# TARGET T0317 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1621 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.006 0.021 0.019 0.024 0.037 0.006 0.870 2 G 0.120 0.011 0.061 0.071 0.091 0.083 0.022 0.542 3 T 0.049 0.004 0.058 0.029 0.042 0.055 0.004 0.759 4 S 0.008 0.003 0.023 0.038 0.045 0.038 0.002 0.844 5 E 0.050 0.007 0.040 0.046 0.082 0.120 0.008 0.648 6 A 0.139 0.013 0.064 0.040 0.078 0.132 0.016 0.518 7 A 0.098 0.018 0.080 0.069 0.099 0.104 0.014 0.519 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 10 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.988 11 F 0.048 0.003 0.011 0.016 0.045 0.047 0.002 0.828 12 A 0.158 0.022 0.023 0.041 0.048 0.110 0.006 0.592 13 R 0.326 0.031 0.020 0.023 0.033 0.088 0.011 0.468 14 V 0.344 0.069 0.051 0.032 0.060 0.088 0.018 0.337 15 A 0.081 0.098 0.072 0.097 0.123 0.082 0.010 0.438 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 17 A 0.033 0.028 0.034 0.058 0.117 0.084 0.012 0.635 18 L 0.437 0.057 0.093 0.060 0.054 0.034 0.029 0.234 19 F 0.139 0.065 0.229 0.123 0.129 0.070 0.023 0.221 20 I 0.067 0.048 0.260 0.100 0.130 0.045 0.007 0.343 21 G 0.043 0.043 0.162 0.088 0.118 0.076 0.012 0.458 22 N 0.059 0.015 0.057 0.025 0.041 0.112 0.014 0.677 23 A 0.051 0.025 0.082 0.024 0.047 0.085 0.008 0.678 24 R 0.036 0.033 0.033 0.029 0.049 0.257 0.009 0.554 25 A 0.078 0.082 0.028 0.022 0.040 0.237 0.012 0.500 26 A 0.117 0.337 0.038 0.027 0.051 0.083 0.008 0.338 27 G 0.075 0.278 0.029 0.037 0.036 0.091 0.020 0.434 28 A 0.166 0.248 0.042 0.023 0.036 0.092 0.022 0.371 29 T 0.084 0.305 0.023 0.020 0.042 0.053 0.012 0.459 30 E 0.046 0.268 0.019 0.016 0.038 0.132 0.009 0.471 31 L 0.039 0.552 0.010 0.013 0.020 0.105 0.007 0.256 32 L 0.049 0.781 0.007 0.008 0.018 0.028 0.007 0.102 33 V 0.015 0.907 0.003 0.005 0.009 0.007 0.004 0.050 34 R 0.018 0.906 0.005 0.005 0.006 0.007 0.009 0.046 35 A 0.063 0.802 0.010 0.017 0.009 0.006 0.041 0.053 36 G 0.647 0.054 0.010 0.016 0.009 0.009 0.182 0.073 37 I 0.111 0.024 0.630 0.047 0.037 0.037 0.022 0.092 38 T 0.010 0.016 0.410 0.234 0.154 0.038 0.006 0.133 39 L 0.007 0.005 0.422 0.094 0.156 0.035 0.003 0.278 40 C 0.002 0.002 0.761 0.085 0.112 0.010 0.001 0.026 41 V 0.001 0.002 0.778 0.118 0.070 0.006 0.001 0.024 42 N 0.002 0.003 0.437 0.164 0.261 0.017 0.002 0.115 43 V 0.005 0.002 0.436 0.106 0.209 0.042 0.002 0.198 44 S 0.010 0.005 0.095 0.098 0.184 0.320 0.005 0.284 45 R 0.051 0.004 0.034 0.028 0.071 0.097 0.012 0.704 46 Q 0.062 0.009 0.023 0.017 0.034 0.295 0.023 0.538 47 Q 0.169 0.008 0.013 0.020 0.026 0.166 0.020 0.579 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 49 G 0.007 0.002 0.005 0.016 0.028 0.051 0.002 0.890 50 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 51 R 0.042 0.003 0.009 0.025 0.064 0.079 0.006 0.772 52 A 0.250 0.005 0.030 0.036 0.049 0.049 0.004 0.578 53 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 54 G 0.030 0.002 0.021 0.046 0.101 0.104 0.005 0.691 55 V 0.375 0.005 0.073 0.070 0.092 0.062 0.008 0.316 56 A 0.053 0.007 0.112 0.322 0.266 0.053 0.006 