# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 379 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.062 0.017 0.010 0.008 0.159 0.744 2 S 0.085 0.082 0.014 0.008 0.180 0.631 3 D 0.061 0.054 0.041 0.011 0.511 0.322 4 N 0.011 0.006 0.185 0.018 0.729 0.051 5 S 0.007 0.004 0.144 0.013 0.788 0.043 6 K 0.040 0.006 0.042 0.002 0.830 0.079 7 T 0.286 0.005 0.004 0.001 0.391 0.313 8 R 0.816 0.015 0.001 0.001 0.030 0.139 9 V 0.988 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 10 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 11 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 12 G 0.974 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 13 M 0.859 0.002 0.001 0.001 0.024 0.113 14 S 0.311 0.011 0.002 0.004 0.077 0.595 15 G 0.111 0.021 0.008 0.083 0.165 0.612 16 G 0.023 0.008 0.011 0.255 0.260 0.442 17 V 0.001 0.002 0.003 0.921 0.041 0.032 18 D 0.001 0.001 0.001 0.975 0.014 0.010 19 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 20 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 28 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.005 0.953 0.015 0.027 30 G 0.003 0.001 0.003 0.036 0.130 0.828 31 Y 0.037 0.002 0.004 0.010 0.242 0.705 32 D 0.362 0.010 0.005 0.006 0.182 0.434 33 V 0.825 0.011 0.004 0.006 0.063 0.091 34 I 0.917 0.003 0.004 0.006 0.023 0.048 35 G 0.955 0.002 0.003 0.005 0.013 0.023 36 I 0.957 0.002 0.003 0.004 0.012 0.022 37 F 0.932 0.002 0.002 0.005 0.018 0.041 38 M 0.921 0.005 0.006 0.009 0.028 0.032 39 K 0.873 0.006 0.009 0.012 0.043 0.056 40 N 0.730 0.012 0.015 0.016 0.121 0.106 41 W 0.522 0.038 0.013 0.015 0.219 0.193 42 D 0.232 0.040 0.016 0.022 0.516 0.174 43 D 0.071 0.021 0.042 0.047 0.676 0.143 44 T 0.026 0.010 0.045 0.033 0.754 0.131 45 D 0.023 0.014 0.086 0.040 0.721 0.116 46 E 0.025 0.016 0.068 0.048 0.582 0.261 47 N 0.045 0.036 0.090 0.043 0.516 0.270 48 G 0.067 0.022 0.048 0.032 0.447 0.385 49 V 0.142 0.053 0.035 0.038 0.297 0.436 50 C 0.136 0.094 0.032 0.040 0.307 0.392 51 T 0.087 0.023 0.038 0.044 0.376 0.432 52 A 0.038 0.009 0.127 0.146 0.430 0.250 53 T 0.017 0.006 0.229 0.266 0.335 0.147 54 E 0.012 0.006 0.130 0.233 0.395 0.225 55 D 0.012 0.008 0.028 0.302 0.157 0.494 56 Y 0.001 0.001 0.004 0.959 0.017 0.019 57 K 0.001 0.001 0.003 0.974 0.013 0.009 58 D 0.001 0.001 0.002 0.986 0.005 0.006 59 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 64 D 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.005 0.981 0.009 0.005 66 I 0.001 0.001 0.008 0.884 0.034 0.072 67 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.054 0.940 68 I 0.010 0.001 0.001 0.001 0.084 0.904 69 P 0.153 0.003 0.001 0.001 0.076 0.765 70 Y 0.828 0.011 0.005 0.001 0.039 0.116 71 Y 0.938 0.002 0.004 0.001 