# TARGET T0317 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1621 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.294 0.134 0.077 0.131 0.036 0.061 0.056 0.038 0.075 0.041 2 G 0.044 0.124 0.194 0.167 0.069 0.049 0.016 0.047 0.055 0.170 0.064 3 T 0.081 0.268 0.110 0.015 0.216 0.013 0.030 0.111 0.080 0.053 0.024 4 S 0.085 0.209 0.097 0.016 0.195 0.015 0.039 0.169 0.095 0.048 0.032 5 E 0.069 0.131 0.090 0.036 0.120 0.041 0.083 0.197 0.113 0.086 0.034 6 A 0.074 0.217 0.181 0.057 0.145 0.028 0.048 0.088 0.046 0.081 0.036 7 A 0.057 0.289 0.253 0.058 0.145 0.026 0.022 0.051 0.023 0.046 0.030 8 P 0.029 0.362 0.350 0.032 0.117 0.014 0.020 0.031 0.017 0.018 0.010 9 P 0.029 0.278 0.351 0.048 0.084 0.029 0.059 0.056 0.027 0.022 0.016 10 P 0.036 0.327 0.252 0.034 0.134 0.021 0.028 0.068 0.046 0.031 0.023 11 F 0.072 0.113 0.037 0.014 0.110 0.023 0.041 0.118 0.219 0.186 0.067 12 A 0.043 0.216 0.121 0.030 0.138 0.028 0.049 0.108 0.133 0.107 0.027 13 R 0.129 0.154 0.059 0.009 0.214 0.012 0.052 0.128 0.091 0.110 0.043 14 V 0.144 0.192 0.094 0.020 0.176 0.012 0.030 0.038 0.046 0.161 0.087 15 A 0.053 0.365 0.250 0.042 0.187 0.012 0.011 0.034 0.018 0.009 0.020 16 P 0.039 0.088 0.038 0.023 0.089 0.062 0.125 0.268 0.202 0.044 0.021 17 A 0.136 0.109 0.031 0.010 0.245 0.012 0.041 0.081 0.102 0.174 0.059 18 L 0.258 0.141 0.013 0.003 0.449 0.006 0.010 0.030 0.017 0.026 0.046 19 F 0.256 0.126 0.049 0.009 0.413 0.008 0.015 0.024 0.008 0.027 0.064 20 I 0.128 0.072 0.031 0.073 0.106 0.074 0.092 0.103 0.056 0.163 0.101 21 G 0.009 0.103 0.205 0.447 0.031 0.087 0.022 0.033 0.017 0.037 0.009 22 N 0.094 0.065 0.051 0.032 0.102 0.015 0.018 0.127 0.088 0.300 0.107 23 A 0.034 0.256 0.106 0.011 0.152 0.008 0.021 0.266 0.105 0.031 0.012 24 R 0.137 0.122 0.036 0.008 0.165 0.018 0.050 0.275 0.075 0.056 0.059 25 A 0.068 0.093 0.070 0.021 0.097 0.014 0.027 0.363 0.125 0.092 0.031 26 A 0.014 0.053 0.024 0.018 0.036 0.067 0.085 0.582 0.092 0.020 0.009 27 G 0.025 0.071 0.057 0.047 0.035 0.035 0.045 0.262 0.086 0.285 0.053 28 A 0.123 0.092 0.040 0.006 0.143 0.006 0.014 0.316 0.065 0.132 0.063 29 T 0.017 0.053 0.010 0.002 0.038 0.001 0.002 0.745 0.108 0.018 0.006 30 E 0.005 0.005 0.001 0.001 0.009 0.002 0.007 0.890 0.065 0.012 0.002 31 L 0.002 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.955 0.022 0.005 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.036 0.006 0.001 33 V 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.837 0.135 0.006 0.002 34 R 0.002 0.006 0.003 0.001 0.005 0.004 0.075 0.797 0.089 0.018 0.001 35 A 0.002 0.536 0.400 0.004 0.042 0.003 0.005 0.005 0.002 0.002 0.001 36 G 0.180 0.006 0.005 0.005 0.018 0.002 0.005 0.011 0.007 0.250 0.511 37 I 0.438 0.059 0.005 0.002 0.382 0.003 0.004 0.006 0.008 0.029 0.063 38 T 0.115 0.028 0.003 0.052 0.228 0.242 0.181 0.077 0.026 0.016 0.030 39 L 0.274 0.039 0.004 0.005 0.659 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 40 C 0.284 0.015 0.001 0.001 0.688 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 