# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2608 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.002 0.005 0.021 0.069 0.892 2 S 0.100 0.014 0.038 0.067 0.141 0.640 3 D 0.090 0.019 0.100 0.078 0.304 0.409 4 N 0.051 0.021 0.206 0.075 0.421 0.227 5 S 0.051 0.004 0.147 0.045 0.560 0.192 6 K 0.036 0.002 0.082 0.021 0.638 0.220 7 T 0.100 0.007 0.015 0.005 0.443 0.431 8 R 0.609 0.005 0.001 0.001 0.132 0.252 9 V 0.932 0.001 0.001 0.001 0.011 0.056 10 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 11 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 G 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 13 M 0.955 0.001 0.001 0.001 0.007 0.036 14 S 0.565 0.006 0.001 0.001 0.073 0.354 15 G 0.099 0.006 0.003 0.003 0.153 0.736 16 G 0.026 0.007 0.004 0.009 0.169 0.784 17 V 0.020 0.022 0.017 0.214 0.227 0.500 18 D 0.014 0.014 0.016 0.402 0.171 0.384 19 S 0.005 0.002 0.008 0.913 0.031 0.042 20 S 0.003 0.001 0.003 0.971 0.010 0.013 21 V 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.002 22 T 0.002 0.001 0.004 0.990 0.003 0.001 23 A 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 24 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 25 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 26 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 27 K 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 28 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 29 Q 0.001 0.001 0.005 0.962 0.009 0.025 30 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.977 31 Y 0.010 0.001 0.001 0.001 0.083 0.904 32 D 0.292 0.004 0.002 0.001 0.102 0.602 33 V 0.933 0.002 0.001 0.001 0.009 0.055 34 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 35 G 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 36 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 37 F 0.973 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 38 M 0.863 0.002 0.001 0.001 0.026 0.107 39 K 0.579 0.009 0.003 0.001 0.096 0.312 40 N 0.354 0.019 0.009 0.004 0.239 0.375 41 W 0.172 0.027 0.028 0.020 0.423 0.330 42 D 0.167 0.019 0.044 0.037 0.543 0.190 43 D 0.126 0.021 0.072 0.064 0.567 0.151 44 T 0.068 0.030 0.050 0.051 0.655 0.146 45 D 0.039 0.015 0.079 0.031 0.762 0.075 46 E 0.035 0.014 0.101 0.038 0.727 0.085 47 N 0.025 0.010 0.088 0.038 0.742 0.098 48 G 0.080 0.018 0.037 0.014 0.699 0.152 49 V 0.227 0.096 0.021 0.027 0.280 0.349 50 C 0.222 0.105 0.023 0.046 0.258 0.346 51 T 0.117 0.027 0.023 0.058 0.356 0.418 52 A 0.036 0.008 0.022 0.087 0.321 0.527 53 T 0.023 0.008 0.049 0.433 0.246 0.241 54 E 0.034 0.015 0.064 0.511 0.220 0.157 55 D 0.032 0.020 0.054 0.454 0.181 0.258 56 Y 0.002 0.001 0.025 0.924 0.026 0.023 57 K 0.002 0.001 0.021 0.942 0.021 0.014 58 D 0.001 0.001 0.020 0.945 0.023 0.010 59 V 0.001 0.001 0.007 0.981 0.006 0.005 60 V 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 61 