# TARGET T0317 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1621 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.748 0.180 0.049 0.017 0.005 0.001 0.001 2 G 0.551 0.209 0.121 0.079 0.031 0.008 0.001 3 T 0.607 0.217 0.102 0.052 0.017 0.004 0.001 4 S 0.640 0.210 0.080 0.045 0.018 0.006 0.001 5 E 0.333 0.281 0.204 0.115 0.048 0.016 0.002 6 A 0.130 0.155 0.213 0.254 0.186 0.057 0.005 7 A 0.277 0.258 0.215 0.154 0.069 0.024 0.004 8 P 0.343 0.273 0.175 0.118 0.064 0.024 0.003 9 P 0.254 0.228 0.214 0.177 0.092 0.031 0.004 10 P 0.302 0.240 0.164 0.151 0.095 0.041 0.006 11 F 0.095 0.107 0.153 0.235 0.227 0.152 0.032 12 A 0.196 0.222 0.198 0.184 0.119 0.065 0.016 13 R 0.179 0.253 0.206 0.165 0.106 0.068 0.022 14 V 0.065 0.086 0.120 0.204 0.262 0.203 0.060 15 A 0.079 0.150 0.218 0.240 0.179 0.105 0.030 16 P 0.223 0.269 0.196 0.140 0.086 0.063 0.023 17 A 0.114 0.171 0.192 0.202 0.161 0.120 0.041 18 L 0.051 0.058 0.092 0.170 0.257 0.282 0.091 19 F 0.059 0.080 0.120 0.186 0.211 0.239 0.106 20 I 0.070 0.080 0.105 0.156 0.200 0.272 0.118 21 G 0.149 0.137 0.144 0.183 0.195 0.143 0.049 22 N 0.161 0.161 0.180 0.190 0.157 0.114 0.037 23 A 0.094 0.095 0.127 0.195 0.235 0.203 0.051 24 R 0.174 0.219 0.199 0.182 0.132 0.077 0.016 25 A 0.089 0.131 0.172 0.221 0.213 0.145 0.028 26 A 0.137 0.173 0.187 0.210 0.174 0.101 0.018 27 G 0.156 0.210 0.216 0.201 0.133 0.070 0.013 28 A 0.159 0.211 0.207 0.197 0.140 0.075 0.011 29 T 0.102 0.172 0.232 0.259 0.170 0.060 0.005 30 E 0.371 0.363 0.163 0.068 0.025 0.008 0.001 31 L 0.079 0.220 0.279 0.249 0.126 0.044 0.003 32 L 0.018 0.038 0.100 0.271 0.391 0.175 0.008 33 V 0.162 0.349 0.295 0.147 0.041 0.007 0.001 34 R 0.458 0.353 0.130 0.046 0.011 0.002 0.001 35 A 0.105 0.217 0.290 0.254 0.111 0.022 0.001 36 G 0.116 0.367 0.307 0.151 0.048 0.010 0.001 37 I 0.002 0.011 0.047 0.198 0.417 0.296 0.028 38 T 0.011 0.111 0.254 0.326 0.212 0.076 0.010 39 L 0.001 0.009 0.036 0.118 0.283 0.478 0.075 40 C 0.001 0.009 0.040 0.121 0.265 0.435 0.129 41 V 0.001 0.002 0.005 0.027 0.147 0.533 0.286 42 N 0.002 0.024 0.091 0.238 0.328 0.251 0.068 43 V 0.002 0.009 0.031 0.126 0.352 0.419 0.061 44 S 0.026 0.146 0.283 0.313 0.171 0.056 0.004 45 R 0.141 0.331 0.291 0.175 0.053 0.009 0.001 46 Q 0.472 0.298 0.149 0.062 0.017 0.003 0.001 47 Q 0.572 0.247 0.113 0.051 0.015 0.002 0.001 48 P 0.737 0.184 0.054 0.019 0.005 0.001 0.001 49 G 0.583 0.244 0.107 0.049 0.015 0.003 0.001 50 P 0.329 0.257 0.202 0.143 0.056 0.013 0.001 51 R 0.440 0.297 0.147 0.081 0.028 0.007 0.001 52 A 0.184 0.233 0.257 0.203 0.098 0.022 0.002 53 P 0.293 0.286 0.205 0.132 0.060 0.020 0.003 54 G 0.150 0.222 0.213 0.203 0.136 0.067 0.010 