# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.3157 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.005 0.003 0.019 0.049 0.061 0.118 0.003 0.001 0.066 0.647 2 S 0.039 0.002 0.002 0.006 0.015 0.019 0.092 0.002 0.001 0.037 0.786 3 D 0.155 0.002 0.001 0.005 0.009 0.010 0.097 0.007 0.001 0.063 0.652 4 N 0.135 0.001 0.001 0.008 0.003 0.005 0.127 0.002 0.001 0.069 0.648 5 S 0.023 0.001 0.001 0.009 0.003 0.005 0.132 0.001 0.001 0.025 0.800 6 K 0.007 0.001 0.001 0.031 0.018 0.015 0.180 0.001 0.001 0.018 0.728 7 T 0.003 0.002 0.001 0.222 0.049 0.044 0.119 0.001 0.001 0.047 0.513 8 R 0.001 0.001 0.001 0.656 0.059 0.069 0.031 0.001 0.001 0.062 0.122 9 V 0.001 0.001 0.001 0.793 0.042 0.035 0.013 0.001 0.001 0.031 0.086 10 V 0.001 0.001 0.001 0.935 0.026 0.012 0.003 0.001 0.001 0.012 0.012 11 V 0.001 0.001 0.001 0.935 0.015 0.013 0.004 0.001 0.001 0.015 0.017 12 G 0.002 0.001 0.001 0.863 0.017 0.036 0.016 0.001 0.001 0.026 0.040 13 M 0.023 0.002 0.001 0.512 0.018 0.070 0.098 0.001 0.001 0.080 0.195 14 S 0.057 0.014 0.001 0.210 0.025 0.066 0.177 0.002 0.002 0.109 0.336 15 G 0.033 0.061 0.001 0.081 0.020 0.039 0.230 0.003 0.002 0.100 0.429 16 G 0.068 0.253 0.002 0.021 0.019 0.025 0.154 0.004 0.001 0.145 0.307 17 V 0.042 0.459 0.001 0.010 0.006 0.013 0.083 0.009 0.001 0.124 0.253 18 D 0.009 0.190 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 0.733 0.042 19 S 0.002 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.069 0.013 20 S 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.009 21 V 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 22 T 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 23 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 24 L 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 25 L 0.013 0.764 0.009 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.004 0.156 0.039 26 L 0.025 0.042 0.460 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.230 0.189 0.031 27 K 0.705 0.018 0.009 0.001 0.001 0.001 0.031 0.020 0.010 0.060 0.145 28 E 0.062 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.043 0.001 0.002 0.018 0.866 29 Q 0.013 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.084 0.001 0.001 0.009 0.885 30 G 0.003 0.001 0.001 0.016 0.005 0.020 0.139 0.002 0.001 0.029 0.786 31 Y 0.019 0.002 0.001 0.018 0.015 0.017 0.103 0.001 0.001 0.063 0.760 32 D 0.011 0.004 0.001 0.422 0.046 0.085 0.076 0.001 0.001 0.064 0.290 33 V 0.005 0.004 0.001 0.138 0.027 0.058 0.076 0.001 0.001 0.042 0.647 34 I 0.001 0.002 0.001 0.576 0.144 0.162 0.024 0.001 0.001 0.028 0.062 35 G 0.002 0.001 0.001 0.428 0.094 0.168 0.032 0.001 0.001 0.058 0.215 36 I 0.001 0.001 0.001 0.504 0.195 0.182 0.014 0.001 0.001 0.034 0.069 37 F 0.003 0.001 0.001 0.435 0.119 0.207 0.037 0.001 0.001 0.055 0.141 38 M 0.009 0.001 0.001 0.188 0.295 0.268 0.034 0.001 0.001 0.057 0.146 39 K 0.009 0.001 0.001 0.186 0.141 0.281 0.082 0.002 0.001 0.052 0.245 40 N 0.070 0.005 0.001 0.079 0.091 0.137 0.119 0.002 0.002 0.081 0.414 41 W 0.016 0.002 0.001 0.049 0.044 0.099 