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.002 62 V 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 63 A 0.001 0.001 0.005 0.989 0.004 0.001 64 D 0.001 0.001 0.010 0.982 0.006 0.002 65 Q 0.001 0.001 0.010 0.968 0.011 0.011 66 I 0.001 0.001 0.010 0.891 0.014 0.084 67 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.992 68 I 0.010 0.001 0.001 0.001 0.027 0.963 69 P 0.129 0.001 0.001 0.001 0.070 0.799 70 Y 0.850 0.006 0.001 0.001 0.024 0.118 71 Y 0.965 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 72 S 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 73 V 0.896 0.003 0.001 0.002 0.009 0.089 74 N 0.473 0.007 0.001 0.003 0.092 0.423 75 F 0.073 0.004 0.051 0.133 0.243 0.496 76 E 0.025 0.003 0.075 0.326 0.243 0.328 77 K 0.004 0.001 0.219 0.631 0.120 0.025 78 E 0.004 0.001 0.125 0.731 0.102 0.037 79 Y 0.006 0.002 0.098 0.775 0.089 0.029 80 W 0.007 0.002 0.034 0.866 0.052 0.039 81 D 0.006 0.001 0.027 0.888 0.039 0.040 82 R 0.006 0.001 0.019 0.902 0.040 0.032 83 V 0.014 0.001 0.012 0.905 0.035 0.033 84 F 0.024 0.002 0.006 0.891 0.026 0.052 85 E 0.008 0.001 0.005 0.959 0.009 0.019 86 Y 0.002 0.001 0.002 0.990 0.002 0.003 87 F 0.002 0.001 0.002 0.990 0.002 0.004 88 L 0.002 0.001 0.002 0.989 0.003 0.003 89 A 0.002 0.001 0.005 0.984 0.004 0.005 90 E 0.002 0.001 0.005 0.974 0.007 0.010 91 Y 0.002 0.001 0.008 0.947 0.018 0.024 92 R 0.002 0.002 0.012 0.901 0.056 0.028 93 A 0.002 0.002 0.015 0.835 0.081 0.065 94 G 0.005 0.002 0.020 0.111 0.326 0.535 95 R 0.013 0.010 0.009 0.016 0.333 0.620 96 T 0.034 0.029 0.006 0.019 0.220 0.692 97 P 0.032 0.038 0.009 0.044 0.214 0.663 98 N 0.029 0.012 0.009 0.039 0.257 0.654 99 P 0.044 0.009 0.050 0.252 0.227 0.418 100 D 0.060 0.015 0.087 0.336 0.228 0.274 101 V 0.060 0.015 0.145 0.389 0.232 0.159 102 M 0.066 0.016 0.116 0.311 0.263 0.229 103 C 0.037 0.013 0.076 0.402 0.250 0.222 104 N 0.024 0.006 0.047 0.359 0.328 0.236 105 K 0.009 0.001 0.075 0.620 0.198 0.096 106 E 0.014 0.003 0.066 0.716 0.122 0.078 107 I 0.028 0.005 0.056 0.750 0.100 0.061 108 K 0.031 0.006 0.024 0.787 0.045 0.107 109 F 0.010 0.001 0.007 0.926 0.017 0.039 110 K 0.003 0.001 0.006 0.965 0.010 0.016 111 A 0.001 0.001 0.007 0.980 0.007 0.004 112 F 0.001 0.001 0.006 0.987 0.004 0.002 113 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 114 D 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 116 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 117 I 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 118 T 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 119 L 0.001 0.001 0.003 0.967 0.005 0.025 120 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.990 121 A 0.011 0.002 0.002 0.001 0.109 0.876 122 D 0.110 0.002 0.003 0.001 0.174 0.710 123 Y 0.920 0.005 0.001 0.001 0.017 0.055 124 V 0.987 0.002 0.001 0.001 0.003 0.007 125 A 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 