55 V 0.033 0.047 0.091 0.209 0.315 0.257 0.048 56 A 0.070 0.192 0.239 0.248 0.151 0.083 0.018 57 E 0.041 0.102 0.154 0.215 0.221 0.201 0.066 58 L 0.019 0.041 0.077 0.154 0.267 0.324 0.118 59 R 0.026 0.091 0.186 0.229 0.216 0.183 0.070 60 V 0.010 0.018 0.038 0.103 0.259 0.436 0.136 61 P 0.025 0.081 0.138 0.207 0.251 0.235 0.062 62 V 0.022 0.039 0.078 0.171 0.307 0.311 0.071 63 F 0.066 0.153 0.221 0.249 0.185 0.104 0.022 64 D 0.130 0.177 0.201 0.219 0.166 0.089 0.017 65 D 0.164 0.208 0.215 0.211 0.139 0.054 0.009 66 P 0.481 0.326 0.124 0.048 0.016 0.004 0.001 67 A 0.114 0.193 0.262 0.258 0.130 0.039 0.004 68 E 0.340 0.296 0.181 0.105 0.055 0.021 0.003 69 D 0.249 0.355 0.221 0.110 0.045 0.016 0.004 70 L 0.028 0.062 0.136 0.296 0.331 0.139 0.009 71 L 0.038 0.202 0.309 0.275 0.131 0.041 0.003 72 T 0.173 0.441 0.248 0.093 0.034 0.011 0.002 73 H 0.008 0.055 0.185 0.324 0.303 0.116 0.009 74 L 0.002 0.005 0.011 0.082 0.352 0.499 0.049 75 E 0.012 0.143 0.394 0.322 0.104 0.024 0.001 76 P 0.015 0.142 0.363 0.337 0.125 0.017 0.001 77 T 0.001 0.001 0.003 0.015 0.138 0.681 0.162 78 C 0.001 0.003 0.029 0.219 0.462 0.273 0.013 79 A 0.010 0.258 0.453 0.213 0.056 0.009 0.001 80 A 0.001 0.013 0.098 0.372 0.396 0.116 0.004 81 M 0.001 0.001 0.002 0.023 0.233 0.640 0.102 82 E 0.006 0.125 0.362 0.362 0.130 0.015 0.001 83 A 0.028 0.455 0.370 0.121 0.023 0.003 0.001 84 A 0.002 0.028 0.124 0.378 0.351 0.115 0.004 85 V 0.009 0.105 0.294 0.402 0.172 0.018 0.001 86 R 0.436 0.359 0.136 0.055 0.013 0.001 0.001 87 D 0.619 0.258 0.093 0.026 0.004 0.001 0.001 88 G 0.526 0.386 0.076 0.012 0.001 0.001 0.001 89 G 0.018 0.112 0.296 0.407 0.151 0.016 0.001 90 S 0.002 0.018 0.091 0.259 0.429 0.192 0.008 91 C 0.001 0.001 0.003 0.018 0.151 0.639 0.189 92 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.343 0.615 93 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.239 0.716 94 Y 0.001 0.001 0.004 0.027 0.119 0.375 0.473 95 C 0.001 0.004 0.020 0.084 0.248 0.437 0.207 96 K 0.016 0.110 0.206 0.256 0.216 0.147 0.049 97 N 0.056 0.113 0.163 0.216 0.220 0.172 0.060 98 G 0.056 0.108 0.169 0.234 0.234 0.161 0.038 99 R 0.068 0.127 0.179 0.228 0.207 0.147 0.044 100 S 0.020 0.057 0.089 0.152 0.228 0.321 0.133 101 R 0.007 0.024 0.059 0.125 0.233 0.326 0.226 102 S 0.002 0.006 0.017 0.049 0.163 0.418 0.345 103 A 0.001 0.003 0.009 0.038 0.130 0.359 0.460 104 A 0.001 0.002 0.003 0.007 0.026 0.194 0.769 105 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.023 0.124 0.843 106 C 0.001 0.001 0.002 0.007 0.022 0.136 0.833 107 T 0.001 0.001 0.002 0.008 0.028 0.177 0.784 108 A 0.001 0.002 0.007 0.031 0.093 0.379 0.488 109 Y 0.001 0.005 0.019 0.078 0.224 