# TARGET T0317 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1621 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.064 0.034 0.006 0.012 0.010 0.015 0.024 0.007 0.001 0.001 0.827 2 G 0.101 0.011 0.005 0.016 0.015 0.015 0.085 0.007 0.001 0.006 0.738 3 T 0.159 0.008 0.059 0.016 0.008 0.015 0.114 0.001 0.001 0.008 0.611 4 S 0.006 0.004 0.001 0.025 0.012 0.011 0.059 0.001 0.001 0.001 0.881 5 E 0.057 0.008 0.001 0.057 0.017 0.024 0.096 0.001 0.001 0.004 0.737 6 A 0.205 0.022 0.001 0.038 0.015 0.039 0.160 0.001 0.001 0.009 0.510 7 A 0.162 0.025 0.005 0.076 0.017 0.045 0.063 0.003 0.001 0.004 0.601 8 P 0.053 0.003 0.002 0.022 0.004 0.008 0.021 0.001 0.001 0.001 0.885 9 P 0.020 0.001 0.002 0.015 0.002 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.944 10 P 0.007 0.001 0.001 0.010 0.002 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.958 11 F 0.035 0.002 0.001 0.022 0.004 0.008 0.039 0.001 0.001 0.001 0.889 12 A 0.119 0.015 0.001 0.038 0.010 0.022 0.119 0.001 0.001 0.003 0.672 13 R 0.278 0.034 0.001 0.042 0.012 0.019 0.105 0.002 0.001 0.005 0.503 14 V 0.403 0.093 0.007 0.062 0.015 0.032 0.050 0.002 0.001 0.006 0.331 15 A 0.083 0.062 0.007 0.097 0.072 0.127 0.094 0.003 0.001 0.004 0.451 16 P 0.003 0.002 0.001 0.007 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.974 17 A 0.034 0.007 0.001 0.059 0.050 0.094 0.131 0.002 0.001 0.004 0.619 18 L 0.404 0.023 0.004 0.066 0.041 0.061 0.076 0.003 0.001 0.013 0.308 19 F 0.116 0.109 0.005 0.145 0.095 0.129 0.100 0.003 0.001 0.004 0.293 20 I 0.044 0.045 0.004 0.134 0.081 0.148 0.074 0.002 0.001 0.004 0.465 21 G 0.072 0.037 0.003 0.132 0.073 0.142 0.137 0.003 0.001 0.007 0.393 22 N 0.077 0.020 0.012 0.029 0.024 0.037 0.129 0.002 0.001 0.008 0.663 23 A 0.047 0.021 0.012 0.042 0.028 0.049 0.137 0.002 0.001 0.009 0.652 24 R 0.046 0.020 0.003 0.040 0.040 0.069 0.228 0.001 0.001 0.012 0.541 25 A 0.107 0.060 0.004 0.028 0.033 0.051 0.130 0.002 0.001 0.008 0.579 26 A 0.115 0.189 0.004 0.037 0.034 0.067 0.076 0.004 0.001 0.006 0.468 27 G 0.130 0.163 0.006 0.024 0.031 0.057 0.134 0.006 0.001 0.010 0.440 28 A 0.133 0.194 0.011 0.014 0.019 0.038 0.119 0.006 0.001 0.006 0.460 29 T 0.059 0.279 0.009 0.016 0.012 0.022 0.069 0.006 0.001 0.004 0.525 30 E 0.021 0.289 0.003 0.006 0.006 0.008 0.134 0.002 0.001 0.004 0.528 31 L 0.052 0.416 0.002 0.003 0.006 0.007 0.168 0.003 0.001 0.003 0.339 32 L 0.075 0.772 0.002 0.004 0.007 0.012 0.033 0.003 0.001 0.001 0.090 33 V 0.042 0.867 0.001 0.003 0.005 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.063 34 R 0.072 0.800 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.001 0.001 0.110 35 A 0.147 0.541 0.002 0.002 0.005 0.004 0.002 0.140 0.001 0.001 0.158 36 G 0.605 0.097 0.009 0.003 0.007 0.003 0.006 0.140 0.001 0.002 0.127 37 I 0.026 0.009 0.783 0.012 0.007 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.144 38 T 0.003 0.003 0.018 0.264 0.107 0.167 0.077 0.001 0.001 0.001 0.359 39 L 0.017 0.002 0.004 0.588 0.099 0.134 0.028 0.001 0.001 0.002 