126 T 0.893 0.003 0.001 0.007 0.026 0.069 127 G 0.555 0.004 0.009 0.008 0.154 0.270 128 H 0.383 0.008 0.044 0.023 0.237 0.305 129 Y 0.228 0.027 0.105 0.051 0.333 0.256 130 A 0.273 0.020 0.106 0.100 0.315 0.185 131 R 0.236 0.020 0.068 0.128 0.319 0.229 132 V 0.176 0.040 0.061 0.168 0.352 0.203 133 A 0.116 0.014 0.049 0.112 0.459 0.249 134 R 0.082 0.013 0.072 0.091 0.507 0.235 135 D 0.082 0.022 0.119 0.114 0.483 0.180 136 E 0.109 0.023 0.118 0.105 0.481 0.163 137 D 0.095 0.009 0.072 0.103 0.517 0.206 138 G 0.140 0.012 0.051 0.106 0.429 0.262 139 T 0.241 0.028 0.056 0.161 0.244 0.271 140 V 0.345 0.025 0.106 0.179 0.172 0.173 141 H 0.332 0.025 0.125 0.192 0.165 0.161 142 M 0.287 0.034 0.133 0.209 0.160 0.177 143 L 0.188 0.024 0.093 0.217 0.273 0.206 144 R 0.095 0.014 0.077 0.226 0.319 0.269 145 G 0.051 0.022 0.050 0.085 0.439 0.352 146 V 0.039 0.026 0.088 0.108 0.512 0.227 147 D 0.023 0.016 0.119 0.109 0.544 0.190 148 N 0.016 0.016 0.116 0.159 0.515 0.177 149 G 0.020 0.016 0.092 0.110 0.520 0.242 150 K 0.027 0.014 0.083 0.172 0.401 0.304 151 D 0.034 0.027 0.065 0.167 0.359 0.349 152 Q 0.033 0.023 0.097 0.310 0.300 0.237 153 T 0.033 0.010 0.094 0.406 0.254 0.203 154 Y 0.028 0.005 0.103 0.569 0.197 0.099 155 F 0.052 0.008 0.093 0.624 0.127 0.096 156 L 0.064 0.011 0.126 0.567 0.140 0.091 157 S 0.063 0.005 0.111 0.509 0.167 0.145 158 Q 0.053 0.006 0.080 0.560 0.145 0.156 159 L 0.060 0.011 0.030 0.443 0.172 0.284 160 S 0.046 0.009 0.018 0.401 0.150 0.377 161 Q 0.007 0.001 0.080 0.806 0.067 0.039 162 E 0.011 0.001 0.101 0.757 0.098 0.032 163 Q 0.022 0.002 0.107 0.648 0.176 0.046 164 L 0.063 0.004 0.049 0.466 0.195 0.224 165 Q 0.189 0.011 0.036 0.395 0.132 0.237 166 K 0.327 0.006 0.024 0.257 0.133 0.253 167 T 0.488 0.010 0.012 0.258 0.061 0.171 168 M 0.600 0.026 0.006 0.166 0.046 0.156 169 F 0.535 0.013 0.016 0.106 0.077 0.253 170 P 0.342 0.018 0.030 0.079 0.151 0.381 171 L 0.149 0.019 0.176 0.056 0.491 0.108 172 G 0.058 0.010 0.168 0.044 0.599 0.121 173 H 0.020 0.008 0.189 0.034 0.601 0.150 174 L 0.034 0.051 0.021 0.018 0.532 0.344 175 E 0.018 0.018 0.003 0.022 0.093 0.847 176 K 0.001 0.001 0.031 0.926 0.022 0.020 177 P 0.001 0.001 0.021 0.965 0.010 0.003 178 E 0.001 0.001 0.024 0.970 0.005 0.001 179 V 0.001 0.001 0.006 0.990 0.002 0.001 180 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 181 R 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 182 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 183 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.003 0.001 184 E 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 185 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 186 A 0.001 0.001 0.003 0.979 0.003 0.015 187 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.992 188 L 0.004 0.004 0.001 0.001 0.038 0.953 189 S 0.043 0.010 0.008 0.002 0.135 0.802 190 T 0.165 0.038 