0.013 0.041 72 S 0.954 0.004 0.004 0.001 0.012 0.025 73 V 0.918 0.004 0.002 0.002 0.020 0.054 74 N 0.654 0.012 0.002 0.009 0.067 0.255 75 F 0.032 0.002 0.047 0.720 0.120 0.079 76 E 0.003 0.001 0.058 0.817 0.090 0.030 77 K 0.003 0.001 0.057 0.820 0.092 0.027 78 E 0.003 0.001 0.037 0.884 0.059 0.015 79 Y 0.003 0.001 0.018 0.911 0.039 0.028 80 W 0.005 0.001 0.024 0.907 0.044 0.019 81 D 0.002 0.001 0.015 0.908 0.053 0.022 82 R 0.002 0.001 0.011 0.872 0.060 0.053 83 V 0.002 0.006 0.011 0.876 0.033 0.072 84 F 0.002 0.001 0.005 0.925 0.017 0.049 85 E 0.001 0.001 0.002 0.984 0.006 0.008 86 Y 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.004 87 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 88 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 89 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 90 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 91 Y 0.001 0.001 0.002 0.986 0.006 0.005 92 R 0.001 0.001 0.019 0.924 0.040 0.015 93 A 0.001 0.001 0.024 0.798 0.104 0.074 94 G 0.003 0.002 0.014 0.193 0.241 0.548 95 R 0.011 0.034 0.006 0.023 0.232 0.693 96 T 0.027 0.046 0.006 0.017 0.412 0.491 97 P 0.024 0.017 0.015 0.019 0.502 0.423 98 N 0.015 0.017 0.006 0.013 0.586 0.363 99 P 0.035 0.006 0.012 0.021 0.416 0.511 100 D 0.209 0.069 0.032 0.050 0.276 0.363 101 V 0.262 0.033 0.110 0.104 0.325 0.167 102 M 0.257 0.048 0.113 0.136 0.325 0.120 103 C 0.124 0.026 0.126 0.212 0.347 0.165 104 N 0.059 0.011 0.113 0.081 0.549 0.186 105 K 0.029 0.003 0.184 0.208 0.431 0.145 106 E 0.112 0.013 0.205 0.216 0.353 0.101 107 I 0.300 0.073 0.161 0.178 0.212 0.076 108 K 0.318 0.074 0.050 0.135 0.167 0.256 109 F 0.009 0.001 0.060 0.801 0.072 0.057 110 K 0.001 0.001 0.022 0.970 0.007 0.002 111 A 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 112 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 114 D 0.001 0.001 0.001 0.988 0.008 0.003 115 Y 0.001 0.001 0.002 0.987 0.009 0.002 116 A 0.001 0.001 0.005 0.979 0.013 0.002 117 I 0.001 0.001 0.010 0.978 0.010 0.002 118 T 0.001 0.001 0.019 0.950 0.021 0.009 119 L 0.001 0.001 0.015 0.831 0.053 0.101 120 G 0.002 0.001 0.003 0.013 0.118 0.864 121 A 0.030 0.002 0.005 0.003 0.203 0.756 122 D 0.335 0.012 0.018 0.005 0.233 0.397 123 Y 0.877 0.011 0.009 0.003 0.047 0.053 124 V 0.944 0.004 0.004 0.002 0.017 0.029 125 A 0.891 0.007 0.006 0.004 0.032 0.060 126 T 0.666 0.005 0.009 0.006 0.123 0.192 127 G 0.425 0.006 0.013 0.003 0.228 0.325 128 H 0.519 0.018 0.016 0.005 0.213 0.229 129 Y 0.720 0.023 0.017 0.004 0.113 0.123 130 A 0.821 0.005 0.011 0.004 0.073 0.087 131 R 0.878 0.006 0.008 0.003 0.045 0.059 132 V 0.884 0.005 0.005 0.004 0.039 0.063 133 A 0.876 0.007 0.006 0.004 0.052 0.055 134 R 0.832 0.014 0.004 0.003 0.082 