# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.3157 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.081 0.049 0.031 0.076 0.074 0.088 0.138 0.126 0.137 0.118 0.083 2 S 0.201 0.185 0.073 0.146 0.096 0.077 0.083 0.050 0.041 0.028 0.018 3 D 0.353 0.147 0.064 0.114 0.076 0.071 0.071 0.042 0.031 0.019 0.013 4 N 0.353 0.156 0.042 0.082 0.063 0.070 0.082 0.050 0.043 0.033 0.026 5 S 0.283 0.223 0.084 0.147 0.081 0.054 0.051 0.026 0.023 0.016 0.011 6 K 0.292 0.165 0.103 0.205 0.123 0.052 0.034 0.013 0.007 0.004 0.002 7 T 0.019 0.059 0.078 0.198 0.215 0.156 0.151 0.069 0.033 0.014 0.007 8 R 0.001 0.003 0.008 0.051 0.135 0.213 0.266 0.185 0.086 0.039 0.016 9 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.097 0.231 0.268 0.222 0.161 10 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.015 0.086 0.189 0.240 0.238 0.225 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.088 0.211 0.330 0.345 12 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.039 0.114 0.219 0.278 0.342 13 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.037 0.104 0.211 0.296 0.340 14 S 0.004 0.008 0.006 0.040 0.073 0.102 0.211 0.216 0.172 0.100 0.068 15 G 0.021 0.029 0.012 0.077 0.102 0.129 0.197 0.176 0.126 0.083 0.048 16 G 0.019 0.021 0.011 0.053 0.092 0.112 0.158 0.158 0.166 0.125 0.084 17 V 0.005 0.008 0.005 0.023 0.036 0.059 0.127 0.165 0.222 0.185 0.165 18 D 0.001 0.004 0.002 0.009 0.022 0.051 0.126 0.178 0.240 0.200 0.168 19 S 0.001 0.004 0.002 0.010 0.020 0.042 0.132 0.181 0.231 0.200 0.177 20 S 0.004 0.006 0.006 0.032 0.062 0.096 0.173 0.163 0.180 0.148 0.130 21 V 0.001 0.003 0.008 0.021 0.024 0.032 0.094 0.146 0.237 0.224 0.210 22 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.040 0.096 0.210 0.293 0.348 23 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.016 0.084 0.104 0.179 0.247 0.360 24 L 0.001 0.001 0.029 0.027 0.036 0.073 0.212 0.159 0.187 0.154 0.122 25 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.018 0.052 0.222 0.219 0.190 0.166 0.121 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.042 0.154 0.319 0.470 27 K 0.001 0.001 0.003 0.023 0.066 0.150 0.334 0.210 0.126 0.059 0.029 28 E 0.004 0.020 0.217 0.170 0.159 0.174 0.141 0.055 0.036 0.014 0.008 29 Q 0.002 0.005 0.006 0.029 0.059 0.181 0.427 0.168 0.073 0.036 0.012 30 G 0.619 0.207 0.045 0.084 0.023 0.009 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 31 Y 0.003 0.012 0.012 0.036 0.062 0.110 0.208 0.195 0.167 0.117 0.078 32 D 0.206 0.268 0.110 0.244 0.111 0.042 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 33 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.042 0.101 0.238 0.289 0.318 34 I 0.009 0.020 0.016 0.097 0.128 0.165 0.237 0.135 0.098 0.056 0.039 35 G 0.004 0.014 0.012 0.040 0.046 0.081 0.148 0.144 0.182 0.163 0.165 36 I 0.002 0.002 0.004 0.012 0.015 0.033 0.104 0.156 0.226 0.255 0.192 37 F 0.003 0.007 0.006 0.037 0.059 0.081 0.203 0.205 0.188 0.131 0.081 38 M 0.001 0.002 0.004 0.009 0.010 0.019 0.061 0.107 0.217 0.283 0.286 39 K 0.007 0.021 0.029 0.136 0.193 0.197 0.198 0.104 0.067 0.032 0.015 40 N 0.011 0.028 