0.125 40 C 0.004 0.004 0.001 0.618 0.092 0.146 0.032 0.001 0.001 0.001 0.103 41 V 0.001 0.001 0.001 0.722 0.104 0.113 0.012 0.001 0.001 0.001 0.046 42 N 0.002 0.002 0.001 0.554 0.102 0.172 0.035 0.001 0.001 0.002 0.132 43 V 0.007 0.003 0.001 0.372 0.167 0.236 0.043 0.001 0.001 0.004 0.168 44 S 0.014 0.005 0.001 0.156 0.155 0.248 0.217 0.001 0.001 0.009 0.193 45 R 0.028 0.003 0.002 0.049 0.030 0.050 0.082 0.001 0.001 0.008 0.747 46 Q 0.099 0.007 0.007 0.051 0.035 0.062 0.249 0.003 0.001 0.020 0.468 47 Q 0.181 0.004 0.010 0.019 0.024 0.038 0.131 0.001 0.001 0.012 0.579 48 P 0.003 0.001 0.002 0.006 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.974 49 G 0.022 0.001 0.001 0.026 0.024 0.056 0.128 0.001 0.001 0.002 0.740 50 P 0.033 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.947 51 R 0.034 0.005 0.001 0.036 0.028 0.055 0.098 0.001 0.001 0.002 0.740 52 A 0.241 0.006 0.001 0.027 0.016 0.041 0.079 0.001 0.001 0.006 0.581 53 P 0.009 0.003 0.001 0.011 0.004 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.950 54 G 0.059 0.003 0.001 0.022 0.021 0.033 0.142 0.001 0.001 0.006 0.713 55 V 0.473 0.010 0.013 0.043 0.026 0.053 0.061 0.001 0.001 0.017 0.304 56 A 0.022 0.018 0.002 0.266 0.201 0.135 0.085 0.001 0.001 0.001 0.270 57 E 0.027 0.007 0.002 0.114 0.094 0.190 0.060 0.001 0.001 0.003 0.502 58 L 0.012 0.005 0.001 0.400 0.180 0.338 0.027 0.001 0.001 0.001 0.037 59 R 0.017 0.006 0.004 0.120 0.058 0.109 0.063 0.002 0.001 0.004 0.617 60 V 0.013 0.002 0.005 0.223 0.288 0.252 0.040 0.001 0.001 0.003 0.173 61 P 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.968 62 V 0.004 0.001 0.001 0.110 0.068 0.149 0.119 0.001 0.001 0.004 0.545 63 F 0.047 0.001 0.001 0.061 0.025 0.072 0.090 0.001 0.001 0.011 0.693 64 D 0.102 0.006 0.001 0.053 0.023 0.043 0.163 0.001 0.001 0.010 0.598 65 D 0.149 0.002 0.002 0.025 0.007 0.012 0.133 0.001 0.001 0.009 0.660 66 P 0.022 0.001 0.002 0.008 0.003 0.003 0.054 0.001 0.001 0.002 0.905 67 A 0.063 0.002 0.002 0.009 0.008 0.020 0.333 0.001 0.001 0.010 0.553 68 E 0.059 0.009 0.002 0.008 0.004 0.009 0.078 0.001 0.001 0.004 0.827 69 D 0.043 0.026 0.001 0.007 0.007 0.008 0.140 0.001 0.001 0.003 0.764 70 L 0.145 0.062 0.002 0.005 0.009 0.016 0.231 0.001 0.001 0.012 0.517 71 L 0.147 0.305 0.002 0.014 0.013 0.017 0.143 0.003 0.001 0.007 0.349 72 T 0.102 0.426 0.003 0.004 0.004 0.007 0.124 0.003 0.001 0.005 0.323 73 H 0.210 0.474 0.004 0.005 0.005 0.005 0.033 0.009 0.001 0.003 0.251 74 L 0.287 0.554 0.017 0.003 0.002 0.007 0.022 0.005 0.001 0.004 0.099 75 E 0.056 0.614 0.018 0.013 0.004 0.022 0.029 0.009 0.001 0.001 0.234 76 P 0.006 0.100 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.888 77 T 0.081 0.585 0.001 0.005 0.004 0.007 0.028 0.009 0.001 0.001 0.280 78 C 0.069 0.836 0.001 0.003 0.001 0.004 0.015 0.005 0.001 0.001 0.065 79 A 0.009 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.034 80 A 0.017 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.035 81 M 0.010 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 