41 V 0.168 0.064 0.002 0.001 0.741 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 42 N 0.393 0.032 0.002 0.001 0.419 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.145 43 V 0.278 0.071 0.008 0.008 0.207 0.013 0.017 0.018 0.026 0.182 0.170 44 S 0.056 0.313 0.198 0.069 0.206 0.028 0.028 0.031 0.042 0.020 0.009 45 R 0.100 0.105 0.058 0.034 0.141 0.031 0.074 0.150 0.122 0.134 0.050 46 Q 0.085 0.195 0.153 0.057 0.161 0.037 0.072 0.053 0.050 0.098 0.039 47 Q 0.050 0.291 0.331 0.056 0.165 0.027 0.018 0.032 0.011 0.008 0.011 48 P 0.025 0.150 0.125 0.108 0.065 0.078 0.163 0.155 0.063 0.048 0.020 49 G 0.042 0.139 0.252 0.116 0.089 0.043 0.024 0.045 0.055 0.137 0.058 50 P 0.069 0.271 0.129 0.013 0.206 0.013 0.028 0.102 0.082 0.060 0.027 51 R 0.101 0.249 0.182 0.016 0.187 0.013 0.032 0.035 0.028 0.094 0.061 52 A 0.048 0.351 0.276 0.041 0.174 0.015 0.016 0.038 0.019 0.010 0.012 53 P 0.030 0.078 0.082 0.060 0.048 0.131 0.170 0.189 0.130 0.060 0.023 54 G 0.056 0.092 0.063 0.080 0.083 0.035 0.037 0.067 0.081 0.336 0.071 55 V 0.303 0.132 0.014 0.002 0.386 0.004 0.005 0.017 0.020 0.042 0.074 56 A 0.082 0.275 0.048 0.012 0.434 0.014 0.029 0.036 0.023 0.028 0.018 57 E 0.404 0.067 0.013 0.002 0.415 0.003 0.006 0.009 0.008 0.020 0.054 58 L 0.147 0.193 0.044 0.017 0.514 0.018 0.017 0.011 0.006 0.008 0.024 59 R 0.304 0.090 0.021 0.004 0.408 0.003 0.006 0.009 0.008 0.035 0.112 60 V 0.085 0.414 0.119 0.006 0.340 0.003 0.004 0.006 0.003 0.004 0.015 61 P 0.182 0.246 0.050 0.004 0.415 0.003 0.009 0.013 0.010 0.021 0.048 62 V 0.109 0.254 0.084 0.013 0.263 0.019 0.036 0.075 0.065 0.047 0.035 63 F 0.101 0.163 0.077 0.038 0.240 0.044 0.063 0.064 0.054 0.105 0.051 64 D 0.153 0.096 0.089 0.043 0.227 0.021 0.041 0.038 0.051 0.155 0.085 65 D 0.054 0.130 0.144 0.038 0.136 0.028 0.060 0.184 0.127 0.070 0.027 66 P 0.020 0.064 0.045 0.016 0.034 0.013 0.046 0.257 0.245 0.238 0.023 67 A 0.021 0.158 0.126 0.038 0.059 0.026 0.059 0.268 0.132 0.093 0.020 68 E 0.011 0.122 0.068 0.022 0.043 0.028 0.061 0.417 0.160 0.047 0.019 69 D 0.041 0.081 0.034 0.004 0.064 0.008 0.045 0.320 0.205 0.154 0.044 70 L 0.024 0.085 0.029 0.004 0.040 0.004 0.011 0.350 0.277 0.158 0.018 71 L 0.009 0.037 0.015 0.005 0.017 0.007 0.019 0.588 0.267 0.032 0.005 72 T 0.002 0.013 0.013 0.006 0.005 0.038 0.077 0.666 0.152 0.024 0.004 73 H 0.005 0.011 0.005 0.002 0.006 0.001 0.012 0.696 0.127 0.128 0.007 74 L 0.004 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.634 0.235 0.108 0.003 75 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.046 0.001 0.001 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 77 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.024 0.003 0.001 78 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.027 0.001 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.012 0.004 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.928 0.066 0.005 0.001 82 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.875 0.116 0.003 0.001 83 