# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.3157 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.095 0.017 0.010 0.025 0.058 0.074 0.048 0.004 0.001 0.004 0.665 2 S 0.038 0.006 0.005 0.022 0.069 0.083 0.081 0.002 0.001 0.004 0.690 3 D 0.043 0.004 0.002 0.018 0.045 0.055 0.139 0.001 0.001 0.006 0.687 4 N 0.049 0.005 0.001 0.014 0.026 0.030 0.162 0.001 0.001 0.009 0.703 5 S 0.091 0.005 0.001 0.006 0.013 0.013 0.296 0.001 0.001 0.024 0.549 6 K 0.259 0.005 0.003 0.009 0.010 0.010 0.223 0.001 0.001 0.055 0.425 7 T 0.331 0.004 0.019 0.039 0.044 0.036 0.212 0.001 0.001 0.056 0.258 8 R 0.032 0.001 0.033 0.238 0.242 0.194 0.124 0.001 0.001 0.011 0.124 9 V 0.001 0.001 0.002 0.300 0.315 0.352 0.011 0.001 0.001 0.001 0.018 10 V 0.001 0.001 0.001 0.428 0.249 0.319 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 11 V 0.001 0.001 0.001 0.530 0.196 0.267 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 12 G 0.001 0.001 0.001 0.758 0.089 0.149 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 13 M 0.001 0.001 0.001 0.768 0.087 0.125 0.006 0.001 0.001 0.001 0.013 14 S 0.001 0.001 0.001 0.529 0.118 0.228 0.030 0.001 0.001 0.002 0.091 15 G 0.003 0.001 0.001 0.155 0.040 0.128 0.164 0.001 0.001 0.008 0.500 16 G 0.035 0.002 0.002 0.047 0.015 0.026 0.277 0.001 0.001 0.029 0.566 17 V 0.076 0.009 0.037 0.025 0.006 0.014 0.308 0.001 0.001 0.013 0.512 18 D 0.014 0.019 0.002 0.022 0.006 0.014 0.203 0.001 0.001 0.002 0.716 19 S 0.040 0.036 0.001 0.007 0.003 0.004 0.088 0.001 0.001 0.004 0.817 20 S 0.015 0.113 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.001 0.001 0.001 0.728 21 V 0.005 0.313 0.001 0.001 0.001 0.001 0.204 0.001 0.001 0.002 0.472 22 T 0.003 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 0.002 0.051 23 A 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 24 L 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 28 E 0.052 0.926 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 29 Q 0.046 0.756 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.001 0.001 0.028 30 G 0.511 0.121 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.269 0.001 0.001 0.082 31 Y 0.008 0.005 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 32 D 0.006 0.012 0.015 0.200 0.043 0.032 0.075 0.006 0.001 0.001 0.610 33 V 0.047 0.009 0.014 0.154 0.010 0.017 0.019 0.001 0.001 0.002 0.729 34 I 0.005 0.021 0.001 0.619 0.088 0.157 0.045 0.001 0.001 0.001 0.062 35 G 0.019 0.027 0.001 0.245 0.046 0.092 0.081 0.001 0.001 0.005 0.482 36 I 0.035 0.041 0.001 0.547 0.114 0.153 0.018 0.001 0.001 0.003 0.087 37 F 0.013 0.049 0.002 0.251 0.167 0.297 0.041 0.002 0.001 0.003 0.175 38 M 0.015 0.040 0.002 0.172 0.219 0.346 0.026 0.003 0.001 0.003 0.175 39 K 0.023 0.041 0.004 0.102 0.157 0.392 0.049 0.007 0.001 0.004 0.222 40 N 0.092 0.046 0.010 0.047 0.102 0.151 0.069 0.016 0.001 0.008 0.458 41 W 0.088 0.028 0.036 0.047 0.105 0.153 0.085 0.007 0.001 0.010 0.441 42 D 0.027 0.007 0.007 0.024 0.100 0.114 0.134 