# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 340 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 S 0.026 0.045 0.006 0.011 0.005 0.026 0.881 3 D 0.016 0.029 0.016 0.022 0.266 0.050 0.600 4 N 0.009 0.006 0.034 0.017 0.110 0.095 0.728 5 S 0.011 0.009 0.073 0.017 0.206 0.492 0.191 6 K 0.027 0.006 0.046 0.004 0.251 0.434 0.231 7 T 0.088 0.005 0.005 0.001 0.266 0.021 0.614 8 R 0.568 0.008 0.001 0.001 0.135 0.002 0.285 9 V 0.963 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.027 10 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 11 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 12 G 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 13 M 0.736 0.005 0.001 0.002 0.037 0.006 0.212 14 S 0.205 0.004 0.002 0.003 0.297 0.019 0.469 15 G 0.028 0.004 0.010 0.013 0.613 0.073 0.261 16 G 0.021 0.009 0.031 0.084 0.448 0.119 0.287 17 V 0.012 0.012 0.070 0.507 0.108 0.083 0.207 18 D 0.001 0.001 0.062 0.813 0.025 0.057 0.040 19 S 0.001 0.001 0.012 0.935 0.016 0.022 0.014 20 S 0.001 0.001 0.002 0.985 0.004 0.005 0.004 21 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.002 0.002 22 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.946 0.001 0.050 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.002 0.381 0.008 0.606 0.003 30 G 0.001 0.001 0.001 0.013 0.029 0.926 0.031 31 Y 0.046 0.007 0.001 0.005 0.123 0.011 0.808 32 D 0.406 0.041 0.002 0.002 0.068 0.006 0.475 33 V 0.764 0.006 0.001 0.001 0.011 0.003 0.215 34 I 0.895 0.001 0.002 0.001 0.053 0.003 0.044 35 G 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 36 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 37 F 0.973 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.018 38 M 0.878 0.002 0.005 0.004 0.011 0.006 0.095 39 K 0.728 0.010 0.011 0.007 0.063 0.018 0.162 40 N 0.549 0.014 0.020 0.012 0.154 0.031 0.220 41 W 0.352 0.057 0.019 0.011 0.165 0.035 0.360 42 D 0.277 0.040 0.020 0.010 0.129 0.052 0.472 43 D 0.154 0.029 0.043 0.018 0.214 0.268 0.276 44 T 0.056 0.017 0.056 0.017 0.209 0.334 0.312 45 D 0.025 0.010 0.050 0.013 0.318 0.377 0.207 46 E 0.021 0.009 0.035 0.018 0.308 0.371 0.239 47 N 0.041 0.018 0.027 0.026 0.376 0.215 0.296 48 G 0.074 0.027 0.019 0.027 0.305 0.143 0.405 49 V 0.180 0.063 0.022 0.036 0.205 0.063 0.431 50 C 0.250 0.088 0.022 0.041 0.106 0.036 0.456 51 T 0.126 0.048 0.040 0.056 0.127 0.037 0.567 52 A 0.069 0.011 0.044 0.175 0.118 0.039 0.544 53 T 0.005 0.001 0.091 0.789 0.028 0.054 0.032 54 E 0.002 0.002 0.057 0.825 0.030 0.053 0.031 55 D 0.001 0.001 0.012 0.908 0.017 0.030 0.031 56 Y 0.001 0.001 0.002 0.982 0.004 0.005 0.006 57 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 58 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 64 D 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.009 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.002 0.934 0.002 0.061 0.001 66 I 0.001 0.001 0.003 0.408 0.011 0.572 0.005 67 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.035 0.868 0.089 68 I 0.006 0.008 0.001 0.001 0.167 0.004 0.814 69 P 0.133 0.007 0.001 0.001 0.103 0.005 0.751 70 Y 0.691 0.005 0.001 0.002 0.017 0.005 0.278 71 Y 0.971 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.013 72 S 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 73 V 0.966 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.028 