 0.019 0.042 0.558 0.108 125 V 0.330 0.211 0.037 0.026 0.026 0.044 0.185 0.141 126 K 0.295 0.029 0.011 0.013 0.016 0.052 0.031 0.554 127 S 0.007 0.006 0.008 0.005 0.010 0.067 0.025 0.872 128 A 0.020 0.008 0.027 0.013 0.024 0.169 0.037 0.702 129 R 0.173 0.008 0.027 0.047 0.045 0.137 0.096 0.467 130 P 0.035 0.003 0.013 0.013 0.015 0.081 0.018 0.820 131 V 0.008 0.003 0.099 0.061 0.172 0.116 0.045 0.496 132 A 0.013 0.006 0.047 0.038 0.071 0.105 0.035 0.686 133 E 0.033 0.019 0.098 0.189 0.103 0.117 0.046 0.396 134 P 0.020 0.046 0.016 0.010 0.013 0.078 0.014 0.803 135 N 0.138 0.763 0.002 0.003 0.003 0.014 0.027 0.049 136 L 0.038 0.779 0.006 0.003 0.004 0.026 0.018 0.126 137 G 0.012 0.831 0.005 0.005 0.008 0.013 0.077 0.048 138 F 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 139 W 0.008 0.944 0.002 0.002 0.003 0.003 0.030 0.009 140 A 0.002 0.940 0.003 0.006 0.005 0.003 0.025 0.016 141 Q 0.004 0.965 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.009 142 L 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 143 Q 0.008 0.919 0.001 0.002 0.002 0.003 0.049 0.015 144 K 0.006 0.352 0.003 0.001 0.001 0.008 0.594 0.034 145 Y 0.004 0.899 0.001 0.001 0.001 0.003 0.085 0.007 146 E 0.011 0.957 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 0.014 147 Q 0.015 0.878 0.004 0.002 0.002 0.010 0.025 0.064 148 T 0.033 0.753 0.022 0.004 0.003 0.019 0.092 0.074 149 L 0.156 0.514 0.028 0.006 0.004 0.034 0.117 0.142 150 Q 0.280 0.170 0.051 0.007 0.006 0.060 0.137 0.289 151 A 0.170 0.062 0.014 0.004 0.005 0.062 0.059 0.624 152 Q 0.075 0.017 0.018 0.005 0.007 0.075 0.042 0.763 153 A 0.020 0.009 0.023 0.012 0.016 0.125 0.032 0.763 154 I 0.025 0.005 0.015 0.007 0.012 0.104 0.018 0.813 155 L 0.115 0.007 0.024 0.024 0.021 0.150 0.046 0.613 156 P 0.049 0.005 0.015 0.010 0.013 0.107 0.031 0.770 157 R 0.066 0.005 0.014 0.011 0.018 0.092 0.026 0.768 158 E 0.094 0.006 0.019 0.022 0.023 0.132 0.037 0.666 159 P 0.028 0.004 0.015 0.016 0.025 0.140 0.029 0.744 160 I 0.027 0.003 0.010 0.009 0.014 0.111 0.017 0.810 161 D 0.268 0.013 0.007 0.013 0.014 0.097 0.064 0.525 162 P 0.121 0.022 0.007 0.010 0.015 0.111 0.043 0.672 163 E 0.042 0.016 0.013 0.013 0.038 0.119 0.029 0.729