0.155 0.004 0.001 0.056 0.571 42 D 0.077 0.012 0.001 0.017 0.016 0.027 0.124 0.002 0.001 0.052 0.671 43 D 0.066 0.011 0.004 0.014 0.017 0.026 0.127 0.004 0.002 0.081 0.647 44 T 0.045 0.005 0.004 0.005 0.005 0.009 0.107 0.003 0.002 0.050 0.765 45 D 0.246 0.004 0.002 0.004 0.009 0.013 0.079 0.008 0.001 0.073 0.561 46 E 0.116 0.005 0.001 0.005 0.004 0.008 0.111 0.003 0.001 0.065 0.681 47 N 0.015 0.004 0.001 0.009 0.010 0.027 0.151 0.002 0.001 0.042 0.740 48 G 0.009 0.006 0.001 0.031 0.054 0.115 0.149 0.003 0.001 0.083 0.549 49 V 0.013 0.004 0.001 0.028 0.098 0.110 0.128 0.001 0.001 0.076 0.542 50 C 0.005 0.009 0.001 0.067 0.142 0.170 0.118 0.001 0.001 0.054 0.433 51 T 0.058 0.045 0.002 0.044 0.076 0.120 0.115 0.005 0.001 0.103 0.431 52 A 0.090 0.137 0.002 0.029 0.031 0.040 0.106 0.019 0.001 0.087 0.457 53 T 0.155 0.183 0.003 0.015 0.014 0.023 0.084 0.007 0.002 0.085 0.430 54 E 0.024 0.224 0.005 0.019 0.010 0.015 0.080 0.006 0.002 0.111 0.505 55 D 0.034 0.730 0.002 0.002 0.004 0.004 0.023 0.008 0.001 0.066 0.127 56 Y 0.025 0.909 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.020 0.036 57 K 0.016 0.838 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.069 0.059 58 D 0.003 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.044 0.029 59 V 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 60 V 0.005 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.051 0.016 61 A 0.006 0.937 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.022 0.022 62 V 0.034 0.849 0.008 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.003 0.053 0.032 63 A 0.013 0.018 0.438 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.438 0.056 0.025 64 D 0.700 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 0.007 0.002 0.021 0.222 65 Q 0.043 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.044 0.001 0.002 0.026 0.877 66 I 0.016 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.159 0.001 0.001 0.015 0.796 67 G 0.003 0.001 0.001 0.016 0.003 0.009 0.110 0.001 0.001 0.020 0.838 68 I 0.009 0.002 0.001 0.020 0.036 0.025 0.181 0.004 0.001 0.073 0.650 69 P 0.007 0.008 0.001 0.396 0.040 0.108 0.069 0.002 0.001 0.105 0.266 70 Y 0.007 0.008 0.001 0.201 0.054 0.126 0.060 0.001 0.001 0.056 0.486 71 Y 0.002 0.013 0.001 0.421 0.171 0.135 0.040 0.001 0.001 0.030 0.187 72 S 0.025 0.054 0.002 0.190 0.108 0.124 0.060 0.003 0.001 0.058 0.377 73 V 0.011 0.044 0.001 0.196 0.079 0.068 0.062 0.005 0.001 0.083 0.449 74 N 0.042 0.604 0.004 0.029 0.011 0.014 0.046 0.006 0.003 0.086 0.154 75 F 0.026 0.870 0.009 0.004 0.003 0.002 0.009 0.007 0.001 0.014 0.054 76 E 0.027 0.870 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.009 0.001 0.014 0.065 77 K 0.034 0.769 0.002 0.002 0.002 0.003 0.010 0.003 0.001 0.091 0.084 78 E 0.020 0.687 0.019 0.003 0.002 0.002 0.019 0.007 0.007 0.158 0.076 79 Y 0.095 0.675 0.022 0.002 0.002 0.002 0.021 0.021 0.006 0.061 0.093 80 W 0.118 0.506 0.005 0.005 0.003 0.006 0.035 0.007 0.002 0.067 0.247 81 D 0.045 0.512 0.003 0.008 0.002 0.006 0.047 0.002 0.001 0.044 