0.018 0.070 0.083 0.105 0.191 0.170 0.150 0.116 0.058 41 W 0.008 0.018 0.016 0.069 0.100 0.127 0.195 0.157 0.133 0.113 0.064 42 D 0.063 0.133 0.051 0.194 0.166 0.120 0.133 0.064 0.039 0.022 0.014 43 D 0.094 0.099 0.055 0.160 0.155 0.134 0.136 0.073 0.047 0.033 0.015 44 T 0.323 0.224 0.059 0.152 0.089 0.050 0.045 0.021 0.016 0.012 0.009 45 D 0.351 0.195 0.063 0.142 0.089 0.059 0.050 0.021 0.015 0.009 0.005 46 E 0.600 0.146 0.044 0.083 0.048 0.030 0.023 0.010 0.007 0.005 0.003 47 N 0.213 0.220 0.076 0.189 0.120 0.077 0.058 0.022 0.014 0.008 0.004 48 G 0.179 0.133 0.051 0.141 0.120 0.115 0.107 0.058 0.047 0.032 0.016 49 V 0.064 0.087 0.050 0.189 0.171 0.136 0.130 0.069 0.052 0.033 0.018 50 C 0.012 0.015 0.012 0.031 0.048 0.072 0.160 0.179 0.206 0.166 0.100 51 T 0.034 0.087 0.047 0.155 0.164 0.131 0.141 0.094 0.074 0.045 0.028 52 A 0.031 0.039 0.020 0.063 0.093 0.121 0.192 0.150 0.127 0.100 0.064 53 T 0.186 0.119 0.079 0.199 0.160 0.100 0.082 0.036 0.024 0.011 0.005 54 E 0.306 0.144 0.102 0.178 0.103 0.061 0.050 0.024 0.017 0.009 0.006 55 D 0.018 0.089 0.051 0.106 0.082 0.113 0.197 0.129 0.100 0.071 0.044 56 Y 0.004 0.006 0.008 0.024 0.060 0.135 0.273 0.191 0.145 0.092 0.063 57 K 0.314 0.166 0.283 0.142 0.055 0.021 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 58 D 0.003 0.029 0.049 0.210 0.224 0.216 0.167 0.059 0.028 0.011 0.005 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.085 0.211 0.302 0.367 60 V 0.002 0.003 0.020 0.113 0.224 0.323 0.212 0.061 0.028 0.011 0.004 61 A 0.003 0.024 0.473 0.232 0.148 0.076 0.033 0.007 0.003 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.002 0.008 0.015 0.042 0.178 0.204 0.205 0.185 0.159 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.043 0.119 0.259 0.309 0.262 64 D 0.016 0.026 0.483 0.293 0.129 0.041 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.001 0.015 0.127 0.106 0.176 0.261 0.226 0.054 0.023 0.008 0.003 66 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.024 0.111 0.171 0.222 0.245 0.213 67 G 0.589 0.253 0.038 0.065 0.026 0.015 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 68 I 0.002 0.005 0.009 0.016 0.022 0.038 0.107 0.164 0.237 0.231 0.170 69 P 0.357 0.328 0.062 0.145 0.064 0.025 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 70 Y 0.012 0.011 0.007 0.028 0.038 0.065 0.156 0.155 0.205 0.172 0.150 71 Y 0.025 0.043 0.021 0.086 0.119 0.153 0.192 0.123 0.110 0.075 0.054 72 S 0.019 0.043 0.028 0.115 0.109 0.127 0.173 0.122 0.119 0.085 0.060 73 V 0.013 0.012 0.013 0.040 0.057 0.089 0.180 0.165 0.193 0.148 0.090 74 N 0.154 0.220 0.124 0.242 0.127 0.062 0.041 0.016 0.008 0.003 0.002 75 F 0.005 0.014 0.007 0.023 0.029 0.051 0.140 0.165 0.210 0.208 0.148 76 E 0.023 0.073 0.058 0.207 0.233 0.173 0.137 0.051 0.029 0.011 0.005 77 K 0.284 0.192 0.164 0.215 0.084 0.034 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 78 E 0.122 0.115 0.139 0.258 0.154 0.104 0.069 0.024 0.011 0.004 0.002 79 Y 0.001 0.003 0.005 0.009 0.015 0.040 0.157 0.207 0.232 0.209 0.122 80 W 0.001 0.006 0.019 0.071 0.167 0.244 0.280 0.119 0.057 0.024 0.012 81 D 0.046 0.092 