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.890 0.062 0.016 0.001 84 A 0.002 0.011 0.008 0.002 0.011 0.009 0.067 0.766 0.086 0.039 0.001 85 V 0.026 0.055 0.017 0.003 0.025 0.002 0.019 0.642 0.149 0.046 0.016 86 R 0.015 0.018 0.028 0.012 0.010 0.023 0.101 0.563 0.168 0.052 0.011 87 D 0.003 0.397 0.252 0.075 0.036 0.045 0.101 0.066 0.013 0.011 0.002 88 G 0.035 0.083 0.108 0.051 0.022 0.005 0.011 0.008 0.013 0.401 0.263 89 G 0.025 0.281 0.264 0.167 0.068 0.044 0.009 0.011 0.011 0.089 0.030 90 S 0.235 0.097 0.006 0.003 0.605 0.002 0.005 0.004 0.004 0.009 0.028 91 C 0.178 0.101 0.007 0.003 0.700 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 92 L 0.172 0.045 0.001 0.001 0.775 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 93 V 0.245 0.048 0.003 0.001 0.678 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 94 Y 0.268 0.075 0.008 0.002 0.479 0.002 0.002 0.002 0.001 0.019 0.142 95 C 0.167 0.263 0.130 0.019 0.252 0.010 0.013 0.019 0.012 0.032 0.083 96 K 0.073 0.142 0.107 0.065 0.097 0.051 0.064 0.107 0.110 0.133 0.052 97 N 0.016 0.334 0.198 0.184 0.074 0.070 0.057 0.017 0.016 0.022 0.009 98 G 0.037 0.029 0.050 0.177 0.022 0.050 0.018 0.021 0.048 0.386 0.162 99 R 0.075 0.175 0.065 0.041 0.120 0.042 0.112 0.114 0.104 0.098 0.053 100 S 0.048 0.174 0.104 0.058 0.121 0.043 0.044 0.150 0.137 0.087 0.033 101 R 0.033 0.036 0.024 0.017 0.039 0.034 0.102 0.396 0.236 0.065 0.018 102 S 0.032 0.072 0.055 0.015 0.055 0.017 0.034 0.479 0.176 0.046 0.021 103 A 0.014 0.025 0.012 0.007 0.026 0.008 0.015 0.718 0.152 0.015 0.007 104 A 0.007 0.009 0.002 0.001 0.015 0.002 0.009 0.847 0.101 0.004 0.003 105 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.931 0.054 0.001 0.001 106 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.951 0.040 0.001 0.001 107 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.035 0.001 0.001 108 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.025 0.001 0.001 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.954 0.037 0.002 0.001 110 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.931 0.056 0.004 0.001 111 M 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.895 0.079 0.005 0.001 112 R 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.047 0.851 0.081 0.008 0.002 113 H 0.005 0.009 0.006 0.006 0.007 0.020 0.183 0.662 0.069 0.029 0.004 114 R 0.002 0.629 0.259 0.025 0.039 0.007 0.014 0.014 0.004 0.004 0.002 115 G 0.038 0.003 0.007 0.007 0.004 0.006 0.001 0.006 0.006 0.502 0.419 116 H 0.008 0.637 0.183 0.004 0.156 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 117 S 0.012 0.767 0.157 0.001 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.777 0.219 0.002 0.001 119 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.015 0.001 0.001 120 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.026 0.005 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.002 0.001 122 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.030 0.002 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.012 