0.503 0.171 110 L 0.001 0.005 0.013 0.051 0.198 0.579 0.153 111 M 0.004 0.019 0.056 0.180 0.349 0.365 0.026 112 R 0.024 0.162 0.283 0.301 0.174 0.054 0.003 113 H 0.059 0.211 0.309 0.270 0.122 0.028 0.002 114 R 0.131 0.294 0.290 0.189 0.079 0.017 0.001 115 G 0.403 0.344 0.157 0.070 0.022 0.004 0.001 116 H 0.139 0.228 0.288 0.216 0.109 0.020 0.001 117 S 0.146 0.404 0.270 0.130 0.041 0.008 0.001 118 L 0.009 0.024 0.072 0.282 0.412 0.190 0.011 119 D 0.069 0.283 0.335 0.214 0.079 0.018 0.001 120 R 0.041 0.272 0.425 0.208 0.048 0.005 0.001 121 A 0.004 0.008 0.019 0.094 0.343 0.490 0.042 122 F 0.003 0.027 0.086 0.314 0.401 0.160 0.009 123 Q 0.039 0.391 0.367 0.161 0.034 0.008 0.001 124 M 0.004 0.034 0.188 0.432 0.279 0.060 0.002 125 V 0.002 0.003 0.009 0.042 0.248 0.609 0.086 126 K 0.045 0.169 0.307 0.321 0.132 0.025 0.001 127 S 0.168 0.405 0.248 0.122 0.045 0.011 0.001 128 A 0.062 0.183 0.297 0.292 0.131 0.034 0.003 129 R 0.066 0.137 0.192 0.276 0.217 0.097 0.014 130 P 0.413 0.291 0.138 0.080 0.049 0.023 0.007 131 V 0.247 0.291 0.198 0.148 0.073 0.034 0.009 132 A 0.063 0.100 0.139 0.244 0.248 0.168 0.038 133 E 0.154 0.228 0.230 0.190 0.123 0.060 0.015 134 P 0.081 0.197 0.219 0.223 0.176 0.088 0.016 135 N 0.049 0.122 0.181 0.241 0.239 0.138 0.030 136 L 0.062 0.171 0.258 0.254 0.179 0.068 0.007 137 G 0.022 0.110 0.264 0.323 0.215 0.059 0.006 138 F 0.003 0.006 0.011 0.039 0.173 0.549 0.220 139 W 0.001 0.007 0.027 0.151 0.381 0.389 0.045 140 A 0.001 0.035 0.218 0.405 0.257 0.078 0.006 141 Q 0.001 0.001 0.007 0.054 0.310 0.576 0.051 142 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.434 0.550 143 Q 0.001 0.013 0.100 0.371 0.355 0.153 0.007 144 K 0.002 0.052 0.279 0.433 0.206 0.027 0.001 145 Y 0.001 0.002 0.007 0.054 0.280 0.600 0.056 146 E 0.002 0.011 0.043 0.191 0.448 0.293 0.012 147 Q 0.106 0.399 0.323 0.128 0.038 0.006 0.001 148 T 0.118 0.293 0.314 0.213 0.054 0.007 0.001 149 L 0.025 0.062 0.137 0.327 0.321 0.123 0.006 150 Q 0.152 0.304 0.279 0.180 0.071 0.014 0.001 151 A 0.559 0.296 0.103 0.033 0.008 0.001 0.001 152 Q 0.349 0.277 0.210 0.121 0.038 0.006 0.001 153 A 0.367 0.259 0.182 0.129 0.051 0.012 0.001 154 I 0.356 0.268 0.192 0.124 0.050 0.009 0.001 155 L 0.324 0.228 0.201 0.160 0.073 0.014 0.001 156 P 0.603 0.223 0.096 0.052 0.021 0.005 0.001 157 R 0.557 0.215 0.123 0.075 0.025 0.004 0.001 158 E 0.585 0.242 0.105 0.050 0.016 0.002 0.001 159 P 0.525 0.252 0.134 0.066 0.019 0.003 0.001 160 I 0.581 0.240 0.112 0.051 0.014 0.002 0.001 161 D 0.863 0.107 0.022 0.007 0.001 0.001 0.001 162 P 0.900 0.071 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 163 E 0.840 0.115 0.032 0.010 0.002 0.001 0.001