82 E 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 83 A 0.013 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.029 84 A 0.073 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.024 85 V 0.123 0.814 0.008 0.001 0.002 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 0.025 86 R 0.065 0.703 0.028 0.003 0.005 0.011 0.009 0.045 0.001 0.001 0.130 87 D 0.131 0.182 0.003 0.007 0.007 0.006 0.011 0.145 0.001 0.001 0.508 88 G 0.374 0.022 0.008 0.008 0.004 0.003 0.042 0.064 0.001 0.006 0.469 89 G 0.136 0.001 0.166 0.016 0.004 0.003 0.062 0.004 0.001 0.008 0.600 90 S 0.015 0.001 0.144 0.096 0.016 0.015 0.093 0.001 0.001 0.003 0.619 91 C 0.003 0.001 0.006 0.538 0.080 0.082 0.055 0.001 0.001 0.001 0.235 92 L 0.001 0.001 0.001 0.714 0.083 0.131 0.023 0.001 0.001 0.001 0.048 93 V 0.001 0.001 0.001 0.826 0.074 0.079 0.005 0.001 0.001 0.001 0.015 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.837 0.038 0.079 0.007 0.001 0.001 0.001 0.037 95 C 0.001 0.001 0.001 0.700 0.083 0.151 0.015 0.001 0.001 0.001 0.050 96 K 0.002 0.001 0.001 0.268 0.110 0.282 0.082 0.001 0.001 0.005 0.250 97 N 0.010 0.002 0.001 0.052 0.062 0.157 0.220 0.001 0.001 0.012 0.484 98 G 0.247 0.004 0.001 0.028 0.061 0.030 0.102 0.006 0.001 0.036 0.486 99 R 0.319 0.017 0.075 0.011 0.019 0.021 0.163 0.001 0.001 0.025 0.349 100 S 0.007 0.006 0.005 0.018 0.078 0.077 0.144 0.001 0.001 0.002 0.661 101 R 0.023 0.006 0.003 0.046 0.047 0.107 0.074 0.001 0.001 0.005 0.688 102 S 0.032 0.010 0.003 0.059 0.059 0.123 0.146 0.001 0.001 0.008 0.559 103 A 0.048 0.014 0.007 0.185 0.099 0.153 0.118 0.001 0.001 0.011 0.363 104 A 0.016 0.037 0.003 0.210 0.055 0.138 0.174 0.001 0.001 0.004 0.361 105 V 0.008 0.147 0.001 0.361 0.102 0.141 0.073 0.001 0.001 0.002 0.165 106 C 0.004 0.515 0.001 0.136 0.035 0.067 0.062 0.001 0.001 0.001 0.180 107 T 0.004 0.823 0.001 0.024 0.013 0.044 0.021 0.001 0.001 0.001 0.069 108 A 0.005 0.951 0.001 0.003 0.003 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.020 109 Y 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 110 L 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 111 M 0.021 0.963 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 112 R 0.016 0.950 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.013 113 H 0.091 0.772 0.018 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 0.001 0.001 0.091 114 R 0.099 0.591 0.016 0.005 0.005 0.004 0.007 0.097 0.001 0.001 0.176 115 G 0.359 0.087 0.024 0.005 0.001 0.001 0.018 0.148 0.001 0.004 0.352 116 H 0.105 0.015 0.724 0.005 0.001 0.001 0.021 0.002 0.001 0.002 0.125 117 S 0.028 0.007 0.006 0.016 0.003 0.002 0.210 0.003 0.001 0.001 0.724 118 L 0.012 0.003 0.006 0.007 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.955 119 D 0.003 0.018 0.001 0.015 0.002 0.005 0.313 0.001 0.001 0.002 0.641 120 R 0.030 0.034 0.001 0.003 0.001 0.002 0.635 0.001 0.001 0.014 0.280 121 A 0.059 0.799 0.001 0.005 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.103 122 F 