0.003 0.001 0.005 0.578 43 D 0.042 0.004 0.005 0.017 0.054 0.055 0.087 0.001 0.001 0.006 0.727 44 T 0.056 0.008 0.002 0.019 0.054 0.064 0.302 0.001 0.001 0.013 0.481 45 D 0.122 0.013 0.002 0.014 0.029 0.027 0.387 0.002 0.001 0.035 0.369 46 E 0.192 0.030 0.003 0.010 0.012 0.015 0.373 0.002 0.001 0.048 0.315 47 N 0.254 0.031 0.007 0.013 0.011 0.014 0.346 0.003 0.001 0.060 0.262 48 G 0.248 0.024 0.015 0.016 0.019 0.019 0.338 0.004 0.001 0.047 0.270 49 V 0.090 0.019 0.053 0.021 0.032 0.052 0.252 0.001 0.001 0.016 0.463 50 C 0.013 0.012 0.006 0.038 0.068 0.159 0.187 0.001 0.001 0.003 0.513 51 T 0.023 0.012 0.002 0.035 0.093 0.189 0.095 0.001 0.001 0.004 0.547 52 A 0.039 0.027 0.002 0.020 0.047 0.105 0.113 0.001 0.001 0.004 0.643 53 T 0.069 0.056 0.002 0.029 0.028 0.063 0.206 0.003 0.001 0.009 0.534 54 E 0.067 0.063 0.003 0.017 0.008 0.014 0.178 0.003 0.001 0.010 0.636 55 D 0.098 0.104 0.004 0.008 0.006 0.009 0.389 0.005 0.001 0.012 0.365 56 Y 0.142 0.292 0.009 0.011 0.004 0.008 0.135 0.007 0.001 0.012 0.379 57 K 0.023 0.541 0.003 0.005 0.002 0.004 0.101 0.002 0.001 0.003 0.316 58 D 0.049 0.504 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.007 0.001 0.001 0.349 59 V 0.020 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.028 60 V 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.014 61 A 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.021 62 V 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 63 A 0.011 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 64 D 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 65 Q 0.046 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.018 66 I 0.131 0.806 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.010 67 G 0.309 0.114 0.039 0.002 0.002 0.002 0.007 0.417 0.001 0.002 0.106 68 I 0.013 0.003 0.956 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 69 P 0.001 0.001 0.004 0.011 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.975 70 Y 0.013 0.001 0.008 0.183 0.017 0.031 0.055 0.001 0.001 0.002 0.691 71 Y 0.049 0.002 0.001 0.522 0.043 0.060 0.084 0.001 0.001 0.005 0.236 72 S 0.038 0.005 0.001 0.403 0.022 0.037 0.056 0.001 0.001 0.003 0.435 73 V 0.010 0.004 0.001 0.717 0.030 0.062 0.052 0.001 0.001 0.002 0.123 74 N 0.025 0.007 0.001 0.285 0.026 0.048 0.219 0.001 0.001 0.005 0.384 75 F 0.015 0.009 0.003 0.073 0.012 0.024 0.069 0.001 0.001 0.003 0.791 76 E 0.016 0.020 0.001 0.045 0.023 0.072 0.348 0.001 0.001 0.007 0.467 77 K 0.084 0.061 0.001 0.010 0.007 0.017 0.192 0.002 0.001 0.011 0.615 78 E 0.143 0.363 0.001 0.003 0.004 0.004 0.043 0.002 0.001 0.002 0.436 79 Y 0.122 0.627 0.002 0.003 0.006 0.009 0.043 0.004 0.001 0.004 0.180 80 W 0.057 0.782 0.006 0.002 0.005 0.015 0.014 0.003 0.001 0.002 0.114 81 D 0.030 0.778 0.002 0.002 0.003 0.009 0.009 0.007 0.001 0.001 0.160 82 R 0.108 0.727 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.013 0.001 0.001 0.139 83 V 0.112 0.757 0.011 0.003 0.002 0.003 0.008 0.009 0.001 0.001 0.095 84 