0.328 82 R 0.034 0.553 0.009 0.014 0.004 0.009 0.058 0.007 0.002 0.051 0.260 83 V 0.038 0.687 0.008 0.006 0.004 0.005 0.038 0.010 0.002 0.033 0.169 84 F 0.038 0.855 0.001 0.003 0.001 0.002 0.011 0.003 0.001 0.008 0.078 85 E 0.015 0.850 0.001 0.005 0.001 0.002 0.013 0.002 0.001 0.017 0.092 86 Y 0.007 0.928 0.003 0.003 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.012 0.033 87 F 0.005 0.948 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.006 0.027 88 L 0.021 0.936 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.008 0.020 89 A 0.009 0.864 0.003 0.003 0.001 0.002 0.008 0.002 0.002 0.053 0.054 90 E 0.016 0.081 0.512 0.002 0.001 0.002 0.011 0.004 0.194 0.123 0.054 91 Y 0.668 0.038 0.016 0.002 0.002 0.003 0.023 0.035 0.009 0.087 0.116 92 R 0.176 0.004 0.002 0.003 0.001 0.003 0.032 0.004 0.002 0.041 0.730 93 A 0.022 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 0.008 0.905 94 G 0.002 0.001 0.001 0.006 0.006 0.020 0.095 0.002 0.001 0.019 0.849 95 R 0.015 0.001 0.001 0.004 0.007 0.005 0.101 0.001 0.001 0.024 0.843 96 T 0.018 0.001 0.001 0.044 0.016 0.021 0.166 0.003 0.001 0.049 0.680 97 P 0.100 0.019 0.001 0.019 0.003 0.005 0.118 0.003 0.001 0.037 0.695 98 N 0.270 0.112 0.002 0.026 0.005 0.008 0.125 0.024 0.001 0.045 0.380 99 P 0.057 0.142 0.002 0.022 0.005 0.009 0.102 0.009 0.001 0.037 0.615 100 D 0.068 0.185 0.004 0.048 0.025 0.051 0.096 0.006 0.001 0.074 0.440 101 V 0.046 0.474 0.003 0.040 0.036 0.046 0.056 0.006 0.001 0.068 0.225 102 M 0.134 0.408 0.013 0.026 0.039 0.054 0.051 0.008 0.005 0.049 0.212 103 C 0.066 0.496 0.003 0.036 0.043 0.058 0.046 0.006 0.001 0.029 0.218 104 N 0.048 0.326 0.002 0.022 0.029 0.057 0.072 0.005 0.001 0.150 0.287 105 K 0.021 0.579 0.005 0.024 0.026 0.026 0.053 0.006 0.001 0.081 0.177 106 E 0.023 0.658 0.003 0.014 0.014 0.031 0.031 0.003 0.001 0.078 0.144 107 I 0.007 0.686 0.003 0.017 0.019 0.016 0.019 0.002 0.001 0.104 0.127 108 K 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.010 0.014 109 F 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 110 K 0.004 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.030 0.008 111 A 0.002 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.010 112 F 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 113 L 0.014 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.031 0.012 114 D 0.002 0.119 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.852 0.019 115 Y 0.026 0.598 0.027 0.001 0.001 0.001 0.024 0.009 0.008 0.244 0.063 116 A 0.082 0.023 0.458 0.001 0.001 0.001 0.010 0.027 0.250 0.083 0.065 117 I 0.557 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.005 0.003 0.027 0.334 118 T 0.037 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 0.008 0.890 119 L 0.015 0.053 0.005 0.006 0.001 0.001 0.117 0.003 0.001 0.019 0.781 120 G 0.035 0.120 0.002 0.015 0.004 0.005 0.146 0.008 0.001 0.033 0.631 121 A 0.030 0.201 0.001 0.053 0.008 0.008 0.089 0.003 0.001 0.059 0.546 122 D 0.014 0.100 0.002 0.224 0.017 0.025 0.057 0.002 0.001 0.409 0.150 123 Y 0.018 0.181 