# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 340 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.016 0.009 0.012 0.123 0.754 2 S 0.139 0.051 0.021 0.012 0.209 0.568 3 D 0.115 0.072 0.019 0.010 0.266 0.518 4 N 0.036 0.024 0.024 0.012 0.816 0.087 5 S 0.018 0.012 0.034 0.016 0.869 0.051 6 K 0.032 0.004 0.009 0.003 0.883 0.070 7 T 0.250 0.009 0.003 0.001 0.617 0.120 8 R 0.833 0.011 0.001 0.001 0.027 0.129 9 V 0.986 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 10 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 11 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 12 G 0.964 0.002 0.001 0.001 0.005 0.028 13 M 0.816 0.002 0.001 0.001 0.026 0.153 14 S 0.297 0.008 0.001 0.003 0.062 0.629 15 G 0.111 0.021 0.006 0.062 0.142 0.658 16 G 0.025 0.009 0.010 0.225 0.244 0.487 17 V 0.001 0.002 0.003 0.906 0.047 0.040 18 D 0.001 0.001 0.001 0.971 0.016 0.012 19 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 20 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.003 0.954 0.014 0.028 30 G 0.002 0.001 0.002 0.020 0.109 0.866 31 Y 0.037 0.001 0.003 0.005 0.196 0.758 32 D 0.443 0.009 0.003 0.003 0.134 0.408 33 V 0.893 0.007 0.002 0.002 0.034 0.062 34 I 0.954 0.002 0.002 0.002 0.012 0.028 35 G 0.972 0.001 0.002 0.002 0.008 0.015 36 I 0.968 0.001 0.002 0.002 0.009 0.018 37 F 0.942 0.001 0.002 0.003 0.016 0.037 38 M 0.924 0.004 0.004 0.006 0.029 0.033 39 K 0.885 0.006 0.007 0.009 0.042 0.052 40 N 0.747 0.010 0.013 0.013 0.111 0.104 41 W 0.544 0.040 0.011 0.012 0.200 0.193 42 D 0.266 0.043 0.014 0.019 0.484 0.174 43 D 0.083 0.021 0.039 0.042 0.676 0.139 44 T 0.028 0.009 0.045 0.032 0.766 0.119 45 D 0.023 0.012 0.085 0.037 0.738 0.104 46 E 0.025 0.014 0.064 0.042 0.605 0.249 47 N 0.049 0.037 0.081 0.036 0.513 0.284 48 G 0.081 0.024 0.041 0.028 0.429 0.397 49 V 0.171 0.055 0.029 0.033 0.272 0.439 50 C 0.147 0.102 0.028 0.037 0.292 0.395 51 T 0.085 0.026 0.039 0.049 0.391 0.409 52 A 0.028 0.006 0.147 0.171 0.434 0.213 53 T 0.011 0.004 0.252 0.309 0.310 0.114 54 E 0.009 0.005 0.133 0.289 0.378 0.187 55 D 0.009 0.006 0.030 0.391 0.145 0.419 56 Y 0.001 0.001 0.004 0.951 0.018 0.026 57 K 0.001 0.001 0.003 0.965 0.017 0.015 58 D 0.001 0.001 0.002 0.981 0.006 0.010 59 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 64 D 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.002 65 Q 0.001 0.001 0.005 0.980 0.010 0.005 66 I 0.001 0.001 0.008 0.886 0.035 0.069 67 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.057 0.938 68 I 0.009 0.001 0.001 0.001 0.083 0.906 69 P 0.123 0.003 0.001 0.001 0.072 0.800 70 Y 0.819 0.012 0.006 0.001 0.039 0.124 71 Y 0.934 0.002 0.005 0.001 0.013 0.044 72 S 0.949 0.004 0.005 0.001 0.013 0.028 73 V 0.908 0.005 0.002 0.002 0.022 0.061 74 N 0.627 0.012 0.002 0.009 0.074 0.276 75 