F 0.031 0.817 0.020 0.011 0.007 0.019 0.012 0.005 0.001 0.001 0.078 85 E 0.025 0.711 0.002 0.012 0.004 0.020 0.014 0.006 0.001 0.001 0.206 86 Y 0.049 0.588 0.002 0.003 0.002 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.344 87 F 0.057 0.797 0.002 0.003 0.001 0.003 0.012 0.004 0.001 0.001 0.119 88 L 0.016 0.788 0.003 0.003 0.002 0.009 0.028 0.004 0.001 0.001 0.145 89 A 0.011 0.834 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.142 90 E 0.038 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.044 91 Y 0.029 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.034 92 R 0.067 0.858 0.018 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.047 93 A 0.051 0.755 0.008 0.002 0.008 0.009 0.010 0.059 0.001 0.001 0.097 94 G 0.416 0.119 0.005 0.005 0.005 0.002 0.006 0.216 0.001 0.003 0.224 95 R 0.135 0.020 0.756 0.003 0.001 0.001 0.009 0.006 0.001 0.003 0.068 96 T 0.030 0.006 0.038 0.101 0.048 0.036 0.174 0.024 0.001 0.002 0.541 97 P 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 98 N 0.012 0.001 0.001 0.111 0.019 0.038 0.504 0.001 0.001 0.005 0.311 99 P 0.041 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.004 0.932 100 D 0.034 0.001 0.001 0.152 0.011 0.014 0.286 0.001 0.001 0.004 0.498 101 V 0.216 0.002 0.001 0.103 0.011 0.019 0.111 0.001 0.001 0.017 0.519 102 M 0.045 0.030 0.001 0.309 0.041 0.070 0.207 0.001 0.001 0.005 0.292 103 C 0.077 0.048 0.002 0.096 0.041 0.098 0.205 0.001 0.001 0.009 0.423 104 N 0.066 0.174 0.002 0.104 0.030 0.090 0.090 0.002 0.001 0.006 0.435 105 K 0.056 0.151 0.003 0.017 0.022 0.025 0.098 0.003 0.001 0.005 0.620 106 E 0.104 0.255 0.006 0.015 0.010 0.028 0.204 0.005 0.001 0.011 0.362 107 I 0.086 0.445 0.008 0.017 0.017 0.019 0.066 0.005 0.001 0.003 0.333 108 K 0.051 0.657 0.008 0.009 0.008 0.015 0.078 0.002 0.001 0.003 0.170 109 F 0.019 0.759 0.004 0.004 0.003 0.014 0.020 0.003 0.001 0.001 0.173 110 K 0.014 0.803 0.001 0.002 0.002 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.165 111 A 0.020 0.797 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.003 0.001 0.001 0.131 112 F 0.007 0.944 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.035 113 L 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.012 114 D 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.021 115 Y 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 116 A 0.008 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 117 I 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 118 T 0.031 0.954 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 119 L 0.113 0.684 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 0.001 0.001 0.026 120 G 0.577 0.073 0.030 0.001 0.002 0.001 0.007 0.213 0.001 0.004 0.093 121 A 0.002 0.001 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 122 D 0.004 0.003 0.006 0.314 0.062 0.055 0.070 0.004 0.001 0.001 0.481 123 Y 0.059 0.002 0.007 0.559 0.023 0.024 0.031 0.001 0.001 0.004 0.290 124 V 0.007 0.010 0.001 0.573 0.050 0.104 0.090 0.001 