0.001 0.001 124 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.035 0.004 0.001 125 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.879 0.103 0.013 0.001 126 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.021 0.736 0.213 0.017 0.001 127 S 0.003 0.012 0.005 0.002 0.009 0.005 0.131 0.668 0.102 0.060 0.003 128 A 0.047 0.069 0.040 0.009 0.080 0.025 0.118 0.149 0.112 0.300 0.051 129 R 0.108 0.334 0.141 0.009 0.329 0.002 0.005 0.031 0.015 0.009 0.018 130 P 0.024 0.097 0.037 0.008 0.070 0.025 0.083 0.363 0.245 0.039 0.010 131 V 0.041 0.105 0.040 0.011 0.102 0.012 0.069 0.172 0.164 0.243 0.040 132 A 0.116 0.203 0.046 0.009 0.240 0.013 0.044 0.082 0.071 0.098 0.077 133 E 0.047 0.405 0.262 0.008 0.196 0.005 0.008 0.015 0.010 0.024 0.021 134 P 0.063 0.407 0.167 0.016 0.175 0.015 0.036 0.035 0.020 0.036 0.029 135 N 0.016 0.525 0.345 0.007 0.071 0.001 0.001 0.009 0.004 0.014 0.006 136 L 0.001 0.005 0.003 0.001 0.002 0.005 0.008 0.667 0.294 0.012 0.001 137 G 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.870 0.100 0.017 0.001 138 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.903 0.074 0.022 0.001 139 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.026 0.001 0.001 140 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 141 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.014 0.003 0.001 142 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.025 0.002 0.001 143 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.019 0.001 0.001 144 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.009 0.001 0.001 145 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.019 0.003 0.001 146 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.032 0.001 0.001 147 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.973 0.021 0.001 0.001 148 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.968 0.017 0.005 0.001 149 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.923 0.049 0.012 0.001 150 Q 0.004 0.008 0.002 0.001 0.005 0.003 0.012 0.843 0.102 0.017 0.002 151 A 0.005 0.018 0.009 0.004 0.012 0.006 0.043 0.734 0.127 0.039 0.003 152 Q 0.024 0.152 0.066 0.013 0.082 0.026 0.086 0.344 0.120 0.074 0.014 153 A 0.077 0.076 0.029 0.011 0.103 0.010 0.048 0.277 0.130 0.186 0.052 154 I 0.124 0.109 0.047 0.012 0.156 0.027 0.083 0.145 0.090 0.149 0.060 155 L 0.045 0.403 0.241 0.023 0.171 0.007 0.012 0.042 0.019 0.020 0.017 156 P 0.052 0.323 0.205 0.020 0.172 0.015 0.024 0.100 0.045 0.029 0.015 157 R 0.043 0.282 0.212 0.021 0.134 0.016 0.050 0.087 0.065 0.068 0.022 158 E 0.064 0.330 0.193 0.011 0.259 0.007 0.021 0.057 0.022 0.015 0.021 159 P 0.051 0.311 0.106 0.005 0.205 0.006 0.023 0.132 0.084 0.057 0.019 160 I 0.054 0.266 0.159 0.015 0.162 0.019 0.063 0.066 0.053 0.106 0.034 161 D 0.117 0.294 0.149 0.005 0.360 0.002 0.007 0.020 0.009 0.010 0.026 162 P 0.018 0.081 0.042 0.005 0.047 0.008 0.020 0.326 0.385 0.057 0.011 163 E 0.021 0.065 0.032 0.009 0.042 0.021 0.109 0.347 0.212 0.124 0.017