F 0.028 0.002 0.046 0.717 0.128 0.079 76 E 0.003 0.001 0.050 0.828 0.089 0.030 77 K 0.003 0.001 0.043 0.857 0.077 0.020 78 E 0.004 0.001 0.026 0.904 0.052 0.014 79 Y 0.003 0.001 0.012 0.926 0.033 0.026 80 W 0.006 0.001 0.017 0.915 0.040 0.020 81 D 0.003 0.001 0.012 0.915 0.048 0.022 82 R 0.002 0.001 0.011 0.889 0.052 0.045 83 V 0.002 0.005 0.011 0.870 0.035 0.077 84 F 0.002 0.001 0.007 0.906 0.023 0.062 85 E 0.001 0.001 0.003 0.973 0.010 0.013 86 Y 0.001 0.001 0.002 0.984 0.006 0.007 87 F 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.005 88 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 89 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 90 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 91 Y 0.001 0.001 0.004 0.981 0.007 0.006 92 R 0.001 0.001 0.019 0.932 0.034 0.014 93 A 0.001 0.001 0.022 0.816 0.088 0.073 94 G 0.003 0.002 0.012 0.160 0.230 0.593 95 R 0.015 0.035 0.009 0.025 0.229 0.688 96 T 0.029 0.043 0.007 0.018 0.410 0.493 97 P 0.026 0.019 0.019 0.020 0.498 0.419 98 N 0.018 0.018 0.007 0.012 0.595 0.350 99 P 0.044 0.006 0.014 0.021 0.479 0.435 100 D 0.218 0.062 0.034 0.047 0.316 0.323 101 V 0.290 0.033 0.090 0.089 0.340 0.158 102 M 0.285 0.046 0.090 0.118 0.333 0.129 103 C 0.141 0.030 0.096 0.181 0.362 0.189 104 N 0.066 0.012 0.089 0.084 0.559 0.191 105 K 0.029 0.003 0.161 0.255 0.413 0.138 106 E 0.115 0.014 0.187 0.258 0.334 0.092 107 I 0.293 0.066 0.160 0.214 0.197 0.070 108 K 0.322 0.063 0.055 0.149 0.163 0.248 109 F 0.013 0.002 0.086 0.719 0.093 0.088 110 K 0.001 0.001 0.043 0.945 0.009 0.003 111 A 0.001 0.001 0.010 0.985 0.005 0.001 112 F 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 114 D 0.001 0.001 0.001 0.985 0.010 0.003 115 Y 0.001 0.001 0.003 0.984 0.010 0.002 116 A 0.001 0.001 0.007 0.974 0.016 0.002 117 I 0.001 0.001 0.012 0.975 0.011 0.002 118 T 0.001 0.001 0.021 0.946 0.022 0.010 119 L 0.001 0.001 0.014 0.831 0.050 0.103 120 G 0.002 0.001 0.002 0.012 0.106 0.877 121 A 0.032 0.002 0.004 0.004 0.194 0.763 122 D 0.353 0.012 0.016 0.005 0.213 0.401 123 Y 0.884 0.010 0.008 0.003 0.042 0.053 124 V 0.944 0.004 0.004 0.003 0.016 0.029 125 A 0.887 0.007 0.006 0.004 0.032 0.064 126 T 0.651 0.005 0.009 0.008 0.122 0.205 127 G 0.413 0.006 0.014 0.005 0.226 0.337 128 H 0.481 0.020 0.020 0.009 0.228 0.242 129 Y 0.659 0.028 0.027 0.008 0.138 0.140 130 A 0.756 0.007 0.021 0.008 0.102 0.107 131 R 0.815 0.008 0.016 0.008 0.072 0.081 132 V 0.825 0.008 0.011 0.009 0.062 0.086 133 A 0.809 0.011 0.011 0.010 0.083 0.077 134 R 0.756 0.017 0.008 0.006 0.123 0.090 135 D 0.292 0.012 0.022 0.014 0.589 0.072 136 E 0.043 0.004 0.051 0.031 0.827 0.044 137 D 0.037 0.004 0.046 0.023 0.843 0.048 138 G 0.111 0.008 0.022 0.019 0.720 0.119 139 T 0.492 0.015 0.006 0.009 0.165 0.313 140 V 0.870 0.016 0.002 