0.060 0.010 0.227 0.501 191 A 0.250 0.014 0.085 0.024 0.231 0.396 192 K 0.309 0.018 0.078 0.030 0.229 0.336 193 K 0.225 0.029 0.036 0.032 0.308 0.369 194 K 0.130 0.038 0.046 0.032 0.407 0.346 195 D 0.096 0.030 0.054 0.039 0.472 0.309 196 S 0.053 0.018 0.067 0.044 0.591 0.227 197 T 0.054 0.020 0.059 0.057 0.550 0.260 198 G 0.062 0.016 0.039 0.054 0.511 0.318 199 I 0.105 0.017 0.080 0.123 0.395 0.280 200 C 0.225 0.029 0.073 0.123 0.269 0.281 201 F 0.256 0.040 0.082 0.159 0.231 0.232 202 I 0.200 0.032 0.049 0.147 0.264 0.308 203 G 0.144 0.014 0.042 0.140 0.264 0.397 204 E 0.052 0.004 0.144 0.427 0.201 0.172 205 K 0.049 0.007 0.148 0.460 0.182 0.154 206 N 0.052 0.015 0.108 0.486 0.173 0.165 207 F 0.007 0.002 0.059 0.834 0.052 0.044 208 K 0.005 0.001 0.060 0.857 0.049 0.027 209 N 0.004 0.001 0.060 0.854 0.061 0.020 210 F 0.004 0.002 0.044 0.885 0.040 0.025 211 L 0.004 0.004 0.050 0.890 0.032 0.020 212 S 0.003 0.001 0.093 0.823 0.051 0.030 213 N 0.004 0.003 0.075 0.755 0.082 0.081 214 Y 0.008 0.012 0.093 0.597 0.139 0.151 215 L 0.013 0.006 0.137 0.252 0.320 0.272 216 P 0.013 0.008 0.150 0.134 0.376 0.320 217 A 0.023 0.031 0.095 0.070 0.342 0.439 218 Q 0.018 0.012 0.018 0.014 0.503 0.434 219 P 0.019 0.005 0.045 0.031 0.512 0.389 220 G 0.062 0.006 0.062 0.032 0.501 0.336 221 R 0.361 0.030 0.058 0.036 0.310 0.204 222 M 0.630 0.024 0.024 0.033 0.102 0.188 223 M 0.710 0.018 0.013 0.039 0.068 0.152 224 T 0.641 0.010 0.010 0.036 0.104 0.200 225 V 0.477 0.013 0.020 0.058 0.193 0.239 226 D 0.336 0.011 0.018 0.051 0.273 0.311 227 G 0.198 0.015 0.034 0.054 0.345 0.354 228 R 0.188 0.024 0.037 0.057 0.256 0.437 229 D 0.177 0.042 0.057 0.101 0.299 0.323 230 M 0.092 0.017 0.086 0.204 0.338 0.264 231 G 0.119 0.014 0.064 0.105 0.398 0.300 232 E 0.132 0.017 0.144 0.156 0.368 0.182 233 H 0.108 0.021 0.147 0.156 0.384 0.184 234 A 0.082 0.007 0.117 0.115 0.443 0.235 235 G 0.122 0.006 0.027 0.023 0.409 0.412 236 L 0.424 0.008 0.010 0.015 0.236 0.307 237 M 0.805 0.006 0.005 0.008 0.063 0.113 238 Y 0.955 0.003 0.001 0.005 0.011 0.025 239 Y 0.961 0.001 0.001 0.008 0.008 0.020 240 T 0.963 0.001 0.001 0.009 0.008 0.018 241 I 0.920 0.002 0.002 0.020 0.017 0.039 242 G 0.805 0.004 0.005 0.025 0.060 0.101 243 Q 0.703 0.007 0.010 0.023 0.138 0.119 244 R 0.487 0.017 0.020 0.031 0.267 0.179 245 G 0.232 0.009 0.023 0.028 0.480 0.228 246 G 0.232 0.008 0.015 0.008 0.441 0.296 247 L 0.480 0.027 0.010 0.008 0.195 0.280 248 G 0.531 0.030 0.012 0.008 0.166 0.254 249 I 0.560 0.021 0.017 0.010 0.151 0.241 250 G 0.532 0.011 0.022 0.011 0.175 0.249 251 G 0.551 0.023 0.039 0.013 0.168 0.206 252 Q 0.514 0.040 0.025 0.014 0.175 0.232 253 H 0.343 0.056 0.028 0.014 0.273 0.286 254 G 0.105 0.028 0.019 0.012 0.480 0.355 255 G 0.050 0.016 0.024 0.009 0.521 0.381 256 D 0.042 0.022 0.025 0.019 0.498 0.394 257 N 0.032 0.017 0.037 0.067 0.479 0.368 258 A 0.057 