0.004 0.411 0.029 0.045 0.044 0.005 0.001 0.124 0.138 124 V 0.025 0.076 0.004 0.536 0.049 0.046 0.035 0.003 0.001 0.091 0.134 125 A 0.020 0.048 0.009 0.438 0.056 0.069 0.055 0.003 0.004 0.074 0.225 126 T 0.099 0.159 0.005 0.143 0.037 0.089 0.089 0.014 0.004 0.054 0.308 127 G 0.171 0.126 0.016 0.048 0.040 0.068 0.087 0.013 0.010 0.046 0.375 128 H 0.055 0.112 0.003 0.035 0.109 0.180 0.101 0.010 0.002 0.028 0.366 129 Y 0.068 0.128 0.004 0.035 0.071 0.167 0.093 0.008 0.002 0.042 0.382 130 A 0.058 0.051 0.008 0.049 0.188 0.176 0.081 0.007 0.003 0.046 0.333 131 R 0.036 0.050 0.003 0.045 0.109 0.256 0.084 0.006 0.001 0.045 0.364 132 V 0.035 0.024 0.002 0.038 0.111 0.192 0.072 0.002 0.001 0.049 0.473 133 A 0.030 0.026 0.010 0.047 0.121 0.210 0.091 0.003 0.005 0.069 0.390 134 R 0.041 0.018 0.015 0.016 0.040 0.077 0.078 0.005 0.010 0.043 0.658 135 D 0.459 0.005 0.004 0.005 0.013 0.018 0.038 0.007 0.004 0.065 0.382 136 E 0.117 0.007 0.001 0.004 0.005 0.008 0.064 0.004 0.001 0.052 0.739 137 D 0.014 0.004 0.001 0.005 0.004 0.010 0.097 0.001 0.001 0.014 0.851 138 G 0.007 0.019 0.001 0.024 0.105 0.117 0.117 0.004 0.001 0.031 0.576 139 T 0.010 0.027 0.001 0.031 0.201 0.247 0.076 0.003 0.001 0.054 0.350 140 V 0.006 0.045 0.002 0.067 0.253 0.266 0.041 0.002 0.001 0.043 0.276 141 H 0.013 0.032 0.003 0.082 0.261 0.332 0.045 0.002 0.001 0.059 0.170 142 M 0.026 0.030 0.002 0.088 0.219 0.276 0.047 0.005 0.001 0.066 0.239 143 L 0.040 0.016 0.002 0.108 0.190 0.266 0.051 0.003 0.001 0.073 0.250 144 R 0.025 0.010 0.002 0.075 0.187 0.250 0.080 0.002 0.001 0.046 0.321 145 G 0.018 0.013 0.006 0.059 0.123 0.196 0.100 0.003 0.004 0.032 0.446 146 V 0.157 0.027 0.005 0.023 0.076 0.063 0.082 0.012 0.004 0.051 0.500 147 D 0.243 0.025 0.003 0.018 0.022 0.027 0.095 0.008 0.002 0.062 0.495 148 N 0.030 0.023 0.002 0.018 0.006 0.020 0.100 0.003 0.001 0.030 0.767 149 G 0.130 0.013 0.006 0.023 0.018 0.029 0.102 0.002 0.002 0.072 0.604 150 K 0.029 0.034 0.001 0.033 0.063 0.072 0.141 0.006 0.001 0.070 0.550 151 D 0.070 0.064 0.002 0.022 0.022 0.042 0.138 0.004 0.001 0.046 0.590 152 Q 0.021 0.090 0.002 0.070 0.124 0.172 0.115 0.009 0.001 0.073 0.323 153 T 0.014 0.037 0.001 0.041 0.067 0.154 0.106 0.002 0.001 0.235 0.342 154 Y 0.009 0.081 0.005 0.081 0.207 0.230 0.055 0.004 0.001 0.111 0.216 155 F 0.050 0.111 0.006 0.077 0.096 0.181 0.065 0.008 0.002 0.112 0.291 156 L 0.047 0.037 0.005 0.047 0.142 0.155 0.053 0.005 0.002 0.298 0.208 157 S 0.041 0.111 0.002 0.048 0.058 0.106 0.093 0.005 0.001 0.101 0.432 158 Q 0.107 0.176 0.012 0.025 0.036 0.053 0.088 0.010 0.005 0.087 0.401 159 L 0.022 0.273 0.006 0.025 0.024 0.024 0.089 0.012 0.003 0.046 0.474 160 S 0.026 0.883 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.006 0.001 0.005 0.064 161 Q 0.036 0.897 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.005 0.035 162 E 0.051 0.714 0.006 0.002 0.001 0.002 0.018 0.009 0.003 0.062 0.130 163 Q 0.088 0.179 0.028 0.004 0.003 0.004 0.044 0.007 0.011 0.459 0.174 164 L 0.184 0.318 0.022 0.010 0.003 0.005 0.066 0.039 