0.608 0.172 0.058 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 82 R 0.013 0.028 0.031 0.183 0.232 0.261 0.188 0.045 0.014 0.004 0.001 83 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.083 0.234 0.329 0.323 84 F 0.001 0.001 0.004 0.025 0.102 0.246 0.339 0.150 0.081 0.036 0.018 85 E 0.025 0.062 0.663 0.168 0.052 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.001 0.005 0.007 0.043 0.091 0.219 0.387 0.149 0.059 0.027 0.010 87 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.087 0.237 0.330 0.315 88 L 0.001 0.003 0.013 0.056 0.121 0.216 0.265 0.139 0.100 0.056 0.030 89 A 0.025 0.055 0.618 0.198 0.065 0.025 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 90 E 0.005 0.008 0.012 0.040 0.075 0.177 0.353 0.179 0.092 0.042 0.017 91 Y 0.003 0.002 0.003 0.008 0.011 0.029 0.114 0.202 0.259 0.218 0.151 92 R 0.031 0.095 0.233 0.213 0.164 0.122 0.080 0.030 0.018 0.009 0.005 93 A 0.077 0.115 0.223 0.198 0.140 0.098 0.080 0.035 0.020 0.010 0.005 94 G 0.446 0.127 0.039 0.103 0.077 0.060 0.065 0.036 0.023 0.015 0.009 95 R 0.071 0.110 0.034 0.134 0.143 0.159 0.161 0.080 0.054 0.031 0.022 96 T 0.021 0.040 0.013 0.044 0.059 0.074 0.124 0.155 0.195 0.154 0.121 97 P 0.387 0.097 0.027 0.085 0.080 0.078 0.089 0.058 0.046 0.030 0.023 98 N 0.080 0.057 0.022 0.081 0.091 0.097 0.186 0.136 0.118 0.083 0.050 99 P 0.016 0.021 0.010 0.042 0.046 0.067 0.125 0.155 0.196 0.179 0.144 100 D 0.023 0.046 0.029 0.107 0.118 0.144 0.170 0.118 0.104 0.079 0.062 101 V 0.061 0.051 0.050 0.096 0.091 0.116 0.176 0.136 0.108 0.072 0.043 102 M 0.060 0.074 0.046 0.169 0.171 0.147 0.155 0.085 0.053 0.027 0.013 103 C 0.012 0.017 0.019 0.040 0.038 0.042 0.112 0.145 0.189 0.198 0.189 104 N 0.022 0.030 0.047 0.129 0.178 0.169 0.182 0.098 0.075 0.042 0.026 105 K 0.053 0.071 0.180 0.205 0.144 0.125 0.128 0.050 0.026 0.012 0.005 106 E 0.025 0.049 0.084 0.198 0.180 0.174 0.161 0.065 0.037 0.019 0.008 107 I 0.022 0.013 0.035 0.024 0.021 0.029 0.107 0.157 0.221 0.217 0.155 108 K 0.002 0.022 0.046 0.086 0.103 0.145 0.217 0.147 0.111 0.078 0.043 109 F 0.001 0.007 0.037 0.039 0.065 0.118 0.249 0.176 0.157 0.102 0.050 110 K 0.116 0.097 0.186 0.230 0.176 0.101 0.061 0.019 0.009 0.004 0.002 111 A 0.011 0.026 0.055 0.151 0.161 0.153 0.228 0.110 0.065 0.028 0.012 112 F 0.001 0.001 0.007 0.004 0.004 0.005 0.030 0.079 0.215 0.321 0.334 113 L 0.001 0.001 0.010 0.028 0.085 0.210 0.354 0.151 0.095 0.044 0.022 114 D 0.014 0.032 0.697 0.167 0.058 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.004 0.017 0.046 0.169 0.434 0.181 0.089 0.041 0.015 116 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.047 0.172 0.339 0.425 117 I 0.002 0.007 0.058 0.130 0.207 0.250 0.205 0.077 0.035 0.017 0.011 118 T 0.015 0.049 0.656 0.147 0.069 0.038 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 119 L 0.002 0.003 0.002 0.011 0.027 0.096 0.346 0.202 0.137 0.112 0.061 120 G 0.442 0.255 0.045 0.110 0.059 0.033 0.028 0.012 0.009 0.005 0.003 121 A 0.003 0.003 0.004 0.009 0.015 0.019 0.055 0.099 0.193 0.236 0.364 122 D 0.059 0.099 0.074 0.206 0.182 0.166 0.134 0.044 0.021 0.009 