0.065 135 D 0.333 0.012 0.016 0.008 0.575 0.056 136 E 0.035 0.004 0.045 0.020 0.864 0.032 137 D 0.027 0.004 0.044 0.015 0.879 0.032 138 G 0.097 0.007 0.021 0.013 0.768 0.094 139 T 0.515 0.012 0.004 0.005 0.144 0.320 140 V 0.902 0.014 0.001 0.002 0.022 0.060 141 H 0.945 0.004 0.001 0.001 0.015 0.034 142 M 0.935 0.004 0.002 0.002 0.017 0.040 143 L 0.882 0.005 0.003 0.003 0.031 0.075 144 R 0.796 0.005 0.004 0.003 0.052 0.140 145 G 0.545 0.013 0.008 0.004 0.165 0.264 146 V 0.276 0.050 0.011 0.005 0.260 0.398 147 D 0.090 0.029 0.023 0.008 0.591 0.258 148 N 0.014 0.005 0.258 0.034 0.611 0.076 149 G 0.025 0.010 0.226 0.025 0.644 0.070 150 K 0.054 0.008 0.166 0.028 0.670 0.075 151 D 0.162 0.032 0.049 0.027 0.423 0.307 152 Q 0.460 0.039 0.023 0.033 0.245 0.199 153 T 0.676 0.008 0.014 0.028 0.142 0.132 154 Y 0.791 0.008 0.009 0.051 0.071 0.069 155 F 0.687 0.019 0.021 0.091 0.085 0.097 156 L 0.572 0.013 0.057 0.114 0.120 0.125 157 S 0.310 0.005 0.107 0.100 0.275 0.204 158 Q 0.186 0.018 0.073 0.093 0.345 0.285 159 L 0.096 0.034 0.030 0.062 0.289 0.489 160 S 0.044 0.013 0.012 0.070 0.240 0.621 161 Q 0.003 0.001 0.124 0.728 0.115 0.029 162 E 0.002 0.001 0.078 0.805 0.092 0.021 163 Q 0.002 0.001 0.062 0.862 0.063 0.009 164 L 0.005 0.002 0.038 0.878 0.055 0.023 165 Q 0.007 0.001 0.049 0.815 0.090 0.038 166 K 0.007 0.001 0.073 0.718 0.127 0.075 167 T 0.016 0.002 0.048 0.547 0.179 0.208 168 M 0.024 0.025 0.033 0.340 0.236 0.342 169 F 0.034 0.019 0.016 0.088 0.254 0.589 170 P 0.023 0.009 0.034 0.031 0.435 0.468 171 L 0.011 0.005 0.440 0.044 0.427 0.072 172 G 0.005 0.002 0.402 0.033 0.480 0.078 173 H 0.011 0.004 0.350 0.042 0.463 0.130 174 L 0.028 0.015 0.040 0.042 0.403 0.472 175 E 0.017 0.013 0.007 0.034 0.146 0.782 176 K 0.019 0.009 0.052 0.489 0.163 0.267 177 P 0.007 0.002 0.044 0.776 0.081 0.090 178 E 0.003 0.002 0.027 0.925 0.016 0.027 179 V 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 180 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 181 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 183 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 184 E 0.001 0.001 0.004 0.987 0.007 0.002 185 E 0.001 0.001 0.006 0.975 0.011 0.007 186 A 0.001 0.001 0.006 0.925 0.017 0.051 187 G 0.001 0.001 0.001 0.014 0.043 0.941 188 L 0.011 0.003 0.007 0.015 0.107 0.856 189 S 0.147 0.017 0.051 0.025 0.228 0.531 190 T 0.210 0.043 0.256 0.050 0.277 0.164 191 A 0.260 0.007 0.181 0.051 0.245 0.255 192 K 0.242 0.019 0.082 0.028 0.314 0.315 193 K 0.182 0.034 0.027 0.020 0.310 0.428 194 K 0.145 0.040 0.041 0.019 0.337 0.417 195 D 0.112 0.042 0.053 0.017 0.393 0.383 196 S 0.160 0.025 0.075 0.013 0.440 0.286 197 T 0.229 0.014 0.045 0.014 0.399 0.299 198 G 0.381 0.008 0.023 