0.014 0.044 0.122 0.350 0.414 259 P 0.102 0.039 0.052 0.148 0.252 0.406 260 W 0.193 0.060 0.081 0.170 0.194 0.302 261 F 0.221 0.044 0.076 0.218 0.200 0.240 262 R 0.285 0.020 0.069 0.167 0.241 0.218 263 Y 0.324 0.017 0.040 0.108 0.270 0.241 264 R 0.303 0.054 0.022 0.060 0.284 0.277 265 Q 0.121 0.016 0.013 0.008 0.697 0.145 266 P 0.036 0.004 0.027 0.004 0.783 0.146 267 D 0.060 0.006 0.030 0.002 0.697 0.204 268 S 0.435 0.019 0.011 0.001 0.376 0.157 269 K 0.755 0.007 0.001 0.001 0.053 0.184 270 V 0.959 0.002 0.001 0.001 0.008 0.030 271 T 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 272 V 0.974 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 273 H 0.947 0.001 0.001 0.001 0.010 0.042 274 V 0.892 0.005 0.001 0.001 0.046 0.056 275 K 0.577 0.015 0.012 0.001 0.361 0.034 276 G 0.132 0.005 0.020 0.001 0.812 0.031 277 E 0.090 0.003 0.024 0.001 0.851 0.031 278 K 0.605 0.014 0.005 0.001 0.299 0.076 279 T 0.893 0.007 0.001 0.001 0.024 0.075 280 E 0.970 0.002 0.001 0.001 0.007 0.020 281 V 0.975 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 282 I 0.951 0.004 0.001 0.003 0.015 0.027 283 F 0.769 0.004 0.002 0.007 0.087 0.132 284 A 0.396 0.008 0.007 0.021 0.234 0.334 285 E 0.265 0.015 0.019 0.025 0.381 0.295 286 P 0.222 0.012 0.085 0.078 0.322 0.281 287 Q 0.283 0.017 0.199 0.124 0.246 0.131 288 R 0.412 0.009 0.185 0.130 0.185 0.079 289 A 0.676 0.015 0.058 0.094 0.076 0.080 290 I 0.735 0.038 0.015 0.040 0.071 0.100 291 T 0.403 0.020 0.011 0.018 0.491 0.058 292 P 0.098 0.004 0.009 0.012 0.808 0.069 293 G 0.037 0.003 0.014 0.010 0.862 0.074 294 Q 0.592 0.021 0.005 0.006 0.332 0.045 295 A 0.919 0.003 0.001 0.006 0.019 0.051 296 V 0.985 0.001 0.001 0.006 0.004 0.005 297 V 0.989 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 298 F 0.976 0.001 0.001 0.012 0.004 0.007 299 Y 0.922 0.003 0.001 0.013 0.026 0.036 300 D 0.441 0.005 0.004 0.021 0.279 0.250 301 G 0.074 0.003 0.124 0.123 0.570 0.105 302 E 0.129 0.007 0.217 0.091 0.503 0.052 303 E 0.267 0.016 0.285 0.109 0.280 0.044 304 C 0.465 0.035 0.094 0.123 0.199 0.084 305 L 0.389 0.018 0.058 0.118 0.288 0.130 306 G 0.271 0.008 0.027 0.110 0.378 0.205 307 G 0.278 0.005 0.023 0.168 0.280 0.246 308 G 0.527 0.011 0.043 0.140 0.143 0.137 309 L 0.761 0.021 0.021 0.104 0.030 0.064 310 I 0.691 0.020 0.022 0.140 0.043 0.084 311 D 0.469 0.010 0.021 0.191 0.122 0.188 312 N 0.179 0.006 0.076 0.399 0.195 0.145 313 A 0.089 0.009 0.129 0.413 0.257 0.104 314 Y 0.069 0.011 0.142 0.371 0.319 0.087 315 R 0.045 0.011 0.092 0.287 0.425 0.139 316 D 0.024 0.005 0.052 0.260 0.419 0.240 317 G 0.045 0.005 0.036 0.131 0.440 0.342 318 Q 0.139 0.017 0.030 0.173 0.298 0.342 319 V 0.253 0.020 0.060 0.217 0.166 0.284 320 C 0.239 0.011 0.141 0.261 0.126 0.223 321 Q 0.234 0.007 0.131 0.287 0.093 0.247 322 Y 0.234 0.015 0.068 0.272 0.069 0.341 323 I 0.054 0.003 0.001 0.021 0.042 0.879