0.181 57 E 0.019 0.003 0.055 0.091 0.153 0.034 0.002 0.642 58 L 0.011 0.004 0.246 0.295 0.360 0.020 0.003 0.062 59 R 0.013 0.005 0.075 0.152 0.237 0.032 0.007 0.480 60 V 0.012 0.002 0.294 0.255 0.274 0.019 0.004 0.140 61 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.992 62 V 0.007 0.001 0.076 0.081 0.299 0.070 0.002 0.465 63 F 0.026 0.003 0.048 0.049 0.074 0.116 0.003 0.681 64 D 0.082 0.007 0.035 0.032 0.069 0.097 0.011 0.669 65 D 0.188 0.007 0.032 0.022 0.027 0.154 0.007 0.563 66 P 0.010 0.001 0.004 0.002 0.003 0.065 0.001 0.913 67 A 0.062 0.012 0.026 0.014 0.043 0.472 0.007 0.364 68 E 0.052 0.036 0.019 0.007 0.015 0.168 0.005 0.698 69 D 0.034 0.081 0.011 0.008 0.019 0.110 0.005 0.732 70 L 0.182 0.115 0.015 0.006 0.018 0.111 0.012 0.542 71 L 0.162 0.187 0.018 0.007 0.021 0.255 0.015 0.334 72 T 0.144 0.227 0.010 0.008 0.015 0.210 0.018 0.369 73 H 0.198 0.318 0.006 0.003 0.005 0.082 0.013 0.376 74 L 0.160 0.480 0.017 0.003 0.007 0.057 0.017 0.260 75 E 0.026 0.544 0.012 0.003 0.006 0.057 0.005 0.348 76 P 0.003 0.124 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.858 77 T 0.012 0.811 0.002 0.001 0.003 0.028 0.002 0.141 78 C 0.004 0.967 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 79 A 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 80 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 81 M 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 82 E 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 83 A 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 84 A 0.041 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.015 85 V 0.056 0.879 0.005 0.007 0.006 0.002 0.015 0.029 86 R 0.061 0.584 0.052 0.029 0.036 0.020 0.041 0.177 87 D 0.063 0.198 0.021 0.016 0.018 0.041 0.059 0.585 88 G 0.265 0.071 0.018 0.016 0.006 0.025 0.208 0.392 89 G 0.388 0.007 0.188 0.028 0.010 0.084 0.119 0.176 90 S 0.017 0.001 0.222 0.028 0.028 0.109 0.005 0.591 91 C 0.009 0.001 0.341 0.180 0.264 0.068 0.002 0.136 92 L 0.006 0.001 0.396 0.152 0.247 0.042 0.001 0.156 93 V 0.001 0.001 0.588 0.153 0.208 0.010 0.001 0.040 94 Y 0.001 0.001 0.397 0.157 0.244 0.018 0.001 0.182 95 C 0.001 0.002 0.330 0.153 0.382 0.034 0.001 0.097 96 K 0.007 0.010 0.174 0.130 0.273 0.147 0.003 0.257 97 N 0.028 0.021 0.153 0.102 0.207 0.124 0.015 0.351 98 G 0.205 0.009 0.041 0.031 0.041 0.107 0.042 0.524 99 R 0.144 0.019 0.136 0.039 0.038 0.129 0.020 0.474 100 S 0.016 0.031 0.042 0.049 0.057 0.101 0.010 0.695 101 R 0.056 0.042 0.039 0.032 0.072 0.156 0.013 0.589 102 S 0.039 0.060 0.041 0.028 0.032 0.237 0.010 0.553 103 A 0.047 0.193 0.066 0.055 0.040 0.163 0.013 0.423 104 A 0.040 0.272 0.050 0.043 0.046 0.170 0.007 0.372 105 V 0.037 0.331 0.046 0.072 0.112 0.212 0.006 0.184 106 C 0.007 0.828 0.013 0.044 0.049 0.021 0.001 0.035 107 T 0.001 0.929 0.007 0.022 0.026 0.004 0.001 0.010 108 A 0.001 0.957 0.003 0.013 0.016 0.002 0.001 0.006 109 Y 0.003 0.969 0.002 0.008 0.011 0.001 0.001 0.005 110 L 0.004 0.977 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.003 111 M 0.009 0.969 0.002 0.004 0.007 0.001 0.004 