74 N 0.655 0.008 0.001 0.005 0.017 0.002 0.314 75 F 0.044 0.002 0.039 0.196 0.073 0.116 0.529 76 E 0.005 0.001 0.065 0.483 0.154 0.147 0.145 77 K 0.001 0.001 0.054 0.816 0.044 0.057 0.028 78 E 0.001 0.003 0.049 0.851 0.019 0.047 0.031 79 Y 0.002 0.004 0.028 0.814 0.030 0.088 0.034 80 W 0.001 0.001 0.028 0.868 0.012 0.072 0.019 81 D 0.002 0.001 0.017 0.891 0.014 0.063 0.012 82 R 0.004 0.003 0.034 0.822 0.010 0.103 0.024 83 V 0.008 0.015 0.029 0.786 0.039 0.061 0.061 84 F 0.005 0.001 0.021 0.890 0.014 0.031 0.038 85 E 0.002 0.001 0.008 0.932 0.009 0.037 0.012 86 Y 0.001 0.001 0.004 0.935 0.009 0.035 0.015 87 F 0.001 0.001 0.001 0.951 0.012 0.020 0.014 88 L 0.001 0.001 0.001 0.970 0.009 0.009 0.011 89 A 0.001 0.001 0.002 0.980 0.005 0.008 0.005 90 E 0.001 0.001 0.002 0.981 0.003 0.009 0.004 91 Y 0.001 0.001 0.003 0.973 0.004 0.013 0.005 92 R 0.001 0.001 0.004 0.910 0.006 0.070 0.008 93 A 0.001 0.001 0.005 0.484 0.013 0.486 0.011 94 G 0.002 0.002 0.003 0.137 0.155 0.514 0.187 95 R 0.003 0.014 0.003 0.010 0.208 0.062 0.700 96 T 0.011 0.016 0.003 0.004 0.197 0.015 0.752 97 P 0.020 0.013 0.010 0.006 0.327 0.046 0.578 98 N 0.044 0.015 0.020 0.026 0.297 0.047 0.551 99 P 0.102 0.034 0.074 0.124 0.145 0.055 0.465 100 D 0.245 0.030 0.095 0.115 0.110 0.074 0.333 101 V 0.288 0.038 0.123 0.134 0.098 0.151 0.168 102 M 0.188 0.034 0.064 0.160 0.103 0.188 0.264 103 C 0.049 0.011 0.041 0.201 0.114 0.468 0.116 104 N 0.038 0.009 0.040 0.145 0.200 0.309 0.260 105 K 0.061 0.009 0.062 0.358 0.134 0.244 0.132 106 E 0.173 0.015 0.024 0.418 0.064 0.154 0.151 107 I 0.322 0.058 0.022 0.341 0.055 0.050 0.153 108 K 0.282 0.034 0.018 0.343 0.056 0.059 0.208 109 F 0.024 0.004 0.029 0.841 0.025 0.034 0.044 110 K 0.003 0.001 0.026 0.941 0.009 0.014 0.008 111 A 0.002 0.001 0.018 0.950 0.005 0.018 0.006 112 F 0.001 0.001 0.006 0.982 0.002 0.007 0.003 113 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.002 0.004 0.002 114 D 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.005 0.002 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.002 116 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 117 I 0.001 0.001 0.004 0.978 0.001 0.015 0.002 118 T 0.001 0.001 0.007 0.923 0.004 0.062 0.004 119 L 0.001 0.001 0.007 0.349 0.016 0.625 0.003 120 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.945 0.035 121 A 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.983 122 D 0.251 0.001 0.001 0.001 0.587 0.002 0.158 123 Y 0.987 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 124 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 125 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 126 T 0.926 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.061 127 G 0.374 0.002 0.010 0.005 0.308 0.043 0.259 128 H 0.296 0.005 0.033 0.015 0.317 0.066 0.268 129 Y 0.460 0.044 0.073 0.034 0.118 0.066 0.205 130 A 0.773 0.014 0.025 0.021 0.034 0.035 0.099 131 R 0.786 0.011 0.016 0.017 0.036 0.026 0.108 132 V 0.807 0.015 0.007 0.016 0.039 0.011 0.105 133 A 0.728 0.010 0.008 0.018 0.041 0.016 0.179 134 R 0.589 0.023 0.013 0.022 0.068 0.055 0.230 135 D 0.243 0.010 0.033 0.023 0.122 0.237 0.332 136 E 0.058 0.005 0.037 0.014 0.195 0.578 0.113 137 D 0.035 0.004 0.027 0.017 0.259 0.578 0.081 138 G 0.123 0.005 0.008 0.010 0.409 0.207 