0.004 0.032 0.075 141 H 0.925 0.005 0.003 0.003 0.021 0.042 142 M 0.914 0.005 0.005 0.004 0.025 0.048 143 L 0.868 0.006 0.006 0.005 0.039 0.076 144 R 0.787 0.005 0.006 0.006 0.063 0.133 145 G 0.567 0.014 0.010 0.007 0.172 0.229 146 V 0.326 0.051 0.014 0.008 0.267 0.334 147 D 0.101 0.028 0.029 0.010 0.602 0.230 148 N 0.016 0.005 0.267 0.033 0.612 0.068 149 G 0.024 0.010 0.233 0.022 0.644 0.067 150 K 0.053 0.008 0.169 0.023 0.668 0.078 151 D 0.158 0.028 0.045 0.020 0.433 0.316 152 Q 0.453 0.035 0.020 0.024 0.246 0.223 153 T 0.696 0.009 0.013 0.021 0.133 0.128 154 Y 0.812 0.009 0.009 0.036 0.067 0.066 155 F 0.730 0.017 0.018 0.058 0.082 0.095 156 L 0.610 0.011 0.051 0.075 0.125 0.127 157 S 0.328 0.006 0.078 0.064 0.296 0.228 158 Q 0.171 0.019 0.053 0.060 0.372 0.324 159 L 0.074 0.031 0.024 0.045 0.309 0.517 160 S 0.038 0.010 0.011 0.063 0.251 0.626 161 Q 0.003 0.001 0.123 0.712 0.127 0.034 162 E 0.003 0.001 0.086 0.780 0.104 0.026 163 Q 0.003 0.001 0.079 0.829 0.077 0.011 164 L 0.006 0.002 0.043 0.863 0.058 0.027 165 Q 0.007 0.002 0.057 0.794 0.100 0.040 166 K 0.007 0.001 0.077 0.690 0.141 0.085 167 T 0.018 0.002 0.050 0.507 0.201 0.222 168 M 0.028 0.027 0.033 0.328 0.250 0.334 169 F 0.048 0.022 0.020 0.116 0.265 0.529 170 P 0.031 0.009 0.038 0.046 0.380 0.496 171 L 0.013 0.005 0.518 0.054 0.337 0.073 172 G 0.005 0.001 0.499 0.036 0.379 0.079 173 H 0.009 0.003 0.440 0.044 0.374 0.129 174 L 0.025 0.016 0.052 0.047 0.395 0.466 175 E 0.011 0.011 0.005 0.024 0.111 0.839 176 K 0.009 0.005 0.042 0.674 0.106 0.165 177 P 0.002 0.001 0.030 0.886 0.046 0.034 178 E 0.001 0.001 0.018 0.960 0.010 0.010 179 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 180 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 181 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 183 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 184 E 0.001 0.001 0.004 0.988 0.006 0.002 185 E 0.001 0.001 0.006 0.976 0.010 0.007 186 A 0.001 0.001 0.005 0.934 0.015 0.045 187 G 0.001 0.001 0.001 0.017 0.038 0.942 188 L 0.010 0.004 0.007 0.019 0.098 0.862 189 S 0.122 0.017 0.047 0.032 0.222 0.560 190 T 0.162 0.045 0.258 0.058 0.289 0.188 191 A 0.188 0.009 0.192 0.052 0.265 0.295 192 K 0.170 0.017 0.085 0.023 0.335 0.370 193 K 0.131 0.032 0.042 0.016 0.334 0.444 194 K 0.124 0.034 0.067 0.016 0.358 0.401 195 D 0.132 0.035 0.081 0.018 0.368 0.366 196 S 0.219 0.029 0.060 0.014 0.381 0.298 197 T 0.302 0.015 0.026 0.012 0.345 0.299 198 G 0.383 0.005 0.014 0.012 0.266 0.319 199 I 0.671 0.026 0.005 0.014 0.102 0.182 200 C 0.736 0.009 0.005 0.016 0.077 0.157 201 F 0.792 0.007 0.004 0.013 0.055 0.129 202 I 0.614 0.015 0.004 0.011 0.097 0.258 203 G 0.186 0.012 0.005 0.013 0.175 0.609 204 E 0.048 0.013 0.006 0.017 0.160 0.755 205 K 0.001 0.002 0.001 0.002 0.042 0.953