0.005 112 R 0.026 0.934 0.003 0.004 0.005 0.001 0.015 0.012 113 H 0.043 0.893 0.009 0.005 0.005 0.002 0.020 0.022 114 R 0.097 0.696 0.016 0.008 0.007 0.010 0.066 0.100 115 G 0.424 0.160 0.027 0.008 0.007 0.013 0.125 0.235 116 H 0.262 0.074 0.241 0.014 0.012 0.070 0.029 0.298 117 S 0.025 0.036 0.023 0.006 0.009 0.220 0.007 0.675 118 L 0.036 0.069 0.032 0.005 0.021 0.051 0.003 0.783 119 D 0.009 0.060 0.008 0.002 0.005 0.382 0.002 0.531 120 R 0.027 0.098 0.002 0.001 0.002 0.621 0.003 0.247 121 A 0.010 0.946 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.035 122 F 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 123 Q 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 124 M 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 125 V 0.012 0.968 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.011 126 K 0.007 0.969 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.013 127 S 0.029 0.895 0.003 0.003 0.003 0.003 0.020 0.045 128 A 0.162 0.565 0.021 0.005 0.004 0.006 0.125 0.110 129 R 0.247 0.340 0.053 0.028 0.017 0.027 0.053 0.235 130 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 131 V 0.036 0.021 0.104 0.071 0.101 0.097 0.012 0.558 132 A 0.266 0.023 0.104 0.015 0.022 0.046 0.018 0.507 133 E 0.091 0.024 0.217 0.077 0.058 0.060 0.009 0.464 134 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.990 135 N 0.014 0.010 0.027 0.015 0.054 0.327 0.003 0.550 136 L 0.040 0.017 0.011 0.003 0.011 0.041 0.003 0.874 137 G 0.016 0.025 0.003 0.002 0.003 0.308 0.003 0.641 138 F 0.059 0.055 0.001 0.001 0.002 0.663 0.003 0.217 139 W 0.013 0.939 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.041 140 A 0.001 0.966 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.025 141 Q 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 142 L 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 143 Q 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 144 K 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 145 Y 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 146 E 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 147 Q 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 148 T 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 149 L 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 150 Q 0.009 0.969 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 151 A 0.034 0.912 0.003 0.002 0.002 0.004 0.012 0.031 152 Q 0.105 0.799 0.007 0.003 0.002 0.004 0.033 0.045 153 A 0.214 0.535 0.019 0.008 0.005 0.011 0.077 0.132 154 I 0.181 0.239 0.102 0.017 0.016 0.032 0.077 0.334 155 L 0.112 0.080 0.084 0.048 0.043 0.054 0.017 0.562 156 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 157 R 0.017 0.008 0.027 0.018 0.040 0.065 0.006 0.821 158 E 0.161 0.008 0.030 0.020 0.016 0.093 0.009 0.663 159 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 160 I 0.051 0.005 0.031 0.026 0.070 0.131 0.005 0.682 161 D 0.116 0.005 0.016 0.016 0.018 0.127 0.005 0.697 162 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 163 E 0.026 0.004 0.008 0.012 0.034 0.343 0.003 0.570