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 123 Q 0.014 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 124 M 0.018 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 125 V 0.016 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.007 126 K 0.037 0.928 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.022 127 S 0.070 0.741 0.016 0.001 0.002 0.006 0.008 0.066 0.001 0.001 0.091 128 A 0.391 0.375 0.015 0.004 0.003 0.003 0.004 0.093 0.001 0.001 0.111 129 R 0.315 0.156 0.141 0.019 0.012 0.012 0.027 0.026 0.001 0.004 0.289 130 P 0.003 0.003 0.036 0.008 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.935 131 V 0.030 0.004 0.003 0.137 0.059 0.090 0.072 0.003 0.001 0.002 0.600 132 A 0.234 0.009 0.006 0.079 0.016 0.035 0.045 0.003 0.001 0.007 0.566 133 E 0.079 0.013 0.005 0.190 0.088 0.108 0.109 0.002 0.001 0.003 0.404 134 P 0.002 0.001 0.001 0.017 0.002 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.961 135 N 0.014 0.001 0.001 0.075 0.016 0.043 0.311 0.001 0.001 0.004 0.536 136 L 0.031 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.049 0.001 0.001 0.005 0.902 137 G 0.020 0.008 0.001 0.008 0.004 0.004 0.343 0.001 0.001 0.004 0.609 138 F 0.213 0.037 0.001 0.009 0.003 0.007 0.320 0.001 0.001 0.018 0.391 139 W 0.084 0.512 0.001 0.010 0.004 0.008 0.084 0.001 0.001 0.003 0.293 140 A 0.025 0.637 0.001 0.001 0.002 0.004 0.047 0.001 0.001 0.001 0.281 141 Q 0.029 0.815 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.140 142 L 0.018 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 143 Q 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 144 K 0.013 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.036 145 Y 0.013 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.020 146 E 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 147 Q 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.022 148 T 0.013 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 149 L 0.018 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.012 150 Q 0.029 0.928 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.026 151 A 0.024 0.900 0.013 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.045 152 Q 0.119 0.723 0.003 0.003 0.003 0.002 0.003 0.050 0.001 0.001 0.094 153 A 0.282 0.420 0.026 0.004 0.004 0.003 0.013 0.058 0.001 0.002 0.189 154 I 0.168 0.267 0.100 0.026 0.013 0.016 0.025 0.071 0.001 0.003 0.312 155 L 0.216 0.062 0.054 0.050 0.022 0.036 0.062 0.025 0.001 0.003 0.470 156 P 0.004 0.001 0.004 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.981 157 R 0.017 0.001 0.003 0.065 0.013 0.033 0.065 0.001 0.001 0.002 0.801 158 E 0.207 0.001 0.002 0.028 0.007 0.010 0.067 0.001 0.001 0.004 0.673 159 P 0.013 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.967 160 I 0.024 0.001 0.001 0.063 0.012 0.034 0.160 0.001 0.001 0.003 0.703 161 D 0.248 0.002 0.001 0.032 0.008 0.015 0.126 0.001 0.001 0.006 0.561 162 P 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.977 163 E 0.024 0.001 0.001 0.013 0.007 0.014 0.292 0.001 0.001 0.005 0.643