0.238 139 T 0.486 0.015 0.003 0.005 0.077 0.019 0.395 140 V 0.830 0.029 0.002 0.002 0.011 0.004 0.122 141 H 0.918 0.008 0.004 0.003 0.012 0.004 0.051 142 M 0.934 0.005 0.007 0.003 0.008 0.004 0.040 143 L 0.899 0.005 0.009 0.004 0.013 0.005 0.065 144 R 0.851 0.008 0.009 0.005 0.025 0.005 0.096 145 G 0.660 0.009 0.021 0.012 0.051 0.025 0.221 146 V 0.354 0.022 0.026 0.017 0.203 0.069 0.309 147 D 0.130 0.010 0.028 0.014 0.186 0.069 0.562 148 N 0.032 0.005 0.099 0.052 0.164 0.514 0.134 149 G 0.034 0.006 0.101 0.042 0.198 0.498 0.121 150 K 0.069 0.018 0.086 0.078 0.348 0.162 0.240 151 D 0.183 0.050 0.040 0.092 0.091 0.095 0.449 152 Q 0.327 0.028 0.072 0.161 0.087 0.086 0.239 153 T 0.491 0.017 0.050 0.199 0.032 0.056 0.154 154 Y 0.322 0.007 0.080 0.368 0.038 0.119 0.067 155 F 0.247 0.017 0.065 0.428 0.044 0.125 0.075 156 L 0.099 0.009 0.225 0.245 0.050 0.151 0.222 157 S 0.072 0.002 0.303 0.121 0.088 0.326 0.088 158 Q 0.074 0.011 0.260 0.087 0.120 0.367 0.082 159 L 0.076 0.105 0.018 0.016 0.459 0.030 0.298 160 S 0.032 0.042 0.003 0.011 0.113 0.015 0.783 161 Q 0.001 0.001 0.120 0.822 0.012 0.037 0.008 162 E 0.001 0.001 0.193 0.756 0.007 0.038 0.004 163 Q 0.001 0.001 0.300 0.647 0.006 0.040 0.006 164 L 0.004 0.002 0.102 0.814 0.014 0.043 0.019 165 Q 0.005 0.002 0.150 0.693 0.011 0.121 0.017 166 K 0.008 0.001 0.151 0.615 0.014 0.195 0.017 167 T 0.009 0.004 0.166 0.549 0.041 0.179 0.052 168 M 0.049 0.036 0.075 0.351 0.149 0.161 0.179 169 F 0.071 0.018 0.069 0.185 0.160 0.098 0.399 170 P 0.061 0.031 0.066 0.137 0.132 0.138 0.436 171 L 0.022 0.010 0.160 0.147 0.095 0.233 0.334 172 G 0.010 0.005 0.147 0.140 0.213 0.320 0.164 173 H 0.007 0.003 0.183 0.207 0.169 0.295 0.136 174 L 0.009 0.013 0.118 0.275 0.159 0.184 0.243 175 E 0.008 0.013 0.022 0.312 0.168 0.114 0.363 176 K 0.005 0.003 0.004 0.626 0.092 0.026 0.244 177 P 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.005 0.003 178 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 179 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 180 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 181 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 183 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 184 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 185 E 0.001 0.001 0.002 0.956 0.001 0.042 0.001 186 A 0.001 0.001 0.002 0.321 0.005 0.670 0.001 187 G 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.960 0.019 188 L 0.003 0.005 0.001 0.002 0.020 0.005 0.965 189 S 0.132 0.065 0.011 0.006 0.026 0.014 0.746 190 T 0.211 0.022 0.124 0.022 0.102 0.066 0.452 191 A 0.230 0.021 0.112 0.029 0.133 0.116 0.358 192 K 0.184 0.017 0.045 0.022 0.283 0.074 0.377 193 K 0.103 0.022 0.044 0.033 0.285 0.033 0.480 194 K 0.038 0.010 0.260 0.081 0.098 0.327 0.185 195 D 0.031 0.012 0.204 0.039 0.070 0.561 0.084 196 S 0.096 0.051 0.151 0.034 0.125 0.156 0.387 197 T 0.095 0.025 0.040 0.029 0.200 0.192 0.419 198 G 0.145 0.007 0.026 0.021 0.309 0.244 0.246 199 I 0.533 0.100 0.016 0.024 0.054 0.030 0.243 200 C 0.601 0.031 0.008 0.021 0.031 0.023 0.285 201 F 0.558 0.051 0.011 0.021 0.076 0.052 0.231 202 I 0.293 0.024 0.012 0.033 0.178 0.083 0.378 203 G 0.123 0.015 0.013 0.028 0.240 0.156 0.427 204 E 0.066 0.034 0.013 0.033 0.124 0.149 0.582 205 K 0.004 0.004 0.003 0.008 0.024 0.011 0.945