0.006 123 Y 0.001 0.005 0.004 0.017 0.033 0.080 0.221 0.223 0.195 0.131 0.090 124 V 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.036 0.090 0.162 0.273 0.421 125 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.014 0.061 0.114 0.237 0.263 0.297 126 T 0.001 0.003 0.004 0.010 0.008 0.012 0.054 0.109 0.218 0.295 0.287 127 G 0.002 0.004 0.003 0.023 0.043 0.084 0.161 0.179 0.192 0.171 0.137 128 H 0.011 0.020 0.020 0.073 0.097 0.131 0.221 0.176 0.132 0.080 0.038 129 Y 0.003 0.007 0.007 0.040 0.056 0.072 0.176 0.186 0.197 0.158 0.097 130 A 0.001 0.003 0.005 0.010 0.011 0.023 0.068 0.101 0.208 0.253 0.316 131 R 0.007 0.015 0.017 0.118 0.176 0.197 0.202 0.124 0.084 0.043 0.016 132 V 0.005 0.020 0.023 0.074 0.097 0.126 0.204 0.178 0.146 0.086 0.039 133 A 0.011 0.023 0.028 0.087 0.107 0.121 0.198 0.145 0.126 0.101 0.053 134 R 0.065 0.084 0.029 0.159 0.155 0.133 0.178 0.096 0.058 0.031 0.014 135 D 0.119 0.132 0.067 0.178 0.135 0.124 0.106 0.062 0.042 0.024 0.010 136 E 0.463 0.173 0.072 0.115 0.059 0.039 0.034 0.017 0.012 0.009 0.006 137 D 0.481 0.252 0.051 0.106 0.047 0.024 0.020 0.009 0.006 0.003 0.002 138 G 0.369 0.168 0.038 0.098 0.083 0.075 0.065 0.041 0.033 0.020 0.009 139 T 0.060 0.134 0.049 0.203 0.177 0.133 0.112 0.053 0.040 0.023 0.016 140 V 0.016 0.023 0.024 0.080 0.099 0.136 0.203 0.154 0.138 0.086 0.040 141 H 0.011 0.025 0.035 0.164 0.208 0.184 0.179 0.099 0.060 0.025 0.010 142 M 0.007 0.006 0.010 0.019 0.019 0.031 0.098 0.163 0.220 0.227 0.199 143 L 0.003 0.006 0.014 0.055 0.083 0.137 0.195 0.174 0.166 0.111 0.055 144 R 0.005 0.026 0.044 0.093 0.105 0.119 0.197 0.153 0.140 0.083 0.035 145 G 0.011 0.011 0.014 0.028 0.033 0.048 0.129 0.157 0.198 0.209 0.162 146 V 0.020 0.027 0.025 0.089 0.119 0.135 0.214 0.140 0.113 0.073 0.045 147 D 0.046 0.083 0.048 0.117 0.117 0.120 0.160 0.112 0.095 0.062 0.040 148 N 0.295 0.185 0.081 0.158 0.097 0.075 0.056 0.026 0.016 0.009 0.003 149 G 0.688 0.142 0.037 0.060 0.031 0.016 0.013 0.005 0.004 0.002 0.001 150 K 0.077 0.067 0.032 0.111 0.112 0.120 0.176 0.118 0.092 0.060 0.036 151 D 0.044 0.089 0.053 0.176 0.169 0.165 0.141 0.070 0.050 0.028 0.016 152 Q 0.005 0.016 0.016 0.065 0.092 0.121 0.217 0.180 0.151 0.091 0.047 153 T 0.027 0.028 0.035 0.095 0.108 0.117 0.155 0.141 0.125 0.098 0.069 154 Y 0.009 0.013 0.023 0.062 0.087 0.106 0.197 0.180 0.173 0.103 0.047 155 F 0.007 0.014 0.034 0.079 0.084 0.104 0.201 0.165 0.155 0.100 0.057 156 L 0.002 0.003 0.011 0.017 0.019 0.027 0.088 0.141 0.234 0.269 0.189 157 S 0.007 0.015 0.037 0.105 0.130 0.153 0.252 0.141 0.102 0.043 0.016 158 Q 0.044 0.063 0.120 0.118 0.100 0.127 0.205 0.107 0.070 0.034 0.011 159 L 0.002 0.005 0.007 0.013 0.022 0.039 0.105 0.153 0.202 0.254 0.197 160 S 0.033 0.445 0.111 0.173 0.088 0.055 0.048 0.022 0.014 0.008 0.004 161 Q 0.150 0.079 0.090 0.248 0.231 0.116 0.059 0.016 0.008 0.002 0.001 162 E 0.807 0.090 0.061 0.029 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 163 Q 0.002 0.004 0.015 0.065 0.086 0.200 0.338 0.161 0.087 0.031 0.010 164 L 0.002 0.003 0.026 0.014 0.020 0.043 0.152 0.190 0.225 0.195 0.129 165 Q 