0.001 0.001 0.163 125 A 0.005 0.003 0.001 0.796 0.052 0.064 0.028 0.001 0.001 0.001 0.050 126 T 0.009 0.015 0.001 0.430 0.042 0.087 0.100 0.001 0.001 0.003 0.313 127 G 0.047 0.014 0.003 0.339 0.116 0.137 0.054 0.002 0.001 0.015 0.272 128 H 0.039 0.029 0.006 0.114 0.067 0.135 0.310 0.001 0.001 0.018 0.281 129 Y 0.038 0.023 0.006 0.086 0.095 0.182 0.112 0.003 0.001 0.014 0.440 130 A 0.050 0.070 0.009 0.106 0.168 0.293 0.075 0.002 0.001 0.009 0.217 131 R 0.039 0.077 0.004 0.057 0.152 0.231 0.063 0.005 0.001 0.007 0.366 132 V 0.084 0.076 0.013 0.036 0.147 0.210 0.035 0.005 0.001 0.004 0.388 133 A 0.039 0.037 0.005 0.043 0.226 0.287 0.033 0.006 0.001 0.003 0.321 134 R 0.036 0.017 0.005 0.029 0.171 0.284 0.054 0.005 0.001 0.005 0.395 135 D 0.042 0.021 0.004 0.044 0.178 0.198 0.130 0.005 0.001 0.006 0.371 136 E 0.042 0.014 0.003 0.015 0.025 0.030 0.145 0.002 0.001 0.009 0.716 137 D 0.096 0.011 0.003 0.009 0.010 0.015 0.354 0.002 0.001 0.037 0.462 138 G 0.391 0.012 0.010 0.010 0.011 0.009 0.265 0.002 0.001 0.075 0.215 139 T 0.190 0.028 0.029 0.020 0.018 0.020 0.369 0.001 0.001 0.029 0.296 140 V 0.022 0.022 0.015 0.066 0.127 0.161 0.190 0.001 0.001 0.007 0.390 141 H 0.006 0.016 0.001 0.091 0.210 0.463 0.082 0.001 0.001 0.002 0.129 142 M 0.005 0.029 0.001 0.050 0.246 0.507 0.025 0.001 0.001 0.001 0.136 143 L 0.005 0.032 0.001 0.060 0.257 0.583 0.012 0.001 0.001 0.001 0.049 144 R 0.024 0.047 0.001 0.058 0.209 0.343 0.043 0.006 0.001 0.003 0.265 145 G 0.068 0.031 0.007 0.100 0.191 0.239 0.035 0.012 0.001 0.007 0.309 146 V 0.026 0.019 0.013 0.131 0.154 0.263 0.106 0.009 0.001 0.007 0.271 147 D 0.039 0.013 0.005 0.056 0.098 0.110 0.234 0.007 0.001 0.008 0.429 148 N 0.038 0.006 0.007 0.014 0.011 0.014 0.078 0.001 0.001 0.008 0.823 149 G 0.049 0.003 0.002 0.007 0.007 0.010 0.605 0.002 0.001 0.030 0.285 150 K 0.463 0.007 0.010 0.007 0.004 0.004 0.255 0.001 0.001 0.064 0.183 151 D 0.102 0.051 0.009 0.021 0.014 0.016 0.289 0.002 0.001 0.017 0.479 152 Q 0.071 0.039 0.007 0.039 0.059 0.071 0.225 0.002 0.001 0.022 0.465 153 T 0.118 0.057 0.006 0.049 0.084 0.160 0.174 0.002 0.001 0.015 0.336 154 Y 0.032 0.044 0.006 0.066 0.198 0.249 0.077 0.002 0.001 0.005 0.320 155 F 0.021 0.049 0.003 0.060 0.192 0.339 0.086 0.001 0.001 0.005 0.243 156 L 0.020 0.060 0.004 0.133 0.186 0.375 0.045 0.002 0.001 0.004 0.172 157 S 0.022 0.114 0.003 0.224 0.086 0.218 0.091 0.006 0.001 0.004 0.231 158 Q 0.133 0.090 0.008 0.083 0.027 0.049 0.086 0.014 0.001 0.010 0.498 159 L 0.157 0.118 0.029 0.093 0.046 0.079 0.208 0.009 0.001 0.015 0.245 160 S 0.036 0.062 0.009 0.026 0.015 0.024 0.321 0.005 0.001 0.005 0.496 161 Q 0.008 0.061 0.003 0.009 0.004 0.004 0.068 0.001 0.001 0.002 0.839 162 E 0.016 0.104 0.001 0.001 0.002 0.004 0.417 0.001 0.001 0.012 0.441 163 Q 0.087 0.224 0.001 0.003 0.007 0.011 0.498 0.008 0.001 0.014 0.146 164 L 0.068 0.852 0.002 0.002 0.002 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.060 165 Q 0.024 0.924 