0.009 0.292 0.287 199 I 0.636 0.026 0.010 0.008 0.129 0.191 200 C 0.705 0.010 0.009 0.009 0.098 0.170 201 F 0.724 0.017 0.007 0.008 0.099 0.145 202 I 0.488 0.023 0.007 0.005 0.218 0.259 203 G 0.140 0.010 0.006 0.005 0.452 0.386 204 E 0.021 0.009 0.021 0.024 0.677 0.248 205 K 0.012 0.007 0.049 0.085 0.597 0.249 206 N 0.024 0.033 0.053 0.229 0.379 0.284 207 F 0.001 0.001 0.021 0.939 0.025 0.013 208 K 0.001 0.001 0.010 0.979 0.008 0.003 209 N 0.001 0.001 0.017 0.972 0.009 0.001 210 F 0.001 0.001 0.012 0.973 0.012 0.002 211 L 0.001 0.001 0.008 0.966 0.018 0.006 212 S 0.002 0.001 0.020 0.928 0.039 0.010 213 N 0.003 0.001 0.023 0.816 0.099 0.059 214 Y 0.006 0.009 0.031 0.569 0.181 0.204 215 L 0.008 0.015 0.050 0.158 0.288 0.481 216 P 0.013 0.005 0.032 0.034 0.274 0.641 217 A 0.036 0.013 0.038 0.023 0.287 0.603 218 Q 0.046 0.017 0.015 0.007 0.339 0.577 219 P 0.164 0.006 0.021 0.005 0.298 0.506 220 G 0.297 0.013 0.019 0.004 0.243 0.424 221 R 0.627 0.017 0.009 0.002 0.103 0.242 222 M 0.830 0.017 0.005 0.002 0.038 0.109 223 M 0.894 0.028 0.002 0.001 0.023 0.053 224 T 0.664 0.024 0.003 0.001 0.288 0.021 225 V 0.127 0.004 0.004 0.002 0.848 0.015 226 D 0.015 0.001 0.002 0.001 0.976 0.007 227 G 0.046 0.002 0.002 0.001 0.933 0.016 228 R 0.660 0.016 0.001 0.001 0.114 0.209 229 D 0.933 0.028 0.001 0.001 0.013 0.025 230 M 0.919 0.004 0.001 0.001 0.015 0.061 231 G 0.888 0.016 0.002 0.001 0.029 0.064 232 E 0.715 0.012 0.008 0.004 0.094 0.166 233 H 0.588 0.014 0.037 0.010 0.157 0.195 234 A 0.329 0.010 0.076 0.014 0.335 0.234 235 G 0.276 0.008 0.101 0.017 0.395 0.203 236 L 0.464 0.017 0.039 0.022 0.295 0.164 237 M 0.516 0.024 0.025 0.036 0.175 0.223 238 Y 0.595 0.022 0.044 0.063 0.165 0.112 239 Y 0.524 0.008 0.042 0.080 0.163 0.182 240 T 0.476 0.016 0.021 0.098 0.135 0.253 241 I 0.461 0.020 0.031 0.131 0.175 0.183 242 G 0.340 0.014 0.062 0.189 0.239 0.155 243 Q 0.224 0.019 0.140 0.209 0.290 0.118 244 R 0.149 0.012 0.177 0.246 0.318 0.098 245 G 0.101 0.015 0.126 0.275 0.316 0.167 246 G 0.110 0.008 0.068 0.138 0.361 0.315 247 L 0.178 0.041 0.035 0.105 0.226 0.414 248 G 0.173 0.060 0.024 0.044 0.242 0.457 249 I 0.166 0.073 0.037 0.048 0.374 0.301 250 G 0.115 0.026 0.045 0.040 0.437 0.337 251 G 0.064 0.026 0.036 0.018 0.602 0.252 252 Q 0.050 0.028 0.034 0.021 0.651 0.216 253 H 0.031 0.035 0.040 0.018 0.565 0.311 254 G 0.015 0.018 0.031 0.012 0.671 0.253 255 G 0.019 0.017 0.041 0.007 0.571 0.344 256 D 0.045 0.025 0.044 0.009 0.434 0.443 257 N 0.105 0.043 0.037 0.007 0.344 0.463 258 A 0.216 0.043 0.013 0.003 0.249 0.476 259 P 0.321 0.007 0.008 0.002 0.156 0.506 260 W 0.824 0.010 0.004 0.002 0.047 0.114 261 F 0.959 0.002 0.001 0.001 0.010 0.027 262 R 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 