0.008 0.164 0.182 165 Q 0.180 0.125 0.014 0.018 0.004 0.011 0.076 0.017 0.007 0.051 0.496 166 K 0.071 0.038 0.002 0.026 0.012 0.027 0.097 0.002 0.001 0.056 0.666 167 T 0.010 0.036 0.001 0.026 0.020 0.065 0.120 0.002 0.001 0.046 0.674 168 M 0.041 0.040 0.019 0.031 0.019 0.037 0.123 0.006 0.006 0.068 0.609 169 F 0.213 0.024 0.013 0.038 0.032 0.042 0.104 0.019 0.009 0.099 0.407 170 P 0.292 0.033 0.002 0.011 0.004 0.010 0.059 0.005 0.002 0.037 0.547 171 L 0.203 0.020 0.004 0.022 0.007 0.015 0.090 0.008 0.002 0.049 0.582 172 G 0.040 0.009 0.001 0.020 0.009 0.023 0.103 0.006 0.001 0.034 0.755 173 H 0.055 0.006 0.001 0.017 0.025 0.034 0.108 0.002 0.001 0.030 0.722 174 L 0.020 0.015 0.001 0.032 0.049 0.030 0.113 0.002 0.001 0.029 0.709 175 E 0.019 0.182 0.001 0.008 0.013 0.012 0.091 0.004 0.001 0.029 0.640 176 K 0.026 0.703 0.001 0.004 0.008 0.006 0.036 0.012 0.001 0.024 0.180 177 P 0.011 0.912 0.001 0.006 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.013 0.044 178 E 0.001 0.899 0.001 0.009 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.052 0.023 179 V 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 180 R 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 181 R 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 182 L 0.003 0.950 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.028 0.008 183 A 0.004 0.009 0.573 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.372 0.032 0.004 184 E 0.854 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 0.003 0.022 0.076 185 E 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.014 0.926 186 A 0.016 0.010 0.003 0.008 0.001 0.001 0.087 0.001 0.001 0.016 0.858 187 G 0.006 0.011 0.001 0.009 0.009 0.020 0.106 0.006 0.001 0.037 0.796 188 L 0.080 0.021 0.001 0.007 0.010 0.010 0.113 0.008 0.001 0.030 0.719 189 S 0.099 0.132 0.001 0.120 0.023 0.047 0.092 0.010 0.001 0.057 0.418 190 T 0.158 0.038 0.001 0.037 0.015 0.045 0.092 0.003 0.001 0.048 0.561 191 A 0.013 0.019 0.002 0.183 0.047 0.080 0.124 0.005 0.001 0.023 0.504 192 K 0.036 0.018 0.003 0.106 0.029 0.047 0.093 0.003 0.002 0.035 0.629 193 K 0.112 0.008 0.006 0.083 0.055 0.047 0.091 0.004 0.003 0.098 0.493 194 K 0.019 0.001 0.003 0.029 0.011 0.025 0.103 0.001 0.002 0.030 0.777 195 D 0.100 0.003 0.002 0.023 0.030 0.055 0.110 0.005 0.001 0.069 0.601 196 S 0.105 0.005 0.001 0.025 0.012 0.017 0.141 0.003 0.001 0.094 0.596 197 T 0.006 0.002 0.001 0.031 0.032 0.074 0.165 0.003 0.001 0.070 0.617 198 G 0.002 0.002 0.001 0.075 0.099 0.277 0.083 0.001 0.001 0.094 0.366 199 I 0.003 0.001 0.001 0.130 0.202 0.270 0.052 0.001 0.001 0.067 0.275 200 C 0.001 0.001 0.001 0.200 0.261 0.340 0.030 0.001 0.001 0.049 0.117 201 F 0.007 0.001 0.002 0.177 0.192 0.330 0.036 0.001 0.001 0.090 0.163 202 I 0.116 0.002 0.002 0.127 0.099 0.170 0.076 0.005 0.003 0.112 0.290 203 G 0.237 0.004 0.001 0.031 0.019 0.034 0.087 0.003 0.002 0.053 0.528 204 E 0.016 0.001 0.001 0.011 0.009 0.021 0.099 0.002 0.001 0.018 0.821 205 K 0.021 0.004 0.001 0.014 0.031 0.044 0.130 0.004 0.001 0.029 0.724