0.004 0.016 0.599 0.158 0.105 0.073 0.033 0.008 0.003 0.001 0.001 166 K 0.014 0.046 0.451 0.253 0.135 0.067 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 167 T 0.013 0.013 0.018 0.027 0.043 0.087 0.229 0.172 0.177 0.140 0.082 168 M 0.018 0.026 0.040 0.072 0.091 0.130 0.241 0.162 0.121 0.065 0.033 169 F 0.020 0.066 0.165 0.117 0.142 0.117 0.132 0.092 0.073 0.051 0.027 170 P 0.170 0.133 0.135 0.181 0.118 0.087 0.088 0.040 0.027 0.015 0.007 171 L 0.054 0.031 0.017 0.037 0.056 0.067 0.171 0.154 0.178 0.140 0.094 172 G 0.249 0.209 0.089 0.149 0.095 0.069 0.059 0.033 0.026 0.014 0.007 173 H 0.346 0.100 0.066 0.157 0.103 0.088 0.075 0.031 0.020 0.010 0.004 174 L 0.053 0.026 0.018 0.030 0.038 0.054 0.164 0.181 0.186 0.155 0.095 175 E 0.088 0.464 0.105 0.174 0.073 0.040 0.027 0.014 0.009 0.005 0.002 176 K 0.088 0.107 0.054 0.131 0.163 0.176 0.137 0.064 0.041 0.025 0.012 177 P 0.778 0.116 0.057 0.030 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 178 E 0.030 0.068 0.111 0.393 0.242 0.094 0.046 0.012 0.004 0.001 0.001 179 V 0.002 0.005 0.014 0.008 0.010 0.018 0.094 0.165 0.251 0.254 0.178 180 R 0.003 0.003 0.080 0.169 0.246 0.275 0.151 0.045 0.020 0.007 0.002 181 R 0.006 0.022 0.840 0.093 0.028 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 182 L 0.001 0.002 0.015 0.035 0.073 0.230 0.379 0.155 0.068 0.030 0.012 183 A 0.001 0.001 0.013 0.002 0.003 0.006 0.064 0.135 0.277 0.294 0.204 184 E 0.009 0.022 0.659 0.170 0.091 0.032 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 185 E 0.006 0.037 0.778 0.100 0.052 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 186 A 0.012 0.008 0.014 0.023 0.045 0.122 0.268 0.159 0.151 0.122 0.077 187 G 0.680 0.201 0.049 0.040 0.014 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 188 L 0.008 0.020 0.043 0.046 0.054 0.068 0.145 0.152 0.195 0.155 0.115 189 S 0.320 0.331 0.121 0.123 0.057 0.027 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 190 T 0.196 0.105 0.052 0.115 0.098 0.101 0.139 0.071 0.061 0.035 0.026 191 A 0.103 0.030 0.021 0.037 0.051 0.089 0.168 0.136 0.158 0.122 0.087 192 K 0.247 0.217 0.121 0.188 0.098 0.057 0.036 0.016 0.011 0.005 0.003 193 K 0.181 0.157 0.089 0.158 0.108 0.093 0.084 0.052 0.035 0.027 0.015 194 K 0.315 0.151 0.086 0.117 0.094 0.075 0.069 0.038 0.027 0.018 0.011 195 D 0.156 0.130 0.104 0.198 0.136 0.093 0.097 0.041 0.025 0.013 0.007 196 S 0.040 0.041 0.040 0.073 0.087 0.096 0.175 0.146 0.129 0.097 0.076 197 T 0.126 0.124 0.107 0.215 0.163 0.101 0.082 0.041 0.024 0.012 0.006 198 G 0.188 0.137 0.088 0.185 0.141 0.106 0.084 0.035 0.021 0.011 0.005 199 I 0.008 0.012 0.016 0.034 0.038 0.059 0.137 0.161 0.214 0.193 0.127 200 C 0.010 0.029 0.032 0.091 0.114 0.123 0.203 0.156 0.122 0.078 0.043 201 F 0.015 0.042 0.039 0.082 0.092 0.095 0.172 0.153 0.136 0.107 0.066 202 I 0.021 0.038 0.047 0.109 0.118 0.116 0.161 0.129 0.120 0.085 0.056 203 G 0.119 0.125 0.074 0.174 0.166 0.119 0.111 0.054 0.034 0.016 0.007 204 E 0.353 0.230 0.070 0.166 0.087 0.043 0.028 0.012 0.007 0.004 0.002 205 K 0.327 0.169 0.056 0.125 0.098 0.068 0.066 0.037 0.027 0.018 0.009