263 Y 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 264 R 0.951 0.003 0.002 0.001 0.015 0.029 265 Q 0.850 0.011 0.002 0.001 0.036 0.101 266 P 0.604 0.018 0.003 0.001 0.233 0.141 267 D 0.022 0.003 0.204 0.005 0.750 0.016 268 S 0.009 0.001 0.305 0.007 0.667 0.012 269 K 0.049 0.005 0.200 0.004 0.731 0.011 270 V 0.232 0.002 0.011 0.003 0.524 0.229 271 T 0.888 0.009 0.001 0.001 0.025 0.076 272 V 0.991 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 273 H 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 274 V 0.975 0.004 0.001 0.001 0.006 0.015 275 K 0.784 0.006 0.002 0.002 0.055 0.151 276 G 0.254 0.007 0.015 0.005 0.334 0.384 277 E 0.018 0.004 0.192 0.024 0.579 0.183 278 K 0.009 0.006 0.415 0.047 0.423 0.100 279 T 0.012 0.012 0.285 0.065 0.464 0.161 280 E 0.019 0.008 0.090 0.077 0.502 0.305 281 V 0.019 0.006 0.185 0.218 0.410 0.161 282 I 0.051 0.009 0.205 0.244 0.402 0.089 283 F 0.099 0.009 0.244 0.239 0.335 0.073 284 A 0.250 0.023 0.133 0.209 0.248 0.137 285 E 0.287 0.007 0.095 0.183 0.253 0.174 286 P 0.316 0.007 0.056 0.202 0.207 0.212 287 Q 0.452 0.010 0.028 0.164 0.145 0.200 288 R 0.580 0.019 0.015 0.126 0.092 0.168 289 A 0.587 0.016 0.014 0.105 0.104 0.174 290 I 0.506 0.015 0.026 0.077 0.186 0.189 291 T 0.313 0.006 0.039 0.068 0.326 0.247 292 P 0.325 0.013 0.052 0.080 0.329 0.202 293 G 0.406 0.029 0.050 0.076 0.256 0.184 294 Q 0.453 0.015 0.040 0.065 0.213 0.215 295 A 0.446 0.020 0.051 0.082 0.204 0.197 296 V 0.373 0.040 0.036 0.073 0.224 0.253 297 V 0.271 0.012 0.028 0.063 0.292 0.334 298 F 0.109 0.010 0.036 0.054 0.363 0.428 299 Y 0.058 0.021 0.025 0.036 0.345 0.516 300 D 0.030 0.009 0.037 0.033 0.433 0.458 301 G 0.019 0.010 0.047 0.042 0.438 0.444 302 E 0.024 0.013 0.064 0.043 0.437 0.419 303 E 0.073 0.032 0.050 0.022 0.409 0.414 304 C 0.151 0.015 0.040 0.016 0.300 0.478 305 L 0.490 0.022 0.024 0.008 0.168 0.289 306 G 0.842 0.006 0.006 0.002 0.042 0.101 307 G 0.950 0.002 0.001 0.001 0.008 0.036 308 G 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 309 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 310 I 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 311 D 0.944 0.002 0.001 0.001 0.008 0.044 312 N 0.856 0.004 0.002 0.004 0.032 0.102 313 A 0.656 0.008 0.008 0.006 0.115 0.207 314 Y 0.291 0.017 0.015 0.010 0.295 0.372 315 R 0.129 0.018 0.016 0.006 0.501 0.330 316 D 0.064 0.008 0.013 0.006 0.513 0.395 317 G 0.060 0.014 0.021 0.005 0.515 0.385 318 Q 0.165 0.031 0.020 0.005 0.428 0.350 319 V 0.321 0.006 0.014 0.005 0.167 0.487 320 C 0.610 0.009 0.010 0.006 0.067 0.298 321 Q 0.736 0.017 0.004 0.004 0.036 0.203 322 Y 0.618 0.023 0.002 0.005 0.028 0.324 323 I 0.013 0.002 0.001 0.001 0.009 0.976