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.041 166 K 0.084 0.732 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.038 0.001 0.001 0.134 167 T 0.282 0.523 0.003 0.004 0.003 0.002 0.001 0.108 0.001 0.001 0.073 168 M 0.230 0.486 0.090 0.008 0.006 0.008 0.009 0.047 0.001 0.001 0.115 169 F 0.061 0.169 0.059 0.067 0.056 0.109 0.049 0.019 0.001 0.001 0.409 170 P 0.003 0.002 0.002 0.007 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.979 171 L 0.038 0.014 0.002 0.081 0.031 0.095 0.114 0.002 0.001 0.003 0.620 172 G 0.266 0.026 0.002 0.048 0.016 0.022 0.062 0.002 0.001 0.005 0.550 173 H 0.275 0.050 0.002 0.035 0.011 0.011 0.067 0.003 0.001 0.003 0.542 174 L 0.184 0.028 0.011 0.061 0.017 0.037 0.077 0.001 0.001 0.005 0.579 175 E 0.092 0.021 0.006 0.061 0.021 0.052 0.133 0.003 0.001 0.004 0.608 176 K 0.068 0.011 0.010 0.023 0.005 0.024 0.070 0.001 0.001 0.002 0.785 177 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.989 178 E 0.011 0.006 0.001 0.008 0.002 0.004 0.267 0.001 0.001 0.001 0.700 179 V 0.093 0.220 0.001 0.008 0.002 0.010 0.109 0.001 0.001 0.002 0.555 180 R 0.019 0.881 0.001 0.004 0.002 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.075 181 R 0.016 0.889 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.083 182 L 0.007 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 183 A 0.007 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 184 E 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 185 E 0.043 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 186 A 0.083 0.801 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.001 0.001 0.017 187 G 0.598 0.155 0.017 0.001 0.001 0.001 0.002 0.168 0.001 0.002 0.057 188 L 0.003 0.004 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 189 S 0.002 0.006 0.001 0.033 0.003 0.004 0.049 0.002 0.001 0.001 0.900 190 T 0.089 0.017 0.003 0.026 0.001 0.002 0.042 0.001 0.001 0.003 0.816 191 A 0.106 0.247 0.002 0.065 0.011 0.025 0.163 0.002 0.001 0.007 0.372 192 K 0.121 0.169 0.002 0.040 0.013 0.037 0.251 0.005 0.001 0.011 0.351 193 K 0.294 0.245 0.002 0.022 0.008 0.012 0.018 0.004 0.001 0.002 0.392 194 K 0.098 0.447 0.003 0.015 0.023 0.027 0.021 0.007 0.001 0.002 0.357 195 D 0.082 0.399 0.003 0.014 0.037 0.044 0.055 0.026 0.001 0.005 0.334 196 S 0.267 0.338 0.008 0.009 0.020 0.027 0.039 0.032 0.001 0.005 0.256 197 T 0.271 0.289 0.020 0.015 0.026 0.030 0.063 0.028 0.001 0.010 0.249 198 G 0.226 0.064 0.045 0.030 0.052 0.063 0.141 0.017 0.001 0.024 0.339 199 I 0.117 0.033 0.153 0.095 0.133 0.148 0.105 0.005 0.001 0.011 0.199 200 C 0.011 0.016 0.009 0.216 0.256 0.270 0.055 0.002 0.001 0.002 0.163 201 F 0.007 0.008 0.003 0.152 0.218 0.305 0.029 0.001 0.001 0.001 0.276 202 I 0.007 0.006 0.001 0.150 0.235 0.380 0.039 0.001 0.001 0.002 0.179 203 G 0.007 0.003 0.001 0.060 0.080 0.158 0.076 0.001 0.001 0.003 0.610 204 E 0.017 0.003 0.001 0.051 0.050 0.095 0.188 0.001 0.001 0.012 0.582 205 K 0.081 0.005 0.002 0.024 0.019 0.030 0.299 0.001 0.001 0.030 0.510